Name: Volume piccoli (1-3L) Filtrazione di campioni dacqua di mare costiero (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2009-06-19T00:00:00.000+00:00
Duration: 4 min 21 s
Description: Impara la filtrazione di piccoli volumi di acqua marina per isolare la biomassa microbica. Questo metodo permette di studiare la diversità microbica negli ecosistemi marini con tecniche di laboratorio efficaci.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

Vorremmo ringraziare la Fondazione canadese per l&#39;innovazione, la British Columbia Fondo di conoscenza per lo sviluppo e la Nazionale di Scienze e Ingegneria Research Council (NSERC) del Canada per sostenere gli studi in corso sulle regioni di scarsità di ossigeno delle acque costiere oceaniche e aperto. DAW è stata sostenuta da borse di studio da NSERC, Killam e la fondazione TULA Centro finanziato per la diversità microbica e Evolution.

<ol><li> Messa a punto di apparecchiature di filtrazione <ol><li> Prima di filtrare, in primo luogo asciugherà eventuale condensa dal bottiglie piene e pesarli </li><li> Inserire un bin autoclave su un lato della pompa, e il pallone dei rifiuti dall&#39;altro. </li><li> Poi posto una bottiglia piena campione nel cestino autoclave, tuttavia, non rimuovere il tappo della bottiglia ancora. </li><li> Passare attraverso il tubo della pompa peristaltica modo che l&#39;estremità luer del tubo è nel pallone. </li><li> Utilizzando una pinzetta, togliere il cotone da una pipetta sterile 25 ml, e allegare la pipetta per l&#39;altra estremità del tubo. </li></ol></li><li> Filtrazione di acqua di mare <ol><li> Per iniziare il filtraggio dell&#39;acqua di mare, aprire la bottiglia e inserire la pipetta. Accendere la pompa e impostare la velocità di flusso a 1. Guarda per assicurare che l&#39;acqua viene pompata nella direzione corretta. </li><li> Lasciare ~ 100 ml di acqua di passare attraverso il tubo intero. </li><li> Spegnere la pompa e porre un filtro Sterivex al raccordo maschio luer alla estremità libera del tubo. </li><li> Continuare a filtrare l&#39;acqua fino a quando non viene lasciato in bottiglia. </li></ol></li><li> Conservazione dei filtri <ol><li> Per memorizzare i filtri, prima espellere l&#39;acqua residua con una siringa da 30-60 ml. </li><li> Sigillare il fondo del filtro Sterivex con Parafilm. Usando una pipetta, aggiungere buffer di lisi 1.8ml al filtro, mantenendo ~ 200 ul di spazio nel filtro per la successiva aggiunta di reagenti. </li><li> Poi, sigillare la parte superiore del filtro Sterivex con un piccolo pezzo di Parafilm, i filtri e l&#39;etichetta con la data e l&#39;identificazione del campione. </li><li> Conservare i filtri pre-etichettati 50 ml tubi falco a -80 ° C </li></ol></li><li> Ripulire <ol><li> Inserire la pipetta 25 ml in un pallone contenente 0,1% di HCl, e accendere la pompa. </li><li> Dopo il lavaggio HCl, sciacquare il tubo con l&#39;acqua in autoclave. Infine, misurare e registrare la massa delle bottiglie ormai vuote 1L al fine di calcolare il volume di acqua passata attraverso il filtro. </li></ol></li></ol> Risultati Rappresentante: Unità 1 campione di acqua L produce uno Sterivix filtro, che contiene biomassa superiore a 0,22 micron. Questo è memorizzato in tampone di lisi per l&#39;estrazione del DNA e analisi successive. Il risultato finale è costituito da un filtro Sterivix per ogni bottiglia da 1 litro memorizzate nel buffer di lisi e pronto per l&#39;estrazione del DNA. Il filtro contiene biomassa superiore a 0,22 micron. I filtri possono essere conservati a -80 ° C prima dell&#39;estrazione Edna.

Gli autori non hanno nulla da dichiarare.

E &#39;indispensabile per pulire panche e pompe con un panno umido dopo l&#39;uso per rimuovere ogni traccia persistente di acqua salata che altrimenti corrodere attrezzature. Anche se la procedura è semplice, il requisito di tempo può essere esteso a seconda della concentrazione di biomassa o detriti nel campione essere filtrato.

