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Research Article
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Erratum Notice
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Retraction Notice
The article Assisted Selection of Biomarkers by Linear Discriminant Analysis Effect Size (LEfSe) in Microbiome Data (10.3791/61715) has been retracted by the journal upon the authors' request due to a conflict regarding the data and methodology. View Retraction Notice
La tecnica che prevede la fagocitosi dei conidi fungini da parte dei macrofagi è ampiamente utilizzata per gli studi che valutano la modulazione delle risposte immunitarie nei confronti dei funghi. Lo scopo di questo manoscritto è quello di presentare un metodo per valutare la fagocitosi e le capacità di clearance dei macrofagi di derivazione mononucleare del sangue periferico umano stimolati con Trichoderma stromaticum conidia.
I macrofagi rappresentano una linea di difesa cruciale e sono responsabili della prevenzione della crescita e della colonizzazione di agenti patogeni in diversi tessuti. La fagocitosi conidiale è un processo chiave che consente di studiare gli eventi citoplasmatici e molecolari coinvolti nelle interazioni macrofago-patogeno, nonché di determinare il momento di morte dei conidi internalizzati. La tecnica che prevede la fagocitosi dei conidi fungini da parte dei macrofagi è ampiamente utilizzata per gli studi che valutano la modulazione delle risposte immunitarie nei confronti dei funghi. L'evasione della fagocitosi e la fuga dei fagosomi sono meccanismi di virulenza fungina. Di seguito, riportiamo i metodi che possono essere utilizzati per l'analisi della fagocitosi, della clearance e della vitalità di T. stromaticum conidia, un fungo che viene utilizzato come agente di biocontrollo e biofertilizzante ed è in grado di indurre infezioni umane. Il protocollo consiste in 1) coltura di Trichoderma , 2) lavaggio per ottenere conidi, 3) isolamento delle cellule mononucleate del sangue periferico (PBMC) utilizzando il metodo della soluzione di polisaccarosio e la differenziazione delle PBMC in macrofagi, 4) un metodo di fagocitosi in vitro utilizzando vetrini coprioggetti rotondi e colorazione e 5) un test di clearance per valutare la vitalità dei conidi dopo la fagocitosi dei conidi. In sintesi, queste tecniche possono essere utilizzate per misurare l'efficienza di eliminazione fungina dei macrofagi.
Il genere Trichoderma (Ordine: Hypocreales, Famiglia: Hypocreaceae) è composto da funghi saprofiti ubiquitari che sono parassiti di altre specie fungine e sono in grado di produrre una serie di enzimi commercialmente utili1. Queste specie fungine sono utilizzate per la produzione di proteine eterologhe2, la produzione di cellulosa3, etanolo, birra, vino e carta4, nell'industria tessile5, nell'industria alimentare6 e in agricoltura come agenti di controllo biologico 7,8. Oltre all'interesse industriale per queste specie fungine, il crescente numero di infezioni nell'uomo ha conferito ad alcune specie di Trichoderma lo status di patogeni opportunisti9.
Trichoderma spp. cresce rapidamente in coltura, con colonie inizialmente bianche e cotonose che virano dal giallo verdastro al verde scuro10. Sono adattati a vivere in un'ampia gamma di condizioni di pH e temperatura, e le specie opportuniste sono in grado di sopravvivere a pH e temperature fisiologiche e, quindi, colonizzare diversi tessuti umani 11,12,13. È importante sottolineare che l'aumento del tasso di infezione da Trichoderma spp. può essere associato a fattori di virulenza e questi non sono ben studiati. Inoltre, gli studi incentrati sulla comprensione della risposta immunitaria contro le specie opportuniste di Trichoderma sono ancora rari.
Durante un'infezione, insieme ai neutrofili, i macrofagi rappresentano la linea di difesa responsabile della fagocitosi e, quindi, impediscono la crescita e la colonizzazione di agenti patogeni in diversi tessuti. Utilizzando recettori di riconoscimento di pattern, come i recettori Toll-like e i recettori della lectina di tipo C, i macrofagi fagocitano i funghi e li trasformano in fagolisosomi, promuovendo così un'esplosione respiratoria, il rilascio di citochine pro-infiammatorie e la distruzione dei microrganismi fagocitati14. Il meccanismo della fagocitosi, tuttavia, può essere influenzato ed eluso da diverse strategie microbiche, come la dimensione e la forma delle cellule fungine; la presenza di capsule che ostacolano la fagocitosi; diminuzione del numero di recettori che inducono la fagocitosi; il rimodellamento della struttura delle fibre di actina nel citoplasma; ostacolare la formazione di pseudopodi; e il fagosoma o il fagolisosoma fuoriescono dopo il processo di fagocitosi14.
