Riconoscimento visivo delle più acidi nucleici in una matrice capillare

Jianwei Chen; Ning Shao; Jiaying Hu; Rong Li; Yuanshou Zhu; Dabing Zhang; Shujuan Guo; Junhou Hui; Peng Liu; Litao Yang; Sheng-Ce Tao

doi:10.3791/56597

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Articolo metodologico

Riconoscimento visivo delle più acidi nucleici in una matrice capillare

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DOI:

10.3791/56597

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15 novembre 2017

Jianwei Chen^*¹^,²^,³ , Ning Shao^*¹^,²^,³ , Jiaying Hu^*⁴ , Rong Li⁴ , Yuanshou Zhu¹^,²^,³ , Dabing Zhang⁴^,⁵ , Shujuan Guo¹^,²^,³ , Junhou Hui⁶ , Peng Liu⁶ , Litao Yang⁴ , Sheng-Ce Tao¹^,²^,³

¹Key Laboratory of Systems Biomedicine (Ministry of Education), Shanghai Center for Systems Biomedicine, Shanghai Jiao Tong University, ²State Key Laboratory of Oncogenes and Related Genes, ³School of Biomedical Engineering, Shanghai Jiao Tong University, ⁴Collaborative Innovation Center for Biosafety of GMOs, National Center for the Molecular Characterization of Genetically Modified Organisms, School of Life Sciences and Biotechnology, Shanghai Jiao Tong University, ⁵Key Laboratory of Crop Marker-Assisted Breeding of Huaian Municipality, Jiangsu Collaborative Innovation Center of Regional Modern Agriculture and Environmental Protection, ⁶Department of Biomedical Engineering, Collaborative Innovation Center for Diagnosis and Treatment of Infectious Diseases, School of Medicine, Tsinghua University

^* These authors contributed equally

In questo articolo

Sommario

Questo protocollo descrive la realizzazione di una cassetta piccola, ready-to-use che possa essere applicata per rilevamento visivo degli acidi nucleici multipli in un singolo, test che è facile da usare. In questo approccio, una matrice capillare è stata utilizzata per il rilevamento di multiplex e altamente efficiente di bersagli di OGM.

Abstract

Multi-target, breve periodo di tempo e risorse-affordable metodologie per la rilevazione degli acidi nucleici multipli in un unico, facile da usare prova sono urgentemente necessari nella diagnosi della malattia, monitoraggio microbico, rilevamento di organismi geneticamente modificati (OGM), e analisi forense. Precedentemente abbiamo descritto la piattaforma chiamata calma (Capillary Abase di rray Loop-amplificazione isotermica mediata da per Multiplex rilevamento visivo degli acidi nucleici). Qui, descriviamo una migliore processi di fabbricazione e le prestazioni per questa piattaforma. Qui, applichiamo una cassetta piccola, ready-to-use, assemblata da matrice capillare per multiplex rilevamento visivo degli acidi nucleici. La matrice capillare è pre-trattata in un modello idrofobico e idrofilico prima set di primer di amplificazione isotermica mediata da loop (lampada) di fissaggio nei capillari. Dopo il montaggio della scheda di caricamento, la miscela di reazione di lampada è caricato e isolato in ogni capillare, a causa della forza capillare con un solo passaggio di pipettaggio. Le reazioni di lampada vengono eseguite in parallelo nei capillari. I risultati sono visivamente leggere di illuminazione con una torcia UV portatile. Utilizzando questa piattaforma, dimostriamo che il monitoraggio di 8 che frequentemente compaiono elementi e geni nei campioni di OGM con sensibilità e alta specificità. In sintesi, la piattaforma descritta nel presente documento è destinata a facilitare la rilevazione degli acidi nucleici più. Crediamo che sarà ampiamente applicabile nei campi dove è richiesta l'analisi di acidi nucleici ad alta velocità.

Introduzione

Sistemi di basso costo, veloce e facile da usare per la rilevazione simultanea di più acidi nucleici sono urgentemente necessari in una vasta gamma di settori, quali la diagnostica clinica¹^,²^,³, OGM rilevazione⁴^, ⁵^,⁶, microbica monitoraggio⁷^,⁸^,⁹, analisi forense¹⁰^,¹¹e soprattutto di point-of-care test (POCTs), dove le risorse sono l....