Questo studio ha coinvolto solo linee cellulari commerciali consolidate e non ha incluso partecipanti umani, campioni clinici o esperimenti sugli animali. Pertanto, non era richiesta l'approvazione etica istituzionale e il consenso informato. Tutti gli esperimenti sono stati condotti in conformità con le linee guida di sicurezza dei laboratori istituzionali. I reagenti pericolosi venivano gestiti in cappe elettriche designate, con l'uso di dispositivi di protezione individuale (DPI) appropriati. I rifiuti chimici e biologici venivano smaltiti secondo le normative istituzionali. Le sostanze chimiche, i kit e i reagenti utilizzati nel protocollo sono elencati nella Tabella dei Materiali.
1. Coltura cellulare
I macrofagi murini RAW264.7, le cellule HeLa del carcinoma cervicale umano e HEK293T cellule renali embrionali umane sono stati acquistati dalla Banca Cellulare dell'Accademia Cinese delle Scienze (Shanghai, Cina). Tutte le cellule sono state mantenute nel Modified Eagle Medium (DMEM) di Dulbecco, contenente il 10% di siero fetale bovino (FBS) e l'1% di penicillina-streptomicina. L'ambiente di coltura era fissato a 37 °C con il 5% di CO₂ e umidità satura.
2. Saggio di vitalità cellulare
La vitalità cellulare è stata valutata tramite un saggio Cell Counting Kit-8 (CCK-8). RAW264,7 cellule (2,5 × 104 cellule/pozzo) sono state placcate in piastre da 96 pozzi e coltivate durante la notte a 37 °C. Le cellule sono state poi trattate con concentrazioni variabili di XTT per 24 ore, con o senza LPS (0,5 μg/mL). La concentrazione di LPS e la durata del trattamento sono state ottimizzate negli esperimenti preliminari per indurre risposte infiammatorie moderate senza causare citotossicità significativa. Successivamente, furono aggiunti 10 μL di reagente CCK-8 a ciascun pozzo e la lastra fu mantenuta a 37 °C per 2 ore. L'assorbanza è stata misurata a 540 nm utilizzando un lettore di microplacche.
3. Determinazione dei livelli di NO e PGE₂ nel mezzo di coltura cellulare
Le celle RAW264,7 sono state placcate in piastre a 24 pozzi con una densità di 2,5 × 105 celle per pozzo e coltivate durante la notte a 37 °C. Le cellule sono state pre-trattate con XTT per 2 ore prima della stimolazione LPS o TNF-α (15 ng/mL) per ulteriori 24 ore. Il periodo pre-trattamento di 2 ore è stato scelto per consentire un'adeguata interazione tra XTT e bersagli cellulari prima della sfida infiammatoria. I livelli di ossido nitrico (NO) e prostaglandine E₂ (PGE₂) nel mezzo di coltura sono stati quantificati seguendo i protocolli del produttore.
4. Reazione a catena quantitativa in tempo reale della polimerasi (qRT-PCR)
Le RAW264,7 cellule (2 × 106 cellule) sono state impiattate in piastre a 6 pozzi durante la notte e pretrattate con varie dosi di XTT per 2 ore prima della sfida LPS (0,5 μg/mL) per 24 ore. L'RNA totale è stato isolato usando il reagente TRIzol secondo le istruzioni del produttore. La concentrazione e la purezza dell'RNA sono state valutate utilizzando uno spettrofotometro, e per le analisi a valle sono stati utilizzati campioni con rapporti A260/A280 >1,8.
L'RNA totale (2 μg) è stato trascritto inversamente in cDNA in un volume di reazione finale di 20 μL utilizzando un kit di sintesi del cDNA. La PCR quantitativa in tempo reale è stata eseguita utilizzando la chimica SYBR Green su un sistema di rilevamento PCR in tempo reale. Le sequenze di primer erano le seguenti:
iNOS avanti: 5′-GGA TCT TCC CAG GCA ACC A-3′
Retromarcia iNOS: 5′-AAT CCA CAA CTC GCT CCA AGA TT-3′
COX2 in avanti: 5′-CAA CAC CTG AGC GGT TAC-3′
COX2 retromarcia: 5′-GTT CCA GGA GGA TGG AGT-3′
IL-1β in avanti: 5′-GCC TTG GGC CTC AAA GGA AAG AAT C-3′
IL-1β retromarcia: 5′-GGA AGA CAC AGA TTC CAT GGT GAA G-3′
IL-6 in avanti: 5′-TGG AGT CAC AGA AGG AGT GGC TAA G-3′
IL-6 retro: 5′-TCT GAC CAC AGT GAG GAA TGT CCA C-3′
TNF-α avanti: 5′-CAC CAC GCT CTT CTG TCT-3′
TNF-α retro: 5′-GGC TAC AGG CTT GTC ACT C-3′
GAPDH Attaccante: 5′-TGC ACC AAC TGC TTA GC-3′
GAPDH retromarcia: 5′-GGC ATG GAC TGT GGT CAT GAG-3′
La procedura di amplificazione PCR è stata eseguita come: denaturazione iniziale a 95 °C per 5 minuti, seguita da 39 cicli a 95 °C per 15 secondi e 60 °C per 30 secondi. I livelli relativi di espressione genica sono stati calcolati utilizzando il metodo 2−ΔΔCt con il GAPDH come controllo interno.
