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Ottimizzazione del Test Sierologico Single Reporter.
La strategia di accoppiamento per tutti gli antigeni SARS-CoV-2 è descritta in Cameron, et al., 20201 e nel passaggio 2.1 sopra. La strategia per la conferma dell'accoppiamento è descritta nel passaggio 2.3 precedente. Per un accoppiamento efficiente, i valori mediani di intensità di fluorescenza (IFM) devono essere significativamente superiori alle reazioni di controllo negative senza siero/senza anticorpi e devono dimostrare una risposta alla dose di segnale MFI decrescente con quantità decrescenti di reagente di rilevazione. Le IFM di circa 1.000 unità MFI o superiori rispetto alle IFM di fondo indicano generalmente un accoppiamento proteico efficiente e dipendono dalla concentrazione e dalla specificità del reagente di rilevazione utilizzato. Utilizzando questo metodo, la conferma dell'accoppiamento dell'antigene S, RBD e Nc è stata testata per due lotti di perle (Figura 2). I segnali MFI per tutti gli antigeni erano significativamente più alti dell'IFM di fondo e mostravano una risposta alla dose con titolazione dei reagenti di rilevazione. I dati hanno anche mostrato una buona riproducibilità dei livelli di IFM tra i due diversi lotti di perle accoppiate.
L'ottimizzazione del test del singolo reporter è stata eseguita come descritto in Cameron, et al., 20201. Ogni antigene è stato testato a diverse concentrazioni di accoppiamento con diverse diluizioni di diversi campioni di siero che rappresentano campioni alti, medi, bassi e negativi. Inoltre, poiché il test misura i titoli IgG, un siero spogliato di IgG è stato utilizzato come ulteriore campione negativo. I risultati di una serie rappresentativa di diluizione del campione con diversi livelli di accoppiamento dell'antigene sono mostrati nella Figura 3. Questa serie iniziale di diluizione è stata testata con una concentrazione fissa di reagenti di rilevamento per ottenere una gamma potenziale di livelli rappresentativi di IFM antigene-specifici e di fondo. Da questi dati, sono stati determinati ulteriori intervalli di diluizione del campione e livelli di accoppiamento dell'antigene e testati ulteriormente con campioni aggiuntivi (dati non mostrati).
Successivamente, la concentrazione del reagente di rilevamento è stata ottimizzata per l'uso con le diverse diluizioni sieriche e i livelli di accoppiamento dell'antigene. I dati rappresentativi che utilizzano 6 campioni positivi e 2 negativi sono mostrati nella Figura 4. A seguito di ulteriori test con diverse centinaia di campioni di siero pre-COVID-19 negativi, i livelli ottimali di accoppiamento dell'antigene finale e le concentrazioni di regent di rilevamento sono stati selezionati per il protocollo di analisi finale, come descritto nella sezione 5.
Conversione in un singolo test di neutralizzazione del reporter
La conversione del singolo saggio sierologico reporter in un test di neutralizzazione è stata ottenuta aggiungendo una fase di incubazione utilizzando ACE2 (come reagente concorrente) con le perle prima di aggiungere il campione di siero. Titolando la quantità di ACE2 aggiunta, è stata osservata l'inibizione del legame di IgG agli antigeni S e RBD, come mostrato nella Figura 5. Mentre gli 11 sieri dei pazienti avevano titoli diversi di IgG, ciascuno mostrava una significativa diminuzione del segnale MFI con l'aumento della concentrazione di ACE2. Come previsto, ACE2 influisce solo sui segnali MFI di S e RBD, ma non sull'antigene Nc.
La percentuale di segnale MFI residuo relativa a 0 μg/mL ACE2 per tutti i campioni è mostrata nella Figura 6. Per la maggior parte dei campioni, è stata osservata una perdita di segnale >30% per S e RBD con aumento della concentrazione di ACE2. Come previsto, non c'è stato alcun effetto di ACE2 sul segnale Nc.
Conversione in un doppio saggio sierologico IgG e IgM a doppio reporter
Per il test IgG e IgM a doppio reporter, sono state utilizzate le condizioni standard del test del singolo reporter per testare diverse combinazioni di anticorpi e reporter per i due canali reporter. Il canale RP1 è simile ai precedenti strumenti di analisi del flusso con rilevamento della fluorescenza "arancione" per coloranti reporter come il PE. Il secondo canale, RP2, impiega un laser di eccitazione viola che può essere utilizzato per rilevare la fluorescenza "blu" di coloranti eccitati a 402 nm con picchi di spettri di emissione nell'intervallo 421-441 nm.
