Sebbene la microscopia elettronica a scansione (SEM) sia ampiamente utilizzata per l'analisi ultrastrutturale di vari campioni biologici e non biologici, i metodi coinvolti nell'elaborazione di diversi campioni biologici coinvolgono pratiche uniche. Tutte le pratiche convenzionali descritte nella letteratura per l'elaborazione dei campioni trovano ancora applicazioni utili, ma sottili cambiamenti nella preparazione dei campioni possono alterare la qualità dell'immagine, così come, introdurre artefatti. Pertanto, l'utilizzo di una tecnica di preparazione campione unica specifica per il tipo di tessuto analizzato è necessario per ottenere un'immagine di buona qualità con risoluzione ultrastrutturale. L'obiettivo di questo studio è fornire i protocolli ottimali di preparazione del campione per l'imaging di embrioni, gusci d'uovo rigidi e colture fungine utilizzando SEM. Le seguenti ottimizzazioni sono state raccomandate per produrre buoni risultati per i tre diversi delicati campioni biologici studiati. L'uso di fissativi più lievi come 4% paraformaldeide o 3% glutaraldeide seguita da disidratazione con serie di etanolo è obbligatorio. Il micelio fungino sui blocchi di agar ottenuti dalle colture di scorrimento produce una migliore integrità ultrastrutturale rispetto alle colture prese direttamente dalle piastre di agar. L'essiccazione chimica degli embrioni con HMDS fornisce l'essiccazione senza introdurre artefatti di tensione superficiale rispetto all'essiccazione a punti critici. HMDS previene la fessurazione causata dal restringimento poiché i campioni sono meno fragili durante l'essiccazione. Tuttavia, per la coltura fungina, l'essiccazione a punti critici fornisce una qualità dell'immagine accettabile rispetto all'essiccazione chimica. I gusci d'uovo possono essere immagini senza particolari passaggi di preparazione, ad eccezione del lavaggio completo e dell'essiccazione dell'aria prima del montaggio. Le metodologie di preparazione sono state standardizzate in base alla qualità accettabile dell'immagine ottenuta con ogni prova.