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Research Article
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Erratum Notice
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Retraction Notice
The article Assisted Selection of Biomarkers by Linear Discriminant Analysis Effect Size (LEfSe) in Microbiome Data (10.3791/61715) has been retracted by the journal upon the authors' request due to a conflict regarding the data and methodology. View Retraction Notice
Questo protocollo viene utilizzato per stabilire e mantenere gli scarafaggi americani gnotobiotici (Periplaneta americana) sterilizzando in superficie i casi di uova (oothecae) prima della schiusa. Questi insetti gnotobiotici contengono i loro endosombionti Blattabacterium trasmessi verticalmente ma hanno fegato axenico.
Gli animali gnotobiotici sono un potente strumento per lo studio dei controlli sulla struttura e la funzione del microbioma. Presentato qui è un protocollo per la creazione e il mantenimento di scarafaggi americani gnotobiotici (Periplaneta americana). Questo approccio include controlli di sterilità integrati per il controllo di qualità continuo. Gli insetti gnotobiotici sono definiti qui come scarafaggi che contengono ancora il loro endosimbiont trasmesso verticalmente (Blattabacterium) ma mancano di altri microbi che normalmente risiedono sulla loro superficie e nel loro tratto digestivo. Per questo protocollo, i casi di uova (oothecae) vengono rimossi da una colonia di stock (non sterilizzale) e sterilizzati in superficie. Una volta raccolte e sterilizzate, le ootecae vengono incubate a 30 °C per circa 4−6 settimane sull'agar dell'infusione cervello-cuore (BHI) fino a quando non si schiudono o vengono rimosse a causa della contaminazione. Le ninfe tratteggiate vengono trasferite in un pallone Erlenmeyer contenente un pavimento BHI, acqua sterile e cibo sterile per topi. Per garantire che le ninfe non alloggino microbi che non sono in grado di crescere su BHI nelle condizioni date, una misura aggiuntiva di controllo qualità utilizza polimorfismo di lunghezza dei frammenti di restrizione (RFLP) per testare i microbi nonendosimicbiotici. Le ninfe gnotobiotiche generate utilizzando questo approccio possono essere inoculate con comunità microbiche semplici o complesse e utilizzate come strumento negli studi sul microbioma intestinale.
Gli animali gnotobiotici hanno dimostrato di essere strumenti inestimabili per gli studi sul microbioma1,2,3. Gli animali privi di germi e a flora definita hanno permesso di inucidazione delle interazioni ospite-microbo, comprese le risposte immunologiche dell'ospite, la maturazione epiteliale intestinale e il metabolismo ospite1,4,5,6,7. Gli animali gnotobiotici inoculati con una comunità semplificata hanno anche aiutato in una comprensione più completa delle interazioni microbo-microbo in una comunità intestinale, in particolare nello svelare l'alimentazione incrociata e le relazioni antagonistiche8,9,10,11. L'attuale sistema modello preferito per gli studi sul microbioma intestinale dei mammiferi è il modello murino. Sebbene questo sistema sia stato vitale nelle scoperte sopra descritte, una lacuna fondamentale è il costo. Attrezzature specializzate e tecnici altamente qualificati sono necessari per stabilire e mantenere una struttura gnotobiotica. Questo, in combinazione con una cura extra che deve essere data ad ogni aspetto del mantenimento degli animali gnotobiotici, fa sì che un animale gnotobiotico costi da dieci a venti volte di più per riprodursi rispetto a un animale standardmodello 12. A causa dei costi elevati, molti ricercatori potrebbero non essere in grado di permettersi un modello murino gnotobiotico. Inoltre, mentre i modelli murini possono essere la scelta più ampiamente accettata per gli studi che cercano di tradurre in salute umana, ci sono ancora molte differenze fisiologiche e morfologiche tra budella umana e topo13. Chiaramente nessun modello singolare è sufficiente per rispondere al numero sempre crescente di domande riguardanti i molti aspetti del microbioma intestinale.