Diverse combinazioni di anticorpi anti-umani IgG e IgM sono state testate a varie concentrazioni con le condizioni standard di diluizione e incubazione del campione di 2.000 volte dettagliate nella sezione 6. Un test iniziale di anti-IgM coniugato al colorante reporter DyLight 405 (DL 405; eccitazione a 400 nm ed emissione a 420 nm) per il canale RP2 è stato eseguito utilizzando una serie di 11 campioni PCR-positivi con DFSO che vanno da 5 a >60 giorni e un campione di siero spogliato di IgG. Questo reagente di rilevamento non ha prodotto un segnale elevato nel canale RP2 come mostrato nella Figura 7A,B, C. Per i campioni con IgM RP2 MFI elevato, i segnali più alti sono stati osservati per RBD e Nc (Figura 7B,C). Mentre i titoli IgM dovrebbero essere elevati in questo momento in alcuni campioni, i livelli di IFM osservati non hanno superato le 140 unità MFI con il reagente di rilevamento IgM. Inoltre, il perle di controllo per IgM mancava di una gamma dinamica significativa per MFI quando si utilizzava DL 405 coniugato a anti-IgM rispetto a un reporter RP1 anti-IgM etichettato con PE utilizzato alle stesse concentrazioni (Figura 7D).
Poiché non era disponibile un reagente di rilevamento RP2 segnalatore adatto per IgM, l'anti-IgG originale di biotina con SASB è stato testato per l'uso nel canale RP2. Il segnale per IgG nel canale RP2 con SASB non aveva la stessa gamma dinamica di SAPE, ma aveva comunque un intervallo adatto per misurare i titoli IgG per S, RBD e Nc (Figura 8). Questi dati hanno portato a testare diverse combinazioni di reagenti di rilevamento RP1 IgM e RP2 IgG, come descritto di seguito.
Conversione al test di neutralizzazione del doppio reporter
Il test sierologico a doppio reporter è stato convertito in un test di neutralizzazione aggiungendo una fase di incubazione con ACE2 e pere, prima di aggiungere il campione di siero. È stata utilizzata una serie di diluizione 2 volte di ACE2 a partire da 16 μg / ml, quindi testata con set di 11 campioni e sieri spogliati come descritto sopra. Inoltre, 3 diverse combinazioni di miscele di anticorpi di rilevamento RP1 IgM e RP2 IgG sono state testate su una serie di 11 campioni e controlli sierici spogliati. Le combinazioni finali e le concentrazioni di reagenti ritenute ottimali sono descritte in dettaglio nella Tabella 1.
Per il rilevamento di IgG, la biotina anti-umana IgG / SASB utilizzata nel test originale del singolo reporter è stata testata insieme a un altro anti-IgG coniugato al colorante BV reporter. Mentre il coniugato BV aveva segnali MFI RP2 elevati, l'intensità del segnale MFI per il titolo IgG variava tra le titolazioni ACE2 (Figura 9A, C, E). La combinazione IgG/SASB anti-human di biotina ha avuto una diminuzione del segnale MFI più consistente attraverso la titolazione ACE2 rispetto al coniugato BV, dimostrando una risposta alla dose, sebbene i livelli di MFI fossero più bassi. La fluttuazione del segnale da parte del coniugato BV tra le concentrazioni di ACE2 ha anche interferito nel determinare l'inibizione percentuale da parte di ACE2 nell'intervallo dei titoli IgG rispetto alla combinazione IgG/SASB anti-umana di biotina (Figura 9B,D, F). I campioni con segnali MFI bassi, come il campione DFSO 3, non hanno titoli abbastanza alti per valutare le prestazioni di questi reagenti o misurare la capacità di neutralizzazione IgG.
Per determinare i titoli IgM nel canale RP1, un anti-IgM coniugato con PE è stato confrontato con un IgM anti-umano coniugato al colorante reporter DyLight 549 (DL 549; eccitazione a 562 nm ed emissione a 576 nm) alle concentrazioni elencate nella Tabella 1. Di questi due reagenti, l'anti-IgM PE ha mostrato IFM più elevate di quelle generate da DL 549 IgM anti-umano per i campioni testati (Figura 9A,C,E). Il perle di controllo IgM che misurava l'aggiunta di questi reagenti aveva diverse IFM medie di ≈ 17.000 per l'anti-IgM PE e 2.723 per il coniugato DL 549. Anche con queste differenze, l'impatto delle varie concentrazioni di ACE2 sulle IFM è stato misurabile con il coniugato DL 549. Per determinare l'inibizione ACE2% del legame IgM, c'era una leggera ma insignificante differenza tra i due reagenti di rilevamento IgM (Figura 9B, D , F).
| Combinazione | Cronista | Concentrazione finale nel pozzo (μg/mL) |
| RP1 | RP2 |
| 1 | PE anti-IgM | 2 | - |
| Biotina-Ig | - | 0.62 |
| SASB · | - | 4 |
| 2 | DyLight 549 IgM anti-umano | 1 | - |
| Viola Brillante 421 Anti-Human IgG | - | 1 |
| 3 | DyLight 549 IgM anti-umano | 1 | - |
| Biotina-Ig | - | 0.62 |
| SASB · | - | 4 |
Tabella 1: Elenco delle combinazioni di coloranti reporter RP1 e RP2 testate. Diversi coloranti reporter RP1 e RP2 sono stati valutati per misurare i titoli IgG e IgM. Le tre combinazioni mostrate sopra sono state testate in diverse modalità di rilevamento RP1 e per l'ottimizzazione del test di neutralizzazione. Per le combinazioni di RP2 che utilizzano SASB, vengono mostrate le concentrazioni per l'anticorpo di rilevamento biotinilato e SASB. *La concentrazione finale rappresenta la concentrazione finale nel pozzo di reazione.

