Name: Criosezionamento Comunità di lievito per lesame di pattern di fluorescenza (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2012-12-26T13:00:00.000+00:00
Duration: 7 min 3 s
Description: Scopri la criosezionamento di comunità di lievito per analizzare la distribuzione spaziale di popolazioni cellulari fluorescenti. Questo metodo utilizza fissaggio con metanolo e inclusione in OCT per preservare la disposizione cellulare.

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Vorremmo ringraziare Jonathan Cooper Lab Research Fred Hutchinson Cancer Centro per il permesso di usare il loro criostato. Questo lavoro è stato sostenuto da NIH e il WM Keck Foundation. BM è un collega Gordon and Betty Moore Foundation di Life Science Research. Siamo grati a Daniel Gottschling per aver condiviso il suo protocollo di fissaggio con noi.

1. Fissaggio Comunità lievito <ol><li> Crescono comunità lievito su un filtro a membrana (ad esempio, Millipore MF membrana filtrante; Figura 2A). Questo protocollo corrisponde ad una tipica comunità inferiore a 2x10 8 celle di un millimetro di diametro 6 filtro a membrana. </li><li> Utilizzare un pezzo di carta da filtro Whatman 541 per coprire il fondo di un diametro di 1 cm-ben (Figura 2B). Questa carta Whatman sarà utilizzato come vettore per trasferire la comunità in fasi successive. Aggiungere 1 ml di metanolo 100% al pozzo, e lasciare il pozzo a -20 ° C per la temperatura di equilibrarsi. </li><li> N 2 liquido messo in un dewar. Congelare comunità in azoto liquido per immersione della comunità per almeno 15 secondi in un liquido N 2 utilizzando una pinzetta (Figura 2C). </li><li> Trasferire comunità congelato al pozzo di -20 ° C metanolo (Figura 2D). Assicurarsi che la comunità sia tenuta in orizzontale quando si immerge nel metanolo.Attendere 20 min. Il filtro a membrana MF inizia a disintegrarsi in metanolo. </li><li> Trasferire comunità utilizzando il vettore 541 carta da filtro Whatman dal metanolo bene ad un piatto freddo Petri tenuta a -20 ° C per evaporazione metanolo (Figura 2E). Durante il trasferimento, tenere la comunità sulla parte superiore del supporto filtro Whatman e pareggio ospiti gocce in più di metanolo con un altro pezzo di spessa carta Whatman prima di mettere nel piatto freddo Petri. Ciò farà sì che il tempo di evaporazione è coerente da campione a campione. </li><li> Attendere 4-6 ore per l&#39;evaporazione finché il supporto del filtro Whatman sembra asciutto. Evaporazione insufficiente lascia metanolo residuo che interferisce con sezionamento. Oltre ad asciugatura crepe cause e deformazioni nelle comunità. </li><li> Prelevare il campione di congelatore a -20 ° C. Tagliare Whatman 541 carta da filtro non coperti dalla comunità. </li><li> Fare un cubo rettangolare pellicola di alluminio contenitore che è abbastanza grande in modo tale che il campione ha almeno ~ 2 mm dal margineciascun lato (Figura 2F). Posizionare la comunità sulla superficie inferiore della pellicola di alluminio contenitore, coprire immediatamente il campione con Office per 3 ~ 4 mm al di sopra dell&#39;altezza della comunità. Se importante, l&#39;orientamento del campione può essere regolata in questa fase in relazione ai lati del contenitore. Attendere 10 min. </li><li> Posizionare il PTOM-embedded campione su una piastra metallica in ghiaccio secco per congelare. Conservare le comunità congelati a -20 ° C o -80 ° C congelatore. </li></ol> 2. Sezionamento Comunità congelati per fluorescenza Imaging <ol><li> Impostare la temperatura della camera di cryosection a -25 ° C e lasciare i campioni nella camera finché la sua temperatura raggiunge la temperatura della camera. </li><li> Montare il campione su un crio-mount dopo l&#39;applicazione di una goccia di ottobre sul monte. Diffondere ottobre uniformemente sul lato del campione esposto con carta da filtro Whatman (fondo del contenitore) in modo che lo spessore ottobre è 2-3 mm. Lasciate congelare ottobre all&#39;interno della camera di criostato prima sezionamento. Garantire un margine ottobre di 2-3 mm su tutti i lati del campione contribuisce a preservare l&#39;integrità delle sezioni. </li><li> I lati del blocco campioni ottobre può essere utilizzato per allineare il campione. Se il campione non è allineato rispetto alla lama, sezionamento inizia da un angolo o lato del campione. Regolare il montaggio in modo che la lama taglia perfettamente verticale (o orizzontale) faccia del blocco campione. </li><li> Sezioni tipiche per le comunità di lievito sono ~ 14 micron di spessore. Dopo il taglio di una sezione, utilizzare un vetrino conservato a temperatura ambiente per raccogliere sezione, lentamente avvicinando la slitta nella sezione di taglio. La sezione si scioglierà e trasferimento al vetrino da microscopio. Fino a 18 sezioni possono essere trasferiti su una diapositiva. </li><li> Conservare i vetrini a basse temperature, preferibilmente -20 ° C, prima di imaging. Perdita di segnale è minimo quando conservata per una settimana a 4 ° C. Per il massimo segnale di fluorescenza, l&#39;imaging è preferibilmente effettuata subito dopo il sezionamento. </li></ol>