I modelli di insetti sono un'alternativa più economica a causa del loro minor costo di manutenzione rispetto alle specie di mammiferi. Un'ampia ricerca senza germi e gnotobiotica in una varietà di specie di insetti ha portato allo sviluppo di più modelli comunemente usati. Zanzare e Drosophila sono modelli comuni per il lavoro privo di germi a causa della loro rilevanza per le malattie globali e la trattabilità genetica14,15. Un altro sistema di modelli emergenti è quello dell'apemellifera ( Apis mellifera), data la sua importanza nella ricerca sull'impollinazione e lasocialità 16. Tuttavia, molti di questi insetti comunemente usati mancano della complessità tassonomica osservata nelle comunità intestinali dei mammiferi17,limitando la loro capacità di modellare interazioni di ordine superiore. Non solo la totale diversità dei microbi trovati nell'intestino degli scarafaggi americani è più simile ai mammiferi, ma molti dei microbi presenti nell'intestino scarafaggio appartengono a famiglie e filla che si trovano comunemente nel microbiota intestinale di mammiferi e umani18. Il broncio posteriore dello scarafaggio è anche funzionalmente analogo all'intestino crasso dei mammiferi, in quanto è una camera di fermentazione densamente piena di batteri per aiutare nell'estrazionedei nutrienti 19,20. Infine, la natura onnivora degli scarafaggi consente una diversità di regimi dietetici che non sarebbe possibile con gli specialisti dietetici.
Gli scarafaggi americani possono essere un utile sistema modello per comprendere le comunità microbiche intestinali negli organismi superiori, ma lo stato dello scarafaggio come parassita rende anche questo sistema rilevante per il controllo dei parassiti21. Sfruttare la conoscenza fondamentale dell'influenza della comunità intestinale sulla salute e la fisiologia degli scarafaggi aiuta a sviluppare nuove tecniche per la gestione dei parassiti.
L'obiettivo di questo metodo è quello di delineare una descrizione completa della creazione e del mantenimento di scarafaggi americani gnotobiotici (Periplaneta americana), ma questo protocollo potrebbe essere utilizzato per generare ninfe di qualsiasi scarafaggio oviparo. Include un metodo per una raccolta efficiente e non invasiva di ootece mature e una tecnica non distruttiva per monitorare lo stato gnotobioticodegli insetti 22,23,24. Mentre i precedenti metodi per raggiungere e mantenere gli scarafaggi gnotobiotici descrivono la raccolta di ootheca23,24,25,26,27, la maturità dell'ootheca viene interpretata in termini di spunti specifici per specie (in Blattella germanica22,24,25), o non esplicitamente descritta27,28, rendendo difficile l'implementazione per chi non ha familiarità con il sistema. Poiché il metodo qui descritto utilizza ootecae cadute naturalmente, l'errore di rimuovere prematuramente le uova è assente. Questo protocollo contiene metodi di controllo della qualità dipendenti dalla cultura e indipendenti dalla cultura, e il metodo dipendente dalla coltura non richiede il sacrificio degli insetti. Infine, questo metodo riunisce le informazioni di più studi di scarafaggi gnotobiotici per creare un unico protocollo completo con tutte le informazioni necessarie per raggiungere e mantenere gli scarafaggi gnotobiotici.
1. Preparazione dei materiali
2. Raccolta di oothecae
3. Pulizia delle ootecae
4. Sterilizzazione e incubazione delle ootecae
5. Mantenimento delle ninfe gnotobiotiche
6. Controllo di qualità della sterilità
7. Tracciamento asettico della crescita ninfa
I serbatoi di serie sono impostati come illustrato nella figura 1. Le femmine "incinte" sono identificate dall'ootheca attaccata all'addome posteriore, come nella figura 2. L'incubazione di ootecae su agar BHI consente il controllo della qualità gnotobiotico in modo non distruttivo. In alcuni casi, la sterilizzazione non ha successo e la crescita appare intorno alle ootecae come nella figura 3B. Queste ootecae devono essere rimosse e scartate. Nelle nostre mani, è stato osservato un tasso medio di fallimento del 10% per la sterilizzazione (n = 51). Le ootecae si schiudono in media 34 giorni dopo la sterilizzazione senza crescita sul mezzo, come si vede nella figura 3A. Abbiamo osservato tassi tipici di schiusa del 41% (n = 46) per le ooteca sterilizzate e non contaminate, con una media di 11 ninfe per ootheca. Le ninfe più grandi vengono trasferite a mastri BHI ricoperti di foglio, come nella figura 4. Il foglio previene la contaminazione e le ninfe hanno spazio per crescere. RFLP del 16S rDNA da una ninfa omogeneizzata viene utilizzato per confermare lo stato gnotobiotico. Le ninfe gnotobiotiche sono state osservate crescere ad un ritmo più lento rispetto alle loro controparti non sterili, come rappresentato figura 5. La figura 6 mostra i risultati degli insetti gnotobiotici con successo e delle ninfe standard (nonsterili).
