Una tecnica per rilevare i ceppi cianobatterici utilizzando un chip di microarray di anticorpi

0 visualizzazioni3:31 min • July 8th, 2025

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Inizia con un chip di microarray di anticorpi stampato con anticorpi specifici.

Ogni punto contiene un anticorpo unico contro uno specifico ceppo cianobatterico.

Trattare il chip con un tampone di blocco per ridurre al minimo le interazioni non specifiche.

Assemblare il chip in una cassetta di ibridazione dotata di più pozzetti.

Introdurre un campione ambientale nei pozzetti e incubarlo in condizioni ottimizzate.

Il campione contiene vari batteri, tra cui diversi ceppi cianobatterici, che interagiscono con anticorpi specifici sul chip stampato. Lavare il chip per rimuovere i batteri non legati.

Aggiungere una miscela di anticorpi contenente anticorpi anti-ceppo cianobatterico marcati con fluorofori che interagiscono con antigeni specifici sulle rispettive cellule cianobatteriche. Rimuovere gli anticorpi non legati.

Smontare la cassetta, lavare e asciugare il chip, quindi scansionarlo.

La fluorescenza in punti specifici indica la presenza di particolari ceppi cianobatterici nel campione.

Impostare il vetrino in una cassetta di ibridazione microarray a 3 x 8 pozzetti seguendo le istruzioni del fornitore. In alternativa, dopo aver modificato il modello di stampa dell'anticorpo, è possibile impostare una cassetta personalizzata, come quella mostrata qui, o semplicemente utilizzare i vetrini di copertura per la configurazione.

Dopo l'assemblaggio del vetrino e della cassetta, pipettare fino a 50 microlitri di ciascun estratto del campione o diluirlo nel tampone di incubazione dell'estrazione in ciascun pozzetto della cassetta. In alternativa, è possibile caricare i campioni in altri dispositivi di incubazione o semplicemente utilizzare i vetrini di copertura.

Come controllo in bianco, pipettare 50 microlitri di tampone TBST-RR in almeno due pozzetti separati della cassetta. Incubare i campioni a temperatura ambiente per 1 ora e miscelarli pipettandoli ogni 15 minuti, oppure incubare a 4 gradi Celsius per 12 ore.

Per lavare i microarray, posizionare la cassetta verso il basso e picchiettarla con cura su carta assorbente pulita. Quindi, lavare i pozzetti aggiungendo a ciascuno 150 microlitri di tampone di incubazione per estrazione e rimuovere il tampone picchiettando su carta assorbente come prima. Ripetere il lavaggio altre tre volte.

A ciascun pozzetto, aggiungere 50 microlitri della miscela di anticorpi fluorescenti che contiene i 17 anticorpi anti-ceppo cianobatterico. Incubare i campioni a temperatura ambiente per 1 ora o a 4 gradi Celsius per 12 ore.

Per lavare i microarray, posizionare con cura la cassetta e picchiettarla delicatamente su carta assorbente pulita. Quindi, aggiungere 150 microlitri di tampone di incubazione per l'estrazione prima di rimuoverlo picchiettando su un tovagliolo di carta. Ripetere il lavaggio tre volte. Quindi, smontare la cassetta e immergere il vetrino in una soluzione PBS 0,1x per un rapido risciacquo. Centrifugare rapidamente come prima per asciugare il vetrino.

Utilizzando uno scanner a fluorescenza, eseguire la scansione del vetrino per verificare la presenza di fluorescenza al picco di massima emissione per il colorante fluorescente rosso lontano. Scatta diverse immagini dei microarray con diversi parametri di scansione modificando il valore di guadagno.

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Ultimo aggiornamento: 22 agosto 2026