Per rallentare e prevenire la diffusione di infezioni resistenti agli antimicrobici, è urgente determinare quantitativamente gli effetti antimicrobici sugli agenti patogeni. In genere ci vogliono giorni per completare l'AST con metodi convenzionali basati sulla cultura a lungo termine e non funzionano direttamente per i campioni clinici. Qui, riportiamo un rapido metodo AST abilitato dall'imaging di scattering Raman stimolato (SRS) dell'incorporazione metabolica dell'ossido di deuterio (D2O). L'incorporazione metabolica di D2O nella biomassa e l'inibizione dell'attività metabolica in seguito all'esposizione agli antibiotici a livello di singolo batterio sono monitorate mediante imaging SRS. La concentrazione di inattivazione del metabolismo a singola cellula (SC-MIC) dei batteri dopo l'esposizione agli antibiotici può essere ottenuta dopo un totale di 2,5 ore di preparazione e rilevamento del campione. Inoltre, questo rapido metodo AST è direttamente applicabile a campioni batterici in ambienti biologici complessi, come l'urina o il sangue intero. L'imaging metabolico SRS dell'incorporazione del deuterio è trasformativo per l'AST fenotipico a singola cellula rapida nella clinica.