Il pH intracellulare è strettamente regolato e sono state riportate differenze di pH tra il citoplasma e gli organelli1. La regolazione del pH cellulare è fondamentale per il controllo omeostatico dei processi fisiologici che includono: sintesi di proteine, DNA e RNA, traffico vescicolare, crescita cellulare e divisione cellulare. Alterazioni dell'omeostasi del pH cellulare possono portare a cambiamenti funzionali dannosi e promuovere la progressione di varie malattie2. Sono disponibili vari metodi per misurare il pH intracellulare, ma pochissimi di questi consentono la misurazione simultanea del pH nel citoplasma e negli organelli. Qui, descriviamo in dettaglio un metodo rapido e accurato per la misurazione simultanea del pH citoplasmatico e organellare utilizzando la microscopia confocale su cellule viventi3. Questo obiettivo viene raggiunto con l'uso di due coloranti raziometrici sensibili al pH che possiedono una partizione selettiva del compartimento cellulare. Ad esempio, SNARF-1 è compartimentalizzato all'interno del citoplasma mentre HPTS è compartimentalizzato all'interno degli organelli endosomiali/lisosomiali. Sebbene l'HPTS sia comunemente usato come indicatore di pH citoplasmatico, questo colorante può marcare in modo specifico le vescicole lungo la via endosomiale-lisosomiale dopo essere stato assorbito dalla pinocitosi3,4. Utilizzando queste sonde sensibili al pH, è possibile misurare simultaneamente il pH all'interno dei compartimenti endocitico e citoplasmatico. La lunghezza d'onda di eccitazione ottimale dell'HPTS varia a seconda del pH mentre per SNARF-1 è la lunghezza d'onda di emissione ottimale che varia. Dopo il caricamento con SNARF-1 e HPTS, le cellule vengono coltivate in diverse soluzioni calibrate per il pH per costruire una curva standard di pH per ciascuna sonda. L'imaging cellulare mediante microscopia confocale consente l'eliminazione di artefatti e rumore di fondo. A causa delle proprietà spettrali dell'HPTS, questa sonda è più adatta per la misurazione del compartimento endosomiale leggermente acido o per dimostrare l'alcalinizzazione degli organelli endosomiali/lisosomiali. Questo metodo semplifica l'analisi dei dati, migliora l'accuratezza delle misure di pH e può essere utilizzato per affrontare le questioni fondamentali relative alla modulazione del pH durante le risposte delle celle a sfide esterne.