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Research Article
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Erratum Notice
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Retraction Notice
The article Assisted Selection of Biomarkers by Linear Discriminant Analysis Effect Size (LEfSe) in Microbiome Data (10.3791/61715) has been retracted by the journal upon the authors' request due to a conflict regarding the data and methodology. View Retraction Notice
Qui, presentiamo un protocollo per adattare l'esperimento di dispersione di Taylor alla microscala utilizzando microcanali fabbricati internamente con un taglierino artigianale da tavolo. La piattaforma sperimentale può essere utilizzata per calcolare il coefficiente di diffusione di traccianti passivi di singole specie e per visualizzare l'interazione e la separazione di ioni multispecie.
Il campo della microfluidica è diventato sempre più importante in quanto consente un controllo rapido e preciso di fluidi e particelle, facilitando la sintesi di composti e la separazione di miscele. Abbiamo perfezionato un adattamento in microscala accessibile e ripetibile dell'esperimento Taylor Dispersion utilizzando microcanali fabbricati internamente con una taglierina artigianale da tavolo. Il costo iniziale di questa tecnica di xurografia microfluidica veloce e accessibile è di circa 300 USD, ordini di grandezza inferiori rispetto ai tipici metodi di fotolitografia. Il flusso laminare azionato dalla pressione di una pompa a siringa programmabile trasporta una soluzione tracciante iniettata a valle nel microcanale, dove una fotocamera reflex digitale a lente singola (D-SLR) con obiettivo macro cattura l'evoluzione della concentrazione di tracciante nel tempo in una posizione fissa. Utilizzando questa piattaforma sperimentale, possiamo calcolare i coefficienti di diffusione per traccianti passivi di singole specie in condizioni sperimentali variabili. Abbiamo quindi esteso il protocollo alle miscele di elettroliti, osservando prove preliminari di cambiamenti di diffusività derivanti da effetti di accoppiamento ione-ione non banali. Questo metodo sperimentale accessibile fornisce uno strumento pratico per sondare il trasporto multispecie e offre approfondimenti sulle complesse interazioni che regolano la mobilità ionica.
Negli ultimi anni, significativi sforzi di ricerca si sono concentrati sullo studio e sullo sviluppo di dispositivi microfluidici convenienti che offrono un controllo preciso sul flusso, sulle particelle e sul trasporto dei soluti. Le soluzioni elettrolitiche multispecie svolgono un ruolo fondamentale in un'ampia gamma di applicazioni, dall'accumulo di energia e dalla diagnostica biomedica al monitoraggio ambientale e alla purificazione dell'acqua. Comprendere come le diverse specie ioniche si diffondono e interagiscono in questi sistemi è essenziale per ottimizzare le prestazioni e la stabilità nei processi elettrochimici e guidati dal trasporto.
Quando una soluzione elettrolitica contiene ioni con diversi coefficienti di diffusione, la loro migrazione ineguale induce un campo elettrico interno, anche in assenza di una tensione applicata esternamente. Gli ioni a diffusione più rapida tendono a separarsi da quelli più lenti, creando momentaneamente uno squilibrio di carica. Per preservare l'elettroneutralità, il sistema genera un potenziale elettrico indotto dalla diffusione. Questo campo rallenta gli ioni più veloci e accelera quelli più lenti. Il potenziale elettrico risultante dipende dalla mobilità relativa degli ioni e dai gradienti di concentrazione ed è ben descritto dalle equazioni di Nernst-Planck sotto vincoli di elettroneutralità. I modelli elettrochimici classici, come le equazioni di Henderson e Nernst, quantificano questo fenomeno mettendolo in relazione con i numeri di trasporto ionico e le differenze di concentrazione1.