Molti agenti patogeni, tra cui il Cryptococcus neoformans, usano i macrofagi come nicchia per sopravvivere nell'ospite, disseminarsi e indurre l'infezione15. Il saggio di fagocitosi e clearance viene utilizzato per valutare la risposta immunitaria contro i patogeni e per identificare le strategie microbiche impiegate per eludere il sistema immunitario innato 15,16,17. Questo tipo di tecnica può anche essere utilizzata per esaminare la cinetica differenziale della fagocitosi, dell'acidificazione ritardata dei fagosomi e dell'esplosione ossidativa che si traducono in una riduzione dell'uccisione fungina18.
Diversi metodi possono essere utilizzati per valutare la fagocitosi, la sopravvivenza fungina e l'evasione del processo di maturazione del fagosoma. Questi includono la microscopia a fluorescenza, che viene utilizzata per osservare la fagocitosi, la posizione cellulare e le molecole prodotte durante la fagocitosi19; citometria a flusso, che fornisce dati quantitativi sulla fagocitosi e viene utilizzata per valutare i diversi marcatori coinvolti nel processo20,21; microscopia intravitale, che viene utilizzata per valutare la cattura microbica e la maturazione dei fagosomi22; fagocitosi mediata da anticorpi, che viene utilizzata per valutare la specificità del processo di fagocitosi per un patogeno23; e altri 24,25,26,27.
Il protocollo qui presentato impiega un metodo comune, a basso costo e diretto che utilizza un microscopio ottico e un saggio di crescita su piastra per valutare la fagocitosi e l'uccisione dei conidi fungini. Questo protocollo fornirà ai lettori istruzioni dettagliate per l'esecuzione del saggio di fagocitosi e clearance utilizzando macrofagi di derivazione mononucleare del sangue periferico umano esposti a T. stromaticum. I PBMC sono stati utilizzati perché i conidi di Trichoderma sono applicati come biocontrollo contro i fitopatogeni e come biofertilizzante per le colture vegetali in tutto il mondo e hanno causato diverse infezioni umane, chiamate Trichodermosis. Oltre a ciò, ci sono solo due lavori precedenti incentrati sull'interazione tra Trichoderma conidi e il sistema immunitario umano, in cui abbiamo esaminato i neutrofili28 e l'autofagia nei macrofagi29. Questo articolo mostra in primo luogo come la fagocitosi dei conidi di T. stromaticum da parte di macrofagi derivati da PBMC possa essere studiata, e poi come la vitalità dei conidi inghiottiti possa essere valutata utilizzando semplici tecniche basate sulla microscopia. Questo protocollo può facilitare ulteriormente le indagini sulla risposta immunitaria associata ai macrofagi o sui meccanismi correlati alla modulazione del sistema immunitario.
Considerazioni etiche e soggetti umani
Tutti gli esperimenti con gli esseri umani descritti in questo studio sono stati condotti secondo la Dichiarazione di Helsinki e le leggi federali brasiliane e approvati dal Comitato Etico dell'Università Statale di Santa Cruz (codice di identificazione del progetto: 550.382/2014).
Il sangue periferico umano è stato raccolto da volontari sani della città di Ilhéus, Bahia, Brasile, non esposti ad attività lavorative legate al fungo studiato. Sono stati esclusi gli individui con condizioni mediche di salute segnalate o che fanno uso di farmaci. Tutti i soggetti hanno accettato volontariamente di partecipare e hanno firmato un modulo di consenso informato prima di essere inclusi in questo studio.
1. Preparazione dei reagenti e delle soluzioni
NOTA: Preparare i seguenti reagenti e soluzioni prima di procedere. Vedere la tabella dei materiali (TOM) per le informazioni sul fornitore del reagente e del materiale.
2. Coltura e lavorazione del Trichoderma stromaticum
3. Isolamento delle cellule mononucleate del sangue periferico (PBMC)
NOTA: Le PBMC sono ottenute con il metodo della barriera di densità utilizzando una soluzione di polisaccarosio di densità 1,077 g/mL30.
4. Cinetica della fagocitosi
NOTA: I macrofagi di derivazione mononucleare del sangue periferico umano sono trattati con conidi di T. stromaticum a una molteplicità di infezione (MOI) di 1:10 o solo terreno R10 come controllo. La molteplicità dell'infezione (MOI) rappresenta il rapporto tra gli agenti infettivi aggiunti ai bersagli di infezione ed è presentata come numeri assoluti: MOI = agenti:bersagli31. In questo caso, utilizziamo 1 conidi di T. stromaticum (agente) per 10 macrofagi (bersagli). Successivamente, le cellule vengono incubate a 37 °C e al 5% di CO2 per diversi periodi di tempo (3 h, 24 h, 48 h, 72 h, 96 h e 120 h). Successivamente, viene utilizzato un vetrino coprioggetti rotondo per visualizzare al microscopio i macrofagi aderenti coinvolti nel processo di fagocitosi. Viene fornita una figura di disegno sperimentale (Figura 1).
