Lingua elettronica Generazione di modelli continui di rilevazione delle analisi delle proteine

Summary

Viene descritto un nuovo approccio per la costruzione della lingua elettronica (eT), che semplifica notevolmente la progettazione e la produzione di materiali di rilevamento e consente all'eT di generare profili e paesaggi di evoluzione continua per campioni in liquido. L'eT ottenuto è efficiente per l'analisi delle proteine comuni come la discriminazione.

Abstract

Nell'attuale protocollo, è stato sviluppato un approccio combinatorio per semplificare la progettazione e la produzione di materiali di rilevamento per la costruzione di lingue elettroniche (eT) per l'analisi delle proteine. Mescolando un piccolo numero di molecole semplici e facilmente accessibili con diverse proprietà fisico-chimiche, utilizzate come blocchi costitutivi (BB), in proporzioni variabili e controllate e consentendo alle miscele di autoassemblarsi sulla superficie d'oro di un prisma, è stata creata una serie di superfici combinatorie con proprietà appropriate per il rilevamento delle proteine. In questo modo, è possibile ottenere un gran numero di recettori cross-reattivi in modo rapido ed efficiente. Combinando una tale serie di recettori cross-reattivi combinatori (CoCRR) con un sistema di rilevamento ottico come la risonanza plasmonica di superficie (SPRi), l'eT ottenuto può monitorare gli eventi di legame in tempo reale e generare modelli di riconoscimento continuo, tra cui il profilo di evoluzione continua 2D (CEP) e il panorama di evoluzione continua 3D (CEL) per campioni in liquido. Tale sistema eT è efficiente per la discriminazione delle comuni proteine purificate.

Introduction

Metodi di rilevamento proteine ​​precisi e rapidi sono molto importanti nella diagnostica medica e della proteomica. Array di proteine ​​rilevamento classici, come biochip, si basano sul "tasto lock-e-" principio di riconoscimento e richiedono recettori specifici come aptameri, anticorpi, o mimetici.

Negli ultimi anni, il rilevamento differenziale ispirato alla olfatto umano e gustation è emerso come alternativa ^1. Questo naso elettronico / lingua (/ eT eN) approccio si basa sul legame di analiti ad una serie di recettori cross-reattivi (CRRS), che non hanno bisogno di essere altamente specifico e selettivo per le molecole targ....

Protocol

1 Preparazione di varie soluzioni e proteine ​​Campioni

1. Preparare 100 ml di tampone fosfato (PBS-G) contenente 50 mM di NaH ₂ PO _4, 50 mM NaCl, e 10% glicerolo a pH 6,8.
2. Preparare 250 ml di soluzione tampone HEPES contenente HEPES 10 mM, NaCl 150 mM, 0,005% di Tween 20 a pH 7,4.
3. Preparare la soluzione madre di building block 1 (BB1), lattosio e la costruzione blocco 2 (BB2) solfato lattosio (Figura 1) a 0.2 mM in PBS-G.
4. Preparare 1 ml di soluzioni di proteine ​​in HEPES: Un lectine rachide hypogaea (AHL) a 500 nm, la mioglobina a 1 micron, e lisozima a 500 nm.
5. Preparare....

Results

Per sondare la capacità della lingua elettronica per analisi comune proteine, sono stati usati tre proteine: AHL, mioglobina e lisozima. Per ogni proteina, un profilo distinto 2D continua evoluzione, CEP, è stato generato dal eT, come mostrato nella Figura 6.

Inoltre, grazie alla SPRI, che è in grado di monitorare in tempo reale i adsorbimento e desorbimento cinetica, per ogni proteina un tempo dipendente modello riconoscimento continuo, chiamati 3D continua evoluzione del p.......

Discussion

Le fasi più critiche per la costruzione di questa eT sono dedicati per garantire una buona riproducibilità del sistema. Ad esempio, la pulizia della superficie d'oro del prisma con una procedura standardizzata prima dell'uso, aggiungendo il 10% di glicerolo nelle undici soluzioni puri e misti di BB1 e BB2 per eliminare l'evaporazione del solvente durante BB autoassemblante sulla superficie di oro del prisma, depositando più replicati per ogni [BB1] / ([BB1] + [BB2]) rapporto, ecc. Come per il .......

Materials

List of materials used in this article

Name	Company	Catalog Number	Comments
Apparato SPRi	L'apparato SPRi di Horiba Scientific-GenOptics	è collocato in un incubatore a temperatura regolata a 25 °C.
Incubatore	Memmert
Pompa a siringa	Strumenti scientifici	Cavro Degasatore Cavro XLP 6000
Micro Elite	Alltech	AT590507
6 vie	Upchurch Scientific		Il volume del circuito di iniezione utilizzato è di 500 µl.
Pulitore al plasma femto (versione 7)	Diener Electronic		Sistema di degasaggio in linea a 2 canali.
Spotter	Siliflow		È uno spotter piezoelettrico senza contatto.
SPRi-Biochip	Horiba Scientific-GenOptics	36000067	Il prisma è costituito da un prisma di vetro ad alto indice di rifrazione rivestito con un sottile film d'oro (45 nm) e sviluppato appositamente per scopi di imaging.
Lectina di Erythrina cristagalli	Sigma-Aldrich	L5390
Arachis hypogaea lectina	Sigma-Aldrich	L0881
Mioglobina	Sigma-Aldrich	M1882
Lisozima	Sigma-Aldrich	L6876
CXCL12α			Fornito dal Dr. Hugues Lortat-Jacob; per i dettagli sulla preparazione, vedere le informazioni di supporto nel riferimento 9
CXCL12γ			Fornito dal Dr. Hugues Lortat-Jacob; per i dettagli sulla preparazione, vedere le informazioni di supporto nel riferimento 9
Lattosio			Fornito dal Prof. David Bonnaff; per i dettagli sulla preparazione, vedere le informazioni di supporto nel riferimento 9
Lattosio			Fornito dal Prof. David Bonnaff; per i dettagli sulla preparazione, vedere le informazioni di supporto nel riferimento 9
Glicerolo	Sigma-Aldrich	G5150
SDS	Sigma-Aldrich	L4509
Tween 20	Sigma-Aldrich	274348
HEPES	Sigma-Aldrich	H3375
Fosfato di sodio monobasico	Sigma-Aldrich	S0751
Cloruro di sodio	Sigma-Aldrich	S3014