L'analisi della dispersione di Taylor è stata a lungo una tecnica potente per misurare la diffusività molecolare osservando come un soluto si diffonde in un flusso laminare guidato dalla pressione attraverso un canale rettilineo 2,3. Tiene conto dell'interazione tra avvezione e diffusione e consente un'inferenza accurata dei coefficienti di diffusione molecolare dai tassi di dispersione effettivi. Questo metodo è particolarmente interessante perché combina precisione, requisiti minimi di campione e rapida acquisizione dei dati. Tradizionalmente utilizzato per traccianti di singole specie, le recenti estensioni teoriche ne consentono ora l'applicazione a sistemi multispecie, consentendo ai ricercatori di dedurre teoricamente la diffusività dei singoli ioni in base al comportamento di trasporto accoppiato4.
Tuttavia, l'elevato costo e la complessità tecnica delle configurazioni microfluidiche convenzionali, spesso basate sulla fotolitografia dipendente dalla camera bianca, pongono ostacoli significativi all'adozione più ampia di questo metodo. In questo lavoro, presentiamo un adattamento a basso costo, accessibile e riproducibile della tecnica di dispersione di Taylor, che impiega microcanali fabbricati tramite xurografia con una taglierina artigianale da tavolo. Questo approccio, con un costo di avvio di circa 300 USD, consente una prototipazione rapida e una fabbricazione coerente dei canali senza la necessità di costose strutture specializzate5. Utilizzando l'imaging in campo chiaro tramite una fotocamera DSLR e un obiettivo macro, il protocollo costruisce una serie temporale dell'evoluzione della concentrazione del tracciante in un punto di cattura fisso a valle del sitodi iniezione 6. Dimostriamo che questa piattaforma è in grado di misurare con precisione i coefficienti di diffusione per traccianti passivi di una singola specie ed estendere il metodo per analizzare sistemi elettrolitici multispecie. I risultati rivelano chiare firme delle variazioni di diffusività derivanti dagli effetti di accoppiamento ione-ione. Questo metodo accessibile ed economico offre uno strumento pratico per studiare i fenomeni di trasporto ionico in miscele elettrolitiche complesse. Ad esempio, la configurazione sperimentale proposta può essere facilmente adattata per essere utilizzata come micromiscelatore per valutare l'efficienza di miscelazione di soluti multispecie7 o per progettare le distribuzioni di peso molecolare del polimero desiderate attraverso un reattore a flusso tubolare8 controllato da computer.
1. Preparazione dei materiali
NOTA: In questo rapporto, i chip microfluidici sono costruiti tagliando disegni a microcanali in un singolo strato di nastro di poliimmide con una larghezza w = 2,54 cm e uno spessore h = 100 μm, che viene poi sigillato tra due fogli di poliestere. Il rapporto d'aspetto del microcanale (λ = h/p) dipende dallo spessore della poliimmide; La larghezza del canale (W) è l'unica caratteristica della sezione trasversale modificabile in questo protocollo.
2. Assemblaggio del setup sperimentale
3. Esecuzione sperimentale
4. Trattamento dei dati
(1)Le fasi di fabbricazione del chip microfluidico sono mostrate nella Figura 1. Includiamo nella Figura 2 i passaggi suggeriti per collegare il tubo in PTFE alla punta della siringa utilizzata per iniettare il flusso di fondo di acqua deionizzata (DI) nel chip microfluidico attraverso la pompa a siringa programmabile. La Figura 3 include una foto etichettata dell'intera configurazione sperimentale. La Figura 4 include i diagrammi della vista dall'alto (Figura 4A) e laterale (Figura 4B) della configurazione sperimentale, evidenziando il posizionamento relativo del chip microfluidico e della telecamera. La Figura 5 riporta la sequenza di operazioni applicate alle immagini sperimentali durante la fase di elaborazione dei dati del protocollo. Nella Figura 5A mostriamo come il codice allinea il microcanale orizzontalmente (se necessario), quindi la Figura 5B mostra il ritaglio della regione quadrata di interesse centrata attorno al punto di acquisizione e con la lunghezza laterale impostata dalla larghezza del microcanale, w. La Figura 5C isola il canale blu dall'immagine RGB completa nella regione di interesse ritagliata, e infine la Figura 5D mostra il valore di intensità invertito per il canale blu della regione ritagliata ottenuto sottraendolo da 255 (l'intensità massima per ogni canale di colore).