Figura 1: Diagramma di flusso che evidenzia i principali passaggi del protocollo di analisi. Fare clic qui per visualizzare una versione più grande di questa figura.

Figura 2: Conferma dell'accoppiamento dell'antigene. Gli antigeni sono stati accoppiati a 100, 10 e 1 pmol/106 perme. Per gli antigeni S e RBD, i sieri anti-S di coniglio sono stati utilizzati e rilevati con PE anti-coniglio IgG. Per Nc, è stato utilizzato un policlonale di coniglio purificato con proteina G anti-Nc. Vengono mostrate le curve di titolazione per le perle accoppiate con 10 pmol S (A), 100 pmol RBD (B) e 100 pmol Nc (C). Fare clic qui per visualizzare una versione più grande di questa figura.

Figura 3: Ottimizzazione della diluizione sierica con diversi livelli di accoppiamento dell'antigene. I campioni di siero che rappresentano campioni alti, medi, bassi e negativi sono stati testati con i diversi accoppiamenti antigene pmol/106 perle. Una titolazione sierica di 4 volte è stata testata con una miscela multiplex di perle accoppiate all'antigene utilizzando il protocollo di dosaggio descritto nel paragrafo 5. Vengono mostrati i valori IFM delle curve di titolazione per S (A), RBD (B) e Nc (C). Fare clic qui per visualizzare una versione più grande di questa figura.

