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Articolo metodologico

Analisi della spettrometria di massa per identificare l'ubiquilazione del CENP-A con tag EYFP (EYFP-CENP-A)

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DOI:

10.3791/61138

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10 giugno 2020

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1MOE Key Laboratory of Model Animal for Disease Study, Model Animal Research Center, Nanjing University, 2Jiangsu Key Laboratory of Molecular Medicine, Medical School of Nanjing University, 3Greehey Children's Cancer Institute, Department of Molecular Medicine, UT Health Science Center San Antonio

* These authors contributed equally

In questo articolo

Sommario

L'ubiquilazione CENP-A è un requisito importante per la deposizione ceNP-A al centromero, ereditata attraverso la dimerizzazione tra la divisione cellulare e indispensabile per la vitalità cellulare. Qui descriviamo l'analisi della spettrometria di massa per identificare l'ubiquilazione della proteina CENP-A (EYFP-CENP-A) marcata con EYFP.

Abstract

Studiare la struttura e la dinamica dei cinetocori e dei centrimeri è importante per comprendere l'instabilità cromosomica (CIN) e la progressione del cancro. Il modo in cui la posizione cromosomica e la funzione di un centromero (cioè l'identità del centromero) sono determinate e partecipano alla segregazione accurata del cromosoma è una questione fondamentale. Il CENP-A è proposto come l'indicatore non-DNA (segno epigenetico) dell'identità del centromero, e l'ubiquililazione CENP-A è necessaria per la deposizione CENP-A al centromero, ereditata dalla dimerizzazione tra divisione cellulare e indispensabile alla vitalità cellulare.

Qui descriviamo l'analisi della spettrometria di massa per identificare l'ubiquilazione del mutante EYFP-CENP-A K124R suggerendo che l'ubiquilazione in una lisina diversa è indotta a causa dell'etichettatura EYFP nella proteina mutante CENP-A K124R. L'ubiquilità di lisina 306 (K306) in EYFP-CENP-A K124R è stata identificata con successo, che corrisponde alla lisina 56 (K56) nel CENP-A attraverso l'analisi della spettrometria di massa. Un avvertimento è discusso nell'uso di GFP/EYFP o l'etichettatura di proteine ad alto peso molecolare come strumento per analizzare la funzione di una proteina. L'attuale limite tecnico è discusso anche per l'individuazione di bande oniquilate, l'identificazione di ubiquilazione site-specific, e la visualizzazione dell'ubiquilazione nelle cellule viventi o una singola cellula specifica durante l'intero ciclo cellulare.

Il metodo di analisi della spettrometria di massa qui presentato può essere applicato alla proteina umana CENP-A con diversi tag e altre proteine del centromere-kinetochore. Questi metodi combinatori costituiti da diversi saggi / analisi potrebbero essere raccomandati per i ricercatori che sono interessati a identificare i ruoli funzionali dell'ubiquilazione.

Introduzione

Nella maggior parte degli eucarioti, i microtubuli del mandrino devono essere attaccati a una singola regione di ogni cromosoma, definito centromero. Il cinetochore è un complesso di proteine che si trovano al centromero. Lo studio dei tempi dei movimenti della proteina centromera e cinetochore e la struttura dei cinetocori e dei centrimeri è importante per comprendere l'instabilità cromosomica (CIN) e la progressione del cancro. Le domande chiave sono come vengono determinate la posizione cromosomica e la funzione di un centromero (cioè l'identità del centromero) e come partecipano alla segregazione cromosomica accurata. Nella maggior parte delle specie, la presenza di un nucleomatoma speciale contenente una proteina simile a un istone specifica chiamata CENP-A definisce l'identità del centromero. Pertanto, si propone che il CENP-A sia l'indicatore non DNA (segno epigenetico) dell'identità del centromero. È importante chiarire il meccanismo di come CENP-A definisce l'identità del centromero negli esseri umani.

La proteina di riconoscimento della giunzione di Holliday (HJURP) è l'accompagnatore specifico CENP-A che deposita CENP-A nei nucleosomeri centromerici1,2,3. Abbiamo già riferito che il CUL4A-RBX1-COPS8 E3 ligase è richiesto per l'ubiquilazione CENP-A sulla lisina 124 (K124) e la localizzazione del centromero4. Inoltre, i nostri risultati hanno mostrato che il reclutamento di centrimeri di CENP-A di5nuova sintesi richiede CENP-A oniquizzato preesistente. Così, è stato fornito un modello che suggerisce che l'ubiquilinazione CENP-A viene ereditata attraverso la dimerizzazione tra le divisioni cellulari.

In contrasto con le nostre scoperte e quelle di Yu et al., risultati negativi per quanto riguarda il CENP-A e la sua localizzazione centromerica sono stati recentemente pubblicati6. L'articolo affermava che le modifiche del CENP-A sulla lisina 124 (K124) sono dispensabili per l'istituzione, la manutenzione e la funzione a lungo termine dei centrimeri umani, sulla base dei loro risultati negativi che mostravano che la mutazione di K124R non influenzava la localizzazione del centromero CENP-A né la vitalità cellulare6. Tuttavia, c'è abbastanza spazio per discutere nei loro risultati e conclusioni, e abbiamo già descritto quale problema ci potrebbe essere nella loro precedente pubblicazione7. Occorre prestare attenzione al fatto che fondessero le proteine con il CENP-A, che hanno pesi molecolari molto più grandi delle dimensioni del CENP-A endogeno: ad esempio, hanno fuso la proteina fluorescente gialla avanzata da 30 kDa (EYFP) a 16 kDa CE-A e hanno analizzato la fusione delle proteine EYFP-CENP-A K124R nel loro sistema RPE-1CE-A-Knockout.-/F L'ubiquitina K124 non dovrebbe legarsi direttamente all'HJURP sulla base di previsioni strutturali4, tuttavia si prevede che l'aggiunta di monoubiquitina avrà un impatto sulla conformazione proteica del CENP-A. La proteina della conformazione CENP-A può essere modificata dalla presenza di una grande proteina di fusione, e questo cambiamento conformazionale può mascherare i cambiamenti strutturali causati dalla perdita di ubiquilazione. Suggeriamo che la fusione di proteine di grandi dimensioni induca l'ubiquililazione in una lisina diversa da K124 nel mutante EYFP-CENP-A K124R e questa ubiquililazione in un altro sito inibisce/maschera il fenotipo originale K124R singolo mutante. La prova che l'ubiquilazione si verifica in lisina diversa nella proteina mutante CENP-A K124R con una grande proteina tag (EYFP) è stata riportata nella nostra precedente pubblicazione8. Si è scoperto che il tagging EYFP induce l'ubiquitinazione di un altro sito lisina di EYFP-CENP-A K124R e che EYFP-CENP-A K124R mutante lega a HJURP. Di conseguenza, questa ubiquilazione in un altro sito inibisce/maschera il fenotipo originale K124R singolo mutante, e sia EYFP-CENP-A WT che K124R mutanti hanno mostrato la localizzazione del centromero (abbiamo usato e confrontato pBabe-EYFP-CENP-A WT e K124R mutante, insieme al controllo pBabe-EFP). I risultati hanno dimostrato che i mutanti CENP-A K124R marcati con bandiera sono letali, ma possono essere salvati da una fusione monoubiquitina, suggerendo che l'ubiquilazione CENP-A è indispensabile per la vitalità cellulare.

