Name: Purificazione semplificata del DNA plasmidi da culture procariotiche (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2011-01-05T17:00:00.000+00:00
Duration: 6 min 53 s
Description: Impara a purificare il DNA plasmidico da E. coli con un metodo semplificato e conveniente. Questo protocollo utilizza piastre deep well e filtri per ottenere rese elevate di DNA di alta qualità.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

playerTrialDesktop

1. Liquidazione lisato <ol><li> Crescere E. culture coli trasformato con DNA plasmidico desiderato in profondo piastre (1 ml di coltura / pozzetto) in brodo Luria con antibiotico appropriato overnight a 37 ° C con agitazione. </li><li> Pellet di E. coli in piastra di coltura a 5.000 xg per 10 minuti, poi decantare il surnatante. </li><li> Risospendere ogni pellet in 100 microlitri Resuspension Buffer (50 mM Tris-HCl, pH 8,0, 10 mM EDTA, 100 mg / ml RNasi A). </li><li> Aggiungere 100 microlitri Lysis Buffer / e (200 mM NaOH, 1% SDS) e agitare utilizzando con agitazione per 2 minuti. </li><li> Aggiungere 100 l / pozzetto tampone di neutralizzazione (3,0 M acetato di potassio, pH 5,5) e agitare per 2 minuti. </li><li> Trasferimento lisato cellulare di lisato piastra chiarimenti. </li><li> Inserire la piastra di DNA vincolante sulla parte superiore di 350 microlitri e piastra di raccolta posto sul fondo del collettore di aspirazione. Assemblare collettore di vuoto (vedi Figura 1). </li><li> Luogo chiarimenti piastra lisato sulla parte superiore del dispositivo vuoto. </li><li> Applicare il vuoto a 10 pollici Hg (0,34 bar) e raccogliere filtrato nella piastra di legame al DNA. Non utilizzare a vuoto superiore a 12 in Hg. (0,41 bar). </li><li> Smontare collettore di aspirazione. Mettere 2 ml di raccolta dei rifiuti nella piastra inferiore di apparecchi. </li></ol> 2. DNA Binding <ol><li> Spostare la piastra di legame del DNA alla parte superiore del collettore (vedi figura 2). </li><li> Aggiungere 300 microlitri Buffer / e Binding (6 M guanidina-HCl) e pipettare su e giù per mescolare. </li><li> Applicare il vuoto [~ 5 pollici Hg (0,17 bar) per il vuoto lenta] e scartare filtrato. Il DNA è ora associato alla membrana. </li><li> Lavare con 400 microlitri / pozzetto di soluzione di lavaggio (80% etanolo). </li><li> Applicare il vuoto, poi scarta il filtrato. Eliminare inutili se si usa 2 Piastra raccolta ml o filtrando direttamente da perdere. </li><li> Ripetere il lavaggio una volta. </li><li> Fondo macchia di piastra di filtraggio sul tovagliolo assorbente ad asciugare. </li><li> Applicare il vuoto ancora una volta per 5-10 minuti per assicurare la rimozione di residui di alcool. </li><li> Blot fondo per assicurare la rimozione di goccioline etanolo. </li></ol> 3. Eluizione del DNA <ol><li> Aggiungere 70 microlitri / e tampone di eluizione (10 mM Tris-HCl, pH 8,0, 1 mM EDTA). Se la concentrazione di DNA si desidera più, il volume può essere ridotto a 50 microlitri / bene, ma la resa media totale sarà inferiore. </li><li> Incubare la piastra a temperatura ambiente per un minuto. </li><li> DNA purificato può essere eluito sia vuoto o centrifugazione. </li><li> Metodo vuoto: Inserire la piastra di raccolta pulita (DNasi, RNasi free) nel collettore di aspirazione. Piastra posto del filtro sulla parte superiore del collettore di aspirazione, applicare vuoto a 15 pollici Hg (0,5 bar) per 1 minuto fino a quando tutti i buffer di eluizione è passato attraverso la piastra di legame al DNA. Raccogliere DNA purificato (vedi figura 3). </li><li> Metodo di centrifugazione: purificazione piastra Luogo filtro sulla parte superiore della piastra di raccolta pulita e centrifugare a 1000 xg per 5 minuti. </li></ol> 4. Analisi quantitativa e qualitativa <ol><li> Misura 260/280 OD, calcolare la concentrazione di DNA purificato. </li><li> Effettuare analisi di gel di agarosio del PDNA purificato. </li></ol> 5. Rappresentante Risultati E. coli lisato chiarificato mediante centrifugazione tradizionali e Pall AcroPrep Advance Piastre chiarimenti lisato Filtro mostrato sensibile riduzione di detriti da materiale di partenza. (Figura 4). DNA plasmidico a tre concentrazioni è stata aggiunta in TE buffer e passato attraverso la piastra di chiarificazione Advance AcroPrep lisato filtro. Un confronto tra concentrazione di DNA plasmide, pre-e post-filtrazione, mostra ~ 100% di recupero (Figura 5) in tutti e tre concentrazioni. Per dimostrare il recupero di DNA da E. chiarito coli lisato, il DNA plasmidico è stata aggiunta in lisato grezzo e successivamente chiarificati mediante filtrazione. Lo stesso DNA plasmidico è stato aggiunto alla filtrazione seguenti lisato cellulare. Elettroforesi