Analisi della trascrizione mediante microscopia a fluorescenza
1. Infettare le cellule con MP-12 e Label RNA nascenti con UE
- Luogo di 12 mm coprioggetto rotondi in 12 pozzetti coltura tissutale, un coprioggetto per pozzetto.
Nota: se le cellule hanno difficoltà aderendo al coprioggetto, cappotto con poli-L-lisina (MW ≥ 70.000) prima di mettere in pozzi. A tale scopo, coprioggetto sommergere in una soluzione sterile 0,1 mg / ml in H 2 O di poli-L-lisina per 5 min. Risciacquare con coprioggetto sterili H 2 O e asciugare per almeno 2 ore.
- A seme 293 cellule su vetrini coprioggetto, aggiungere 5 x 10 4 cellule in 1 ml di mezzo di crescita (DMEM contenente 10% siero fetale bovino, 100 U / ml penicillina e 100 mg / ml streptomicina) per pozzetto. Incubare in un incubatore umidificato a 37 ° C e 5% di CO 2 O / N.
- Infettare cellule con MP-12 in una molteplicità di infezione (moi) di 3. Includere almeno due pozzi infetti: uno dei due pozzi servirà come il controllo non infetto, l'altra saranno trattati con actinomicina D (ACTD) al punto 1.5 come controllo per la repressione trascrizionale. Rimuovere mezzo di crescita e diluire il magazzino virus in modo che il volume totale aggiunto a ciascun pozzetto è 200 ml. Incubare per 1 ora in un incubatore umidificato a 37 ° C e 5% di CO 2.
Nota: Invece di infettare le cellule, le cellule possono essere trasfettate con DNA plasmidico o sintetizzati in vitro di RNA codificante per una proteina virale specifico. A questo scopo, trasfettare cellule con un appropriato reagente di trasfezione chimica secondo le istruzioni del fabbricante e procedere al punto 1.5 a 16 ore dopo la trasfezione. Si consiglia di ottimizzare le condizioni di trasfezione e il tempo di incubazione prima dell'etichettatura RNA e fissazione.
- Rimuovere inoculo e aggiungere 1 ml di terreno di coltura fresco per pozzetto. Incubare a 37 ° C per 15 ore.
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Nota: Se adattare questo protocollo per l'uso con un altro virus, si consiglia di eseguire un esperimento corso del tempo per determinare il punto di tempo ottimale per l'etichettatura di RNA e la fissazione Impostare questa volta ovviamente in modo che i tempi di infezione sono sfalsati e tutti campioni possono essere etichettati, fissate e colorate allo stesso tempo.
- A 15 ore dopo l'infezione (HPI), sostituire il terreno di coltura con terreno contenente 1 mM UE. Per uno dei pozzi infetti finti, aggiungere anche 5 mcg / ml ACTD. Questo servirà come controllo per la repressione trascrizionale, come ACTD inibisce la sintesi di RNA DNA-dipendente. Cellule Rientro in incubatrice.
- Al 16 HPI, rimuovere il terreno e lavare i coprioggetti una volta con 1 ml di PBS (KCl 0,20 g / l, KH 2 PO 4 0.20 g / L, NaCl 8,00 g / L, Na 2 HPO 4 1.15 g / L, pH 7,4) per pozzetto. Fix cellule aggiungendo 1 ml di 4% paraformaldeide (PFA) per pozzetto ed incubare per 30 minuti a RT.
Nota: Per preparare la soluzione di fissaggio 4% PFA, sciogliere 10 g di paraformaldeide in 150 ml di H 2 O riscaldata a 60 ° C su un agitatore magnetico riscaldato. Aggiungere 500 ml di NaOH 1M e continuare a mescolare fino a quando la soluzione diventa chiara. Filtro soluzione PFA attraverso una carta da filtro per rimuovere le particelle e aggiungere 62,5 ml di tampone fosfato (77 mM NaH 2 PO 4, 287 mM Na 2 HPO 4, pH 7.4). Aggiungere H 2 O fino ad un volume totale di 250 ml. Congelare a -20 ° C in aliquote monouso.
- Lavare una volta con 1 ml di PBS per pozzetto. Non è richiesto alcun tempo di incubazione per questa e tutte le successive fasi di lavaggio. Procedere immediatamente alla fase 2.
