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Un arricchimento sufficiente di un tipo di cellula germinale è di solito considerato superiore all'80%6. Il protocollo MDR funziona particolarmente bene per arricchire spermatidi rotondi. Un numero elevato di spermatidi rotondi puri >90% può essere ottenuto regolarmente utilizzando questa tecnica. Le frazioni ottimali di spermatotociti di pachytene e spermatidi allunganti sono arricchite rispettivamente al 75% e all'80%. Gli spermatidi allunganti tendono a rimanere in cima al gradiente e vengono raccolti con la prima frazione. Nell'esempio riportato, la frazione 1 conteneva l'80% degli spermatidi di allungamento (Figura 2B). La maggior parte degli spermatidi allunganti ottenuti con questa tecnica hanno nuclei condensati, mentre gli spermatidi allunganti non condensati sono scarsi (Figura 2A). Le seguenti frazioni contengono spermatidi rotondi arricchiti. Nell'esempio, l'arricchimento degli spermatidi rotondi era superiore al 90% in frazioni 2, 3 e 4 e l'arricchimento superiore all'80% è stato visto del tutto in sette frazioni (2-8) (Figura 2B). A causa delle loro grandi dimensioni, gli spermatociti di pachytene si sedimentano più velocemente e vengono raccolti per ultimi. Nell'esempio di purificazione, l'arricchimento era di circa il 75% in frazioni 14 e 15 (Figura 2B).
Mentre la morfologia nucleare, visualizzata dalla colorazione DAPI, di solito è sufficiente per il riconoscimento delle cellule, l'analisi dell'immunofluorescenza può essere eseguita per supportare l'analisi. PNA macchia gli acrosomi in via di sviluppo di spermatidi rotondi e allunganti, e l'aspetto acrosomico può essere sfruttato per classificare ulteriormente gli spermatidi rotondi in passi 1-8 di differenziazione10. La distinzione di spermatidi allungati e rotondi macchiati di PNA si basa sulle differenze nella loro forma nucleare (Figura 2C, pannello sinistro). Anticorpo anti-DDX4 è un marcatore utile per le frazioni di spermatide rotondo in quanto visualizza un singolo granulo perinucleare DDX4 positivo, il corpo cromatoide (CB), nel citoplasma di ogni spermatide rotonda. Questa colorazione specifica CB è facilmente distinguibili dalla colorazione citoplasmica più ampiamente distribuita negli spermatociti (Figura 2C, pannello centrale). Gli spermatociti di Pachytene possono essere riconosciuti dall'anticorpo anti-H2AX che etichetta il corpo sessuale nucleare che appare specificamente nella fase del pachytene della prima divisione meiotica (Figura 2C, pannello destro). In questa purificazione, la colorazione PNA ha rivelato che le frazioni di spermatide rotonde arricchite da MDR contenevano una miscela di spermatidi rotondi in varie fasi di differenziazione, tutti contenenti la loro struttura di firma, la DDX4-positiva CB (Figura 2D, RS). Anti-ZH2AX ha ulteriormente convalidato gli spermatociti pachytene di arricchimento nella frazione 16(Figura 2D, frazione PSpc).
Il conteggio delle cellule ha rivelato che il numero di cellule nelle frazioni di spermatociti spermatidi rotondi e pachytene è adeguato per varie analisi a valle. Frazioni spermatide rotonde (5-8) ciascuna contenuta di circa 2,5 x 106 celle. Pertanto, raggruppando queste frazioni, è possibile ottenere più di 10 milioni di cellule. Le frazioni di spermatotototemi di Pachytene (14 e 15) di solito contenevano un po 'meno cellule. In questo isolamento, sono state contate circa 1,5 x 2,0 x 106 celle per frazione. La prima frazione conteneva 0,75 x 106 spermatidi allunganti.
Come mostrato nella Figura 3A, la quantità totale di RNA ottenuta dalla maggior parte delle frazioni variava da 0,5,5 g, il che è sufficiente per le analisi dell'RNA a valle come la trascrizione inversa PCR, il sequenziamento dell'RNA o la visualizzazione dell'RNA su un gel. La quantità di proteine ottenute da ogni frazione varia tipicamente da 20-140 g (Figura 3B), che è sufficiente per diverse macchie occidentali. Listi interi cellulari sono stati preparati dalle frazioni raccolte, e l'analisi delle macchie occidentali è stata eseguita utilizzando anticorpi che rilevano DDX4, PIWIL1 e PIWIL2, che sono tutti altamente espressi in spermatociti di papalete e spermatidi rotondi, nonché onnipresenti espresso gliceralde 3 dehydrogenasi (GAPDH).
In questo protocollo, il 10% delle listi proteiche derivate da singole frazioni era sufficiente a rilevare chiaramente tutte queste proteine su un'impostazione standard delle macchie occidentali (Figura 3C). La quantità di proteine in una frazione è stata dimostrata anche sufficiente per l'immunoprecipitazioni utilizzando un anticorpo contro PIWIL1, così come per l'individuazione di PIWIL2 co-immunoprecipitato (Figura 3D). Inoltre, questo protocollo è stato utilizzato con successo per ottenere frazioni arricchite di spermatociti pachytene e spermatidi rotondi da topi di controllo e geneticamente modificati per applicazioni a valle come la trascrizione inversa quantitativa PCR11 e sequenziamento di RNA ad alta velocità effettiva12.

Figura 1: Preparazione di un gradiente BSA discontinuo. (A) Una punta di pipetta sierologica da 5 mL per la preparazione del gradiente. (B) Una punta pipetta da 1 mL per la preparazione del gradiente e la raccolta delle frazioni di cellule germinali dopo la sedimentazione. (C) L'attrezzatura necessaria per la preparazione del gradiente. (D) Vista laterale del gradiente di densità BSA discontinuo dal 5% (in basso) alla soluzione BSA dell'1% (in alto); le soluzioni BSA del 2% e del 4% sono di colore blu per una migliore visualizzazione. Fare clic qui per visualizzare una versione più grande di questa figura.

