Taglio della cromatina: un metodo per generare frammenti di cromatina utilizzando la digestione enzimatica

- I fattori di trascrizione sono proteine che si legano a un sito specifico del DNA per regolare l'espressione genica. Errori nei fattori di trascrizione alterano questa attività, portando a una sovraespressione dei geni, che causa il cancro. Per comprendere il ruolo dei fattori di trascrizione e della regolazione genica, possiamo eseguire il saggio di immunoprecipitazione della cromatina o CHIP, e il taglio della cromatina è un passo importante nel flusso di lavoro CHIP.

Per il taglio della cromatina, stabilizzare il complesso DNA-proteina aggiungendo formaldeide. La formaldeide lega le proteine alla sequenza di DNA associata formando legami covalenti. Successivamente, utilizzare un tampone di lisi adatto per lisare le cellule per rilasciare la cromatina contenente i complessi DNA-proteina reticolati e centrifugare. Tagliare la cromatina utilizzando l'enzima nucleasi micrococcica. Questo enzima scinde la cromatina tra i nucleosomi e digerisce le estremità libere del DNA. Centrifugare la miscela e raccogliere il surnatante.

Caricare il surnatante su gel di agarosio TBE per analizzare la dimensione appropriata dei frammenti di DNA. Applicare un campo elettrico attraverso il gel, che