La Figura 6 sovrappone i risultati di un'esecuzione sperimentale (tratteggiato) con il corrispondente adattamento estrapolato (solido). In questo caso, ogni punto dati sperimentale è il valore medio dell'intensità del canale blu invertito calcolato attraverso le fasi di elaborazione dei dati mostrate nella Figura 5. Nel punto di cattura fisso a valle dell'ingresso del tracciante, la teoria della dispersionedi Taylor 2,5,9 prevede che l'evoluzione della concentrazione del tracciante nel tempo sia descritta da:
(2)
dove C(t) è la concentrazione del tracciante media trasversale (g/L), di cui è stata verificata la correlazione lineare all'intensità misurata del tracciante; C0 è la concentrazione iniziale del tracciante (g/L), U è la portata (cm/s), t è il tempo (s) e x (cm) è la coordinata assiale nel canale rispetto alla posizione di iniezione del tracciante. K è l'aumento del coefficiente di dispersione del tracciante (cm2/s) dovuto all'interazione tra avvezione e diffusione molecolare. Inseriamo i parametri sperimentali e utilizziamo l'applicazione di adattamento della curva non lineare del codice (curveFitter) per trovare il miglior valore di adattamento per K. Tre frame sperimentali per il tempo t = 140 s, 150 s e 200 s sono mostrati accanto alle curve sperimentali (tratteggiate) e adattate (solide) prodotte per una corsa sperimentale alla velocità di flusso U = 0,1 cm/s in un microcanale di lunghezza 18,77 cm e rapporto d'aspetto λ = 1/4; questo corrisponde al numero Péclet Pe
88. Qui, il tracciante è costituito da 0,6 g/L di sale sodico di fluoresceina diluito in acqua deionizzata con coefficiente di diffusione molecolare riportato in letteratura10,11 come κ = 5,70 x 10-6 cm 2/s. Tutti gli esperimenti riportati in questo manoscritto sono stati eseguiti a una temperatura ambiente di 22 °C.
Il coefficiente di dispersione sperimentale potenziato, K, può essere utilizzato per confrontare la validità della nostra configurazione sperimentale e del protocollo calcolando una quantità correlata: il fattore di dispersione 2,5,9,12, f. Questo parametro dipende dalla geometria del canale e viene calcolato come 5,12,13:
(3)
dove κ è il coefficiente di diffusione molecolare del tracciante (cm2/s) e h/2 è la lunghezza caratteristica scelta. Il numero di Péclet è un parametro adimensionale che quantifica il rapporto tra effetti avvettivi e diffusivi, Pe = Uh/(2κ). La Figura 7 mostra un buon accordo tra i risultati del fattore di dispersione ottenuti da esecuzioni sperimentali in microcanali con sezioni trasversali rettangolari di tre diversi rapporti di aspetto e velocità di flusso, e il comportamento teorico del fattore di dispersione 5,12,13.

Figura 1: Fabbricazione di chip microfluidici. (A) Progettazione del foglio di poliestere superiore di un chip di 21 x 5 cm. Tre fori sono tagliati dalla taglierina del mestiere da tavolo, da sinistra a destra, per fungere rispettivamente da ingresso del flusso, ingresso del tracciante e uscita del flusso. (B) Progetto per un microcanale in poliimmide da 18,77 cm con punto di cattura 15 cm a valle dell'ingresso del tracciante. (C) Vista esplosa dell'assemblaggio di chip microfluidici, dal basso verso l'alto: strato inferiore di poliestere, strato di microcanali in poliimmide, strato superiore in poliestere con guarnizione in poliimmide e porta stampata in 3D. Clicca qui per visualizzare una versione più grande di questa figura.