Figura 2: Immagini rappresentative delle frazioni cellulari raccolte e dell'analisi dell'arricchimento. (A) Cellule testicolari macchiate DAPI. La fila superiore mostra le cellule testicolari nell'epitelio seminifero intatto di una sezione testiri con polpa fissata a PFA (a sinistra) o in sospensione (a destra). La riga inferiore mostra frazioni di spermatidi allunganti arricchiti (ES), spermatidi rotondi (RS), o spermatociti di pachytene (PSpc). Barre di scala: 20 m per la fila superiore e 10 m per gli insetdellati della riga inferiore. (B) Quantificazione relativa dei diversi tipi di cellule germinali in ogni frazione. Le celle sono state conteggiate manualmente utilizzando il software ImageJ e classificate in CELLE RS, ES, PSpc, Sertoli e altre celle. I numeri di frazione e le rispettive percentuali di BSA nel gradiente sono indicati sull'asse x. (C) Analisi dell'immunofluorescenza delle cellule testicolari. Pannello sinistro: PNA etichettato come rhodamina macchia l'acromo sia in ES (freccia gialla) che in RS (freccia bianca). Pannello centrale: l'anticorpo DDX4 macchia un singolo granulo perinucleare in RS, che è facile da distinguere dal segnale citoplasmico più diffuso negli spermatociti (freccia blu). Nessun segnale DDX4 rilevato in ES (freccia arancione). Pannello destro : anticorpo hH2AX riconosce il caratteristico corpo sessuale nucleare presente solo negli spermatociti pachytene (cellule negative di z contrassegnate da un asterisco bianco). Le barre di scala (D) frazioni di cellule arricchite MDR sono state etichettate con PNA (frazione RS), anti-DDX4 (frazione RS) e anti-HX2AX (frazione PSpc) per convalidare ulteriormente l'arricchimento cellulare in ogni frazione. Barre di scala : 10 m. Fare clic qui per visualizzare una versione più grande di questa figura.

Figura 3: Analisi a valle dopo l'arricchimento delle cellule MDR. (A) l'RNA è stato estratto da ogni frazione dopo l'arricchimento e il quantificamento di una cellula MDR rappresentativa. I numeri di frazione e le rispettive percentuali di BSA nel gradiente sono indicati sull'asse x. (B) Le proteine sono state estratte da ogni frazione mediante il listo del pellet cellulare nel buffer di analisi radioimmunoprecipitazione (RIPA) poi quantificate. (C) Gli estratti di proteine a cellule intere sono stati preparati e analizzati dalla blotting occidentale utilizzando anticorpi contro DDX4, PIWIL1, PIWIL2 e GAPDH. Il 10% del lisato è stato caricato da ciascuna frazione indicata. (D) L'immunoprecipitazioni è stata eseguita da frazioni indicate con antiPIWIL1 seguita da gonfiore occidentale con anticorpi anti-PIWIL1 e anti-PIWIL2. Il campione di input include una miscela di listi proteici provenienti da diverse frazioni, e l'immunoprecipitazioni di controllo (IP) utilizzando il coniglio IgG è stato eseguito anche da un lisato misto. Fare clic qui per visualizzare una versione più grande di questa figura.

Figura 4: Rappresentazione schematica del protocollo MDR e tempo necessario per completare ogni passaggio. Il materiale di partenza è composto da due testicoli di un topo adulto. Viene indicato il numero medio di cellule e la quantità di RNA e proteine ottenuta da una frazione. Fare clic qui per visualizzare una versione più grande di questa figura.
| buffer m inv | Reagenti | preparazione | deposito |
| Buffer Krebs (10x) | 3,26 g KH2PO4
| Portare a 2 L con H2O, filtrare 0,22 m e autoclave. | Può essere conservato a 4 gradi centigradi per diversi mesi |
| 139,5 g NaCl |
| 5,89 g MgSO4o7H2O |
| 50 g di destrosio |
| 3,78 g CaCl2-2H2O |
| 7.12 g KCl |
| Buffer Krebs (1x) | 4,24 g NaHCO3
| Sciogliere NaHCO3 a 100 mL di H2O, aggiungere 200 mL di 10x Krebs buffer e portare a 2 L con H2O. | Da preparare fresco |
| Buffer Krebs da 200 mL 10x |
Tabella 1: Preparazione del buffer Krebs.
| Concentrazione di BSA (w/v) | 10% soluzione BSA | 1x tampone Krebs |
| 0.50% | 0,5 mL | 9,5 mL |
| 1% | 1 mL | 9 mL |
| 2% | 2 mL | 8 mL |
| 3% | 3 mL | 7 mL |
| 4% | 4 mL | 6 mL |
| 5% | 5 mL | 5 mL |
Tabella 2: Preparazione delle soluzioni BSA.
| Soluzione di digestione | Concentrazione di lavoro | Reagenti | preparazione |
| Collagenae | 1 mg/mL | Collagenae IV | Pesare 2 mg di collagenasi IV a un tubo conico 50 mL, e aggiungere 2 mL di caldo 1x Krebs tampone proprio prima della digestione (passaggio 2.3). |
| tripsina | 0,6 mg/mL | tripsina | Pesare 15 mg di trypsin a un tubo conico da 50 mL e aggiungere 25 mL di caldo 1x tampone KREBS e 40 -L di DNase I proprio prima della digestione (passaggio 2.6). |
| >3.2 ku/mL | DNase I |
Tabella 3: Preparazione degli enzimi di digestione.