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Research Article
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Erratum Notice
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Retraction Notice
The article Assisted Selection of Biomarkers by Linear Discriminant Analysis Effect Size (LEfSe) in Microbiome Data (10.3791/61715) has been retracted by the journal upon the authors' request due to a conflict regarding the data and methodology. View Retraction Notice
Questo video mostra una fluorescenza nel vicino infrarosso e un metodo di scansione ad alta risoluzione per misurare l'espressione proteica nel cervello del roditore.
Tutte le procedure che coinvolgono campioni di animali sono state esaminate e approvate dal comitato di revisione etica animale appropriato.
1. Imaging
1. Posizionare i vetrini sull'interfaccia di scansione nel vicino infrarosso con il tessuto rivolto verso il basso. Immagine di una diapositiva di vetro o di più diapositive alla volta utilizzando uno strumento di selezione.
2. Diapositive di immagini che utilizzano l'impostazione di massima qualità con un offset di 0 nm e una risoluzione di 21 μm. La scansione richiede in genere 13-19 ore, a seconda dell'apparecchiatura di scansione utilizzata.
3. Importa le immagini nel software di analisi delle immagini (ad esempio, Image Studio) per visualizzare e contrassegnare la proteina semiquantitativa analisi.
2. Analisi dell'espressione proteica
1. Apri il software di analisi delle immagini e seleziona il Work Area in cui l'immagine è stato scansionato.
2. Apri l'immagine scansionata nel software di analisi delle immagini per visualizzare la scansione e regolare anche le lunghezze d'onda visualizzate. come il contrasto, la luminosità e l'ingrandimento mostrati senza alterare l'immagine grezza o l'emissione totale quantificata.
3. Identifica le regioni chiave per la quantificazione e seleziona il Analisi scheda lungo la parte superiore della pagina, poi seleziona Disegna rettangolo (o Disegna ellisse<span style='famiglia-carattere:Arial,sans-serif;dimensione-carattere:12pt;stile-carattere:normale;variante-carattere:normale;peso-carattere:400;decorazione-testo:nessuno;allineamento-verticale:linea di base;spazio-bianco:pre-wrap;'>/ Disegna a mano libera<span style='famiglia-carattere:Arial,sans-serif;dimensione-carattere:12pt;stile-carattere:normale;variante-carattere:normale;peso-carattere:400;decorazione-testo:nessuno;allineamento verticale:linea di base;spazio-bianco:pre-avvolgimento;'>) per disegnare un rettangolo sopra l'area che verrà quantificata.
4. Per visualizzare la dimensione del rettangolo, seleziona Shapes lungo la parte inferiore sinistra dello schermo, poi seleziona Colonne lungo in basso a destra. Aggiungi Altezza e Larghezza identificare la dimensione della forma.
NOTA: È importante controllare la dimensione della forma quando si confronta la quantificazione. Si raccomanda di utilizzare forme identiche collocate all'interno del punto di quantificazione desiderato, al fine di ottenere un campionamento accurato delle emissioni per quella regione.
5. Quindi nomina la forma e ripeti. Una volta che tutte le regioni sono state campionate, i dati disponibili da columns tab può essere aggregato e analizzato.
| Vetrini per microscopio in vetro | Fischer Scientific | 12-549-6 | |
| Licor Odyssey scanner | Licor Biotechnology Inc. | ||
| Image Studio | Licor Biotechnology Inc. | {{TAG_ 37}} |