Articolo metodologico

Screening CRISPR a livello di genoma per svelare geni radiosensibili e radioresistenti

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DOI:

10.3791/67982

23 maggio 2025

* These authors contributed equally

In questo articolo

Sommario

Viene fornito un approccio meticoloso e strutturato per selezionare geni resistenti e sensibili alle radiazioni attraverso l'applicazione di un metodo di screening CRISPR/Cas9 per l'intero genoma. Questo protocollo ha anche il potenziale per fungere da quadro versatile per altri sforzi di ricerca che studiano i meccanismi di resistenza ai farmaci chimici somministrati clinicamente.

Abstract

Il sistema CRISPR-Cas9 è stato sfruttato e riutilizzato in un potente strumento di editing del genoma. Sfruttando questa tecnologia, i ricercatori possono tagliare, incollare e persino riscrivere con precisione le sequenze di DNA all'interno delle cellule viventi. Tuttavia, l'applicazione della tecnologia dello schermo CRISPR va ben oltre la semplice sperimentazione. Funge da strumento fondamentale nella lotta contro le malattie genetiche, sezionando sistematicamente complessi paesaggi genetici, consentendo ai ricercatori di svelare i meccanismi molecolari alla base dei fenomeni biologici e consentendo agli scienziati di identificare e indirizzare le cause alla radice di malattie come il cancro, la fibrosi cistica e l'anemia falciforme. Tra tutti, il cancro rappresenta una sfida formidabile per la medicina, stimolando gli sforzi di eradicazione. La radioterapia, come trattamento tradizionale, dà risultati ma ha dei limiti. Sradica le cellule tumorali ma danneggia anche i tessuti sani, causando effetti avversi che riducono la qualità della vita. Inoltre, non tutte le cellule tumorali rispondono alla radioterapia e alcune possono sviluppare resistenza, peggiorando la condizione. Per affrontare questo problema, viene introdotta una tecnologia completa di screening CRISPR dell'intero genoma, in quanto consente l'identificazione efficiente di geni radiosensibili e radioresistenti, facendo così progredire il campo della ricerca e del trattamento del cancro. È stato condotto uno screening CRISPR a livello di genoma in cellule di adenocarcinoma polmonare esposte a irradiazione seguendo il protocollo descritto, attraverso il quale sono stati identificati sia i geni associati alla radioresistenza che quelli associati alla radiosensibilità.

Introduzione

L'indagine dei fenomeni biologici è intrinsecamente intrecciata con lo studio dei comportamenti cellulari e, a sua volta, l'esame dei comportamenti cellulari è fondamentalmente connesso all'esplorazione del suo genoma. Con la continua evoluzione della tecnologia moderna, i ricercatori medici stanno progressivamente reindirizzando la loro attenzione verso l'alterazione dei comportamenti cellulari attraverso l'editing genetico al fine di migliorare i risultati del trattamento di varie malattie. A questo proposito, la tecnologia CRISPR (clustered regularly interspaced short palindromic repeats) è emersa come uno strumento rivolu....

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Protocollo

I reagenti e le attrezzature utilizzate in questo studio sono elencati nella Tabella dei materiali.

1. Selezione di una dose appropriata di radiazioni

  1. Preparazione e placcatura delle celle aderenti
    1. Regolare la densità cellulare a 5 x 105 cellule per mL con il terreno di coltura cellulare completo RPMI 1640 contenente il 10% di FBS per il passaggio e la crescita cellulare. Distribuire le cellule in piastre di coltura da 3,5 cm per la radiazione a dosi diverse. Aggiungere 2 mL (1 x 106 cellule) a ciascuna piastra e incubare per una ....

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Risultati

Il cancro del polmone, con il principale tasso di mortalità, rappresenta una malattia medica altamente aggressiva e prevalente. Utilizzando la linea cellulare di cancro del polmone A549 come esempio per condurre uno screening CRISPR a livello di genoma con radiazioni come condizione di screening, il flusso di lavoro schematico è mostrato nella Figura 1. In primo luogo, esplorare la sensibilità delle cellule A549 a diverse dosi di radiazioni attraverso la formazione di cloni e gli esperimenti.......