Negli ultimi anni, molti studi hanno sviluppato diversi saggi per identificare le modifiche post-traduzionali (PTM) della proteina CENP-A e di altre proteine centromere-cinetochore sia in vivo che in vitro9,10,11. Analogo ai PTM delle proteine istone che sono un importante meccanismo che regola la funzione della cromatina, i PTM dei componenti della cromatina centromerici sono anche coinvolti in un meccanismo essenziale per regolare la struttura complessiva e la funzione dei centrimeri. La maggior parte dei siti CENP-A PTM sono specifici dei nucleosomi che contengono CENP-A, anche se alcuni di essi sono conservati nell'istone H3, suggerendo che la modifica di questi residui contribuisce alla funzione specifica del centromero. I PTM del CENP-A, tra cui il fosfororylazione, l'acetilazione, la metilazione e l'ubiquilazione sono stati precedentemente segnalati9, suggerendo che il CENP-A è sottoposto a una varietà di PTM e dei loro array combinatori sul suo dominio aminofileterminus e C-terminus histone-fold. L'importanza delle modifiche CENP-A in più funzioni è stata rivelata da molti gruppi, tra cui la nostra. Queste funzioni comportano la deposizione CENP-A ai centrimeri, la stabilità delle proteine e il reclutamento del CCAN (rete costitutiva associata a centrimere)9. Tuttavia, studi limitati e risultati dei PTM CENP-A sono preformati quando si fanno confronti con uno degli istoni canonici che regolano direttamente o indirettamente la loro funzione. Anche le relazioni tecniche che si concentrano sulla metodologia per identificare questi PTM CENP-A sono limitate.

Poiché l'ubiquilazione CENP-A è necessaria per la deposizione CENP-A alcentromero 12, ereditata dalla dimerizzazione tra la divisione cellulare5e indispensabile alla vitalità cellulare8, il metodo per identificare l'ubiquilazione CENP-A sarebbe essenziale in futuro per studiare l'attività funzionale, il posizionamento e la struttura del centromero. Pertanto, qui descriviamo l'analisi della spettrometria di massa per identificare l'ubiquilazione del mutante EYFP-CENP-A K124R suggerendo che il tagging EYFP induce l'ubiquilazione in una diversa lisina nella proteina mutante CENP-A K124R8. I protocolli di altri saggi e analisi di controllo (analisi dell'immunofluorescenza, analisi della crescita della colonia e analisi dell'ubiquilazione in vivo) sono anche presentati per discutere correttamente l'esito di un'analisi della spettrometria di massa maggiore.

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Protocollo

1. La coltura cellulare e la trafezione retrovirus dei costrutti pBabe-EYFP-CENP-A

NOTA: EYFP-CENP-A è espresso da pBabe-EYFP-CENP-A a un livello proteico simile a quello endogeno CENP-A. La proteina EYFP-CENP-A cellulare totale viene sostituita da questa proteina EYFP-CENP-A dopo l'interruzione dell'alleloCENP-A -/F da parte della ricombinabile Cre come nelle celle RPE-1 CENP-A-/-6 .

  1. Preparazione del superatante contenente retrovirus utilizzando cellule di imballaggio 293T.
    1. Giorno 0: Stendere 293T cellule di imballaggio sulla piastra di coltura 6-well (1.0 x 106 cellule / bene). Cellule di coltura in DMEM ad alto glucosio con 10% FBS e 1% penicillina-streptomycin. Incubare le cellule a 37 gradi centigradi in un'atmosfera del 5% di CO2 per 24 h.
      NOTA: per ottenere risultati ottimali, determinare empiricamente la densità cellulare da utilizzare nel seeding.
    2. Giorno 1: Preparare la reazione di trasfezione intorno 23 h dopo la diffusione (24 h punto è 0 h punto della trasfezione). Plasmide dell'espressione transfect di ogni pBabe-EYFP (B3182), pBabe-EYFP-CENP-A WT (B3161) e pBabe-EYFP-CENP-A K124R (B3164) (cfr. tabella 1).
    3. Scegliere una combinazione di plasmidi di supporto/imballaggio elencati nella tabella 2 e aggiungerli ai tubi contenenti uno dei plasmidi sopra elencati. Ci sono per lo più queste 3 combinazioni per helper / imballaggio plasmidi (Tabella 2). Qualsiasi combinazione ha funzionato in questi esperimenti e ha mostrato un'efficienza di trasfezione simile.
    4. Preparare 50 -L di mezzo siero ridotto e mescolare 2,0 g di ogni pBabe-EYFP (B3182), pBabe-EYFP-CENP-A WT (B3161) e pBabe-EYFP-CENP-A K124R (B3164) (vedi tabella 1)aggiungendo una combinazione di plotoni helper/packaging elencati nella tabella 2. Incubare questa miscela a temperatura ambiente per 5 min. Questa miscela è la soluzione A.
    5. Preparare altri 50 lll di mezzo siero ridotto e mescolare 1,5 L di reagenti di trasfezione I e II, rispettivamente (Tabella dei materiali). Incubare questa miscela a temperatura ambiente per 5 min. Questa miscela è la soluzione B.
      NOTA: Se lo si desidera, aggiungere solo 6,0 l di reagente di trasfezione III (polyethyleneimine [PEI]; 1,0 mg/mL) nella soluzione B o aggiungere 6,0 l di reagente di trasfezione III oltre ai reagenti di trasfezione I e II nella soluzione B (Tabella dei materiali).
    6. Mescolare le soluzioni A e B e incubare a temperatura ambiente per 15 min.
    7. Dopo aver lavato le cellule coltivate una volta con PBS, aggiungere la miscela di soluzioni A e B (cioè, complesso DNA-lipidico) direttamente ad ogni pozzo della piastra di coltura a 6 pozze che ha 500 gradi ridotti per siero. La concentrazione finale del plasmide è di 3,3 g/mL.
    8. Dopo aver incubato le cellule a 37 gradi centigradi in un'atmosfera del 5% di CO2 per 4,5 h, cambiare il DMEM medio-alto glucosio con il 10% di FBS e l'1% di penicillina-streptomicina. Mettere 2 mL / bene di mezzo di coltura dopo il cambiamento medio nella piastra di coltura 6-well.
    9. Colture le cellule a 37 gradi centigradi in un'atmosfera del 5% di CO2 per 48 h dopo la trasfezione. Eseguire l'infezione da retrovirus il giorno 3 utilizzando il super-natante contenente retrovirus.
  2. Infezione retrovirus delle cellule bersaglio CENP-A-/F RPE-1.
    1. Giorno 2: Un giorno prima dell'infezione, diffondere cellule bersaglio CENP-A-/F RPE-1 a trasfecto nel pozzo di coltura a 6 pozzetti (2,25 x 105 cellule / pozzo). Cellule di coltura in DMEM: F12 medio (Tabella dei materiali) con 10% FBS e 1% penicillina-streptomicina.
      NOTA: Stendere le cellule per i saggi di escrescenza della colonia, l'immunofluorescenza e l'analisi delle macchie occidentali come controllo. Per ottenere risultati ottimali, determinare empiricamente la densità cellulare da utilizzare nel seeding.
    2. Giorno 3 (giorno dell'infezione del virus): a 48 h dopo la trasfezione di 293T cellule di imballaggio, raccogliere il supernatante contenente virus e filtrare attraverso 0,45 sm filtro (non utilizzare un filtro 0.2 m che si inclina busta del virus). Si consiglia di utilizzare filtri in poliethersulfone (PES).
    3. Infettare le cellule CENP-A-/F RPE-1 con il virus. Per un pozzo della piastra di coltura a 6 pozze, aggiungere 1 mL di supporti freschi, 1 mL virus supernatant e polibrene ad una concentrazione finale di 8 g/mL. Incubare le cellule CENP-A-/F RPE-1 a 37 gradi centigradi in un'atmosfera del 5% di CO2 per 4 giorni fino al giorno 7 dopo la trasfezione.
      NOTA: Il periodo di incubazione per la crescita delle cellule CENP-A-/F RPE-1 deve essere determinato empiricamente seguendo le analisi per ottenere risultati ottimali.

