Recentemente i biologi delle infezioni hanno impiegato colture derivate da cellule staminali per rispondere alla necessità di nuovi e migliori modelli per studiare le interazioni ospite-patogeno. Sono state utilizzate tre fonti cellulari: cellule staminali embrionali (ESC), cellule staminali pluripotenti indotte (iPSC) o cellule staminali adulte. Qui, viene descritta la coltura di organoidi gastrici di topo e umani derivati da cellule staminali adulte e utilizzata per l'infezione con il patogeno gastrico Helicobacter pylori. Le ghiandole gastriche umane sono isolate dal materiale di resezione, seminate in una matrice basale e incorporate in un terreno contenente fattori di crescita epidermico (EGF), R-spondina, Noggin, Wnt, fattore di crescita dei fibroblasti (FGF) 10, gastrina e inibitore del fattore di crescita trasformante (TGF) beta. In queste condizioni, le ghiandole gastriche crescono in organoidi tridimensionali contenenti 4 lignaggi dello stomaco. Gli organoidi si espandono indefinitamente e possono essere congelati e scongelati in modo simile alle linee cellulari. Per gli studi sulle infezioni, i batteri vengono microiniettati nel lume degli organoidi. Gli organoidi infetti vengono elaborati per l'imaging. I metodi descritti possono essere adattati ad altri organoidi e alle infezioni da altri batteri, virus o parassiti. Ciò consente lo studio dei cambiamenti indotti dall'infezione nelle cellule primarie.