è stata eseguita su aliquote di ciascun campione (Figura 6). Un singolo, banda chiara di intensità simile da ciascun campione dimostra poca o nessuna perdita di DNA durante la filtrazione basata fase di chiarificazione. Culture di E. coli contenente DNA plasmidico pCAT sono state purificate da E. coli lisati con Pall 350 microlitri e 1 ml di DNA Piastre vincolante filtro, così come altri due marchi di 350 piastre DNA microlitri vincolanti. Tutte le purificazioni sono state eseguite come specificato nel protocollo raccomandato dal produttore. La più alta concentrazione di DNA e di resa totale sono visti da Pall 1 Anticipo ml DNA piastra AcroPrep purificazione filtro (Figura 7 e Tabella 2). Sebbene concorrente W mostra anche ad alta concentrazione di DNA (155 ng / mL), la resa del DNA totale è il più basso (4,7 mg / pozzetto) a causa del volume di ripristino bassa, ~ 30 microlitri. Concorrente M ha dato la più bassa concentrazione di DNA in 108 ng / mL, con un rendimento totale di 5,6 mcg / bene. Agarose analisi gel di DNA purificato pCAT dalle tre piastre DNA diversi vincolante è mostrato nella Figura 8. Ogni volume campione raccolto è stato rettificato a 65 microlitri di correggere le differenze nel volume di ripristino prima di elettroforesi. Tutti i campioni mostrano superavvolto DNA plasmidico, ma resa DNA da ciascuna delle piastre del filtro varia. La figura 9 mostra il DNA preparato è tutto in forma e ha superavvolto concentrazione simile. <img src="/files/ftp_upload/2407/2407fig1.jpg" alt="Figura 1" data-altupdatedat="1787634011000" data-alt="Figura 1"> Figura 1. Assemblea dei Collettore sottovuoto per il chiarimento lisato. <img src="/files/ftp_upload/2407/2407fig2.jpg" alt="Figura 2" data-altupdatedat="1787634011000" data-alt="Figura 2"> Figura 2. Assemblea dei Collettore sottovuoto per l'associazione del DNA. <img src="/files/ftp_upload/2407/2407fig3.jpg" alt="Figura 3" data-altupdatedat="1787634011000" data-alt="Figura 3"> Figura 3. Assemblea dei Collettore sottovuoto per l'eluizione sotto vuoto. <img src="/files/ftp_upload/2407/2407fig4.jpg" alt="Figura 4" data-altupdatedat="1787634011000" data-alt="Figura 4"> Figura 4. Filtrazione semplifica la chiarificazione del campione. Campioni triplice copia di 300 ml di lisato grezzo chiarito filtrazione sotto vuoto (350 microlitri Advance AcroPrep piastra lisato chiarimenti filtro) o centrifugazione tradizionali. OD 320 misurati prima e dopo il chiarimento. <img src="/files/ftp_upload/2407/2407fig5.jpg" alt="Figura 5" data-altupdatedat="1787634011000" data-alt="Figura 5"> Figura 5. Pieno recupero di PDNA dopo passaggio piastra Advance filtro AcroPrep lisato chiarimenti. 300 microlitri di buffer TE spillo con pCAT a 25, 50 e 100 mg / ml. Concentrazione di DNA e di recupero può essere calcolato da OD 260 prima e dopo la filtrazione, N = 2. <img src="/files/ftp_upload/2407/2407fig6.jpg" alt="Figura 6" data-altupdatedat="1787634011000" data-alt="Figura 6"> Figura 6. Recupero del DNA pCAT dopo chiarimenti. La stessa quantità di pUC19 spillo in lisato prima o dopo la precisazione, poi diluito 1 a 10 in tampone TE. Caricato 2 microlitri / corsia su gel di agarosio 1,2%. <img src="/files/ftp_upload/2407/2407fig7.jpg" alt="Figura 7" data-altupdatedat="1787634011000" data-alt="Figura 7"> Figura 7. Maggiore resa DNA plasmidico per bene con il DNA pall Advance AcroPrep vincolante piatto filtro rispetto alle piastre concorrente. PCAT resa DNA plasmidico (OD 260) con indicato piatti purificazione del DNA con 1 ml (Pall e M concorrente) o 1,5 ml (concorrente W) di ​​cultura durante la notte DH5α. Purificazione mediante protocollo raccomandato produttore piastra. Barre di errore indicano l'errore standard (n&gt; 6). <img src="/files/ftp_upload/2407/2407fig8.jpg" alt="Figura 8" data-altupdatedat="1787634011000" data-alt="Figura 8"> Figura 8. Gel di agarosio analisi del DNA purificato pCAT sulla piastra del DNA indicato vincolanti. 1,2% gel elettroforesi di agarosio del PDNA purificato. Campioni riuniti da tre purificazioni separati, eluato regolata a 65 microlitri dopo la depurazione, diluito 1:10. Caricato 2 microlitri per corsia. <img src="/files/ftp_upload/2407/2407fig9.jpg" alt="Figura 9" data-altupdatedat="1787634011000" data-alt="Figura 9"> Figura 9. Qualità e il recupero di dna puro simili quando i metodi centrifuga o per vuoto vengono utilizzati per la raccolta finale elettroforesi gel agarosio eluato del PDNA purificato. Protocollo raccomandato dal produttore per Piastre Advance AcroPrep filtro è stato seguito per la purificazione PDNA. Eluizione è stata eseguita da centrifugare a 1000 xg per 5 minuti o per vuoto con 15 pollici Hg (0,5 bar) per 2 minuti.