Nota: è importante procedere immediatamente con la reazione scatto, come l'RNA degenera se conservate a questo stadio per periodi di tempo prolungati, una perdita del segnale di fluorescenza RNA è già emersa se le cellule sono conservate per 1 ora a 4 ° C . Allo stesso modo, se performando un esperimento corso di tempo, essere sicuri di etichetta, correggere e macchia tutti i campioni contemporaneamente.
2. Clicca Reazione a rilevare RNA marcate
- Permeabilize cellule aggiungendo 1 ml di 0,2% Triton X-100 in PBS. Incubare per 10 min a RT.
Nota: Tutte le soluzioni utilizzate in passaggi da 2.1 a 2.3 devono essere nucleasi libero.
- Lavare tre volte con 1 ml di PBS per pozzetto.
- Togliere i coprioggetti da 12-pozzetti e trasferimento in camera umida. Coprire ogni vetrino con 50-100 soluzione colorante click microlitri (100 mM Tris pH 8.5, 1 mM CuSO 4, 20 mM azide fluorescente [eccitazione / emissione massima: 590/617 nm], 100 mM di acido ascorbico) ciascuna. Incubare per 1 ora a RT al buio.
Nota: Per assemblare la camera umida, linea di fondo di una coltura cellulare o capsula di Petri con un diametro di 10 cm con una pellicola di plastica paraffina. Rivestire l'interno del bordo del dish con tovaglioli di carta umidi. Posizionare il coprioggetto sulla pellicola di plastica paraffina.
Nota: Fare attenzione a non lasciare che i coprioggetti asciugare nel corso di questo o di qualsiasi altro passo nel protocollo. È consigliabile aggiungere la soluzione di colorazione per ciascun coprioggetto direttamente dopo che è stato collocato nella camera umida.
Nota: Preparare la soluzione colorante click fresco immediatamente prima di questo passaggio. Soluzioni stock di 1,5 M Tris pH 8.5, 100 mM CuSO 4, e 500 mM di acido ascorbico possono essere conservati a 4 ° C. Tuttavia, scartare qualsiasi soluzione madre di acido ascorbico che ha trasformato giallo.
Nota: Assicurarsi di selezionare un fluoroforo che corrisponde ai filtri il microscopio a fluorescenza.
- Rimuovere coprioggetto dalla camera umida e posto in un fresco 12-pozzetti e lavare tre volte con 1 ml di PBS per pozzetto.
Nota: se non deprotezione di proteine virali è desiderato, coprioggetto può essere montato e ripreso dopo questo passaggio (passare al punto 3.3).
3. Immunofluorescenza per rilevare l'espressione di proteine virali
- Aggiungere 1 ml di tampone di bloccaggio (3% (w / v) di albumina di siero bovino (BSA) in PBS) a ciascun pozzetto ed incubare per 30 min a temperatura ambiente al buio.
- Togliere i coprioggetti da 12-pozzetti, trasferimento in camera umida e coprire con 50-100 ml di anticorpo primario (anti-RVFV, un gentile dono del Dr. RB Tesh, UTMB) diluito in tampone di bloccaggio (1:500). Incubare per 1 ora a RT al buio.
Nota: Quando adattare questo protocollo per l'utilizzo con un virus diverso, determinare la diluizione ottimale per il primo anticorpo primario.
Nota: In alternativa, questa fase può essere realizzata O / N a 4 ° C al buio.
- Rimuovere coprioggetto dalla camera umida e posto di nuovo in 12-pozzetti e lavaretre volte con 1 ml di PBS per pozzetto.
- Rimuovere coprioggetto da posto 12-bene, posto in camera umida e coprire con 50-100 ml di anticorpo secondario (anti-IgG di topo coniugato con colorante fluorescente [eccitazione / emissione massima: 495/519 nm]) diluito in tampone di bloccaggio (1: 500). Incubare per 1 ora a RT al buio.
Nota: Assicurarsi di selezionare un anticorpo secondario in grado di riconoscere il vostro anticorpo primario e corrisponde ai filtri il microscopio a fluorescenza.
Nota: Se si desidera, 200 ng / ml DAPI può essere aggiunto alla diluizione anticorpo secondario per visualizzarne nuclei.
- Rimuovere coprioggetto dalla camera umida e posto di nuovo in 12-pozzetti e lavare tre volte con 1 ml di PBS per pozzetto.
