Sequenziamento di nuova generazione (NGS), un potente strumento per indagare i misteri del genoma, in grado di fornire una grande quantità di informazioni, che possono rivelare alterazioni genetiche. L'applicazione dell'analisi NGS in clinica è diventato più comune, soprattutto per la medicina personalizzata. Una delle limitazioni più grandi di NGS, tuttavia, è un alto tasso di errore. Sebbene sia ritenuto opportuno per studiare le mutazioni ereditate, l'analisi di mutazioni rare è notevolmente limitato1,2, soprattutto quando l'analisi del DNA ottenuto da una "biopsia liquida".
Circolazione del tumore (ctDNA) il DNA è DNA libero (cfDNA) nel sangue che è sparso dalle cellule del tumore. Nella maggior parte dei casi, la quantità di ctDNA è estremamente bassa, che rendono la rilevazione e l'analisi molto impegnativo. Tuttavia, ctDNA ha molte caratteristiche interessanti: suo isolamento è minimamente invasiva, può essere individuata nelle prime fasi di crescita del tumore, il livello di ctDNA riflette l'efficienza del trattamento e ctDNA contiene mutazioni del DNA trovate in lesioni sia primari e metastatiche 3 , 4 , 5. quindi, dato il rapido sviluppo della tecnica NGS e analisi, l'applicazione di rilevazione di ctDNA è diventato più attraente.
Sequenziamento massivamente parallelo diversi approcci sono stati utilizzati per il rilevamento di ctDNA, ma nessuno di questi approcci sono stati accettati per uso sistematico in cliniche a causa delle loro limitazioni: bassa sensibilità, mancanza di versatilità e un costo relativamente elevato6 ,7,8. Ad esempio, il sequenziamento duplex, basato su un tag di identificatore univoco (UID), ripetutamente corregge gli errori nel consenso in modo bidirezionale, che rettifica la maggior parte degli errori di sequenziamento. Tuttavia, la fattibilità di questo metodo è persa a causa del suo alto costo e dati a bassa utilizzazione9,10. Allo stesso modo, CAPP-Seq e iterazione migliorata, CAPP-IDES11,12, hanno una maggiore praticità nel rilevamento di cfDNA, anche se l'accuratezza e l'universalità di questi metodi devono essere migliorati.
Per soddisfare l'esigenza attuale ctDNA accurato rilevamento e analisi, abbiamo sviluppato una nuova strategia, arricchire rara mutazione Sequencing (ER-Seq). Questo approccio combina le seguenti: schede di sequenziamento unico per recuperare in modo efficiente le molecole di ctDNA, con correzione di errore bidirezionale e la capacità di distinguere una singola mutazione su > 1 × 107 nucleotidi di selvaggio-tipo; sonde di 1021 kb che arricchiscono la misurazione delle regioni di destinazione che coprono oltre 95% delle mutazioni da 12 tumori, tra cui il cancro del polmone, cancro colorettale, cancro gastrico, cancro al seno, cancro del rene, cancro del pancreas, cancro del fegato, cancro della tiroide, tumore-relativa cancro cervicale, cancro esofageo e carcinoma dell'endometrio (tabella 1); e database di riferimento di screening rende efficienti e facili da rilevare precisamente rare mutazioni in ctDNA.
Per creare un database di riferimento, è possibile trovare tutte le mutazioni di gene di ER-Seq da un numero dello stesso tipo di campioni (~ 1000 all'inizio). Queste mutazioni reale devono essere verificate da diversi altri metodi di rilevazione affidabili e analisi. Successivamente, riassumere il pattern di mutazioni false e tutte le mutazioni false per creare il database di previsione iniziale del cluster. Continuare ad aggiungere false mutazioni trovate da esperimenti di ordinamento successivo a questo database. Questo database di riferimento diventa quindi un database dinamico espanso, che migliora notevolmente la precisione di sequenziamento.
Per promuovere il progresso nella diagnosi del tumore e di monitoraggio, presentiamo ER-Seq, un metodo di basso costo e fattibile per l'acquisizione di dati universale. Presentiamo un caso di studio che hanno subito l'analisi ER-Seq, dimostrando l'esattezza per la rilevazione di mutazioni rare e fattibilità per l'utilizzo in clinica.