NOTA: Si consiglia l'uso di piastre a 24 pozzetti.
(1)
(2)
Figura 1: Rappresentazione schematica del saggio di fagocitosi e vitalità conidiale utilizzando macrofagi di derivazione mononucleare del sangue periferico umano. (versetti da 1 a 10) Saggio di fagocitosi: Il T. stromaticum deve essere coltivato in PDA e i conidi vengono recuperati lavando la piastra con PBS. Le PBMC devono essere isolate con il metodo della barriera di densità utilizzando il protocollo descritto, coltivate in piastre a 24 pozzetti con vetrini coprioggetti rotondi sterili per 7 giorni per la differenziazione in macrofagi e quindi trattate con un MOI di 1:10 con intervalli di tempo diversi. I vetrini coprioggetti rotondi vengono rimossi e colorati con il kit di colorazione e i risultati vengono analizzati al microscopio ottico. (1-8,11-13) Saggio di vitalità dei conidi: dopo l'isolamento, i PBMC vengono coltivati in piastre da 24 pozzetti senza vetrini coprioggetti rotondi per 7 giorni per la differenziazione in macrofagi e quindi trattati con un MOI di 1:10 per diversi intervalli di tempo. Le cellule devono essere lisate mediante incubazione con acqua distillata; la sospensione viene quindi centrifugata, quindi il pellet risospeso viene placcato in PDA per analizzare la cinetica di crescita del Trichoderma. Questa figura è stata progettata utilizzando un database di immagini. Fare clic qui per visualizzare una versione più grande di questa figura.
5. Saggio di vitalità conidiale dopo fagocitosi
NOTA: Viene fornita una figura di disegno sperimentale (Figura 1).
NOTA: Utilizzare piastre a 24 pozzetti.
6. Analisi statistica
La tecnica che prevede la fagocitosi dei conidi fungini da parte dei macrofagi è ampiamente utilizzata per gli studi che valutano la modulazione delle risposte immunitarie nei confronti dei funghi. Abbiamo utilizzato la fagocitosi dei conidi di T. stromaticum per valutare la vitalità dei conidi dopo la fagocitosi, poiché l'evasione della fagocitosi e la fuga dei fagosomi sono meccanismi di virulenza fungina. I ricercatori dovrebbero eseguire queste tecniche come uno dei primi saggi quando studiano una specie di interesse clinico.

Figura 2: Fagocitosi dei conidi di T. stromaticum da parte di macrofagi di derivazione mononucleare del sangue periferico umano. Risultati rappresentativi della cinetica di fagocitosi (A) sotto obiettivi 40x e (B) 100x che mostrano macrofagi derivati da PBMC contenenti T. stromaticum conidia. (C) T. stromaticum conidia liberi e attaccati alla membrana esterna; (D) T. stromaticum conidi completamente internalizzati dai macrofagi; (E) conidi di T. stromaticum in un piano superiore; (F) fagocitosi multipla; e (G) germinazione dei conidi all'interno (H) e all'esterno dei macrofagi. Frecce: gialle, conidi liberi; bianco, conidi attaccati alla membrana esterna; conidi neri, completamente interiorizzati; germinazione rossa dei conidi all'interno dei macrofagi. Frecce tratteggiate: nere, fagocitosi multipla; conidi rossi che germinano nel terreno R10 al di fuori dei macrofagi; bianco, conidi nel piano superiore. La barra della scala indica 20 μm. Fare clic qui per visualizzare una versione più grande di questa cifra.
La Figura 2 mostra i risultati rappresentativi della cinetica di fagocitosi. All'inizio del processo di fagocitosi, si possono osservare conidi liberi di T. stromaticum, così come conidi attaccati alla membrana esterna dei macrofagi o da essi completamente internalizzati (Figura 2A-C). Meno conidi possono essere osservati liberi o attaccati alla membrana esterna dei macrofagi con l'aumentare del tempo di fagocitosi.
In particolare, in questo lavoro, i conidi potrebbero essere trovati liberi e attaccati alla membrana esterna (Figura 2C) all'inizio del processo di fagocitosi, completamente internalizzati dai macrofagi (Figura 2D), o in un piano superiore rispetto ai macrofagi (Figura 2E) ma non fagocitati, e più di un conidio potrebbe essere trovato nello stesso macrofago (Figura 2F). Dopo lunghi periodi di tempo (96 ore), i conidi fagocitati potrebbero germinare all'interno dei macrofagi (Figura 2G) e i conidi liberi potrebbero germinare nel terreno R10 per formare ife a 37 °C (Figura 2H).