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Discussione

In quanto tecnologia di editing genetico all'avanguardia, lo schermo CRISPR ha innescato profondi cambiamenti nel campo della ricerca scientifica5. Nata dal sistema CRISPR-Cas9, questa tecnologia è diventata uno strumento essenziale per lo studio delle funzioni geniche grazie alla sua elevata efficienza e precisione9. Il principio ingegneristico CRISPR/Cas9 prevede la progettazione e l'introduzione di specifici sgRNA con circa 20 nucleotidi.......

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Ringraziamenti

Questo studio è stato supportato dal progetto regionale di innovazione scientifica e tecnologica della provincia di Hubei (2024EIA001) e dal progetto di supporto alla costruzione della piattaforma di innovazione scientifica e tecnologica medica dell'ospedale Zhongnan dell'Università di Wuhan (PTXM2025001). La Figura 1 è stata creata utilizzando Figdraw.

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Materiali

Elenco dei materiali utilizzati in questo articolo
NomeAziendaNumero di catalogoCommenti
piastra per coltura cellulare e tissutale da 150 mmWuxi NEST Biotechnology Co., Ltd.715011Piastra per coltura cellulare
e tissutale da 35 mmWuxi NEST Biotechnology Co., Ltd.706011Coltura cellulare
Linea cellulare A549ATCC--
Kit per il conteggio delle cellule-8Shanghai Beyotime Biotech IncC0041Per il test di vitalità cellulare
Terreno CO2-indipendentePHCbiMCO-50AICContatore di
cellule automatizzato Countess 3 FLThemo ScientificAMQAF2001Per il conteggio
EDTAGibco25200056Colture cellulari
Siero fetale bovinoGibco10099141Colture cellulari Microscopia a
fluorescenzaLEICAebq 100-04Per microscopio a fluorescenza
Libreria lentivirale CRISPR a livello di genomaShanghai OBiO Technology Co., Ltd.H5070Per l'infezione lentivirale
MiniAmp plus PCRThemo ScientificC37835Per l'amplificazione PCR
Piastre per colture cellulari NEST, 12 pozzettiWuxi NEST Biotechnology Co., Ltd.712002Piastre
colture cellulari NEST per colture cellulari, 6 pozzettiWuxi NEST Biotechnology Co., Ltd.703002Piastre
colture cellulari NEST per colture cellulari, 96 pozzettiWuxi NEST Biotechnology Co., Ltd.701001Primer
PCR per colture cellulari PBSGibcoC10010500BTcolture cellulari
(AATGGACTATCATATGCTTACCGTAACTTGAAAGTATTTCG)Beijing AuGCT Biotech Co., Ltd.-Per l'amplificazione PCR primer
inverso PCR (GATGTGCGCTGCCCACTGACGGGCA)Beijing AuGCT Biotech Co., Ltd.-Per l'amplificazione PCR
PolybreneShanghai Beyotime Biotech IncC0351Per l'infezione lentivirale
PuromicinaMCEHY-K1057Per la selezione post infezione lentivirale
RPMI 1640 terreno di coltura cellulareGibco23400-021Kit
di DNA genomico per colture cellulari TIANGENampBeijing TIANGEN Biotech Co., Ltd.DP304Per estrazione di DNA genomico
Diffrattometro a raggi X per polverePerkinElmerPer radioterapia
delle cellule per per diretto per per

Riferimenti

  1. Barrangou, R., Marraffini, L. A. CRISPR-Cas systems: Prokaryotes upgrade to adaptive immunity. Mol Cell. 54 (2), 234-244 (2014).
  2. Joung, J., et al. Genome-scale CRISPR-Cas9 knockout and transcriptional activation screening. Nat Protoc. 12 (4), 828-8....

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