Figura 2: Diagramma che mostra come collegare il tubo in PTFE alla punta di una siringa. Il diametro interno del tubo è di 0,3048 mm e il diametro esterno della punta della siringa da 27 G è di 0,4064 mm, quindi eseguire un piccolo taglio di circa 1 mm (a sinistra) può essere utile per fornire un'area di apertura più ampia per guidare la punta della siringa (al centro). Usa una pinzetta per inserire il tubo sopra la punta della siringa e tira verso il basso (a destra). Clicca qui per visualizzare una versione più grande di questa figura.

Figura 3: Foto etichettata della configurazione sperimentale. Da sinistra a destra: una fotocamera DSLR con obiettivo macro da 20 mm f/2 è montata a faccia in giù su un treppiede per catturare il microcanale fissato con nastro adesivo al pannello luminoso illuminato. Una siringa di vetro da 0,5 ml collegata al microcanale tramite un tubo in PTFE è impostata sulla pompa a siringa programmabile. Il trigger remoto viene utilizzato per attivare la fotocamera durante le esecuzioni sperimentali. La micropipetta viene utilizzata per generare la condizione iniziale del tracciante, come descritto nella fase 3.2 del protocollo. Clicca qui per visualizzare una versione più grande di questa figura.

Figura 4: Diagrammi della configurazione sperimentale (non in scala). (A) Vista dall'alto, da sinistra a destra: pompa a siringa programmabile montata con una siringa di vetro da 0,5 mL; tubo in PTFE che collega la pompa a siringa al chip microfluidico; chip microfluidico fissato con nastro adesivo su un pannello luminoso a 1 cm di distanza dal bordo; micropipetta utilizzata per iniettare la soluzione tracciante attraverso il foro di ingresso del tracciante; Fotocamera D-SLR con obiettivo macro montato sul treppiede a faccia in giù per inquadrare il punto di acquisizione. (B) Vista laterale, da sinistra a destra: tubo in PTFE che collega la pompa a siringa al chip microfluidico; punta della siringa e porta stampata in 3D su chip microfluidico; micropipetta utilizzata per iniettare la soluzione tracciante attraverso il foro di ingresso del tracciante; Fotocamera D-SLR con obiettivo macro montato a faccia in giù 1 cm sopra il punto di acquisizione. Clicca qui per visualizzare una versione più grande di questa figura.

Figura 5: Fasi di elaborazione dell'immagine nel codice fornito (vedere il file supplementare 5). (A) Immagine sperimentale ruotata in modo che il microcanale sia orizzontale. Barra di scala: 1000 μm. (B) Selezione del quadrato per la regione di interesse (ROI) da ritagliare con la lunghezza del lato corrispondente alla distanza tra le pareti del microcanale; qui, 400 μm. (C) ROI ritagliata in cui il canale blu viene selezionato dall'immagine completa di rosso, verde e blu (RGB). Barra di scala: 200 μm. (D) Canale blu invertito per il ROI ritagliato. Clicca qui per visualizzare una versione più grande di questa figura.

Figura 6: Intensità del tracciante mediata in sezione trasversale rispetto al tempo al punto di acquisizione della telecamera per il tracciante di fluoresceina (tratteggiato) sovrapposto all'adattamento della curva estrapolata (solido). Questa prova è stata condotta con 0,6 g/L di sale sodico di fluoresceina in tracciante d'acqua deionizzata, su un microcanale con lunghezza 18,77 cm e rapporto d'aspetto λ = 1/4, a velocità di flusso 0,1 cm/s e Pe
88. L'intensità del canale blu invertito per tre fotogrammi sperimentali a volte 140 s (blu), 150 s (arancione) e 200 s (verde) è mostrata sopra il grafico con la luminosità raddoppiata per chiarezza. Clicca qui per visualizzare una versione più grande di questa figura.