<ol><li>Tolker-Nielsen, T., Molin, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Spatial+Organization+of+Microbial+Biofilm+Communities%5BTitle%5D)+AND+%22Microbial+Ecology%22%5BJournal%5D)">Spatial Organization of Microbial Biofilm Communities.</a> Microbial Ecology. 40 (2), 75-84 (2000).</li>
<li>Moller, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((+In+Situ+Gene+Expression+in+Mixed-Culture+Biofilms%3A+Evidence+of+Metabolic+Interactions+between+Community+Members%5BTitle%5D)+AND+%22Appl.+Environ.+Microbiol%22%5BJournal%5D)"> In Situ Gene Expression in Mixed-Culture Biofilms: Evidence of Metabolic Interactions between Community Members.</a> Appl. Environ. Microbiol. 64 (2), 721-732 (1998).</li>
<li>Lepp, P. W., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Methanogenic+Archaea+and+human+periodontal+disease%5BTitle%5D)+AND+%22Proceedings+of+the+National+Academy+of+Sciences+of+the+United+States+of+America%22%5BJournal%5D)">Methanogenic Archaea and human periodontal disease.</a> Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 101 (16), 6176-6181 (2004).</li>
<li>Váchová, L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Architecture+of+developing+multicellular+yeast+colony%3A+spatio-temporal+expression+of+Ato1p+ammonium+exporter%5BTitle%5D)+AND+%22Environmental+Microbiology%22%5BJournal%5D)">Architecture of developing multicellular yeast colony: spatio-temporal expression of Ato1p ammonium exporter.</a> Environmental Microbiology. 11 (7), 1866-1877 (2009).</li>
<li>Mináriková, L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Differentiated+Gene+Expression+in+Cells+within+Yeast+Colonies%5BTitle%5D)+AND+%22Experimental+Cell+Research%22%5BJournal%5D)">Differentiated Gene Expression in Cells within Yeast Colonies.</a> Experimental Cell Research. 271 (2), 296-304 (2001).</li>
<li>Shou, W., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Synthetic+cooperation+in+engineered+yeast+populations%5BTitle%5D)+AND+%22Proc.+Natl.+Acad.+Sci.+U.S.A%22%5BJournal%5D)">Synthetic cooperation in engineered yeast populations.</a> Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 104, 1877-1882 (2007).</li>
<li>Momeni, B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Cooperation+generates+a+unique+spatial+signature+in+microbial+communities%5BTitle%5D)+AND+%22%22%5BJournal%5D)">Cooperation generates a unique spatial signature in microbial communities.</a> , Submitted (2012).</li>
<li>Kiernan, J. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aKiernan%2C+J+%22Histological+and+Histochemical+Methods%3A+Theory+and+Practice%22">Histological and Histochemical Methods: Theory and Practice</a>. ed, , 4th, Cold Spring Harbor Laboratory Press. 4(2008).</li>
<li>Piccirillo, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+Rim101p%2FPacC+Pathway+and+Alkaline+pH+Regulate+Pattern+Formation+in+Yeast+Colonies%5BTitle%5D)+AND+%22Genetics%22%5BJournal%5D)">The Rim101p/PacC Pathway and Alkaline pH Regulate Pattern Formation in Yeast Colonies.</a> Genetics. 184 (3), 707-716 (2010).</li>
</ol>