Sebbene questo test non abbia ancora identificato la contaminazione in assenza di un risultato di coltura positivo, questo passaggio è stato effettuato regolarmente durante esperimenti critici per escludere la presenza di microbi contaminanti sensibili all'ossigeno o fastidiosi. La crescita più lenta è stata osservata negli scarafaggi gnotobiotici rispetto agli insetti standard / nonsterili.

Figura 1: Configurazione della cultura delle scorte di scarafaggi.
I tubi di cartone possono essere visti impilati all'estremità del serbatoio. Cibo e acqua sono entrambi vicino alla parte anteriore del serbatoio. Il coperchio in stoffa di cotone e la fascia elastica sono stati rimossi per la visibilità. Clicca qui per visualizzare una versione più grande di questa figura.

Figura 2: Uno scarafaggio americano "incinta".
La freccia indica l'ootheca. Clicca qui per visualizzare una versione più grande di questa figura.

Figura 3: Immagini di ninfe gnotobiotiche tratteggiate con successo e ootecae sterilizzate senza successo su inclinazioni BHI.
Le ootece sono state sterilizzate e incubate come descritto in questo protocollo. (A) La mancanza di crescita microbica sull'inclinazione BHI indica che gli insetti sono privi di organismi culturabili. (B) Le ootecae su inclinazioni che vengono alla formazione di colonie devono essere scartate come contaminate. Clicca qui per visualizzare una versione più grande di questa figura.

Figura 4: Apparecchio di allevamento gnotobiotico.
Gli insetti sono tenuti in contenitori sterili coperti da un coperchio di lamina per prevenire la contaminazione. Il contenitore secondario (coperchio verde) viene sterilizzato con candeggina al 2% seguita dal 70% di etanolo. Il flusso d'aria non è limitato nel contenitore secondario. Clicca qui per visualizzare una versione più grande di questa figura.

Figura 5: Dati rappresentativi sul tasso di crescita che confrontano le lunghezze corporee delle ninfe gnotobiotiche e non estere. Entrambi i gruppi di insetti sono stati nutriti con dieta autoclavata dei roditori. Gli insetti gnotobiotici (qui: n = 105) sono tenuti su BHI come descritto. Gli insetti nonsterili (qui: n = 50) vivono in fiasche con biancheria da letto in trucioli di legno autoclavati con piccoli piatti per l'acqua. Le ninfe nonsterili crescono ad un tasso medio di 0,059 mm/giorno, mentre le ninfe gnotobiotiche crescono a 0,028 mm/giorno (p < 0,0001). Clicca qui per visualizzare una versione più grande di questa figura.

Figura 6: Immagine in gel rappresentativa dei risultati RFLP per il controllo di qualità.
Gli ampliconi genetici dell'intero 16S sono stati digeriti con RsaI. Il DNA per PCR è stato estratto da ninfe omogeneizzate in 1x PBS. Le corsie "G nymph" corrispondono alle ninfe gnotobiotiche, mentre le corsie "conv nymph" corrispondono a controparti convenzionali e nonsterili. Sulla base del digest di restrizione virtuale, l'endosymbiont (Blattabacterium) dovrebbe avere bande delle dimensioni di 402 bp, 206 bp e 163 bp, con uno striscio di bande tra 163 bp e 148 bp. Un insetto gnotobiotico dovrebbe mostrare solo il modello di bande blattabacterium. Si prevede che una comunità batterica mista abbia uno striscio di bande di varie dimensioni, etichettate qui come "altri frammenti batterici 16S". Clicca qui per visualizzare una versione più grande di questa figura.
