L'immunità mediata dalle cellule T svolge un ruolo importante nel controllo dell'infezione da flavivirus, sia dopo la vaccinazione che dopo l'infezione naturale. La "qualità" di una cellula T deve essere valutata per funzione e una funzione più elevata è associata a una protezione immunitaria più potente. Le cellule T che possono produrre simultaneamente due o più citochine o chemochine a livello di singola cellula sono chiamate cellule T polifunzionali (TPFs), che mediano le risposte immunitarie attraverso una varietà di meccanismi molecolari per esprimere marcatori di degranulazione (CD107a) e secernere interferone (IFN)-γ, fattore di necrosi tumorale (TNF)-α, interleuchina (IL)-2 o proteina infiammatoria dei macrofagi (MIP)-1α. Vi è una crescente evidenza che le TPFsono strettamente correlate al mantenimento della memoria immunitaria a lungo termine e alla protezione e che la loro maggiore proporzione è un importante marker di immunità protettiva ed è importante nel controllo efficace dell'infezione virale e della riattivazione. Questa valutazione si applica non solo a specifiche risposte immunitarie, ma anche alla valutazione delle risposte immunitarie cross-reattive. Qui, prendendo come esempio il virus dell'encefalite giapponese (JEV), il metodo di rilevamento e lo schema di colori della citometria a flussodei PF Tspecifici di JEV prodotti dalle cellule mononucleate del sangue periferico di bambini vaccinati contro l'encefalite giapponese sono stati testati per fornire un riferimento per studi simili.