2. Analisi dell'immunofluorescenza delle cellule contenenti pBabe-EYFP-CENP-A

  1. Giorno 7: 4 giorni dopo l'infezione da retrovirus di pBabe-EYFP-CENP-A costruisce, rimuovere il mezzo di coltura per aspirazione. Risciacquare le cellule una volta con TBS (25 mM-HCl, pH 7,5; 125 mM NaCl). Applicare TBS sul lato dei pozzi di coltura per evitare di disturbare la superficie delle cellule.
    NOTA: il punto temporale ottimale per la fissazione delle celle deve essere determinato empiricamente. I segnali di immunofluorescenza sia del WT EYFP-CENP-A che del K124R sono rilevabili al centromero almeno 4 giorni dopo l'infezione retrovirus di pBabe-EYFP-CENP-A costruisce anche senza infezione da Cre (dati non mostrati, Figura 1C-E per i dati con infezione da Cre).
  2. Eseguire la fissazione delle cellule di metanolo e la colorazione dell'immunofluorescenza come descritto in precedenza13.
  3. Poiché gli anticorpi primari utilizzano un anticorpo anti-GFP (1:1.000 di diluizione) e un anticorpo anti-CENP-B (rapporto di diluizione di 1:200) per un marcatore di posizione del centromero in TBS contenente il 4% del siero di capra (vedi Tabella dei materiali per gli anticorpi utilizzati).
  4. Rimuovere il supporto di montaggio in eccesso con un tovagliolo di carta e sigillare i bordi della coverslip con smalto all'ultimo passo.
  5. Fare riferimento al metodo13 descritto in precedenza per l'osservazione dell'immagine immunofluorescenza, l'acquisizione, la quantificazione e l'analisi dei segnali rimanenti di EYFP-CENP-A al centromero.
  6. Eseguire l'acquisizione di immagini, l'elaborazione, inclusa la deconvoluzione, la quantificazione e l'analisi utilizzando i Software A o i Software B1 e B2 (vedere Tabella dei materiali). Se lo si desidera, utilizzare Softwarec-C3 (vedere Tabella dei materiali) per un microscopio a scansione laser confocale.
    NOTA: vedere 2.6.1 in File di codifica supplementari per tutti i comandi utilizzati nel Software A. Vedere 2.6.2 nei file di codifica supplementari per tutti i comandi utilizzati in Software B1 e B2.

3. I saggi di escrescenza della colonia usando pBabe-EYFP-CENP-A dopo l'infezione da virus retro-Cre

NOTA: Il motivo per eseguire questo saggio è quello di confrontare la vitalità cellulare tra EYFP-CENP-A WT e K124R mutante dopo l'interruzione dell'allele CENP-A-/F da cre ricombinarsi (dopo la sostituzione della proteina CENP-A cellulare totale).

