L'organo di Corti, alloggiato nella coclea dell'orecchio interno, contiene cellule ciliate meccanosensoriali e cellule di supporto circostanti che sono organizzate a forma di spirale e hanno un gradiente tonotopico per la rilevazione del suono. La coclea del topo è lunga circa 6 mm e spesso divisa in tre giri (apice, centro e base) per l'analisi. Per studiare la perdita cellulare, la divisione cellulare o l'espressione genica a mosaico, è utile l'intera montatura o la preparazione della superficie della coclea. Questo metodo di dissezione consente la visualizzazione di tutte le cellule all'interno dell'organo di Corti se combinato con l'immunocolorazione e la microscopia confocale per visualizzare le cellule su diversi piani dell'asse z. Da queste immagini z-stack è possibile ottenere anche più sezioni trasversali ottiche. Inoltre, il metodo di dissezione dell'intera montatura può essere utilizzato per la microscopia elettronica a scansione, sebbene sia necessario un metodo di fissazione diverso. Qui, presentiamo un metodo per isolare l'organo di Corti sotto forma di tre giri cocleari intatti (apice, medio e base). Questo metodo può essere utilizzato per topi di età compresa tra una settimana e l'età adulta e differisce dalla tecnica utilizzata per i campioni neonatali in cui la calcificazione della coclea è incompleta. Una versione leggermente modificata può essere utilizzata per la dissezione della coclea di ratto. Dimostriamo anche una procedura per l'immunocolorazione con anticorpi marcati in fluorescenza.