Analisi multiomica del TMEM200A come biomarcatore pan-tumorale

Yaowen Zhang; Shanshan Kuang; Hancheng Qin; Na Zhao; Yixin Yang; Jisheng Xie

doi:10.3791/65795

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Articolo metodologico

Analisi multiomica del TMEM200A come biomarcatore pan-tumorale

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DOI:

10.3791/65795

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15 settembre 2023

Yaowen Zhang¹ , Shanshan Kuang¹ , Hancheng Qin² , Na Zhao¹ , Yixin Yang¹ , Jisheng Xie¹

¹Department of Histology and Embryology, Youjiang Medical University for Nationalities, ²Department of Pathophysiology, Youjiang Medical University for Nationalities

In questo articolo

Sommario

Qui viene presentato un protocollo in cui vengono combinati più strumenti bioinformatici per studiare le funzioni biologiche dei TMEM200A nel cancro. Inoltre, validiamo sperimentalmente le previsioni bioinformatiche.

Abstract

La proteina transmembrana, TMEM200A, è nota per essere associata ai tumori umani e all'infiltrazione immunitaria. Qui, abbiamo valutato la funzione di TMEM200A nei tumori comuni mediante analisi multiomica e abbiamo utilizzato colture cellulari in vitro di cellule gastriche per verificare i risultati. L'espressione di TMEM200A in diversi tipi di cancro umano è stata valutata utilizzando i dati RNA-seq del database Xena dell'UCSC. L'analisi bioinformatica ha rivelato un potenziale ruolo della TMEM200A come biomarcatore diagnostico e prognostico.

Sono state coltivate colture di normali linee cellulari gastriche e tumorali e TMEM200A è stato abbattuto. I livelli di espressione di TMEM200A sono stati misurati utilizzando la reazione a catena della polimerasi quantitativa in tempo reale e il western blotting. Sono stati quindi utilizzati studi in vitro sulla perdita di funzione per determinare il ruolo delle TMEM200A nel comportamento maligno e nella formazione tumorale delle cellule tumorali gastriche (GC). I Western blot sono stati utilizzati per valutare l'effetto del knockdown sulla transizione epiteliale-mesenchimale (EMT) e sulla via di segnalazione PI3K/AKT nella GC. L'analisi bioinformatica ha mostrato che TMEM200A era espresso ad alti livelli nella GC.

La proliferazione delle cellule GC è stata inibita dal knockdown TMEM200A, che ha anche diminuito la vimentina, la N-caderina e le proteine Snai e ha inibito la fosforilazione di AKT. La via di segnalazione PI3K/AKT sembra anche essere coinvolta nella regolazione mediata da TMEM200A dello sviluppo dei GC. I risultati qui presentati suggeriscono che TMEM200A regola il microambiente tumorale influenzando l'EMT. TMEM200A può anche influenzare l'EMT attraverso la segnalazione PI3K/AKT, influenzando così il microambiente tumorale. Pertanto, nei pan-tumori, in particolare nei GC, TMEM200A può essere un potenziale biomarcatore e oncogene.

Introduzione

Il cancro è emerso come un problema persistente di salute pubblica che mette in pericolo la salute umana a livello globale¹a causa dei suoi elevati tassi di morbilità e mortalità in tutto il mondo, ponendo un pesante onere finanziario e medico alla società². Negli ultimi anni sono stati compiuti progressi significativi nella terapia del cancro grazie alla scoperta dei marcatori tumorali³ e i ricercatori hanno sviluppato nuovi metodi diagnostici e nuovi farmaci per il trattamento del cancro. Tuttavia, alcuni pazienti con cancro hanno ancora prognosi sfavorevoli a causa di fattori come la resistenza....