Come vertebrato, il pesce zebra è stato ampiamente utilizzato negli studi biologici. Il pesce zebra e gli esseri umani condividono un'elevata omologia genetica, che ne consente l'uso come modello per le malattie umane. Lo studio della funzione genica si basa sulla rilevazione dei modelli di espressione genica. Sebbene l'immunoistochimica offra un modo potente per saggiare l'espressione proteica, il numero limitato di anticorpi disponibili in commercio nel pesce zebra limita l'applicazione del costaining. L'ibridazione in situ è ampiamente utilizzata negli embrioni di zebrafish per rilevare l'espressione di mRNA. Questo protocollo descrive come ottenere immagini combinando ibridazione in situ e immunoistochimica per sezioni di embrioni di zebrafish. L'ibridazione in situ è stata eseguita prima della criosezione, seguita dalla colorazione anticorpale. L'immunoistochimica e l'imaging di una singola criosezione sono stati eseguiti dopo l'ibridazione in situ . Il protocollo è utile per svelare il modello di espressione di due geni, prima mediante il rilevamento di trascritti in situ e poi mediante immunoistochimica contro una proteina nella stessa sezione.