Imaging di una singola molecola per visualizzare l'assemblaggio di condensati di proteine di fusione su tende di DNA

Una proteina chimerica di fusione oncogenica contiene il dominio N-terminale a bassa complessità, LCD, di una proteina legante l'RNA fusa con il dominio legante il DNA, DBD, di una proteina del fattore di trascrizione. Queste proteine formano un condensato proteico, che recluta l'RNA polimerasi-II e guida l'oncogenesi.

Per visualizzare l'assemblaggio dei condensati proteici mediante imaging a singola molecola, si inizia con una cella a flusso di DNA, un vetrino in vetro di silice fusa dotato di porte di iniezione di ingresso e uscita. La superficie della cella di flusso è rivestita con un doppio strato lipidico biotinilato per proteggere la superficie e fabbricata con una barriera a zigzag.

Collegalo a un sistema microfluidico. Introdurre una soluzione di streptavidina, che si lega al suo ligando ad alta affinità di legame, la biotina, sullo strato lipidico. Iniettare DNA lambda a doppio filamento marcato con biotina, che contiene ripetizioni multiple di sequenze leganti le proteine di fusione. La streptavidina del doppio strato lipidico si lega alla biotina del DNA e attacca il DNA lambda al doppio strato.

Sciacquare con un tampone adatto. La forza idrodinamica del suo flusso radd