$$\rightleftharpoonup{xx}$$
$$\longleftharp{xx}$$,
$$\longrightharp{xx}$$,
Il nematode Caenorhabditis elegans interagisce con una grande varietà di microrganismi in natura. In generale, C. elegans si trova comunemente nella materia vegetale marcia, in particolare nei frutti marci come le mele o sui cumuli di compost. È anche associato a determinati ospiti invertebrati come lumache e woodlice. Questi habitat sono ricchi di microbi, che servono da cibo per C. elegans e che possono anche colonizzare persistentemente l'intestino del nematode. Ad oggi, l'esatta diversità e consistenza del microbiota nativo di C. elegans tra habitat e posizioni geografiche non è completamente compresa. Qui, descriviamo un approccio adatto per isolare C. elegans dalla natura e caratterizzare il microbiota dei vermi. I nematodi possono essere facilmente isolati dal materiale di compost, mele in decomposizione, lumache o attratti mettendo mele su cumuli di compost. Il momento migliore per trovare C. elegans nell'emisfero settentrionale va da settembre a novembre. I vermi possono essere lavati via dal materiale del substrato raccolto immergendo il substrato in una soluzione tampone, seguita dalla raccolta dei nematodi e dal loro trasferimento sul mezzo di crescita dei nematodi o sul tampone PCR per le successive analisi. Illustriamo inoltre come i campioni possono essere utilizzati per isolare e purificare i microrganismi associati ai vermi e per elaborare i vermi per l'analisi dell'RNA ribosomiale 16S della composizione della comunità del microbiota. Nel complesso, i metodi descritti possono stimolare nuove ricerche sulla caratterizzazione del microbiota di C. elegans in habitat e posizioni geografiche, contribuendo così a ottenere una comprensione completa della diversità e della stabilità del microbiota del nematode come base per la futura ricerca funzionale.