Dopo la fagocitosi, è stato possibile osservare che i conidi di T. stromaticum sono rimasti vitali anche dopo 120 ore di interazione con i macrofagi umani derivati da PBMC. I risultati rappresentativi mostrano la coltura dei conidi recuperati (Figura 3A) e rappresentano il tempo (in giorni) necessario affinché la coltura occupi l'intera piastra di coltura (Figura 3B) e formi conidi colorati di verde (Figura 3C). Solo i conidi discreti di T. stromaticum sono stati in grado di eludere il fagosoma e di essere trovati liberi nel citoplasma del sangue periferico umano, i macrofagi di derivazione mononucleare29. La capacità del Trichoderma di diminuire la produzione di specie reattive dell'ossigeno e dell'azoto può anche contribuire alla sopravvivenza dei conidi all'interno del fagosoma e spiegare la vitalità dopo la fagocitosi 28,29,36. Finora, abbiamo dimostrato che i conidi fagocitati rimangono vitali e sono in grado di crescere nel terreno PDA anche dopo 120 ore. È stato anche segnalato che altri microrganismi sopravvivono dopo l'inghiottimento da parte dei macrofagi, come Aspergillus27,37 e Cryptococcus38.

Figura 3: Capacità di clearance dei macrofagi di derivazione mononucleare del sangue periferico umano infettati da T. stromaticum conidia. Dopo un challenge con T. stromaticum conidia (3 h, 24 h, 48 h, 72 h, 96 h o 120 h) i macrofagi derivati da PBMC sono stati lisati e la sospensione è stata placcata in PDA per valutare la vitalità dei conidi fagocitati. (A) Vengono mostrati i risultati rappresentativi della crescita di T. stromaticum dopo fagocitosi da parte di macrofagi derivati da PBMC. Monitoraggio (B) della crescita di T. stromaticum e (C) della conidiazione in giorni diversi per il controllo positivo con T. stromaticum in PBS (vedere fase 5.2.5), il controllo per il terreno R10 (vedere fase 5.1.2) e i conidi fagocitati dai macrofagi per diversi periodi di tempo (3 h, 24 h, 48 h, 72 h, 96 h, 120 h). Risultati rappresentativi di quattro donatori sani. Media ± deviazione standard (SD). Test di Kruskal-Wallis. Il simbolo # indica la significatività a p < 0,05, n = 4. Fare clic qui per visualizzare una versione più grande di questa figura.
Tutti gli autori dichiarano di non avere conflitti di interesse.
La tecnica che prevede la fagocitosi dei conidi fungini da parte dei macrofagi è ampiamente utilizzata per gli studi che valutano la modulazione delle risposte immunitarie nei confronti dei funghi. Lo scopo di questo manoscritto è quello di presentare un metodo per valutare la fagocitosi e le capacità di clearance dei macrofagi di derivazione mononucleare del sangue periferico umano stimolati con Trichoderma stromaticum conidia.
Questo lavoro è stato sostenuto dalle seguenti istituzioni finanziarie brasiliane: Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado da Bahia (FAPESB) con sovvenzioni RED0011/2012 e RED008/2014. U.R.S., J.O.C. e M.E.S.M. riconoscono la borsa di studio concessa rispettivamente da Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) e FAPESB.
| Provette da centrifuga da 15 mL | Corning | CLS431470 | Provette da centrifuga da 15 mL, polipropilene, fondo conico con coperchio, sterili singolarmente |
| Piastra per coltura cellulare a fondo piatto a 24 pozzetti | Kasvi | K12-024 | Realizzato in polistirene con identificazione alfanumerica; La piastra per colture cellulari è priva di DNasi, RNasi e pirogeni e priva di sostanze citotossiche; Sterilizzato con radiazioni gamma; |
| Incubatore CO2 per colture cellulari | Sanyo | 303082 | Un incubatore a CO2 serve a creare e controllare condizioni simili a quelle di un corpo umano, consentendo così la crescita e la proliferazione in vitro di diversi tipi di cellule. |
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| Entellan | Merck | 1.07961 | Agente fissativo; Entellan è un mezzo di montaggio senz'acqua per il montaggio permanente per microscopia. |
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| Flaticon | database di immagini | ||
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| Microscopio invertito trioculare | autoclavabileLABOMED | VU-7125500 | Permette di osservare le cellule all'interno di provette e flaconi, senza doverle aprire, evitando così problemi di contaminazione. |