Nell'ultimo decennio, lo sviluppo di terapie mirate e immunoterapeutiche ha aumentato significativamente la sopravvivenza globale (OS) del carcinoma polmonare non a piccole cellule non squamoso (NS-NSCLC)1,2. A questo proposito, il numero di geni obbligatori e bersagli molecolari da analizzare nel trattamento di NS-NSCLC è aumentato negli ultimi anni 3,4.
Le attuali linee guida internazionali raccomandano di testare EGFR, ALK, ROS1, BRAF, NTRK, RET, e MET alla diagnosi di NS-NSCLC5 avanzato. Inoltre, poiché nuovi farmaci hanno recentemente dato risultati molto promettenti negli studi clinici, ulteriori alterazioni genomiche saranno presto sottoposte a screening in un certo numero di geni aggiuntivi, in particolare KRAS e HER2, insieme a BRAC1/BRAC2, PI3KA, NRG1 e NUT 6,7,8,9. Inoltre, lo stato di diversi geni associati, come STK11, KEAP1 e TP53 può essere di grande interesse per una migliore previsione della risposta o della resistenza ad alcune terapie mirate e/o inibitori del checkpoint immunitario (ICI)10,11,12.
È importante sottolineare che le alterazioni molecolari devono essere segnalate senza ritardi significativi per garantire un attento processo decisionale clinico. L'assenza di caratterizzazione molecolare di un tumore può portare all'inizio di terapie non mirate come la chemioterapia con/senza immunoterapia, portando a una strategia di trattamento non ottimale, poiché la risposta alla chemioterapia è limitata nei pazienti con alterazioni perseguibili, come mutazioni di EGFR o fusioni geniche13.
Inoltre, l'attuale sviluppo di terapie/immunoterapie mirate in contesti neoadiuvanti e/o adiuvanti potrebbe portare alla ricerca sistematica, almeno, di alterazioni di EGFR e ALK in NS-NSCLC in fase iniziale, poiché gli ICI dovrebbero essere somministrati solo nei tumori wild-type per EGFR e ALK14. Ora è anche obbligatorio testare la presenza di mutazioni di EGFR nel NS-NSCLC in fase iniziale, poiché osimertinib (un inibitore tirosin-chinasico di terza generazione di EGFR) può essere utilizzato come terapia adiuvante nel NS-NSCLC15 con mutazione di EGFR.
La strategia per la valutazione dei diversi biomarcatori nel predire la risposta a diverse terapie mirate e/o immunoterapie nei pazienti NS-NSCLC si sta muovendo rapidamente, il che rende l'identificazione di questi biomarcatori sequenzialmente difficile 3,16. A questo proposito, il Next-Generation Sequencing (NGS) è ora l'approccio ottimale per la valutazione parallela ad alto rendimento delle alterazioni geniche in NS-NSCLC 5,17.
Tuttavia, il flusso di lavoro NGS può essere difficile da padroneggiare e può portare a TAT18,19 più lunghi. Pertanto, molti centri eseguono ancora approcci sequenziali (immunoistochimica (IHC), ibridazione fluorescente in situ (FISH) e/o sequenziamento mirato). Tuttavia, questa strategia è limitata in caso di piccole dimensioni del campione e, soprattutto, a causa dell'aumento del numero di mutazioni utilizzabili che devono essere testate in NS-NSCLC20. Pertanto, i metodi di analisi ultrarapidi e semplici che consentono la valutazione rapida delle alterazioni genetiche sono diventati sempre più importanti per un processo decisionale clinico ottimale. Inoltre, i sistemi approvati e accreditati per i test molecolari stanno diventando obbligatori per la prescrizione di specifiche terapie mirate.
In questo articolo, descriviamo un test NGS basato su ampliconi ultraveloce e automatizzato per l'analisi molecolare di NS-NSCLC che viene utilizzato nel Laboratorio di Patologia Clinica e Sperimentale (LPCE), Ospedale Universitario di Nizza, Francia ed è accreditato secondo la norma ISO 15189 dal Comitato di Accreditamento Francese (COFRAC) (https://www.cofrac.fr/). Il COFRAC certifica che il laboratorio soddisfa i requisiti della norma ISO 15189 e delle norme di applicazione COFRAC per le attività di prova/taratura in analisi molecolare in NGS automatizzato su sequenziatore con il pannello eseguito dal laboratorio. L'accreditamento secondo lo standard internazionale riconosciuto ISO 15189 dimostra la competenza tecnica del laboratorio per un ambito definito e il corretto funzionamento di un sistema di gestione appropriato in questo laboratorio. Vengono discussi i vantaggi e i limiti di questo flusso di lavoro, a partire dalla preparazione dei campioni di biopsia tissutale fino all'ottenimento del referto.