- Montare coprioggetto mettendo una goccia (ca. 15 ml) di Fluoromount-G su un vetrino da microscopio. Immergere il vetrino in H 2 O, eliminare l'eccesso di H 2 O toccando thlato e contro un tovagliolo di carta, e posto cellula-lato giù nella goccia di Fluoromount-G. Aria secca per 5 min.
Nota: Se l'imaging su un microscopio invertito, consentire Fluoromount-G a solidificare a 4 ° CO / N o apporre il coprioggetto al vetrino sigillando il bordo con smalto trasparente.
Nota: Le diapositive possono essere ripreso immediatamente o conservati a 4 ° C al buio per un massimo di una settimana.
4. Acquisizione di dati
- Immagine utilizzando un microscopio a fluorescenza.
Nota: Assicurarsi di selezionare fluorofori adeguati che possono essere visualizzati utilizzando il microscopio. Per riferimento, i seguenti sono i fluorofori e set di filtri utilizzati per acquisire le immagini mostrate in questa pubblicazione.
DAPI:
Filtro di eccitazione: BP 330-385
Specchio Dichromatic: 400 DM
Filtro per le emissioni: LP 420
Fluoroforo con una eccitazione / emissione massima di 495/519:
Filtro di eccitazione: BP 460-490
Specchio Dichromatic: 505 DM
Filtro per le emissioni: LP 510
Fluoroforo con eccitazione / emissione massima di 590/617:
Filtro di eccitazione: BP 545-580
Specchio Dichromatic: 600 DM
Filtro per le emissioni: LP 610
Analisi della trascrizione mediante citometria di flusso
5. Infettare le cellule con MP-12 e Label RNA nascenti con UE
- Seme 293 cellule in 6 pozzetti coltura tissutale nel terreno di coltura (DMEM contenente 10% siero fetale bovino, 100 U / ml penicillina, 100 ug / ml streptomicina). Incubare in un incubatore umidificato a 37 ° C e 5% di CO 2 finché le cellule hanno raggiunto 80 - 100% di confluenza.
- Infettare cellule con MP-12 ad una MOI di 3. Includere almeno due pozzi infetti: uno dei due pozzi servirà come il controllo non infetto, l'altra saranno trattati con ACTD a passo5.4. Rimuovere mezzo di crescita e diluire il magazzino virus in modo che il volume totale aggiunto a ciascun pozzetto è di 400 microlitri. Incubare per 1 ora in un incubatore umidificato a 37 ° C e 5% di CO 2.
- Rimuovere inoculo e aggiungere 2 ml di terreno di coltura fresco per pozzetto. Incubare a 37 ° C per 12 hr.
Nota: Se adattare questo protocollo per l'uso con un altro virus, si consiglia di eseguire un esperimento corso del tempo per determinare il punto di tempo ottimale per l'etichettatura e la raccolta. Impostare questo tempo corso in modo che i tempi di infezione sono sfalsati e tutti i campioni possono essere etichettati, raccolto, e colorate allo stesso tempo.
- Al 12 hpi, sostituire terreno di crescita con terreno contenente 0,5 mM UE. Per uno dei pozzi infetti finti, aggiungere anche 5 mcg / ml ACTD. Questo servirà come controllo per la repressione trascrizionale, come ACTD inibisce la sintesi di RNA DNA-dipendente. Cellule Rientro in incubatrice.
- Al 13 hpi, lavare le cellule una volta with PBS e raccolto da tripsinizzazione delle cellule. Lavare le cellule raccolte tre volte con PBS contenente 1 mM EDTA (PBS-EDTA).
Nota: durante questo e nei successivi passaggi, non centrifugare le cellule più veloce di 500 - 1.000 xg per evitare la rottura delle cellule. Centrifugare le cellule per 1 - 2 minuti per sedimento.
Nota: Se un immunoistochimica superficie è prevista a seguito della reazione di click, raccolto utilizzando un poliziotto in gomma o un raschietto cellulare usa e getta, invece.
- Fissare le cellule da essi risospendere in 1 ml di PFA 4% e incubare per 30 minuti a RT. Fare riferimento al punto 1.6 per le istruzioni su come preparare 4% PFA.
- Lavare una volta con 1 ml di PBS-EDTA per pozzetto. Procedere immediatamente alla fase 6.
Nota: è importante procedere immediatamente con la reazione scatto, come l'RNA degenera se conservate a questo stadio per periodi di tempo prolungati. Analogamente, se l'esecuzione di un tempo cesperimento ourse, assicurati di etichettare, fissare e colorare tutti i campioni contemporaneamente.
