Ci sono una varietà di tecniche per monitorare l'attività extracellulare di singole unità neuronali. Tuttavia, il monitoraggio di questa attività dalle strutture cerebrali profonde negli animali che si comportano rimane una sfida tecnica, soprattutto se le strutture devono essere mirate in modo stereotassico. Questo protocollo descrive tecniche chirurgiche ed elettrofisiologiche convenienti che mantengono la testa dell'animale nel piano stereotassico e isolano in modo inequivocabile l'attività di picco dei singoli neuroni. Il protocollo combina il poggiatesta dei roditori in allerta, il monitoraggio iuxtacellulare con elettrodi per micropipette e l'iniezione di colorante ionoforetico per identificare la posizione dei neuroni nell'istologia post-hoc. Sebbene ciascuna di queste tecniche sia di per sé ben consolidata, il protocollo si concentra sulle specifiche del loro uso combinato in un singolo esperimento. Queste tecniche neurofisiologiche e neuroanatomiche si combinano con il monitoraggio comportamentale. Nel presente esempio, le tecniche combinate sono utilizzate per determinare come i movimenti autogenerati della vibrissa siano codificati nell'attività dei neuroni all'interno del talamo somatosensoriale. Più in generale, è semplice adattare questo protocollo per monitorare l'attività neuronale in combinazione con una varietà di compiti comportamentali in ratti, topi e altri animali. Criticamente, la combinazione di questi metodi consente allo sperimentatore di correlare direttamente i segnali neurofisiologici anatomicamente identificati al comportamento.