È stato sviluppato un protocollo per superare le difficoltà legate all'isolamento e alla caratterizzazione di rari linfociti T specifici per patogeni, come il papillomavirus umano (HPV), che causano infezioni localizzate. I passaggi previsti comprendono l'identificazione della/delle regione/i delle proteine dell'HPV che contengono l'epitopo/i per linfociti T in un soggetto, la selezione dei linfociti T specifici per il peptide in base alla secrezione di interferone-γ (IFN-γ) e la coltivazione e caratterizzazione delle linee clonali di linfociti T (Fig. 1). Il soggetto 1 era un paziente recentemente diagnosticato con una lesione intraepiteliale squamosa di alto grado mediante biopsia e sottoposto nello stesso giorno della raccolta dei linfociti T a escissione chirurgica con anello diatermico come trattamento1. Una regione all'interno delle proteine E6 ed E7 del papillomavirus umano di tipo 16 (HPV 16) contenente un epitopo per linfociti T è stata identificata mediante un saggio enzimatico immunospot legato all'IFN-γ (ELISPOT) eseguito con peptide sintetici sovrapposti (Fig. 2). I dati ottenuti da questo saggio sono stati utilizzati non solo per identificare una regione contenente un epitopo per linfociti T, ma anche per stimare il numero di linfociti T specifici per l'epitopo e per isolare tali cellule in base alla secrezione di IFN-γ, impiegando microsfere magnetiche commerciali (kit per l'isolamento di linfociti T CD8, Miltenyi Biotec, Auburn CA). I linfociti T selezionati in base alla secrezione di IFN-γ sono stati diluiti e coltivati singolarmente in presenza di una miscela di cellule feeder irradiate, al fine di favorire la crescita di un singolo linfocita T per pozzetto. Queste linee clonali di linfociti T sono state sottoposte a screening mediante saggio ELISPOT per IFN-γ in presenza di peptide che coprono la regione identificata e di cellule B linfoblastoidi autologhe trasformate dal virus di Epstein-Barr (LCLs, ottenute come descritto da Walls e Crawford)2, al fine di ridurre al minimo il numero di cellule clonali di linfociti T necessarie. Invece di utilizzare le 1 x 105 cellule per pozzetto tipicamente impiegate nei saggi ELISPOT1,3, sono state utilizzate 1.000 cellule clonali di linfociti T in presenza di 1 x 105 LCLs autologhe, riducendo drasticamente il numero di cellule clonali necessarie. Le LCLs autologhe hanno svolto non solo la funzione di presentare antigeni peptidici alle cellule clonali di linfociti T, ma anche quella di mantenere un'elevata densità cellulare nei pozzetti, consentendo alle cellule clonali di linfociti T specifiche per l'epitopo di secernere IFN-γ. Ciò garantisce il corretto svolgimento del saggio ELISPOT per IFN-γ. Analogamente, saggi ELISPOT per IFN-γ sono stati impiegati per caratterizzare la sequenza amminoacidica minima e ottimale dell'epitopo per linfociti T CD8 (HPV 16 E6 52-61 FAFRDLCIVY) e il relativo elemento di restrizione HLA di classe I (B58). Il saggio ELISPOT per IFN-γ è stato inoltre eseguito utilizzando LCLs autologhe infettate con virus vaccinia esprimenti la proteina E6 o E7 dell'HPV 16. Il risultato ha dimostrato che l'epitopo per linfociti T E6 viene processato endogenamente. È stata inoltre evidenziata la riconoscibilità incrociata dell'epitopo omologo di altri tipi di HPV ad alto rischio. Questo metodo può essere utilizzato anche per descrivere epitopi per linfociti T CD44.