Tutte le operazioni di farmacologia di rete sono state condotte in conformità con le Linee Guida per i Metodi di Valutazione della Farmacologia di Rete. Tutte le procedure sperimentali sono state eseguite in conformità con le normative di gestione dei laboratori della Zhejiang Sci-Tech University.
Farmacologia delle reti
Previsione dei potenziali obiettivi di GAS: Il SMILES canonico di GAS (PubChem CID: 1150) è stato recuperato dal databasePubChem 42. La struttura SMILES è stata caricata nel database SwissTargetPrediction (http://www.swisstargetprediction.ch/)43. Il parametro della specie era impostato su Homo sapiens. I target previsti con un valore di probabilità > 0,1 sono stati mantenuti per ridurre le previsioni falsi positivi. Tutti i target proteici previsti sono stati standardizzati ai simboli genici ufficiali utilizzando il databaseUniProt 43 (specie limitata a Homo sapiens), e sono stati rimossi i doppi richiami.
I geni correlati all'AD sono stati raccolti dal database GeneCards (https://www.genecards.org/)44,45 e dal database OMIM (https://www.omim.org/)46 utilizzando "Alzheimer's disease" come termine di ricerca. Nelle GeneCards sono stati selezionati geni con un punteggio di rilevanza > 10. I target ottenuti da GeneCards e OMIM furono fusi, i duplicati rimossi e i nomi geni standardizzati usando UniProt.
I target previsti per il GAS e i geni correlati all'AD sono stati importati nella piattaforma online Venny 2.1 per ottenere bersagli sovrapposti. Un totale di 52 geni intersecanti (vedi Tabella Supplementare 1) sono stati identificati come potenziali bersagli terapeutici del GAS nell'Alzheimer.
I 52 bersagli intersecanti sono stati caricati nel database STRING (https://string-db.org/)47 per l'analisi PPI. La specie è stata impostata su Homo sapiens e il punteggio minimo richiesto per l'interazione è stato fissato a 0,4 (fiducia media). I nodi disconnessi erano nascosti. I dati di interazione risultanti sono stati esportati e visualizzati utilizzando il software Cytoscape (versione 3.9.1).
Analisi di arricchimento GO e KEGG: I 52 bersagli intersecanti sono stati caricati nel database Metascape (https://metascape.org/)48 per le analisi di arricchimento Gene Ontology (GO) e della Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes (KEGG). La specie era impostata come Homo sapiens. I criteri di arricchimento sono stati definiti come p-valore < 0,01, sovrapposizione minima ≥ 3 e fattore di arricchimento > 1,5. I percorsi KEGG sono stati classificati in base al p-valore e i 20 percorsi più significativamente arricchiti sono stati selezionati per la visualizzazione. I risultati dell'arricchimento sono stati visualizzati utilizzando una piattaforma di bioinformatica online.
Il file strutturale delle proteine di GSK-3β è stato ottenuto dal database RCSB PDB. Il file di struttura di GAS in formato SDF è stato scaricato dal database PubChem e successivamente convertito in formato Mol2 utilizzando il software Open Babel GUI. I file menzionati sopra sono stati processati utilizzando il software AutoDock per aggiungere atomi di idrogeno, rimuovere molecole d'acqua e assegnare cariche. I file elaborati venivano successivamente salvati nel formato PDBQT. Dopo aver rilevato e elaborato i legami di torsione nelle molecole di ligando, i file venivano poi memorizzati in formato PDBQT. L'energia di legame più bassa tra le due molecole è stata ottenuta eseguendo l'aggancio molecolare utilizzando il software AutoDock Vina. Successivamente, i risultati dell'attracco sono stati visualizzati e analizzati utilizzando PyMOL.
Preparazione della soluzione di stock
La polvere OA (25 μg) è stata completamente disciolta in 1200 μL di 10% di dimetilsolfosida (DMSO) preparata con soluzione salina sterile tamponata con fosfato (PBS) per generare una soluzione stock da 25 μM. La soluzione di stock fu aliquotata e conservata a -80 °C. Prima di ogni esperimento, l'OA veniva appena diluita con il Mezzo Eagle Modificato (DMEM) completo di Dulbecco (vedi Tabella dei Materiali) fino alle concentrazioni di lavoro desiderate. La polvere di GAS (20 mg) veniva sciolta in 1,4 mL di PBS sterile, filtrata attraverso una membrana da 0,22 μm per la sterilizzazione e preparata come soluzione di stocco da 50 mM, conservata a -20 °C. Prima dell'utilizzo, la soluzione di base veniva diluita con DMEM completo alle concentrazioni di lavoro indicate.
Costruzione del modello della cella AD
In questo studio sono state prelevate e utilizzate cellule SH-SY5Y per neuroblastoma umano (vedi Tabella dei materiali). Le cellule SH-SY5Y sono state indotte con concentrazioni gradienti di OA (0, 10, 20, 40, 80, 160 nM) per durate rispettivamente di 12, 24 e 36 ore, per stabilire il modello delle cellule AD.