Figura 7: Fattore di dispersione rispetto al rapporto d'aspetto del microcanale. Confronto tra valori teorici (curva blu) e sperimentali (punti dati neri) per il fattore di dispersione, f. La curva teorica è ottenuta utilizzando il risolutore di equazioni differenziali alle derivate parziali integrato con il metodo degli elementi finiti in Wolfram Mathematica (NDSolve)12. Mostriamo la media e la deviazione standard dei dati sperimentali per: quattro prove con λ = 0,1 e portata 0,02 cm/s; dodici prove con λ = 0,25 e portate 0,05 cm/s (quattro), 0,1 cm/s (quattro) e 0,2 cm/s (quattro); Quattro prove con λ = 0,5 e portata 0,1 cm/s. Tutti gli esperimenti sono stati condotti su microcanali di lunghezza 6,07 cm (con punto di cattura 3 cm a valle dell'ingresso del tracciante); I risultati sono stati quindi confrontati su microcanali da 18,77 cm. Clicca qui per visualizzare una versione più grande di questa figura.
File supplementare 1: file .sdlprt per la porta Fare clic qui per scaricare questo file.
File supplementare 2: . File modello DXF dello strato superiore del chip. Clicca qui per scaricare questo file.
File supplementare 3: . File modello DXF delle guarnizioni dei trucioli. Clicca qui per scaricare questo file.
Fascicolo supplementare 4: . File modello DXF del microcanale del chip. Clicca qui per scaricare questo file.
File supplementare 5: file di codice MATLAB utilizzati per l'elaborazione dei dati. Clicca qui per scaricare questo file.
Gli autori non hanno nulla da rivelare.
Qui, presentiamo un protocollo per adattare l'esperimento di dispersione di Taylor alla microscala utilizzando microcanali fabbricati internamente con un taglierino artigianale da tavolo. La piattaforma sperimentale può essere utilizzata per calcolare il coefficiente di diffusione di traccianti passivi di singole specie e per visualizzare l'interazione e la separazione di ioni multispecie.
Bernardi e Teague desiderano ringraziare il supporto del Lab for Education & Application Prototypes (LEAP) del Worcester Polytechnic Institute, nonché il finanziamento della Simons Foundation attraverso un Travel Support for Mathematicians (numero di premio 963534). Bernardi e Teague ringraziano anche Geneva Isaacson, Justin Shen e Tom Kohen per il lavoro iniziale sulla configurazione sperimentale, Remy Kaplinsky e l'Academic & Research Computing del Worcester Polytechnic Institute per il supporto alla stampa 3D, così come Daniel M. Harris, Eli Silver e altri membri dell'Harris Lab della Brown University per le loro intuizioni e consigli utili durante l'impostazione dei primi esperimenti al Worcester Polytechnic Institute.
| Pipetta a volume regolabile, 0,5– 10 μ L | MUHWA | B08TBPMKZL | Trasformato in tavolo |
| Tappetino da taglio Cameo, 12 x 12 in | Silhouette America | 8.19177E+11 | utilizzata la funzione aphabetize nella tabella |
| Batteria plug-in della fotocamera | PIÙ DEBOLE | B0B5WY8T96 | rimosse le porte stampate in 3D |
| Treppiede per fotocamera | Avanguardia | B00CCA1Y3S | aggiunto stampante 3D Form 2 aggiunto stampante 3D Form 2 |
| Resina trasparente V5 | Formlabs | https://formlabs.com/store/materials/clear-resin/ | Resina per stampa 3D |
| Acceleratore di colla cianoacrilato (CA) | Legame stellare | B00BUVAZ5S | ha aggiunto anche una resina |
| Fotocamera D-SLR | Nikon | D500 | aggiunto il software della stampante |