<table><tbody><tr><td>Pompa peristaltica</td><td>Masterflex (Cole Palmer)</td><td>77913-20, 77200-62, 77200-04</td><td></td></tr><tr><td>Tubazione Tygon LFL</td><td>Masterflex (Cole Palmer)</td><td>06429-24</td><td>Per l'apparato di filtrazione</td></tr><tr><td>Pinze per tubi</td><td>Cole-Parmer</td><td>0683204</td><td>Per l'apparato di filtrazione</td></tr><tr><td>Adattatori per tubi da 1/4&amp;#8221; x 3/16&amp;#8221;</td><td>Cole-Parmer</td><td>31702-20</td><td>Per l'apparato di filtrazione</td></tr><tr><td>Contenitore per prefiltro in polipropilene</td><td>ADVANTEC</td><td>501200</td><td>Per l'apparato di filtrazione</td></tr><tr><td>Connettore metallico luer (da estremità tubo a luer maschio con bloccaggio)</td><td>Cole-Parmer</td><td>31507-27</td><td>Per l'apparato di filtrazione</td></tr><tr><td>Magneti da 2&amp;#8220;</td><td></td><td></td><td>Per l'apparato di filtrazione</td></tr><tr><td>Tappi per caraffa a tre vie</td><td></td><td></td><td>Per l'apparato di filtrazione</td></tr><tr><td>Filtri GV 0,22 &amp;mu;m STERIVIX</td><td>EMD Millipore</td><td>SVGV01R5</td><td></td></tr><tr><td>Filtri GF/D da 47 mm di diametro, 2,7 &amp;mu;m</td><td>Whatman, GE Healthcare</td><td>1823047</td><td></td></tr><tr><td>Tampone di lisi</td><td></td><td></td><td>0,75 M saccarosio, 40 mM EDTA, 50 mM Tris (pH 8,3)</td></tr><tr><td>HCl 0,1 %</td><td></td><td></td><td>Per il risciacquo post-filtrazione</td></tr><tr><td>Acqua autoclavata</td><td></td><td></td><td>Per il risciacquo post-filtrazione</td></tr></tbody></table>

volume piccoli (1-3l) filtrazione di campioni d&#39;acqua di mare costiero

Small Volume (1-3L) Filtration of Coastal Seawater Samples

Il flusso di lavoro inizia con la raccolta delle acque marine costiere per la comunità microbica a valle, le analisi dei nutrienti e dei gas traccia. Per i campioni manifestazione di oggi s sono stati raccolti dal ponte della HMS operativo John Strickland a Inlet Saanich. Questo volume video di documenti di piccole dimensioni (~ 1 L) filtrazione di biomassa microbica dalla colonna d&#39;acqua. Il protocollo è un&#39;estensione del protocollo di campionamento grandi volumi descritto in precedenza, con una fondamentale differenza: qui non c&#39;è pre-filtrazione passo, per cui tutte le classi dimensionali delle biomasse sono raccolti fino al 0,22 micron di taglio del filtro. I campioni raccolti in questo modo sono l&#39;ideale per l&#39;analisi degli acidi nucleici. Il set-up, la filtrazione e la pulizia passi ogni impiegano circa 20-30 minuti. Se si utilizzano due pompe peristaltiche contemporaneamente, fino a 8 campioni possono essere filtrati allo stesso tempo. Per prevenire la formazione di biofilm tra i viaggi di campionamento, tutte le apparecchiature di filtrazione devono essere lavate con acido cloridrico diluito e acqua deionizzata e sterilizzati in autoclave immediatamente dopo l&#39;uso.

Questo volume video di documenti di piccole dimensioni (~ 1 L) filtrazione di biomassa microbica dalla colonna d&#39;acqua.

Volume piccoli (1-3L) Filtrazione di campioni d&#39;acqua di mare costiero

Il flusso di lavoro inizia con la raccolta di acque marine costiere per le successive analisi delle comunità microbiche, dei nutrienti e dei gas in tracce. Per l'odierna...

Ciao, sono David Walsh del laboratorio di Steven Hallam del Dipartimento di Microbiologia e Immunologia dell'Università della British Columbia. Oggi vi mostrerò un procedimento per filtrare piccoli volumi di acqua di mare al fine di raccogliere la biomassa microbica. Utilizziamo questo procedimento nel nostro laboratorio per studiare la diversità microbica nell'ambiente marino.Iniziamo. Prima del filtraggio, eliminare qualsiasi condensa dalle bottiglie piene e pesarle. Posizionare un contenitore per autoclave da un lato della pompa e il flacone dei rifiuti in un contenitore per autoclave dall'altro lato.Quindi posizionare una bottiglia campione piena nel contenitore dell'autoclave. Tuttavia, non rimuovere ancora il tappo della bottiglia. Far passare il tubo attraverso la pompa peristaltica in modo che l'estremità del tubo sia all'interno del becher.Utilizzando pinzette, rimuovere l'ovatta da una pipetta sterile da 25 millilitri e collegare la pipetta all'altra estremità del tubo. Per iniziare a filtrare l'acqua di mare, aprire la bottiglia e inserire la pipetta. Accendere la pompa e regolare la velocità di flusso a un orologio per assicurarsi che l'acqua venga pompata nella direzio

small-volume-1-3l-filtration-of-coastal-seawater-samples

Research

Ricerca

JoVE Journal

Biology

Biologia

Questo video documenta i metodi per la raccolta di campioni di acqua marina costiera e il loro trattamento per varie applicazioni a valle compresa la concentrazione della biomassa, purificazione degli acidi nucleici, l'abbondanza delle cellule, nutriente e analisi gas tracciante.

