17 giugno 2009
Questo video documenta i metodi per la raccolta di campioni di acqua marina costiera e il loro trattamento per varie applicazioni a valle compresa la concentrazione della biomassa, purificazione degli acidi nucleici, l'abbondanza delle cellule, nutriente e analisi gas tracciante.
Ciao, sono Elena Kova del Laboratorio di Stephen Hallam del Dipartimento di Microbiologia e Immunologia dell'Università della British Columbia. Oggi vi mostreremo una procedura per il campionamento dell'acqua di mare finalizzato ad analisi fisiche, chimiche e biologiche. Utilizziamo questa procedura nel nostro laboratorio per studiare i parametri oceanografici delle acque marine.
Iniziamo. Prima di tutto, si assegna il numero di calate e le profondità per ogni calata, quindi si determinano le profondità da campionare e il volume totale da raccogliere per la calata corrente. Assicurarsi che i dispositivi di campionamento per il flusso in entrata e per l'acqua di chiesuola siano in posizione aperta e che tutte le valvole e i rubinetti siano chiusi.
Collegare il CTD alla base della fune e calarlo in acqua fino alla profondità massima del profilo. Posizionare immediatamente dopo il CTD un dispositivo di campionamento sulla fune. Assicurarsi che la fune sia correttamente inserita nel supporto del dispositivo e che le viti siano ben serrate.
Collegare un messaggero pesato a ciascun dispositivo, ad eccezione di quello relativo alla profondità di campionamento più profonda, prima di calarlo in acqua. Calare la fune fino alla distanza compresa tra la prima profondità specificata e la successiva, quindi predisporre un altro dispositivo di campionamento. Si noti che negli intervalli di profondità in cui vengono raccolti campioni d'acqua ad alto volume, vengono caricati consecutivamente un totale di due bottiglie da 12 litri ciascuna, posizionate a circa 0,75 metri di distanza l'una dall'altra.
Dopo che tutti i dispositivi sono stati posizionati sulla linea, abbassare la linea alla profondità massima e attendere due minuti. Inviare un messaggero in basso, attivando ciascun dispositivo in posizione chiusa. Attendere alcuni minuti prima di recuperare la linea.
Per assicurarsi che tutti i dispositivi siano chiusi, riavvolgere la fune e scaricare ogni dispositivo sul ponte man mano che emerge dall'acqua. Per profondità che richiedono grandi volumi di campione per la purificazione di proteine, DNA o RNA, utilizzare due dispositivi di campionamento in serie. Raccogliere immediatamente l'RNA da una bottiglia e filtrarlo a bordo nave.
Dopo aver prelevato campioni di sostanze chimiche e nutrienti nell'altro contenitore, versare l'acqua rimanente nell'auto per ottenere un volume finale di 20 litri. Per i campioni a basso volume, mettere da parte un litro di acqua da filtrare in bottiglie sterili in Nalgene. Tipicamente, i campioni a basso volume provenienti da 16 intervalli di profondità vengono raccolti come 16 campioni da un litro ciascuno, mentre vengono raccolti sei campioni da 20 litri come campioni ad alto volume.
Quando si raccolgono campioni di gas, prelevare sempre campioni di ossigeno e di gas in tracce. In primo luogo, collegare un breve tratto di tubo all'uscita del dispositivo di campionamento dell'acqua. Inserire l'estremità opposta del tubo nei flaconi serum glos.
Risciacquare la bottiglia per sieri tre volte, campionare l'acqua e riempirla fino all'orlo in modo che non siano presenti bolle d'aria. Aggiungere 50 microlitri di cloruro mercurico alla bottiglia per sieri. Avere cura di non introdurre bolle d'aria nel campione.
Sigillare la bottiglia del siero con un tappo di gomma C e fissarla con un cappuccio in alluminio, quindi conservarla sul ghiaccio per raccogliere campioni destinati alle misurazioni dei nutrienti, inclusi nitrato, fosfato e silicato. Risciacquare prima una siringa da 60 cc con l'acqua del campione. Successivamente, collegare in linea un filtro acro disc da 0,2 micrometri.