Gli autori di questo video-articolo sono dipendenti di Pall Life Sciences che producono lo strumento e reagenti presenti nel video e testo.

Descriviamo un facile, protocollo semplificato di Piastre Advance Filter AcroPrep che offre diversi vantaggi. Questo metodo fornisce la massima produzione di DNA plasmidico quando trattati in formati AcroPrep manuale, semiautomatica o completamente automatica Advance. Un pre-filtro integrato sulla piastra spazio lisato fornisce la filtrazione costante di campioni, anche quelli contenenti livelli elevati di particolato. La geometria e dei risultati piatto più veloce, i tassi di filtrazione più uniforme in tutto il piatto con il minimo volume di hold-up, e la geometria della punta di uscita fornisce un flusso diretto di campioni in piastra ricevitore senza preoccupazioni di contaminazione incrociata. È importante sottolineare che la membrana ad alta capacità di legame nel piatto legame del DNA di Piastre Advance AcroPrep filtro è ottimizzato per il recupero massimo di DNA di alta qualità plasmide.

<table><tbody><tr><td>Piastra filtrante AcroPrep Advance</td><td>Pall Corporation</td><td>PN 8175 (1 mL) o PN 8075 (350 &amp;#181;l)</td><td>Membrana in fibra di vetro da 3 &amp;#x03BC;m e membrana Supor&amp;#174; da 0,2 &amp;#x03BC;m per la chiarificazione</td></tr><tr><td>Piastra filtrante AcroPrep Advance</td><td>Pall Corporation</td><td>PN 8132</td><td>per il legame del DNA</td></tr><tr><td>Manifold a vuoto</td><td>Pall Corporation</td><td>PN 5017</td><td></td></tr><tr><td>Pompa per vuoto</td><td>Pall Corporation</td><td>PN 13157</td><td></td></tr></tbody></table>

purificazione semplificata del dna plasmidi da culture procariotiche

Streamlined Purification of Plasmid DNA From Prokaryotic Cultures

Noi descriviamo il processo completo di piastre Advance AcroPrep filtro per 96 preparazioni plasmide, a partire dalla cultura procariotiche e termina con il DNA ad alta purezza. Sulla base multi-bene di filtrazione per la clearance lisato batterico e purificazione del DNA, questo metodo crea un processo semplificato per la preparazione del plasmide. Piastre filtranti a base di silice contenente i media possono essere facilmente lavorate per filtrazione sotto vuoto o centrifughe per produrre notevoli quantità di DNA plasmidico. Analisi quantitative determinare il DNA plasmidico purificato è sempre di alta qualità con una media di OD 260/280 rapporti di 1.97. Nel complesso, i rendimenti plasmide offrire DNA più puro per applicazioni a valle, come la sequenza e la clonazione. Questo metodo semplificato di utilizzo Piastre Advance Filter AcroPrep consente l&#39;elaborazione manuale, semiautomatica o completamente automatica.

Questo protocollo è un&#39;alternativa conveniente per chiarimenti efficiente parallelo e purificazione del DNA plasmidico da<em&gt; E. coli</em&gt; Culture. Il processo di Advance AcroPrep inizia con una piastra di chiarificazione del lisato ottimizzato filtro seguita da purificazione su un legame ad alta capacità di legame del DNA piastra del filtro.