Campionamento di acqua di mare e di raccolta

Questo volume video di documenti di grandi dimensioni (≥ 20 L) filtrazione di biomassa microbica, compresa tra 0.22μm e 2.7μm di diametro, dalla colonna d'acqua.

Volume di grandi dimensioni (20L +) Filtrazione di campioni d&#39;acqua di mare costiero

È stato sviluppato un approccio per identificare le condizioni ottimali di concentrazione virale per campioni d'acqua di piccolo volume utilizzando punte di adenovirus umano. Le tecniche qui descritte sono utilizzate per identificare i parametri di concentrazione per altri bersagli virali e applicate alla sperimentazione della concentrazione virale su larga scala.

A Procedura piccolo volume per concentrazione virale da Water

Qui, presentiamo un protocollo completo per valutare la disponibilità di nutrienti organici e inorganici e l'abbondanza e la struttura delle comunità microbiche e virali in ambienti marini remoti.

Svelare i giocatori invisibili del Mare - Una guida del campo di Acqua Chimica e microbiologia marina

Questo manoscritto descrive un approccio automatizzato di selezione delle dimensioni del gel per purificare i frammenti di DNA per il sequenziamento di nuova generazione. La tecnologia Ranger fornisce l'automazione completa dell'intero processo di caricamento del gel di agarosio, analisi elettroforetica e recupero di frammenti di DNA mirati, consentendo librerie di sequenziamento di nuova generazione ad alta produttività e di alta qualità.

Automated Gel Selection Size per migliorare la qualità delle Biblioteche di sequenziamento di nuova generazione Preparato da campioni di acqua ambientale

Presentiamo il VacuSIP, un metodo semplice, non intrusivo e affidabile per il campionamento puntuale pulito e accurato dell'acqua. Il sistema è stato sviluppato e valutato per la raccolta simultanea dell'acqua inalata ed espirata da alimentatori di sospensioni bentoniche in situ, per misurare in modo pulito la rimozione e l'escrezione del particolato e dei composti disciolti.

VacuSIP, un metodo migliorato per Inex<em&gt; In Situ</em&gt; Misura di particolato e sciolto composti elaborati da Alimentatori sospensioni attive

Descriviamo un protocollo per la filtrazione di campioni d'acqua con una cartuccia filtrante e l'estrazione del DNA ambientale (eDNA) senza dover aprire l'alloggiamento per rimuovere il filtro. Questo protocollo è stato sviluppato per il metabarcoding dell'eDNA dei pesci, ma è applicabile anche all'eDNA di altri organismi.

L&#39;utilizzo di una cartuccia filtrante per filtrazione di acqua campioni ed estrazione di DNA ambientale

Plancton e particelle in sospensione giocano un ruolo importante nei cicli biogeochimici nell'oceano. Qui, forniamo un metodo ultra-pulito, basso sforzo per la raccolta di varie dimensioni delle particelle e plancton in mare con la capacità di gestire grandi volumi di acqua di mare.

Un apparato multistrato ultra-pulito per la raccolta di plancton marino dimensioni frazionato e particelle in sospensione

Questo protocollo è per la determinazione dei lipidi in acqua di mare e campioni biologici. I lipidi nei filtrati vengono estratti con cloroformio o miscele di cloroformio e metanolo nel caso di solidi. Le classi lipidiche sono misurate mediante cromatografia a strato sottile con rilevamento della ionizzazione a fiamma e la loro somma fornisce il contenuto lipidico totale.

Determinazione delle classi lipidiche e lipidiche totali in campioni marini

Qui, presentiamo un nuovo protocollo per recuperare l'eDNA marino attraverso la raccolta e la filtrazione di campioni di acqua di mare da traghetti operativi e altre navi commerciali.

Il laboratorio galleggiante: procedura operativa standard per la raccolta e il filtraggio di campioni di acqua di mare dai traghetti operativi per l'analisi del DNA ambientale

Qui, descriviamo i metodi di campionamento dalle zone eufotiche degli ecosistemi marini e d'acqua dolce per isolare i cianofagi (e i loro ospiti) e i processi post-campionamento che arricchiscono i singoli genotipi e caratterizzano le dinamiche di interazione virus-ospite.

Campionamento ambientale di microbi fotosintetici e dei loro virus: dal campo al laboratorio

Impara la filtrazione di piccoli volumi di acqua marina per isolare la biomassa microbica. Questo metodo permette di studiare la diversità microbica negli ecosistemi marini con tecniche di laboratorio efficaci.

Volume piccoli (1-3L) Filtrazione di campioni d'acqua di mare costiero

Esplora altri video