| Software per cruscotti | Formlabs | https://formlabs.com/software/dashboard/ | Software di stampa 3D aggiunto CAD solidworks |
| Acqua deionizzata | N/A | N/A | Aggiunto Matlab |
| Pannello luminoso a LED dimmerabile | Kaiser Fototechnik | 202455 | Slimlite Plano 5000K 19.6 x 13.8 in cambiato il lotto FSS al numero di catalogo |
| Nastro biadesivo in poliimmide, rotolo da 1 pollice x 36 yd | Bertech | B00HFN6E0K | |
| Colorante sale sodico Flourescein - 100 g | Sigma-Aldrich | Codice: 5184A17 | |
| Stampante 3D Form 2 | Formlabs | https://formlabs.com/3d-printers/form-2/ | |
| Siringa in vetro con punta Luer, 500 & micro; L | Azienda Hamilton | Numero di pezzi: 80801 | |
| Pinzette ad alta precisione, 0,004 pollici di larghezza x 0,002 pollici di spessore | McMaster Carr | ECCN: EAR99 | Punta appuntita standard |
| Salviette KimWipes | Kimtech | B0013HT2QW | 4,4 x 8,4 pollici |
| Puntali per pipette per liquidi, 1000 pz/sacchetto | MUHWA | B07S1WJCHP | 1 necessario per ogni prova sperimentale |
| Obiettivo macro 20 mm f/2 | Mitakon Zhongyi | B075JRGWW1 | |
| Nastro per mascheratura, 0,70 pollici x 54,6 yd | Marca scozzese | B00347A8E4 | |
| Software MATLAB, edizione 2023b | Mathworks | https://www.mathworks.com/products/matlab.html | |
| Colla CA media, 2 once. | Legame stellare | 126150047 | Super colla cianoacrilica premium |
| Scheda di memoria, 64 GB | Disco San | B09X7C7NCZ | |
| Neon coloranti alimentari assortiti & colorante all'uovo, 1.5 fl oz | McCormick & Società, Inc. | B09PFV6275 | Rosa, verde e blu. È necessaria solo 1 fiala di colorante alimentare blu. Ingredienti coloranti alimentari blu: acqua, glicole propilenico, FD& C blu 1, propilparabene (conservante). |
| Bilancia di precisione | Strumenti da laboratorio Sartorius | BCE224 - 1S | Entris® II Linea Essenziale. Utilizzato per pesare la polvere di sale sodico di fluoresceina per la miscelazione di traccianti. |
| Microtubi in PTFE, 0,012" ID x 0,030" OD | Cole Parer | MP-00060882 | Tubo di trasferimento Microbore. Minimo necessario: 50 cm. |
| Trigger programmabile a distanza | Pixel Pro | TW-283DC0/DC2 | |
| Forbici | Amazzone | B01BRGUAT6 | |
| Nastro adesivo | Marca scozzese | B01C5IHGJW | |
| Silhouette Cameo 4 Taglierina artigianale | Silhouette America | 8.19177E+11 | |
| Silhouette Cameo AutoBlade (Tipo B) | Silhouette America | 8.19177E+11 | 2 necessari |
| Software Silhouette Studio Basic Edition versione 4.5 | Silhouette America | https://www.silhouetteamerica.com/silhouette-studio | Se si importa . File modello DXF forniti come parte dei file supplementari in questa versione del software, impostare prima le impostazioni di importazione del software per leggere la dimensione del file "così com'è" facendo clic: Modifica > Preferenze > Importa > DXF > Apri > così com'è. |
| Braciere in gomma morbida, 4,75 x 1,75 x 6,62 pollici | Speedball | B003IFY622 | |
| Software SOLIDWORKS, Education Edition | SOLIDWORKS | https://www.solidworks.com/solution/job-functions/educators | |
| Pompa a siringa standard per infusione/prelievo 11 elite | Apparato di Harvard | 70-4504 | |
| Punta per siringa con Luer lock, dimensione punta: 0,5 pollici, calibro 27, trasparente | Metcal | B00F4B9W40 | 2 necessari |
| Lastre in poliestere ultra trasparente, 12 x 12 x 0,007 pollici | Grafix | B001K7Q6Z0 |