  1. La trafezione retrovirus dei costrutti pBabe-EYFP-CENP-A.
    1. Eseguire la trafezione retrovirus delle cellule CENP-A-/F RPE-1 come descritto nella sezione 1. Cellule di coltura in DMEM: Mezzo F12 con 10% FBS e 1% penicillina-streptomicina per 72 h dopo l'infezione da virus.
    2. Tre giorni dopo l'infezione da retrovirus di pBabe-EYFP-CENP-A costruisce (il giorno 6), aggiungere blasticidin S (10 g/mL) in pozzi contenenti cellule trasfette da utilizzare per esperimenti di analisi e controllo di crescita della colonia. Le cellule vengono coltivate almeno 14 giorni dopo l'infezione da virus in presenza di blasticidin S. Cambiare il mezzo contenente blasticidin S ogni 5 giorni.
      NOTA: Se le cellule raggiungono circa l'80% di confluenza prima della semina per il saggio della colonia (3.2.7. e 3.2.8), passare le cellule a 1:2 e 1:5 rapporto a metripsinizzazione e placcatura in una piastra di 6 pozzi.
    3. Raccogliere le cellule per la macchia occidentale il giorno 7 per confermare l'espressione proteica di pBabe-EYFP-CENP-A costruisce senza infezione da Cre. Eseguire l'analisi delle macchie occidentali come descritto nella sezione 4. I risultati sono illustrati nella Figura 1B (corsie 1-4).
    4. Per l'analisi dell'escrescenza della colonia con l'infezione da virus Cre, mantenere le cellule in crescita per 14 giorni dopo l'infezione da virus in presenza di blasticidin S (cioè, far crescere le cellule in blasticidin S contenente mezzo fino al giorno 17 per i risultati presentati qui).
  2. Infezione da virus retro-Cre di pBabe-puro-Cre
    NOTA: il giorno 0 nel passaggio 3.2.1 corrisponde al Giorno 13 della sezione 3.1.
    1. Dal giorno 0 al giorno 3: Eseguire la trasfezione retrovirus delle cellule CENP-A-/F RPE-1 utilizzando pBabe-puro-Cre (B3027) come espressione plasmid (vedere la sezione 1 per i dettagli). Assicurarsi che il blasticidin S (10 g/mL) venga aggiunto nel mezzo di coltura.
    2. Giorno 4: prova le cellule per staccarlo dalla piastra. Piastra 500 o 5.000 cellule in triplice copia nella piastra di coltura a 6 bengeti. Cellule di coltura in DMEM: F12 medio con 10% FBS e 1% penicillina-streptomycin.
    3. Giorno 5: Aggiungere la blasticidinS S (10 g/mL) al mezzo di coltura. Per 5.000 o 500 plating di cellule, selezionare le cellule con blasticidin S (10 g/ml) 3-24 giorni (fino al giorno 14 in [3.2.7]) o 3-28 giorni (fino al giorno 18 in [3.2.8]) dopo l'infezione da virus dei costrutti (costrutti pBabe-EYFP-CENP-A).
      NOTA: In questo saggio di crescita della colonia, la trasfezione di pBabe-puro-Cre viene aggiunta insieme alla trasfezione di pBabe-EYFP-CENP-A. La trasfezione di pBabe-EYFP-CENP-A viene eseguita in 3.1. La trasfezione di pBabe-puro-Cre viene eseguita in 3.2.1.
    4. Giorno 10 (7 giorni dopo l'infezione da virus retro-Cre): Raccogliere le cellule per l'analisi del gonfiore occidentale per confermare l'esaurimento delle proteine di CENP-A endogeno dopo l'infezione da virus retro-Cre e/o l'espressione proteica di pBabe-EYFP-CENP-A costruisce nello stesso giorno 10.
    5. Esegui il gonfiore occidentale come descritto nella sezione 4 nello stesso giorno 10. I risultati sono illustrati nella Figura 1B (corsie 5-7).
    6. Eseguire l'analisi dell'immunofluorescenza (sezione 2 sopra) per confermare che sia EYFP-CENP-A WT che K124R localizzati al centromero 7 giorni dopo l'inattivazione del restante allele CENP-A endogeno. I risultati sono illustrati nella Figura 1C-1E.
    7. Giorno 14: Eseguire il saggio di crescita della colonia con la piastra semi con 5.000 cellule. Fissare le cellule per 10 min in metanolo e macchia per 10 min in una soluzione viola cristallo (2.3% cristallo viola, 0.1% ossacolo di ammonio, 20% etanolo (vedi Figura 2B). Contare il numero di colonie utilizzando il software OpenCFU (vedere la figura 2C).
    8. Giorno 18: Utilizzare il seme di piastra con 500 celle. Correggere e macchiare le celle come descritto nel passaggio 3.2.7 (vedere la figura 2B). Contare il numero di colonie (vedere la figura 2C).

4. Analisi delle macchie occidentali con pBabe-EYFP-CENP-A

NOTA: Fare riferimento al metodo13 descritto in precedenza per l'analisi delle macchie occidentali utilizzando gli anticorpi indicati nella Figura 1B e nella Figura 2A e nella Tabella dei materiali per le proteine EYFP-CENP-A.

  1. Isolare le proteine lising delle cellule coltivate con diversa infezione da virus. Quindi, utilizzare 20 g di proteine in un pozzo di gel SDS PAGE. Trasferire le proteine in una membrana PVDF come descritto in precedenza13.
  2. Lavare la membrana 3x dopo le incubazioni con anticorpi primari-secondari. Rilevare e analizzare le bande proteiche sulla membrana con il sistema di imaging a infrarossi e/o l'imager di chemiluminescenza per il rilevamento dell'immunoblot. Questi risultati sono illustrati nella Figura 1B e Figura 2A.
    1. Per il sistema di imaging a infrarossi per rilevare e analizzare le bande proteiche, vedere il passaggio 4.2.1 nei file di codifica supplementari.
    2. Utilizzare l'imager chemiluminescenza per rilevare e analizzare le bande proteiche, vedere il passaggio 4.2.2 nei file di codifica supplementari. Per questo sistema, utilizzare un substrato chemiluminescente avanzato (ECL) ultra-sensibile (Tabella dei materiali).
    3. Facoltativamente, utilizzare il buffer di stripping delle macchie occidentali per rimuovere gli anticorpi pre-incubati dalla membrana PVDF e reblotconché con diversi anticorpi per il prossimo turno dell'analisi occidentale. Determina empiricamente il tempo di incubazione e la temperatura ottimizzati da utilizzare.

5. Cultura cellulare, trasfezione e affermazioni di ubiquilazione in vivo utilizzando pQCXIP-EYFP-CENP-A

NOTA: Il livello proteico di EYFP-CENP-A espresso da pQCXIP-vector è superiore di 10 volte rispetto al livello endogeno della proteina CENP-A. L'uso di questo vettore facilita l'immunoprecipitazioni di una maggiore quantità di proteine EYFP-CENP-A, l'osservazione delle bande di ubiquilazione di EYFP-CENP-A e l'identificazione dell'ubiquilazione della proteina eYFP-tagged CENP-A (EYFP-CENP-A) attraverso l'analisi della spettrometria di massa.