5. Western blotting
Dopo il trattamento, le cellule RAW264.7 sono state omogeneizzate in un tampone RIPA contenente inibitori di proteasi e fosfatasi. Questi inibitori venivano preparati freschi immediatamente prima dell'uso per prevenire la degradazione e la defosforilazione delle proteine. I livelli proteici totali sono stati quantificati utilizzando un kit di test BCA. Quantità uguali di proteine sono state separate tramite elettroforesi in gel dodecil solfato di sodio e poliacrilammide al 10% e trasferite sulle membrane della nitrocellulosa. Dopo il trasferimento, le membrane sono state incubate con latte scremato al 5% preparato in TBST contenente Tween-20 (TBST) per la bloccazione, e poi sondate con anticorpi primari (diluizione 1:1.000) durante la notte a 4 °C. Le membrane sono state poi esaminate con anticorpi secondari coniugati con perossidasi di rafano (diluizione 1:5.000) per 1 ora a temperatura ambiente. Le bande proteiche sono state rilevate tramite un sistema di rilevamento della chemiluminescenza e le intensità delle bande sono state analizzate tramite quantificazione densitometrica.
6. Saggio di immunofluorescenza
Le cellule HeLa sono state seminate in piastre a 6 pozzi e pretrattate con XTT (8 μM) per 4 ore prima della stimolazione TNF-α (15 ng/mL) per 30 minuti. Questo periodo di pre-incubazione di 4 ore è stato scelto per massimizzare l'ingaggio del bersaglio prima dell'attivazione di NF-κB. Le cellule sono state fissate con paraformaldeide al 4% per 15 minuti e permeabilizzate con Triton X-100 allo 0,25% per 15 minuti a temperatura ambiente. Dopo il blocco con albumina sirica bovina al 2% (BSA) e siero di capra al 10% diluiti in soluzione salina tamponata con fosfato (PBS), le cellule sono state incubate con un anticorpo primario anti-p65 (diluizione 1:250) durante la notte a 4 °C, seguite da una sondazione con un anticorpo secondario coniugato TRITC (diluizione 1:1.000) per 1 ora a temperatura ambiente. I nuclei sono stati controcolorati con DAPI (0,5 μg/mL) per 5 minuti al buio. Le immagini di fluorescenza sono state catturate utilizzando un microscopio a fluorescenza. Le cellule HeLa sono state selezionate perché il loro alto rapporto citoplasma/nucleo facilita la visualizzazione della traslocazione nucleare p65.
7. Frazionamento citoplasmatico e nucleare
Le cellule HeLa sono state pre-incubate con XTT per 4 ore e poi stimolate con TNF-α (15 ng/mL) per 30 minuti. Le cellule venivano raccolte, risciacquate con PBS freddo e processate per l'estrazione di proteine citoplasmatiche e nucleari utilizzando un kit commerciale di estrazione di proteine nucleari e citoplasmatiche secondo le istruzioni del produttore. Tutte le procedure sono state eseguite su ghiaccio per preservare l'integrità proteica.
8. Saggio di spostamento termico cellulare (CETSA)
CETSA si è svolto come descrittoin precedenza il 14. Circa 1 × 107 cellule HeLa sono state raccolte e risospese in 500 μL di inibitori proteasi contenenti PBS fredda, quindi lisate tramite tre cicli di congelamento-disgelo in azoto liquido. I lisati cellulari sono stati centrifugati a 20.000 × g per 15 minuti a 4 °C. I soprannatanti risultanti sono stati allicitati in due gruppi equamente e trattati con XTT (100 μM) o DMSO per 1 ora a temperatura ambiente. XTT (100 μM) è stato applicato per aumentare la sensibilità al rilevamento negli esperimenti CETSA. I campioni sono stati poi aliquotati in sette tubi e riscaldati alle temperature indicate per 3 minuti, seguiti da incubazione a temperatura ambiente per altri 3 minuti. Frazioni proteiche solubili sono state raccolte per l'analisi immunoblottante.
9. Aggancio molecolare
L'analisi dell'aggancio molecolare è stata effettuata come descrittoin precedenza 14. Le strutture cristalline di IKKβ (ID PDB: 3BRT e 4KIK) sono state recuperate dalla Protein Data Bank (PDB). Le strutture proteiche sono state pre-processate con PyMOL (versione 2.3.4) per rimuovere molecole d'acqua, liganti originali e impurità, seguita dall'aggiunta degli atomi di idrogeno. Le cariche di Gasteiger venivano calcolate e le tasche attive venivano identificate usando AutoDock Tools (versione 1.5.6). Le strutture proteiche venivano poi memorizzate in formato PDBQT.
La struttura XTT è stata generata in Chem3D (versione 15.1) e ottimizzata tramite minimizzazione energetica. Il docking semi-flessibile veniva eseguito utilizzando AutoDock Vina (versione 1.1.2). Le scatole a griglia furono costruite per coprire completamente le tasche attive, mentre tutti gli altri parametri rimasero alle impostazioni predefinite. Sono state selezionate per l'analisi pose di attracco con le energie di legame più basse e le conformazioni più stabili. Le energie di legame inferiori a −5 kcal/mol sono state considerate indicative di una forte affinità di legame secondo i criteri pubblicati. PyMOL è stato inoltre impiegato per visualizzare le modalità di legame e valutare i legami a idrogeno, le interazioni idrofobiche, le interazioni di van der Waals e i potenziali siti di legame.
10. Analisi statistica
Tutte le analisi statistiche sono state condotte utilizzando il software GraphPad Prism 5.0. I dati sono presentati come l'errore medio ± standard della media (SEM) da tre esperimenti indipendenti. La significatività statistica è stata valutata utilizzando un'analisi unidirezionale della varianza (ANOVA) seguita dal test post hoc di Dunnett. Un valore di p < 0,05 è stato considerato statisticamente significativo.