Purificazione semplificata del DNA plasmidi da culture procariotiche

Descriviamo il processo completo di utilizzo delle piastre filtranti AcroPrep Advance per 96 preparazioni di plasmidi, partendo dalla coltura procariotica e terminando con l'ottenimento di...

<a class="grey_button" href="/video/2711"> Cinese </a>

streamlined-purification-of-plasmid-dna-from-prokaryotic-cultures

Research

Ricerca

JoVE Journal

Biology

Biologia

Purificazione del DNA plasmidi da colonie batteriche Utilizzando il kit Qiagen Miniprep

Si descrive un metodo per la purificazione per affinità-tag di proteine ​​ricombinanti utilizzando liquido movimentazione robotica. Questo metodo è generalmente applicabile alla piccola scala purificazione di solubili His-tagged proteine ​​in una high-throughput formato.

High-throughput Purificazione di affinità-tagged proteine ​​ricombinanti

Domini zinco-dita sono intrinsecamente cellula-permeabile e capace di mediare consegna proteine ​​in una vasta gamma di tipi di cellule di mammifero. Qui, un protocollo dettagliato passo-passo per l'attuazione tecnologia zinc finger-consegna proteina intracellulare è presentato.

Diretto Protein Consegna a cellule di mammifero Utilizzando Cell-permeabile Cys<sub&gt; 2</sub&gt; -Il suo<sub&gt; 2</sub&gt; domini zinc-finger

Il minivettore di DNA lineare covalentemente chiuso (LCC) è un vettore di consegna genica non virale che offre un'elevata efficienza di trasfezione ed è rilevante per qualsiasi applicazione di consegna del DNA. Il sistema di produzione è semplice, rapido e scalabile in vivo. Il seguente protocollo fornisce istruzioni visive passo dopo passo per la produzione di somministrazioni di DNA.

La produzione di DNA a doppia elica Ministrings

Questo articolo presenta un metodo sensibile chiamato Circle-Seq per purificare il DNA circolare extracromosomico (eccDNA). Il metodo comprende la purificazione della colonna, la rimozione del DNA cromosomico lineare rimanente, l'amplificazione del circolo rotante e il sequenziamento ad alto rendimento. Circle-Seq è applicabile allo screening su scala genomica dell'eccDNA eucariotico e allo studio dell'instabilità del genoma e della variazione del numero di copie.

Purificazione genoma a livello di extrachromosomal circolare DNA dalle cellule eucariotiche

Qui, descriviamo un metodo per purificare enzimi pyrophosphokinase istidina-etichettate e utilizzando la cromatografia su strato sottile di radiomarcato substrati e prodotti di test per l' attività enzimatica in vitro. L'analisi di attività dell'enzima è ampiamente applicabile a qualsiasi chinasi, ciclasi del nucleotide o reazione di fosforo-trasferimento cui meccanismo include idrolisi di trifosfato del nucleotide.

Una purificazione e l'analisi di attività In Vitro per un ppGpp (p) sintetasi da Clostridium difficile

Questo articolo descrive una metodologia per sovraesprimere la Nsp15 ricombinante, una nucleasi tossica, in un sistema di espressione C41(DE3), seguita dalla purificazione della proteina marcata utilizzando la cromatografia di affinità e di esclusione dimensionale. Questi protocolli possono essere adattati per altre proteine tossiche impegnative.

Sovraespressione e purificazione di una nucleasi tossica da Escherichia coli

Lo studio attuale descrive un flusso di lavoro per il sequenziamento nanoporo dei plasmidi quando la sequenza cromosomica è già nota o non ha alcun interesse. Un primo passaggio di arricchimento del DNA plasmidico garantisce una profondità ottimale della sequenza plasmidica e massimizza il numero di campioni che possono essere sequenziati per cella di flusso.

Sequenziamento e assemblaggio di plasmidi a lunga lettura utilizzando flussi di lavoro basati sul sequenziamento nanopore

Questo protocollo descrive un metodo conveniente per accelerare l'estrazione del DNA plasmidicale. Utilizzando rack personalizzati stampati in 3D compatibili con rotori standard a piastra a secchio oscillante, i ricercatori possono processare fino a 48 colonne di rotazione con tappi o fino a 116 colonne di rotazione senza condensatori simultaneamente, riducendo significativamente i tempi di manipolazione rispetto ai metodi manuali con microcentrifughe.

Estrazione del DNA a colonna a media velocità utilizzando rack a 24 pozzi

Trasformazione del DNA plasmidi in E. coli con il metodo Heat Shock

Impara a purificare il DNA plasmidico da E. coli con un metodo semplificato e conveniente. Questo protocollo utilizza piastre deep well e filtri per ottenere rese elevate di DNA di alta qualità.

Purificazione semplificata del DNA plasmidi da culture procariotiche

Esplora altri video