Gli autori non hanno conflitti di interesse da rivelare.
Questo protocollo viene utilizzato per stabilire e mantenere gli scarafaggi americani gnotobiotici (Periplaneta americana) sterilizzando in superficie i casi di uova (oothecae) prima della schiusa. Questi insetti gnotobiotici contengono i loro endosombionti Blattabacterium trasmessi verticalmente ma hanno fegato axenico.
Questa pubblicazione è stata sostenuta dal National Institute of General Medical Sciences del National Institutes of Health con il numero di premio R35GM133789. Il contenuto è di esclusiva responsabilità degli autori e non rappresenta necessariamente la visione ufficiale degli Istituti Nazionali di Sanità. Gli autori vorrebbero riconoscere Josey Dyer per aver tracciato i tassi di sterilizzazione, i tassi di schiusa e i tassi di crescita degli scarafaggi gnotobiotici.
| 2X master mix | New England BioLabs | M0482 | OneTaq MasterMix |
| Autoclavabile cibo per ratti | Zeigler | NIH-31 Kit di | estrazione del DNA batterico automaticomodificato |
| Omega Bio-Tek | D-3350 | E.Z.N.A. Kit di DNA batterico; include lisozima, perle di vetro, proteinasi K, tamponi (proteinasi K, legame, lavaggio, eluizione), colonne di DNA, | tampone|
| legante per provette di raccolta da 2 mLOmega Bio-Tek | PD099 | incluso nel kit di estrazione del DNA batterico di Omega Biotek (tampone "HBC") | |
| brodo per infusione cervello-cuore (BHI) | ResearchProducts International | B11000 | |
| Salviette per attività delicate | KimWipe | JS-KCC-34155-PK | Kit di |
| purificazione del DNA | KimWipes Omega Bio-Tek | D6492 | Kit E.Z.N.A. Cycle Pure; Può essere utilizzato anche D6493; include tamponi (purificante, lavaggio, eluizione)tampone |
| di eluizione | Omega Bio-Tek | PDR048 | incluso nel kit di estrazione del DNA batterico di Omega Biotek |
| Perle di vetro | Omega Bio-Tek | n/a | incluso nel kit di estrazione del DNA batterico di Omega Biotek |
| Forno di ibridazione | UVP | 95-0330-01 | utilizziamo un forno di ibridazione per il preriscaldamento del tampone di eluizione, ma probabilmente potrebbe essere disponibile anche un bagno d'acqua cabina |
| di sicurezza biologica a flusso laminare | usataNuAire, Inc. | Il protocollo NU-425-400 | si riferisce a questo come "cappa a flusso laminare" per il |
| lisozima | di brevitàOmega Bio-Tek | n/a | incluso nel kit di estrazione del DNA batterico di Omega Biotek |
| soluzione madre di acido peracetico (32%) | Sigma-Aldrich | 269336 | |
| Vaselina | n/a | ||
| proteinasi K tampone | Omega Bio-Tek | PD061 | incluso nel kit di estrazione del DNA batterico di Omega Biotek (tampone "TL")tampone |
| purificante | Omega Bio-Tek | PDR042 | incluso nel kit CyclePure di Omega Biotek (tampone "CP") |
| RsaI | New England BioLabs | R0167 | Include tampone CutSmart (digestione) |
| Contenitore secondario | n/a | n/a | un contenitore di plastica con coperchio (come un Kritter Keeper) funziona bene per questo (25 cm di lunghezza x 15 cm di larghezza x 22 cm di altezza); dovrebbe essere abbastanza grande da contenere le inclinazioni BHI e le provette |
| spettrofotometro | ThermoFisher | ND-2000 | Le informazioni sul catalogo sono per l'agitatore termico NanoDrop2000 |
| Eppendorf | EP5386000028 | Thermomixer R | |
| Tris-EDTA | Fisher | BP1338-1 | Tris da 10 nm, 1 mM EDTA, tampone di lavaggio pH 8 |
| Omega Bio-Tek | PDR044 | incluso nel kit di estrazione del DNA batterico di Omega Biotek (tampone "DNA wash") | |
| Lettiera in cippato | P.J. Murphy Forest Products | Sani-Chips |