  1. Trasfezione per analisi di ubiquilazione in vivo utilizzando pQCXIP-EYFP-CENP-A.
    1. Seme 36,2 x 105 cellule CENP-A-/F RPE-1 in un piatto di coltura dei tessuti di 10 cm. Cellule di coltura in DMEM ad alto glucosio con 10% FBS e 1% penicillina-streptomycin.
      NOTA: per ottenere risultati ottimali, determinare empiricamente la densità cellulare da utilizzare nella semina. Preparare almeno 2 piatti per un campione di immunoprecipitazioni (IP) per ottenere un minimo di 1 mg di proteine totali.
    2. Incubare le cellule a 37 gradi centigradi in un'atmosfera del 5% di CO2 per 18 h.
    3. Alle 17 h dopo la seeding, preparare il reagenti di trasfezione.
    4. Fare la soluzione A mescolando 6,7 g di plasmide di ogni pQCXIP-EYFP (B3252), pQCXIP-EYFP-CENP-A WT (B3254), pQCXIP-EYFP-CENP-A K124R (B3256) (Tabella 1) in 335 e incubare a temperatura ambiente per 5 min.
      NOTA: tutti i vettori sono elencati nella Tabella 1.
    5. Fare la soluzione B mescolando 10,1 litri di reagenti di trasfezione I e II, rispettivamente in 335 - l-mezzo siero ridotto, e incubare a temperatura ambiente per 5 min.
      NOTA: Un passo opzionale consiste nell'aggiungere solo il reagente III (polyetileneimine [ PEI]; 1,0 mg/mL) nella soluzione B o aggiungere il reagente III di trasfezione 40,2 gradi oltre ai reagenti di trasfezione I e II nella soluzione B (Tabella dei materiali).
    6. Mescolare le soluzioni A e B e incubare a temperatura ambiente per 15 min.
    7. Dopo aver lavato le cellule coltivate una volta con PBS, aggiungere la miscela di soluzioni A e B (ad esempio, complesso DNA-lipidico) direttamente a ciascuno dei singoli 10 cm di coltura dei tessuti che ha un mezzo siero ridotto di 3,35 mL.
      NOTA: La concentrazione finale è di 1,67 g/mL di plasmide.
    8. Incubare le cellule a 37 gradi centigradi con il 5% di CO2 per 4,5 h. Dopo 4,5 h, cambiare il DMEM medio-alto glucosio con 10% FBS e 1% penicillina-streptomicina.
    9. Colture le cellule a 37 gradi centigradi con 5% di CO2 per 48 h dopo la trasfezione. Raccogliere le cellule per la preparazione di lismi cellulari.
  2. Preparazione di proteine A legate con anticorpi anti-GFP.
    1. Prendere 25 L (50% v/v) di proteine A per una reazione di immunoprecipitazioni (IP). Lavare con buffer A1 (Tabella dei materiali) almeno 3volte per rimuovere EtOH, e fare soluzione 50% con buffer A1 (20 mM Tris-HCl, pH 7.4; 50 mM NaCl; 0.5% Nonidet P-40; 0.5% deoxycholate; 0.5% SDS; 1 mM EDTA; completo REagente inibitore protease senza EDTA).
    2. Aggiungere 2,0 l' di anticorpo anti-GFP (Anti-76: anticorpo fatto in casa) alle perline preparate sopra e aggiungere 10x volume di buffer A1 rispetto al volume delle perline nette.
    3. Eseguire la rotazione end-to-end a 4 gradi centigradi per 4-18 h. La durata ottimale per la rotazione end-to-end deve essere determinata empiricamente in base all'efficienza dell'immunoprecipitazioni.
    4. Centrifugare le perline a 100 x g per 1 min e rimuovere il supernatante non legato. Aggiungere il buffer A1 per rifare una soluzione 50% (v/v) delle perline. Utilizzare 25 l (50% v/v) di questa soluzione per una reazione di IP.
  3. Immunoprecipitazioni (IP) con proteine A perline sepharose legate con anticorpi anti-GFP.
    1. Cellule di lissione ottenute nel passaggio 5.1.9 nel buffer A1 mediante il processo di sonicazione e congelamento-scongelamento.
    2. Misurare le concentrazioni proteiche e normalizzare le quantità di proteine tra diversi campioni di IP. Rimuovere il 5% del campione da ogni tubo per l'esecuzione come 5% Campione di ingresso in SDS-PAGE.
      NOTA: Il 5% di campione di ingresso può essere congelato in azoto liquido e stoccato a -80 gradi centigradi, se non viene caricato entro un giorno.
    3. Mescolare il resto del 95% di lisa con 25 luna (50% v/v) di proteine A legate all'anticorpo anti-GFP che è stato preparato al passo 5.2. Eseguire la rotazione end-to-end a 4 gradi centigradi per 4-18 h.
      NOTA: la durata ottimale per la rotazione end-to-end deve essere determinata empiricamente.
    4. Centrifuga proteina A con la proteina legata ad esso (cioè immunoprecipita) con 100 x g per 1 min, e rimuovere il supernatante. Lavare gli immunoprecipitati con il buffer A1 centrifugando a 100 x g per 1 min. Eseguire questo passaggio 4x.
    5. Mescolare il 5% di ingresso e il resto del 95% immunoprecipitati con 2x e 4x SDS-PAGE buffer di caricamento14, rispettivamente. Far bollire questi due campioni per 5 min e poi caricarli su un gel di denacrinazione SDS-polyacritiming al 10,0% per l'elettroforesi in corsie diverse. Utilizzare un gel SDS-PAGE più grande (ad esempio, 17 cm x 15 cm) per l'elettroforesi. Se i campioni vengono eseguiti in gel più piccolo, potrebbe non essere possibile osservare bande di ubiquilazione chiare/affilate.
    6. Eseguire l'analisi delle macchie occidentali come descritto nella sezione 4 utilizzando gli anticorpi indicati nel rapporto precedente8. Il risultato è illustrato nella figura 2A.
    7. Utilizzare il buffer di stripping delle macchie occidentali per rimuovere gli anticorpi pre-incubati dalla membrana PVDF e rebillarlo con diversi anticorpi per il prossimo round di analisi delle macchie occidentali.

