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Articolo metodologico

Test rapidi di sensibilità antimicrobica mediante imaging Raman scattering stimolato dell'incorporazione del deuterio in un singolo batterio

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DOI:

10.3791/62398

14 febbraio 2022

In questo articolo

Sommario

Questo protocollo presenta test rapidi di suscettibilità antimicrobica (AST) entro 2,5 ore mediante imaging Raman scattering stimolato da singole cellule del metabolismo di D2O. Questo metodo si applica ai batteri nelle urine o nell'ambiente del sangue intero, che è trasformativo per l'AST fenotipico a singola cellula rapida nella clinica.

Abstract

Per rallentare e prevenire la diffusione di infezioni resistenti agli antimicrobici, è urgente determinare quantitativamente gli effetti antimicrobici sugli agenti patogeni. In genere ci vogliono giorni per completare l'AST con metodi convenzionali basati sulla cultura a lungo termine e non funzionano direttamente per i campioni clinici. Qui, riportiamo un rapido metodo AST abilitato dall'imaging di scattering Raman stimolato (SRS) dell'incorporazione metabolica dell'ossido di deuterio (D2O). L'incorporazione metabolica di D2O nella biomassa e l'inibizione dell'attività metabolica in seguito all'esposizione agli antibiotici a livello di singolo batterio sono monitorate mediante imaging SRS. La concentrazione di inattivazione del metabolismo a singola cellula (SC-MIC) dei batteri dopo l'esposizione agli antibiotici può essere ottenuta dopo un totale di 2,5 ore di preparazione e rilevamento del campione. Inoltre, questo rapido metodo AST è direttamente applicabile a campioni batterici in ambienti biologici complessi, come l'urina o il sangue intero. L'imaging metabolico SRS dell'incorporazione del deuterio è trasformativo per l'AST fenotipico a singola cellula rapida nella clinica.

Introduzione

La resistenza antimicrobica (AMR) è una crescente minaccia globale per il trattamento efficace delle malattie infettive1. Si prevede che la resistenza antimicrobica causerà ulteriori 10 milioni di morti all'anno e una perdita di PIL globale di 100 trilioni di dollari entro il 2050 se non verrà intrapresa alcuna azione per combattere i batteri resistenti agli antibiotici 1,2. Ciò sottolinea l'urgente necessità di metodi diagnostici rapidi e innovativi per i test di sensibilità agli antibiotici (AST) dei batteri infettivi per rallentare la comparsa di batteri resistenti agli antibiotici e....

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Protocollo

L'uso di campioni di sangue umano è conforme alle linee guida dell'IRB della Boston University e del National Institutes of Health (NIH). Nello specifico, gli esemplari provengono da una banca e sono completamente deidentificati. Questi esemplari non sono considerati soggetti umani dall'ufficio dell'Institutional Review Board (IRB) della Boston University.

1. Preparazione di batteri e antibiotici soluzione madre

  1. Preparare la soluzione madre di antibiotici (gentamicina solfato o amoxicillina) ad una concentrazione di 1 mg/ml disciolta in soluzione salina sterile1x tamponata fosfato (PBS) o dimetilsolfossido (DMSO) in microprovette ....

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Risultati

L'effetto del tempo di incubazione sull'incorporazione del deuterio è misurato mediante microspettroscopia Raman spontanea nella regione C-D (da 2070 a 2250 cm-1) e C-H (da 2.800 a 3.100 cm-1) (Figura 4a). Gli spettri Raman a singola cellula time-lapse di P. aeruginosa coltivati in terreno contenente il 70% di D 2 O mostrano un aumento dell'intensità CD/CH nel tempo di incubazione da 0 a 180 min. (Figura 4b) La crescente abbondanza.......

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Discussione

L'AST rapida può essere ottenuta valutando la risposta dell'attività metabolica batterica al trattamento antibiotico utilizzando l'imaging metabolico SRS a singola cellula entro 2,5 ore dal campione ai risultati SC-MIC. La risposta dell'attività metabolica batterica e della suscettibilità antimicrobica può essere rilevata monitorando l'incorporazione metabolica di D2O per la sintesi di biomolecole utilizzando l'imaging SRS dei legami C-D. Poiché l'acqua è utilizzata ovunque nelle cellule viventi, l'imaging met.......

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Dichiarazioni

Gli autori non hanno conflitti di interesse da rivelare.

Ringraziamenti

Questo lavoro è stato supportato da NIH R01AI141439 a J.-X.C e M.S, e R35GM136223 a J.-X.C.

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Materiali

Elenco dei materiali utilizzati in questo articolo
NomeAziendaNumero di catalogoCommenti
Modulazione acusto-otticaGooch& HousegoR15180-1.06-LTDRaggio laser a colpi modulanti
AmoxicillinaSigma AldrichA8523-5G
Filtro passa-bandaChromaHQ825/150mBlocca il raggio laser a colpi prima del fotodiodo
Cloruro di calcioSigma AldrichC1016-100GRegolazione cationica
Mueller-Hinton BrodoFisher ScientificB12322Test di suscettibilità antimicrobica dei microrganismi con metodi di diluizione in brodo
CentrifugaThermo Scientific75002542
Occhiali di coperturaVWR16004-318
Provetta di coltura con tappo a scattomarca Fisher149569B
DaptomycinAcrosA0386346
deuterio151882Solvente organico per sciogliere gli antibiotici Ossido
deuterio-d6Sigma Aldrich156914Solvente organico come standard per calibrare il sistema di imaging SRS
Escherichia coli BW 25113The Coli Genetic Stock Center7636
Provette per microcentrifuga in polipropilene Eppendorf 1,5 mLmarca Fisher05-408-129
Gentamicina solfatoSigma AldrichG4918
Filtri idrofili al fluoruro di polivinilideneMillipore-SigmaSLSV025NBpori 5 e micro; m
Software ImageJVersione NIH: 2.0.0-rc-69/1.52tElaborazione e analisi delle immagini
Agitatore orbitale in incubazione impostato a 37 gradi; CVWR97009-890
Ciclo di inoculazioneSigmaBR452201-1000EA
InSight DeepSee laser pulsato a femtosecondiSpectra-PhysicsModello: insight X3Sorgente laser sintonizzabile e sorgente laser fissa a 1045 nm per l'imaging SRS
Amplificatore lock-inInstrumentHF2LIDemodula i segnali SRS
Condensatore d'olioOlympusU-AACNA 1.4
Pseudomonas aeruginosa ATCC 47085 (PAO1)American Type Culture CollectionATCC 47085
FotodiodoHamamatsuS3994-01Rivelatore
Tubo conico in polipropilene 15 mLFalcon14-959-53A
Filtri in polipropileneThermo Scientific726-2520dimensione dei pori 0,2 & micro; m
Piastre di Petri steriliCorning07-202-031
Siringa 10 mLmarca Fisher
Beckman CoulterModello: DU 530Misurazione della densità ottica alla lunghezza d'onda di 600 nm
Miscelatore a vorticeVWR97043-562
Obiettivo d'acquaOlympusUPLANAPO/IR60×, NA 1.2
Ossido di di Zurich Spettrofotometro UV/Vis 14955459

Riferimenti

  1. O'Neill, J. Tackling drug-resistant infections globally: final report and recommendations. The review on Antimicrobial Resistance. , (2016).
  2. Sugden, R., Kelly, R., Davies, S. Combatting antimicrobial resistance globally. Nature Microbiology. 1 (10)....

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Ristampe e permessi

Tag

Imaging di singoli batteriAST rapidaattivit metabolica battericamicroscopia SRSanalisi di campioni cliniciPseudomonas aeruginosaEscherichia coli