Isolamento del DNA libero da cellule circolanti (cfDNA): una procedura di membrana a base di silice per estrarre il cfDNA dal plasma sanguigno di pazienti oncologici

I DNA liberi da cellule circolanti o cfDNA sono brevi frammenti di DNA rilasciati principalmente da cellule tumorali in fase di apoptosi. I cfDNA sono promettenti biomarcatori tumorali e possono essere isolati da fluidi corporei come il plasma.

Per isolare il cfDNA, in primo luogo, ottenere un campione di plasma da un paziente oncologico. Successivamente, trattare il plasma con un tampone di lisi contenente proteinasi K, sali caotropici e RNA vettore. I sali caotropici denaturano le proteine, rilasciando cfDNA legati dalle proteine. La proteinasi K inattiva le nucleasi, minimizzando così la degradazione del cfDNA.

Successivamente, aggiungere il buffer di binding desiderato al campione. Assemblare una colonna rotante contenente matrice di silice in fase solida sull'apparecchio a vuoto. Caricare l'esempio nella colonna. Applicare il vuoto per far passare il campione attraverso la membrana di silice.

L'RNA vettore si lega in modo non specifico alle pareti del tubo. Questo legame aspecifico, insieme alla presenza di sali nel tampone, facilita il legame del cfDNA alla membrana di silice, aumentando il recupero dei cfDNA. Le proteine e gli altri contaminanti non si trattengono sulla memb