Name: Denaturazione gel elettroforesi gradiente (DGGE) (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2007-02-25T00:00:00.000+00:00
Duration: 10 min 52 s
Description: Scopri la tecnica DGGE per profilare comunità batteriche in biofilm microbici analizzando sequenze 16S rRNA. Questo metodo consente di osservare la diversità genetica e le dinamiche temporali delle specie batteriche.

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denaturazione gel elettroforesi gradiente (dgge)

Denaturing Gradient Gel Electrophoresis (DGGE)

Denaturazione gel elettroforesi gradiente (DGGE)

Ok. Ciao, mi chiamo Celeste Peterson e sono un ricercatore presso l'Università di Harvard, dove studio le comunità microbiche di biofilm. Sto analizzando le comunità batteriche esaminando la loro sequenza di 60 N e come questa sequenza varia nel tempo e nello spazio. Per fare ciò, utilizzo la DDGE.Questa non è una corsa di acrilamide normale del mio gel, deve essere mantenuta a 60 gradi durante l'esecuzione e il tampone deve essere pompato continuamente. Riscalderemo quindi il tampone per circa un'ora finché non raggiungerà i 60 gradi, dopodiché potremo eseguire l'elettroforesi. Ora laverò questa piastra con una soluzione diluita di uc, rimuovendo le impurità, e accenderò la lampada.Qualsiasi cosa del genere può causare irregolarità. È importante rimuovere tutta l'acqua. Quindi, quando assemblo il gel, posiziono quel chip all'esterno del gel.Quindi il gel sarà tra questi due pezzi di vetro e il chip sarà all'esterno e non influirà sul gel interposto. Ora assemblerò il gel in queste pinze e poi le stringerò insieme serrandole ruotando verso destra. Come per ogni gel, è importante assicurarsi che la base sia perfettamente allineata.Per evitare la formazione di bolle, ora ruotiamo il

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Denaturazione poliacrilammide gel elettroforesi urea viene utilizzato per separare singolo filamento di DNA o RNA fino ad un limite di 500 nucleotidi. Urea in combinazione con i campioni di calore denatura e non strutturati singoli filamenti migrano all'interno della matrice gel in base al loro peso molecolare.

Denaturazione Urea elettroforesi su gel poliacrilammide (PAG Urea)

Un protocollo di base per la separazione di frammenti di DNA mediante elettroforesi su gel di agarosio descritto.

Elettroforesi su gel agarosio per la separazione di frammenti di DNA

Questo video mostra la separazione bidimensionale semi-denaturante su gel di agarosio basata sull'elettroforesi delle fibre amiloidi. La tecnica separa gli aggregati polimorfici di amiloide in base alle loro dimensioni eterogenee.

Elettroforesi su gel di agarosio semi-denaturante bidimensionale: una tecnica per separare le fibre di amiloide polimorfiche in base all'eterogeneità dimensionale

In questo video, dimostriamo un metodo di elettroforesi su gel bidimensionale che separa singole proteine da una complessa miscela proteica ottenuta da tessuti tumorali di adenoma ipofisario umano non funzionale (NFPA). Le proteine vengono separate in base alla loro carica elettrica nella prima dimensione e ulteriormente separate in base ai pesi molecolari nella seconda dimensione.

Elettroforesi su gel di poliacrilammide bidimensionale: una tecnica di separazione per l'analisi delle proteine in una miscela proteica complessa basata sulla carica e sul peso molecolare

Il rilevamento rapido e la quantificazione affidabile degli eventi di modifica dell'RNA su scala genomica rimangono impegnativi e attualmente si basano su metodi di sequenziamento diretto dell'RNA. Il protocollo qui descritto utilizza l'elettroforesi su gel a gradiente di microtemperatura (μTGGE) come metodo semplice, rapido e portatile per rilevare l'editing dell'RNA.

Un approccio non sequenziale per il rilevamento rapido dell'editing dell'RNA

Questo video dimostra il protocollo di un test in vitro angiogenesi che ricapitola diverse fasi di angiogenesi. Time-lapse immagini di germinazione, formazione lumen, ramificazione e anastomosi - caratteristiche fondamentali di angiogenesi - sono mostrati.

Ottimizzato fibrina Gel Bead Assay per lo studio della angiogenesi

Abbiamo descritto un protocollo per la microfabbricazione del gradiente apparecchio che può generare microfluidi che possono generare gradienti spaziali e temporali ben definite microambiente. In questo approccio, il gradiente di generazione dispositivo a microfluidi può essere utilizzato per studiare la migrazione delle cellule diretto, l'embriogenesi, la guarigione delle ferite, e le metastasi del cancro.

Un gradiente di generazione del dispositivo Microfluidic di Biologia Cellulare

Abbiamo dimostrato che l'espressione dei recettori più fattore di crescita epidermico (EGFR) aumenta la motilità delle cellule staminali neurali (NSC) utilizzando un nuovo gel dispositivo basato microfluidica. Questa tecnologia può essere facilmente adattabile ad altri sistemi cellulari di mammifero, dove le fonti di cellule sono scarse, come le cellule staminali neurali, e il girarsi tempo è critico.

Valutare motilità delle cellule staminali neurali L&#39;utilizzo di un gel a base di Agarose dispositivo a microfluidi

SDD-AGE è una tecnica utile per la rilevazione e la caratterizzazione di amiloide-come i polimeri nelle cellule. Qui mostriamo un adattamento che rende questa tecnica suscettibile di applicazioni su larga scala.

Lo screening per aggregazione amiloide di semi-denaturazione detergente-Agarosio elettroforesi su gel

Descriviamo un metodo per l'estrazione di alto peso molecolare del DNA genomico da biomassa planctonica concentrati su filtri 0,22 micron Sterivex, seguita da centrifugazione in gradiente di cesio cloruro di densità per la purificazione.

Estrazione del DNA da 0,22 Filtri mM Sterivex e cloruro di Cesio densità centrifugazione gradiente

Scopri la tecnica DGGE per profilare comunità batteriche in biofilm microbici analizzando sequenze 16S rRNA. Questo metodo consente di osservare la diversità genetica e le dinamiche temporali delle specie batteriche.

Denaturazione gel elettroforesi gradiente (DGGE)

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