Coltura cellulare e trasfezione
Le linee cellulari di carcinoma tiroideo umano (TC) TPC-1 e K1 sono state coltivate nel Modified Eagle Medium (DMEM) di Dulbecco contenente 4,5 g/L di glucosio, integrato con il 10% di siero fetale bovino e 100 μg/mL di penicillina-streptomicina. Le cellule sono state mantenute a 37 °C in un incubatore umidificato con il 5% di CO2. Per il trattamento dell'ipossia, 1 x 105 cellule sono state trasferite in una camera ipossica sigillata bilanciata con l'1% di O2, il 5% di CO2 e il 94% di N2 a 37 °C per 24 ore, se non diversamente specificato. La sovraespressione stabile di lncPVT1 (lncPVT1 OE) e il corrispondente controllo negativo (NC) sono stati generati nelle cellule TPC-1 e K1 utilizzando un sistema di espressione lentivirale, seguendo le istruzioni del produttore.
Valutazione dei livelli di glucosio
Per valutare il consumo di glucosio, linee cellulari di carcinoma tiroideo sono state coltivate in condizioni normossiche (21% O2) e ipossiche (1% O2) per 24 ore. Le concentrazioni di glucosio nel terreno di coltura sono state misurate utilizzando un kit per il dosaggio del glucosio secondo il protocollo del produttore. In breve, 2 μL di terreno condizionato sono stati miscelati con il reagente di lavoro del glucosio appena preparato e incubati a 37 °C per 10 minuti. L'assorbanza è stata misurata a 530 nm utilizzando un lettore di micropiastre per quantificare i livelli di glucosio.
Valutazione dei livelli di lattato
Le linee cellulari di carcinoma tiroideo TPC-1 e K1 (2 x 104 cellule/pozzetto) sono state coltivate in condizioni normossiche (21% O2, 5% CO2, 37 °C) e ipossiche (1% O2, 5% CO2, 37 °C) per 24 ore. Dopo l'incubazione, le piastre di coltura sono state centrifugate a 300 x g per 5 minuti a temperatura ambiente per pellettare celle e detriti. Successivamente, 2 μl del surnatante chiarificato sono stati raccolti da ciascun pozzetto e miscelati con 200 μl di reagente per il dosaggio del lattato in una piastra a 96 pozzetti. La miscela di reazione è stata incubata a 37 °C per 10 minuti, dopodiché è stata aggiunta una soluzione di arresto per terminare la reazione. L'assorbanza è stata misurata a 530 nm utilizzando un lettore di micropiastre. Le concentrazioni di lattato sono state determinate confrontando i valori di assorbanza con una curva standard generata da standard di lattato noti (tipicamente compresi tra 0 e 20 nmol). Tutte le misurazioni sono state eseguite in triplice copia.
Saggio di proliferazione cellulare
Le cellule di carcinoma tiroideo sono state seminate in piastre da 96 pozzetti a una densità di 3 x 103 cellule per pozzetto in 100 μL di terreno di coltura. Le cellule sono state quindi incubate in condizioni normossiche (21% O2, 5% CO2, 37 °C) o ipossiche (1% O2, 5% CO2, 37 °C) per 0 ore, 24 ore o 48 ore. Ad ogni punto temporale, 10 μL di reagente per la proliferazione cellulare sono stati aggiunti a ciascun pozzetto di una piastra a 96 pozzetti. La piastra è stata quindi incubata a 37 °C per 40 minuti. Dopo l'incubazione, la densità ottica a 450 nm (OD450) è stata misurata utilizzando un lettore di micropiastre per quantificare la proliferazione cellulare. Tutte le misurazioni sono state eseguite in almeno tre repliche tecniche.
Analisi qRT-PCR
L'RNA totale è stato estratto da 1 x 106 cellule di carcinoma tiroideo in condizioni normossiche (21% O2, 5% CO2, 37 °C) e condizioni ipossiche (1% O2, 5% CO2, 37 °C) utilizzando un reagente di estrazione tiocianato-fenolo-cloroformio guanidinium secondo il protocollo del produttore. La purezza e la concentrazione dell'RNA sono state valutate spettrofotometricamente misurando i rapporti di assorbanza a 260/280 nm. Per la sintesi del DNA complementare (cDNA), 500 ng di RNA totale sono stati trascritti inversamente in un volume di reazione di 20 μL contenente trascrittasi inversa, primer esamero casuali, dNTP, inibitore della RNasi e tampone di reazione. La trascrizione inversa è stata eseguita a 25 °C per 10 minuti, seguita da 42 °C per 50 minuti e terminata con riscaldamento a 70 °C per 15 minuti.
