Saggio di legame in vitro basato su SELEX per identificare le interazioni RNA-proteina

L'evoluzione sistematica dei ligandi mediante arricchimento esponenziale, SELEX, consente l'identificazione di sequenze di RNA leganti le proteine.

In primo luogo, ottenere un pool di RNA randomizzato contenente RNA radiomarcati con sequenze randomizzate che si ripiegano in strutture altamente specifiche. Incubare con la proteina bersaglio. La proteina si lega alle molecole di RNA con sequenze specifiche e strutture tridimensionali, mentre gli RNA non specifici rimangono non legati.

Passare il composto attraverso un filtro nitrocellulosico. L'RNA non legato passa attraverso i pori del filtro, mentre i complessi RNA-proteina rimangono trattenuti.

Tagliare il filtro contenente il complesso RNA-proteina in frammenti. Ripetere l'interazione RNA-proteina incubando il pool di RNA con una concentrazione ridotta della proteina bersaglio, consentendo solo il legame della sequenza ad alta affinità, mentre le sequenze a bassa affinità non riescono a legarsi.

Caricare questa miscela su un gel di poliacrilammide ed eseguire l'elettroforesi. I complessi RNA-proteina migrano lentamente attraverso il gel rispetto agli RNA non legati a bassa affinità. L'imaging su gel a raggi X mostra uno spostamen