6. Spettrometria di massa per identificare il sito di ubiquilazione del mutante EYFP-CENP-A K124R

  1. Trasfezione per analisi della spettrometria di massa utilizzando pQCXIP-EYFP-CENP-A.
    1. Cellule di semi CENP-A-/F RPE-1 in un piatto di coltura dei tessuti di 10 cm. Verificare che la densità delle cellule sia di 36,2 x 105 celle per piatto. Cellule di coltura in DMEM ad alto glucosio con 10% FBS e 1% penicillina-streptomycin. Preparare almeno 20 piatti per un campione di immunoprecipitazioni (IP), per ottenere almeno 10 proteine totali di mg (vedi 5.3).
      NOTA: per ottenere risultati ottimali, determinare empiricamente la densità cellulare da utilizzare nel seeding.
    2. Preparare le cellule a 37 gradi centigradi in un'atmosfera del 5% di CO2 per 18 h. Preparare i reagenti di trasfezione - 23 h dopo la diffusione (24 h punto è 0 h punto della trasfezione).
    3. A 17 h dopo la semina, preparare il reagenti di trasfezione e le cellule transfetne come (4.1.3). Le cellule transfected hanno pCGN-HA-Ubiquitin (B2806) e pQCXIP-EYFP-CENP-A K124R (B3256).
    4. Incubare le cellule a 37 gradi centigradi in un'atmosfera del 5% di CO2 per 48 h dopo la trasfezione. Raccogliere le cellule per lismi cellulari.
    5. Le cellule di liscisinel buffer A1 ed eseguono l'immunoprecipitazioni come (5.2) e (5.3). Eseguire questi due di immunoprecipitazioni lisati come segue (6.1.6) e (6.1.7).
      NOTA: In (6.1.6), eseguire il campione in gel Tris-glicina standard. In (6.1.7), eseguire il campione nei gel proteici Bis-Tris disponibili in commercio 4%-12%. Vedere anche Discussione.
    6. Conservare un campione per il 10% degli immunoprecipitanti totali per confermare l'ubiquililazione EYFP-CENP-A e per determinare con precisione la posizione dell'ubiquitorato EYFP-CENP-A come descritto nella sezione 5. Eseguire questo esempio in gel Tris-glycine standard. SDS-PAGE e western blot sono stati eseguiti come (5.3).
    7. Conservare un altro campione per il 90% degli immunoprecipitazioni totali per l'analisi della spettrometria di massa. Eseguire questo campione all'interno di due pozze dei gel proteici Bis-Tris disponibili in commercio 4%-12%. Eseguire la colorazione blu Coomassie utilizzando la soluzione blu Coomassie. Accise e tagliare la regione gel di 50-70 kDa (putata mono-Ub-EYFP-CENP-A K124R regione). Utilizzare questa regione di gel per l'analisi della spettrometria di massa.
  2. Analisi della spettrometria di massa utilizzando la digestione in gel.
    1. Tagliare ogni fetta di gel di interesse in piccoli pezzi (1 mm2) e collocarla in 0,5 mL di tubi proteici a basso legame.
    2. Lavare con 100 l5% di acetonitrile (v/v) in 25 mM NH4HCO3, vortice 10-15 min, girare verso il basso, scartare il supernatante, ripetere 3x.
    3. Concentrare il campione utilizzando il concentratore a vuoto da banco per 30 min per asciugare i pezzi di gel.
    4. Aggiungete 10 luna di 10 ng/L sequenziamento di grado trypsin e lasciate che i pezzi di gel reidratino per 5 min.
    5. Aggiungere 25 mM NH4HCO3 quanto basta per coprire i pezzi di gel, digerire a 37 gradi durante la notte.
    6. Trasferire il supernatante digerito in un tubo siliconizzato pulito da 0,65 ml. Aggiungere il 50% (v/v) acetonitrile/5% (v/v) acido formico (30 o abbastanza da coprire), vortice 10 min, spin e trasferimento nello stesso tubo di estrazione. Ripetere 3x.
    7. Aggiungere 10 acetonitrile l' ai pezzi di gel, vortice 5 min, e girare verso il basso. Trasferire il supernatante nello stesso tubo.
    8. Concentrare i campioni utilizzando il concentratore di vuoto da banco a 2 o ln, aggiungere 8 (v/v) acetonitrile (v/v) acetonitrile /2% (v/v) acido formico al campione, vortice per 15 min e spin down a 16.000 x g per 30 min. I campioni sono pronti per l'analisi della spettrometria di massa.
    9. Eseguire l'acquisizione di dati MS con LC-MS/MS utilizzando un sistema di cromatografia liquida (Tabella dei materiali) accoppiato con uno strumento di spettrometria di massa ( Tabella deimateriali).
    10. Iniettare 8 -L di campione ricostituito in una colonna di cromatografia liquida in fase inversa (RPLC).
    11. Separare i peptidi con un 2-80% di gradiente di solvente B in 60 min. Assicurarsi che il gradiente sia costituito da una percentuale crescente di solvente B dal 2% al 22% in 40 min, dal 22% al 35% di solvente B in 12 min, quindi salire all'80% solvente B in 4 min, e infine trattenendo l'80% di solvente B per gli ultimi 4 min. Impostare la velocità di flusso costante a 300 nL/min.
      NOTA: Il Solvente A contiene lo 0,1% di acido formica e il 2% di acetonitrile, il solvente B contiene lo 0,1% di acido formico e il 98% di acetonitrile. Tutte le concentrazioni sono visualizzate come volume/volume.
    12. Raccogliere dati di spettrometria di massa utilizzando la modalità di acquisizione dipendente dai dati. In breve, raccogliere gli spettri MS in 350-1500 m/z per 250 ms. Selezionare i primi 50 precursori intensi con carica 2–5 per un'ulteriore frammentazione. Raccogliere gli spettri MS/MS in 100-2000 m/z per 100 ms, escludendo gli ioni precursori dalla riselezione per 15 s.
    13. Per la ricerca nel database, aprire il software commerciale (vedere Tabella dei materiali) per analizzare i dati della spettrometria di massa sul desktop.
    14. Per effettuare una nuova ricerca, fare clic sul pulsante "LC" nel menu in alto. Quindi fare clic sul pulsante "Aggiungi" per caricare i file di dati grezzi MS originali.
    15. Selezionare "Human Protein ID" nel " MetodoParagon" come metodo di ricerca nel database. Eseguire una ricerca nei file di dati non elaborati MS originali nel database UniProt Homo Sapiens (contenente 160.566 sequenze http://www.uniprot.org/proteomes/UP611385640).
    16. Impostare i parametri di ricerca come segue: selezionare la trypsin come enzima di digestione, consentire fino a 3 scissioni mancanti, 4 modifiche e 2-5 cariche per peptide. Impostare l'errore di massa fino a 20 ppm per la prima ricerca e 0,02 Da per gli ioni frammentati. Specificare soglie di tasso di scoperta falso (FDR) per i siti di proteine, peptidi e modifiche inferiori all'1%. Impostare tutti gli altri parametri del software sui valori predefiniti (vedere la figura 3 per l'analisi della spettrometria di massa).
    17. Fare clic sul pulsante "Salva con nome" a destra del menu in alto, selezionare una cartella per memorizzare i risultati della ricerca, immettere il nome della ricerca e fare clic sul pulsante "Salva".
    18. Fare clic sul pulsante "Processo" a destra del menu in alto per avviare la ricerca. Al termine della ricerca, i dati con il nome di ricerca immesso verranno automaticamente memorizzati nella cartella selezionata. I dati possono essere facilmente aperti da Software F.
    19. Per ottenere gli spettri MS/MS di qualsiasi peptide specifico, fare doppio clic sui risultati della ricerca per aprirlo con Software F. In primo luogo, fare clic sulla proteina nell'elenco delle proteine nella parte superiore del menu, quindi fare clic sul peptide al centro del menu. La MS/MS di questo peptide è mostrata nella parte inferiore del menu.
    20. Per esportare e salvare gli spettri MS/MS, fare clic con il pulsante destro del mouse sugli spettri MS/MS nella parte inferiore del menu, selezionare copia e quindi incollare in un file adatto, ad esempio il formato PPT o doc.