La PCR quantitativa è stata eseguita utilizzando un sistema di rilevazione basato su SYBR Green in un volume di reazione totale di 20 μL contenente stampo di cDNA (diluizione da 1:5 a 1:20 della sintesi originale di cDNA), master mix SYBR Green PCR, primer diretti e inversi (ciascuno a 0,2 μM) e acqua priva di nucleasi. L'amplificazione PCR è stata condotta su un termociclatore con le seguenti condizioni cicliche: denaturazione iniziale a 95 °C per 3 minuti; 40 cicli di denaturazione a 95 °C per 15 s, ricottura a 60 °C per 30 s ed estensione a 72 °C per 30 s; seguita da un'analisi della curva di fusione per verificare la specificità dell'amplificazione.
Le sequenze di primer per GLUT1, HK1, HK2, PGK1 e GAPDH (Tabella 1) sono state progettate sulla base delle sequenze pubblicate18 e sintetizzate commercialmente. I livelli di espressione dei geni bersaglio sono stati normalizzati a GAPDH e calcolati utilizzando il metodo 2-ΔΔCt 19.
Western blot
Dopo il trattamento, le cellule di carcinoma tiroideo sono state lavate 2 volte con soluzione salina tamponata con fosfato freddo (PBS) e lisate utilizzando un tampone per saggio di radioimmunoprecipitazione (RIPA) integrato con un cocktail di inibitori della proteasi. I lisati cellulari sono stati incubati su ghiaccio per 30 minuti con miscelazione intermittente e poi centrifugati a 12.000 x g per 15 minuti a 4 °C per rimuovere i detriti insolubili. La concentrazione proteica del surnatante è stata determinata utilizzando un test dell'acido bicinchoninico (BCA) secondo le istruzioni del produttore. Quantità uguali di proteine (30 μg per campione) sono state miscelate con un tampone di caricamento 5x, fatte bollire a 95 °C per 5 minuti e caricate su gel di poliacrilammide SDS al 10% per la separazione elettroforetica. Le proteine sono state separate mediante elettroforesi a 120 V per circa 90 minuti e poi trasferite su membrane di fluoruro di polivinilidene (PVDF) utilizzando un sistema di trasferimento umido a 100 V per 90 minuti a 4 °C. Le membrane sono state bloccate con il 5% di latte scremato in soluzione salina tamponata con Tris contenente lo 0,1% di Tween-20 (TBST) per 1 ora a temperatura ambiente per prevenire il legame aspecifico. Successivamente, le membrane sono state incubate per una notte a 4 °C con anticorpi primari diluiti in tampone bloccante: anticorpo anti-HIF-1α (1:3.000) e anticorpo anti-beta-actina (1:8.000). Dopo il lavaggio 3 volte con TBST (ciascuno per 10 minuti), le membrane sono state incubate con appropriati anticorpi secondari coniugati con perossidasi di rafano diluiti 1:5.000 in tampone bloccante per 1 ora a temperatura ambiente. Dopo tre ulteriori lavaggi TBST, le bande proteiche sono state visualizzate utilizzando un sistema di rilevamento a chemiluminescenza potenziata (ECL) e visualizzate con un sistema di documentazione su gel.
Doppio dosaggio della luciferasi
Per studiare la regolazione trascrizionale dei geni correlati alla glicolisi da parte di lncPVT1, le cellule TPC-1 sono state seminate in piastre da 24 pozzetti a una densità di 1 x 105 cellule per pozzetto e coltivate in DMEM contenente 4,5 g/L di glucosio, integrate con il 10% di siero fetale bovino e 100 μg/mL di penicillina-streptomicina durante la notte. Le cellule sono state co-trasfettate con 500 ng di un plasmide reporter di luciferasi di lucciola guidato dall'elemento di risposta all'ipossia (HRE) e 50 ng di plasmide di controllo della luciferasi Renilla utilizzando un reagente di trasfezione a base di lipidi a una concentrazione finale di 2 μL per pozzetto, secondo le istruzioni del produttore. L'efficienza della trasfezione è stata confermata includendo una trasfezione parallela con un plasmide che esprime GFP e valutando l'espressione di GFP al microscopio a fluorescenza 24 ore dopo la trasfezione. Dopo un'incubazione di 24 ore in condizioni normossiche (21% O2) o ipossiche (1% O2), le attività della luciferasi sono state misurate utilizzando un sistema di saggio reporter a doppia luciferasi. L'attività della luciferasi della lucciola è stata normalizzata all'attività della luciferasi Renilla e il rapporto è stato utilizzato per l'analisi comparativa tra i campioni.
Analisi dei dati
Tutti i dati sono stati presentati come media ± SD. Le valutazioni statistiche sono state eseguite in un software di analisi statistica. I confronti tra i gruppi sono stati condotti utilizzando test t indipendenti e la significatività statistica è stata determinata sulla base di una soglia del valore p inferiore a 0,05.