Spingere circa due ml di acqua attraverso la siringa per purgare il filtro. Sciacquare una bottiglia di polietilene con circa 10 ml di acqua filtrata per tre volte.
Agitare la bottiglia durante il risciacquo, quindi aggiungere l'acqua del campione filtrata nelle bottiglie fino a riempirle per circa tre quarti. Conservare il campione sul ghiaccio. Svuotare i tubi di raccolta dell'acqua distale per raccogliere campioni destinati alle misurazioni dell'ammoniaca.
Prima sciacquare le provette di raccolta, ma utilizzare completamente l'acqua del campione. Riempire un cilindro graduato da 10 ml con l'acqua del campione, versandone cinque ml fuori dal cilindro graduato e svuotare il resto dal cilindro. Quindi aggiungere nuovamente i cinque ml nel cilindro vuoto.
Dopo aver raccolto campioni da tutte le profondità, aggiungere 7,5 ml di reagente lavorativo di ammonio in ogni provetta. Per raccogliere campioni per il conteggio cellulare, riempire una provetta Falcon da 50 ml pre-etichettata contenente 5,4 ml di formaldeide al 37% fino al segno di 50 ml, ottenendo una concentrazione finale del 4%. Prestare attenzione a non far traboccare la provetta. Conservare il campione sul ghiaccio durante la raccolta dei campioni.
Per le misurazioni di solfuro di idrogeno. Riempire fino all'orlo una provetta Falcon da 50 ml pre-etichettata contenente tre ml di acetato di zinco al 20%. Prestare attenzione a non far traboccare la provetta.
Conservare il campione sul ghiaccio per raccogliere piccoli volumi. Per la concentrazione della biomassa. Riempire completamente bottiglie Nalgene da un litro per raccogliere grandi volumi destinati alla concentrazione della biomassa.
Riempire caraffe da 20 litri fino all'orlo. Il risultato finale del campionamento dell'acqua di mare produce approssimativamente da 32 a 48 campioni di gas e 32 campioni di ammonio.
16 campioni di solfuro di idrogeno. 16 campioni per il conteggio cellulare. Sei caraffe da 20 litri, 16 bottiglie da un litro e quattro sterex.
I filtri da 2,2 µm contenenti la biomassa microbica vengono conservati per successive isolamenti di RNA. Abbiamo appena dimostrato come raccogliere diversi tipi di campioni di acqua per l'analisi biochimica.
Questo richiede una notevole preparazione e pianificazione. Prevedere quindi due giorni prima del viaggio per organizzare le cose e un giorno dopo per il riordino; evitare che l'acqua salata venga a contatto con una pompa peralt o entri nella scatola in alluminio zago utilizzata per trasportare l'equipaggiamento di campo. Trattare l'equipaggiamento con cura e funzionerà bene per molto tempo a venire.
Ecco fatto. Grazie per aver guardato e buona fortuna con i vostri esperimenti.
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Questo video documenta i metodi per il campionamento di acque marine costiere e per la loro elaborazione destinata a diverse applicazioni successive, tra cui la concentrazione della biomassa, la purificazione di acidi nucleici, l'abbondanza cellulare e le analisi di nutrienti e gas in tracce.
Protocolli robusti di campionamento e raccolta dell'acqua di mare sono fondamentali per generare set di dati di alta qualità nella scoperta di biopharma marini, consentendo una valutazione accurata delle variabili ambientali e dei materiali biologici. Questi metodi costituiscono la base per analisi successive, come la purificazione degli acidi nucleici, la quantificazione dell'abbondanza cellulare e il profilo dei nutrienti, elementi critici per la validazione degli obiettivi e la riduzione dei rischi meccanicistici nella scoperta di farmaci di origine marina. La raccolta standardizzata garantisce riproducibilità e confrontabilità tra diversi programmi di scoperta, sostenendo decisioni a livello di portafoglio.
I metodi di campionamento e raccolta dell'acqua di mare si collocano all'inizio del processo di scoperta nella biopharma marina, fornendo materiale fondamentale per flussi di lavoro che comprendono la validazione degli obiettivi, lo screening e la ricerca traslazionale.