Modulazione da analisi di inibitore HDAC genoma di microRNA e mRNAs in B le cellule indotte a sottoporsi switch classe DNA ricombinazione e differenziazione delle cellule di Plasma

Helia N. Sanchez; Tian Shen; Dawn Garcia; Zhao Lai; Paolo Casali; Hong Zan

doi:10.3791/55135

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Articolo metodologico

Modulazione da analisi di inibitore HDAC genoma di microRNA e mRNAs in B le cellule indotte a sottoporsi switch classe DNA ricombinazione e differenziazione delle cellule di Plasma

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DOI:

10.3791/55135

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20 settembre 2017

Helia N. Sanchez¹ , Tian Shen¹^,² , Dawn Garcia¹^,³ , Zhao Lai¹^,³ , Paolo Casali¹ , Hong Zan¹

¹Department of Microbiology, Immunology and Molecular Genetics, University of Texas Long School of Medicine at San Antonio, ²Xiangya School of Medicine, Cental South University, ³Greehey Children’s Cancer Research Institute, University of Texas Long School of Medicine at San Antonio

In questo articolo

Sommario

I fattori epigenetici possono interagire con programmi genetici di modulare l'espressione genica e regolare la funzione delle cellule B. Combinando la stimolazione in vitro delle cellule di B, qRT-PCR e microRNA-sequenza di alto-rendimento e sequenza di mRNA approcci, possiamo analizzare la modulazione epigenetica di miRNA e l'espressione genica in cellule di B.

Abstract

Risposte anticorpali sono compiute attraverso diversi processi critici intrinseco delle cellule B, tra cui hypermutation somatico (SHM), classe-interruttore ricombinazione del DNA (CSR) e la differenziazione delle cellule di plasma. Negli ultimi anni, delle modificazioni epigenetiche o fattori, quali la deacetilazione degli istoni e microRNA (Mirna), hanno dimostrati di interagire con programmi genetici delle cellule di B di risposte anticorpali di forma, mentre la disfunzione dei fattori epigenetici è stata trovata per portare a risposte degli autoanticorpi. L'analisi di espressione di miRNA e mRNA di genoma in cellule di B in risposta a modulatori epigenetici è importante per comprendere la regolazione epigenetica della risposta di funzione e dell'anticorpo di B-cell. Qui, dimostriamo un protocollo per indurre le cellule B per subire la differenziazione di CSR e delle cellule di plasma, il trattamento di queste cellule di B con gli inibitori dell'istone deacetilasi (HDAC) (HDIs) e l'analisi di espressione di mRNA e microRNA. In questo protocollo, analizziamo direttamente sequenze complementari di DNA (cDNA) mediante sequenziamento di nuova generazione mRNA (mRNA-seq) e tecnologie di miRNA-seq, mappatura della sequenziazione legge al genoma e trascrizione d'inversione quantitativa (qRT)-PCR. Con questi approcci, abbiamo definito che, in cellule di B indotte per subire la CSR e la differenziazione delle cellule di plasma, HDI, un regolatore epigenetico, selettivamente modula l'espressione di mRNA e miRNA e altera la differenziazione di CSR e delle cellule di plasma.

Introduzione

Segni epigenetici o fattori, quali la metilazione del DNA, modificazioni post-traduzionali degli istoni e RNA non codificanti (compresi i microRNA), modulano la funzione delle cellule alterando gene expression¹. Modificazioni epigenetiche regolano la funzione dei linfociti B, come ricombinazione di immunoglobulina classe-interruttore del DNA (CSR), ipermutazione somatica (SHM) e differenziazione di cellule B memoria o le cellule di plasma, quindi modulando l'anticorpo e autoanticorpi le risposte²^,³. CSR e SHM criticamente richiedono indotta da attivazione citidina deaminasi (aiuti, codi....