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Risultati

Il mutante EYFP-CENP-A K124 mostra ubiquilazione, interazione con HJURP e nessun difetto nella localizzazione del centromere né la letalità cellulare. Qui il sistema riportato da Fachinetti et al. (2017)6 è stato ricostituito: in cellule umane diploide (RPE-1) che ne trasportavano una perturbata e un CENP-A ''floxed''(CENP-A-/F),-/FEYFP-CENP-A è stato espresso dal vettore retrò pBabe-EYFPvirus. In questo sistema, l'espressione del CENP-A endogeno dall'...

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Discussione

Qui abbiamo descritto i metodi di analisi della spettrometria di massa per identificare l'ubiquilazione del mutante EYFP-CENP-A K124R suggerendo che il tagging EYFP induce l'ubiquilazione in una diversa lisina nella proteina mutante CENP-A K124R8. Nei nostri risultati, abbiamo identificato con successo l'ubiquilazione sulla lisina 306 (K306) in EYFP-CENP-A K124R, che corrisponde alla lisina 56 (K56) nel CENP-A attraverso l'analisi della spettrometria di massa. L'analisi della spettrometria di mass...

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Dichiarazioni

Gli autori non dichiarano interessi concorrenti.

Ringraziamenti

Ringraziamo Chao-Jun Li presso il Model Animal Research Center della Nanjing University per l'analisi della spettrometria di massa. Ringraziamo Yanmini Dalal, Tatsuo Fukagawa e gli attuali ricercatori del Model Animal Research Center, della Nanjing University e del Greehey Children's Cancer Research Institute per la loro utile discussione, guida sperimentale e reagenti. Ringraziamo Don W. Cleveland, Daniele Fachinetti, Yanmini Dalal, Minh Bui, Gustavo W. Leone, John Thompson, Lawrence S. Kirschner, Amruta Ashtekar, Ben E. Black, Glennis A. Logsdon, Kenji Tago e Dawn S. Chandler per i loro generosi doni di reagenti. Y.N. è stato sostenuto dal Fondo di costruzione della provincia di Jiangsu ''Doppia-Prima Classe'', Jiangsu Province Natural Science Fund (SBK2019021248), Provincia di Jiangsu 16th Six Big Talent Peaks Fund (TD-SWYY-001), Jiangsu Provincia "Foreign Expert Hundred Talents Program" Fund (SBK2019010048) e National Natural Science Foundation in Cina (31970665). Questo studio è stato in parte sostenuto dalla sovvenzione NCI R21 CA205659.