Saggio di viabilità cellulare
Per determinare la concentrazione ottimale e la durata di induzione di OA per stabilire il modello delle cellule AD, le cellule SH-SY5Y sono state trattate con concentrazioni gradienti di OA (0, 10, 20, 40, 80 e 160 nM) per diversi periodi di tempo (12, 24 e 36 ore), e la vitalità cellulare è stata valutata utilizzando il saggioCCK-8 49. Le cellule SH-SY5Y sono state seminate in piastre da 96 pozzi a una densità di 7,5 × 103 celle per pozzo in 100 μL di DMEM completo. Le piastre sono state incubate a 37 °C in un incubatore umidificato con il 5% di CO₂ per 24 ore per consentire l'inserimento cellulare. Dopo 24 ore di attacco, sono stati aggiunti 100 μL di soluzione di lavoro OA a ciascun pozzo per raggiungere concentrazioni finali di 0, 10, 20, 40, 80 e 160 nM in un volume totale di 200 μL per pozzo. Il gruppo di controllo (CON) ha ricevuto un volume uguale di DMEM completo senza OA, mentre il gruppo OA ha ricevuto OA alle concentrazioni indicate. Le cellule sono state incubate per 12 ore, 24 ore o 36 ore in condizioni standard di coltura. Ogni concentrazione e punto temporale era impostato con sei pozzi replicati. Furono inclusi tre pozzi vuoti (solo mezzo) per la correzione di background.
Determinazione dell'indice di stress ossidativo cellulare
Le cellule SH-SY5Y nella fase di crescita logaritmica sono state seminate in una piastra a 6 pozzi. Dopo il trattamento cellulare, il precedente mezzo veniva scartato dai pozzi. Successivamente, i pozzi furono lavati tre volte con PBS preraffreddato a 4 °C. Successivamente, è stato aggiunto il buffer di lisi cellulare e le cellule sono state lisate sul ghiaccio utilizzando il metodo appropriato indicato dal kit. Il contenuto proteico dei campioni è stato quantificato utilizzando il kit di analisi delle proteine BCA (vedi Tabella dei Materiali). Le attività di T-AOC, SOD e MDA sono state determinate secondo le istruzioni fornite con i rispettivi kit di analisi (vedi Tabella dei Materiali).
Rilevamento dell'apoptosi cellulare
L'apoptosi cellulare è stata valutata utilizzando un kit di doppia colorazione Annexin V-FITC/PI (vedi Tabella dei Materiali) secondo le istruzioni del produttore. Per un breve periodo sono state raccolte sia celle galleggianti che adesive. Le cellule aderenti sono state digerite usando tripsina senza EDTA per evitare danni alla membrana artificiale e combinate con cellule fluttuanti. Le cellule sono state lavate due volte con PBS freddo e risospese in 500 μL di tampone di legame 1× a una densità di 0,5–1 × 106 cellule.
Successivamente, sono stati aggiunti 5 μL di Annexin V-FITC e 5 μL di Propidium Ioduro (PI) a ciascun campione, miscelati delicatamente e incubati a temperatura ambiente al buio per 10–20 minuti. I campioni sono stati posti sul ghiaccio e analizzati entro 1 ora utilizzando un citometro a flusso.
Per l'analisi citometrica del flusso sono stati utilizzati controlli non colorati e controlli a singola colorazione (solo Annexin V-FITC e solo PI) per impostare parametri di compensazione e porte di quadrante. La gating a scatter frontale e laterale (FSC/SSC) è stata applicata per la prima volta per escludere detriti e aggregati cellulari. Sono stati raccolti almeno 10.000 eventi per campione. I dati sono stati analizzati utilizzando il software FlowJo.
Analisi quantitativa PCR in tempo reale (RT-qPCR)
Secondo le istruzioni fornite dal kit di trascrizione inversa AG, l'RNA estratto è stato sottoposto a trascrizione inversa per generare DNA complementare (cDNA), che è stato successivamente diluito di 10 volte con acqua sterile per fungere da modello. Il sistema di reazione RT-qPCR è stato preparato seguendo il protocollo del kit Green Master Mix (No Rox), e l'analisi è stata effettuata utilizzando uno strumento PCR quantitativo fluorescente (vedi Tabella dei Materiali). I valori di Ct ottenuti sono stati elaborati e analizzati, e i livelli di espressione dei geni bersaglio sono stati calcolati utilizzando il metodo 2-ΔΔCt, dove ΔCt rappresenta la differenza tra i valori di Ct nel gruppo di trattamento e GAPDH, mentre ΔΔCt rappresenta la differenza tra i valori di ΔCt nel gruppo di trattamento e nel gruppo di controllo. L'elenco dei primers si trova nella Tabella Supplementare 2.
Analisi del Western blotting
Il tampone di lisi cellulare, insieme a un inibitore della proteasi e a un inibitore della fosfatasi, è stato combinato in un rapporto di 100:1:1. Le cellule sono state lisate per estrarre proteine cellulari. La concentrazione proteica è stata determinata utilizzando il kit di analisi BCA. Le proteine (20–30 μg per corsia) sono state separate su gel SDS-PAGE al 10% a 80 V per il gel di impilamento e 120 V per il gel risolutivo. Le proteine sono state trasferite alle membrane PVDF (0,45 μm) a 300 mA per 90 minuti utilizzando il trasferimento umido. La membrana è stata bloccata con il 5% di latte scremato a temperatura ambiente per 2 ore, seguita da un'incubazione notturna con anticorpi primari (vedi Tabella dei materiali) a 4 °C. Dopo l'incubazione con l'anticorpo secondario a temperatura ambiente per 1 ora, la membrana è stata lavata quattro volte con TBST per 5 minuti ciascuna. Le bande venivano visualizzate utilizzando reagenti di rilevamento a chemiluminescenza avanzata (ECL) (vedi Tabella dei Materiali), e la rilevazione veniva eseguita con un sistema di imaging a gel. I valori in scala di grigi sono stati analizzati utilizzando il software ImageJ per ottenere informazioni sui dati.