6. Clicca Reazione a rilevare RNA marcate
- Permeabilize risospendendo cellule in 0,5 ml di 0,2% Triton X-100 in PBS. Incubare per 10 min a RT.
Nota: Tutte le soluzioni utilizzate in passaggi 6,1-6,3 devono essere nucleasi libero.
Nota: Se le cellule non sedimenti correttamente durante questa fase, aumentare il tempo di centrifugazione per 5 min. Comportamento di sedimentazione migliorerà una volta le cellule sono sospese in FACS tampone (passo 6.4).
- Lavare una volta con 1 ml di PBS.
Nota: non utilizzare EDTA in questo passaggio come questo chelare il Cu 2 + ioni necessari per la reazione click.
- Risospendere le cellule in 200 microlitri soluzione colorante click (100 mM Tris pH 8.5, 1 mM CuSO 4, 200Nm azide marcato con colorante fluorescente [excitation / emissione massima: 650/665 nm], 100 mM di acido ascorbico). Incubare per 1 ora a RT al buio.
Nota: Preparare la soluzione colorante click fresco immediatamente prima di questo passaggio. Soluzioni stock di 1,5 M Tris pH 8.5, 100 mM CuSO 4, e 500 mM di acido ascorbico possono essere conservati a 4 ° C. Tuttavia, scartare qualsiasi soluzione madre di acido ascorbico che ha trasformato giallo.
Nota: se le cellule si aggregano assieme durante questa fase, risospendere pipettando su e giù parecchie volte.
Nota: Assicurarsi di selezionare un fluoroforo che può essere rilevato dal citofluorimetro.
Nota: preparare anche un campione di cellule infette che non sono soggette alla procedura di colorazione click, che saranno necessari per la calibrazione del citometro a flusso. Usare sia la metà delle cellule infette o includere un ulteriore infettato ben al passo 5.2. Questi concellule trollo saranno immunomacchiate al passo 7.1.
- Lavare due volte con tampone FACS (PBS contenente 1 mM EDTA e 0,5% (w / v) BSA).
Nota: Se non si desidera immunoistochimica di proteine virali, le cellule possono essere analizzati immediatamente (passare al punto 8).
7. Immunofluorescenza per rilevare l'espressione di proteine virali
- Risospendere le cellule in 200 microlitri di anticorpo primario (anti-RVFV) diluite in FACS tampone (1:10.000) e incubare per 1 ora a temperatura ambiente al buio.
Nota: In alternativa, questa fase può essere realizzata O / N a 4 ° C al buio.
Nota: preparare anche un campione di cellule non infette, che sono stati sottoposti alla procedura di colorazione click ma non verrà immunomacchiate, questi saranno necessari per la calibrazione del citometro a flusso. Usare sia la metà delle cellule infette finti o includono una ben infetto supplementare apunto 5.2.
Nota: Quando adattare questo protocollo per l'utilizzo con un virus diverso, determinare la diluizione ottimale per il primo anticorpo primario.
- Lavare le cellule due volte in tampone FACS.
- Risospendere le cellule in 200 microlitri di anticorpo secondario (anti-IgG di topo coniugato con colorante fluorescente [eccitazione / emissione massima: 495/519 nm]) diluito in tampone FACS (1:1000) e incubare per 1 ora a temperatura ambiente al buio.
- Lavare le cellule una volta in tampone FACS.
Nota: A questo punto, le cellule possono essere conservate O / N a 4 ° C al buio.
8. Acquisizione di dati
- Risospendere le cellule in 500 microlitri di buffer FACS, trasferimento in 5 ml provette di polistirene e analizzare utilizzando un citofluorimetro. Utilizzare MP-12 cellule infette (nessuno scatto di reazione, solo colorazione anti-RVFV) e le cellule infette finte (clicca unica reazione) per calibrare lo strumento.
None: Assicurarsi di selezionare fluorofori adeguati che possono essere rilevati dallo strumento. Per riferimento, le seguenti sono le linee laser e set di filtri usati per acquisire i dati riportati in questa pubblicazione.
Fluoroforo con eccitazione / emissione spettro di 495/519:
Laser: 488 nm
Filtro: 530/30
Fluoroforo con eccitazione / emissione spettro di 650/665:
Laser: 640 nm
Filtro: 670/20