Figura 4: Determinazione della diluizione sierica ottimale e concentrazione del reagente di rilevamento. Otto campioni di siero, tra cui pazienti negativi (2 campioni) e da bassi ad alti positivi (6 campioni), sono stati testati a ulteriori diluizioni sieriche con tre diverse concentrazioni di reagenti di rilevamento. I risultati delle IFM sono mostrati per S (A), RBD (B) e Nc (C). Sulla base di questi e di altri dati (non mostrati), è stata selezionata una diluizione del campione di 1:2.000 e una concentrazione di anticorpi per il rilevamento della biotina di 0,62 μg/ml. Fare clic qui per visualizzare una versione più grande di questa figura.

Figura 5: Ottimizzazione del test di neutralizzazione del singolo reporter. La modifica del singolo saggio sierologico reporter in un test di rilevamento degli anticorpi neutralizzanti è stata eseguita aggiungendo una fase di incubazione con ACE2 come concorrente, come descritto nella Sezione 6. Una serie di 11 campioni, che vanno dai sieri a titolo basso ad alto positivo, e un campione di siero a strisce IgG sono stati testati con una serie di diluizione doppia di ACE2 a partire da 4 μg / mL, utilizzando condizioni di dosaggio standard. In questo intervallo di concentrazioni di ACE2, si può vedere una diminuzione dell'IFM con un aumento di ACE2 per S (A) e RBD (B), ma non per Nc (C). Fare clic qui per visualizzare una versione più grande di questa figura.

Figura 6: Inibizione percentuale del segnale con ACE2. Vengono mostrati i segnali residui percentuali per il set di 11 campioni (dalla Figura 4). Per ogni campione, indipendentemente dal titolo IgG, è stata raggiunta una diminuzione massima del segnale MFI ≥30% per S (A) e RBD (B) alla massima concentrazione di ACE2. Per l'antigene Nc (C) non vi è stata alcuna inibizione significativa del segnale con qualsiasi quantità di ACE2 testata. Fare clic qui per visualizzare una versione più grande di questa figura.

Figura 7: Test di DyLight 405 anti-IgM come reagente di rilevamento IgM RP2. Una serie di 11 campioni e sieri spogliati di IgG sono stati utilizzati per testare l'anti-IgM coniugato DL 405 come reagente di rilevamento RP2. Vengono mostrati i segnali IFM IgM RP2 per S (A), RBD (B) e Nc (C). Il segnale MFI più alto per qualsiasi antigene con qualsiasi campione era di circa 140 unità MFI per RBD con campione H (B). Anche il segnale sul set di perle di controllo IgM era inferiore a 1.000 MFI nel canale RP2 su tutta la gamma di titoli anticorpali e non mostrava l'aumento della gamma dinamica osservata con l'anticorpo di rilevamento anti-IgM PE nel canale RP1 (D). Fare clic qui per visualizzare una versione più grande di questa figura.

Figura 8: Ottimizzazione di SASB come reporter RP2 con Biotina anti-IgG. Una serie di 11 campioni e sieri spogliati di IgG sono stati utilizzati per testare una serie di diluizione di SASB con lo standard 0,62 μg / mL biotina anti-IgG. Vengono mostrate le IFM IgG risultanti nel canale RP2 per S (A), RBD (B) e Nc (C). Fare clic qui per visualizzare una versione più grande di questa figura.

Figura 9: Confronto di tre diverse combinazioni di miscele di rilevamento RP1 IgM e RP1 IgG. Tre diverse miscele di anticorpi di rilevamento sono state testate su 11 campioni e sieri spogliati di IgG. Le combinazioni e le concentrazioni finali utilizzate sono descritte nella Tabella 1. Tutti i campioni sono stati testati con una diluizione ACE2 2 volte superiore, a partire da 16 μg/mL. Vengono mostrati i dati per i campioni presso DFSO di 3, 12 e 30 giorni. I segnali MFI per RP1 IgM (arancione) e RP2 IgG (blu) sono mostrati in A (DFSO 3), C (DFSO 12) ed E (DFSO 30). Le IFM residue ACE2% sono mostrate in B (DFSO 3), D (DFSO 12) e F (DFSO 30). I segnali che rappresentano una diminuzione del >30% rispetto a Nessun controllo ACE2 sono evidenziati in verde chiaro. Fare clic qui per visualizzare una versione più grande di questa figura.