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Nonostante l'importanza per la salute pubblica dei patogeni della mucosa (incluso l'HIV), si sa relativamente poco sull'immunità della mucosa, in particolare nel tratto genitale femminile (FGT). Poiché la trasmissione eterosessuale rappresenta ora il meccanismo dominante di trasmissione dell'HIV e data la continua diffusione di infezioni sessualmente trasmissibili (IST), è fondamentale comprendere l'interazione tra ospite e agente patogeno nella mucosa genitale. Le sostanziali lacune nelle conoscenze sull'immunità alla FGT sono in parte dovute alla difficoltà di raccogliere ed elaborare con successo i campioni di mucosa. Al fine di facilitare gli studi con campioni di dimensioni sufficienti, le tecniche di raccolta devono essere minimamente invasive ed efficienti. A tal fine, è stato ottimizzato un protocollo per la raccolta di campioni di citobrush cervicale e il successivo isolamento di cellule mononucleate cervicali (CMC). Utilizzando l'immunofenotipizzazione basata sulla citometria a flusso ex vivo, è possibile quantificare in modo accurato e affidabile le frequenze e i fenotipi della popolazione di linfociti/monociti CMC. Questa tecnica può essere abbinata alla raccolta del lavaggio cervico-vaginale (CVL), che contiene mediatori immunitari solubili tra cui citochine, chemochine e antiproteasi, che possono essere utilizzati per determinare l'ambiente anti- o pro-infiammatorio nella vagina.