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Materiali

Elenco dei materiali utilizzati in questo articolo
NomeAziendaNumero di catalogoCommenti
Equpiments/Tools
0,5 ml di proteine a basso legameEppendorf022431064Per analisi di spettrometria di massa
Piatto per coltura cellulare da 10 cmBIOFIL/JET, Cina700224Piatto per coltura tissutale da 10 cm (Yohei lab, PN63)
Cluster per colture cellulari a 6 pozzettiFisher/Corning Incorporated07-200-83Coltura a 6 pozzetti piastra
CentriVapLABCONCO-Concentratoresottovuoto da banco per peptidi secchi sottovuoto per analisi di spettrometria di massa
ChromXP C18CL, 120A, 15 cm x 75 μ mEksigent Technologies805-00120Colonna per cromatografia liquida (RPLC) per analisi di spettrometria di massa
HCX PL APO 100x lente ad immersione in olioLeicaLEICA HCX PL APO NA 1.40 OIL PHE100X Lente ad immersione in olio
HCX PL APO 63x lente ad immersione in olioLeicaLEICA HCX PL APO NA 1.40 OIL PH 3 CS63X Lente ad immersione in olio
Immobilon-FL PVDF Membrana di trasferimentoEMD MilliporeIPVH00010Per western blot
Microscopio a fluorescenza motorizzato Leica DM IRE2Microscopio a fluorescenza motorizzatoLeica
EL6000 Sorgente luminosa compattaLeicaSorgente luminosa esterna per
fluorescente Vetro Micro Cover (22 mm x 22 mm)Surgipath105(22 mm x 22 mm)
Apparecchio per elettroforesi su gel di poliacrilammide modello V16-2Apogee Electrophoresis/CORE Life Sciences31071010Apparecchio per elettroforesi su gel I per applicare il gel SDS-PAGE
nanoLC.2DEksigentTechnologies-sistemadi cromatografia liquida per l'analisi della spettrometria di massa
NuPAGE 4%-12% Bis-Tris Protein GelsThermo FisherNP0335BOXI gel proteici Bis-Tris al 4%-12% disponibili in commercio per l'analisi
della spettrometria di massaMicroscopio a scansione laser confocale Olympus FLUOVIEW FV3000Microscopio a scansione laser confocale Olympus-Confocal (https://www.olympus-lifescience.com.cn/en/support/ download/#!dlOpen=%23detail847250519)
ORCA-R2 Telecamera CCD DegitalHamamatsuC10600-10BTelecamera CCD
PAP PenBinding SiteAD100.1Per una barriera idrorepellente nella colorazione immunofluorescente
TESSUTO PIASTRE PER COLTURE 10CMVWR25382-166Piastra per colture tissutali da 10 cm
Elettroforesi verticale per l'esecuzione di gel (grandi dimensioni)Junyi, CinaJY-SCZ6+Apparecchio per elettroforesi su gel su gel II per applicare gel SDS-PAGE più grandi (Yohei lab, PE23)
VWR Micro Slides, FrostedVWR International48312-013Micro vetrini
Anticorpi primari
Anticorpo anti-CENP-AStressgen/Enzo Life SciencesKAM-CC006Anticorpo monoclonale di topo
Anticorpo anti-CENP-B NovusBiologicalsH00001059-B01PAnticorpo monoclonale di topo
anti-GAPDHABCAMab37168Anticorpo policlonale di coniglio
anti-GAPDHInvitrogenPA1987Anticorpo policlonale di coniglio
anticorpo anti-GFPANTI #76 (anticorpo fatto in casa)Anticorpo policlonale di coniglio
anti-HA (3F10)Roche11815016001Anticorpo monoclonale di ratto
anti-HJURPProteintech Group15283... 1-APAnticorpo policlonale di coniglio
anti-UbiquitinaBethyl LaboratoriesA300-317A-1Anticorpo policlonale di coniglio
Reagenti
Bio-Rad Protein AssayBio-Rad500-0006Reagente commerciale per il dosaggio delle proteine I per la misurazione della concentrazione proteica (compatibile con 0,1% SDS)
Branson SONIFIER 450Sonicatore
Branson Ultrasonics Sonicatore Microtip Step, Solido, Filettato 9,5 mmVWR Scientific Products Inc.33995-325Tromba disgregatrice per sonicazione
Sonicatore a ultrasuoni Branson Microtip Tapered 6.5 mmVWR Scientific Products Inc.33996-185Microtip per sonicazione
Tampone A1--20 mM Tris-HCl, pH 7,4; 50 mM NaCl; 0,5% Nonidet P-40; 0,5% desossicolato; 0,5% SDS; 1 mM EDTA; reagente completo inibitore della proteasi senza
EDTA Cocktail completo di inibitori della proteasi senza EDTARoche11-873-580-001Reagente completo inibitore della proteasi senza EDTA per tampone A1
Coomassie blu brillante R-250BBI Life SciencesCAS 6104-59-2Soluzione di blu di Coomassie per analisi di spettrometria di massa
Soluzione di cristallovioletto (2,3% di cristallovioletto, 0,1% di ossilato di ammonio, 20% di etanolo)SigmaI-AldrichHT90132-1LPer la colorazione delle colonie
DAPISIGMA-SLDRICHD9542Per la colorazione nucleare
DMEM: F12 MedioATCC30-2006DMEM: F12
Siero fetale medio di bovino, certificato, calore inattivato, origine statunitenseLife Technologies/Gibco10082FBS (siero fetale bovino)
DMEM ad alto contenuto di glucosio (Dulbecco' s Eagle modificato' LifeTechnologies/BioWhittaker12-604DMEM ad alto contenuto di glucosio
Lipofectamin 3000Life Technologies/InvitrogenL3000Reagente di trasfezione I per trasfezione chimica
Lipofectamin 3000, soluzione P3000Life Technologies/InvitrogenL3000Reagente di trasfezione II per trasfezione chimica
MethanolFisherA412-4Fissazione reagant
Latte magro in polvere (sostituto approvato del latte in polvere di garofano)Fisher ScientificNC9255871 (Riordino n. 190915; Lot# 90629)Latte scremato scremato scremato
Opti-MEM ILife Technologies/Invitrogen31985Terreno sierico ridotto
p-fenilendiamminaSIGMA-SLDRICHP6001Per il montaggio medio
Penicillina, Streptomicina; LiquidoFisher/Gibco15-140Penicillina-streptomicina
Poli-L-lisina SOLUZIONESIGMA-SLDRICHP 8920Poli-L-lisina, 0,1% p/v, in acqua
Polietilenimmina [PEI]; 1,0 mg/mlPolysciences23966– 2Reagente di trasfezione III per trasfezione chimica
Perle di proteina A sefarosio CL-4B GEHealthcare/Amersham17-0963-03Perle di proteina A sefarosio CL-4B per saggi di ubiquitinazione in vivo utilizzando pQCXIP-EYFP-CENP-A
Ripristina il tampone di strippaggio Western BlotThermo ScientificPI21059Western Blot Stripping Buffer I
Tripsina di grado di sequenziamentoPromegaV5111Per analisi di spettrometria di massa
SuperSignal West Femto Substrato di massima sensibilitàThermo34095Substrato chemiluminescente potenziato (ECL) ultrasensibile
Acqua distillata ultrapuraLife Technologies/Invitrogen/Gibco10977Acqua sterile per colture tissutali
Western Blot Stripping Buffer II ((50 mM Tris-HCl, pH 6,85; 2% SDS; 50 mM DTT; 100 mM 2-Mercaptoetanolo)--Western Blot Stripping Buffer II
strong>Anticorpi secondari
Alexa Fluor 488 Goat Anti-Rabbit IgGLife Technologies/InvitrogenA11008anticorpo secondario coniugato con fluorofori (anticorpo secondario purificato per affinità)
Alexa Fluor 594 Goat Anti-Mouse IgGLife Technologies/InvitrogenA11005anticorpo secondario coniugato con fluoroforo (anticorpo secondario purificato per affinità)
Softwares
Acquisition FV31S-SW softwareOlympus-SofwareC1 (https://www.olympus-lifescience.com.cn/en/support/ downloads/#!dlOpen=%23detail847250519)
Analisi FV31S-DT softwareOlympus-Sofware C2 (https://www.olympus-lifescience.com.cn/en/support/ download/#!dlOpen=%23detail847250519)
cellSens Dimension software Ver. 1. 18Olympus-SofwareC3 (https://www.olympus-lifescience.com.cn/en/ software/cellsens/)
Image Studio Analysis Software Ver 4.0LI-COR Biosciences-Software
Molecular Imager Versadoc MP4000 SystemBio-Rad-Imager a chemiluminescenza per la rilevazione di immunoblot
Odyssey CLx Sistema di imaging a infrarossiLI-COR Biosciences-Sistemadi imaging a infrarossi per la rilevazione di immunoblot
Saftware OpenCFU --Per il conteggio delle colonie (http://opencfu.sourceforge.net/)
Openlab versione 5.5.2. Software per imaging scientificoImprovision/PerkinElmer-SoftwareA
ProteinPilot Software versione 4.5AB SCIEX-SoftwareF per analisi di spettrometria di massa
Quantità Uno Software di analisi 1DBio-Rad-SoftwareE
TripleTOF 5600+ SystemAB SCIEX-Strumento
per spettrometria di massaVolocity versione 6.3 Software di analisi delle immagini 3D (Volocity Acquisition)PerkinElmer-SoftwareB1
Volocity versione 6.3 Software di analisi delle immagini 3D (Volocity Quantification)PerkinElmer-SoftwareB2
eccitazioneVetro di copertura < D

Riferimenti

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  2. Foltz, D. R., et al. Centromere-specific assembly of CENP-a nucleosomes is mediated by HJURP. Cell. 137 (3), 472-484 (2009).
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  13. Niikura, Y., Kitagawa, K. Immunofluorescence Analysis of Endogenous and Exogenous Centromere-kinetochore Proteins. Journal of Visualized Experiment. (109), e53732(2016).
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  15. Leopold, A. V., Chernov, K. G., Verkhusha, V. V. Optogenetically controlled protein kinases for regulation of cellular signaling. Chemical Society Reviews. 47 (7), 2454-2484 (2018).
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Identificazione dell'ubiquitilazioneProtocollo di immunoprecipitazioneAnalisi LC-MS/MSMetodo dell'escissione del gelDigestione con tripsinaMicrosfere di Proteina AAnticorpo anti-GFPIdentità del centromero
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