Nessun conflitto di interessi dichiarati.

La procedura qui presentata offre un modo per controllare la struttura interna delle comunità lievito. La fase di fissaggio metanolo rende la colonia di lievito rigido 8 e preserva l&#39;integrità della colonia, tuttavia, causa anche restringimento 8 che deve essere preso in considerazione nell&#39;interpretazione dei risultati. Noi di solito vedere circa il 30% in altezza ritiro delle colonie di lievito, rispetto alle colonie direttamente incorporati nei PTOM senza fissare 9. <p cla...

<table border="1"><tbody><tr><td> Nome del reagente </td><td> Azienda </td><td> Numero di catalogo </td><td> Commenti (opzionale) </td></tr><tr><td> 100% Metanolo </td><td> JT Baker </td><td> 9070-01 </td><td></td></tr><tr><td> Tissue-Tek ottobre Compound </td><td> E vinci la scientifica </td><td> 4583 </td><td></td></tr><tr><td> Whatman Grade Paper No. 541 filtro quantitativa </td><td> Whatman </td><td> 1541-047 </td><td></td></tr><tr><td> Millipore MF-filtro a membrana </td><td> Millipore </td><td> HAWP04700 </td><td></td></tr><tr><td> Criostato </td><td> Leica </td><td> CM 1510 S </td><td></td></tr></tbody></table>

criosezionamento comunità di lievito per l&#39;esame di pattern di fluorescenza

Cryosectioning Yeast Communities for Examining Fluorescence Patterns

I microbi in genere vivono in comunità. L&#39;organizzazione spaziale delle cellule all&#39;interno di una comunità si crede di influenzare la sopravvivenza e la funzione della comunità 1. Tecniche ottiche di sezionamento, tra cui la microscopia confocale e due fotoni, si sono dimostrati utili per osservare l&#39;organizzazione spaziale delle comunità batteriche e archaeal 2,3. Una combinazione di imaging confocale e sezionamento fisico di colonie di lievito ha rivelato organizzazione interna delle cellule 4. Tuttavia, diretto sezionamento ottico usando la microscopia confocale a due fotoni o è stato solo in grado di raggiungere un paio di strati di cellule in profondità in colonie di lievito. Questa limitazione è probabilmente a causa della dispersione di luce intensa da cellule di lievito 4. Qui vi presentiamo un metodo basato sulla determinazione e criosezionamento per ottenere la distribuzione spaziale delle cellule fluorescenti all&#39;interno delle comunità di Saccharomyces cerevisiae. Usiamo metanolo come agente fissativoda mantenere la distribuzione spaziale delle cellule. Comunità fissi sono infiltrati con OCT, congelati, e cryosectioned in un criostato. Imaging di fluorescenza delle sezioni rivela come l&#39;organizzazione interna delle cellule fluorescenti all&#39;interno della comunità. Esempi di comunità costituite ceppi di lievito che esprimono proteine ​​fluorescenti rosse e verdi dimostrare le potenzialità del metodo criosezionamento per rivelare la distribuzione spaziale delle cellule fluorescenti così come quella di espressione genica all&#39;interno colonie di lievito 2,3. Anche se la nostra attenzione si è concentrata sulle comunità di Saccharomyces cerevisiae, lo stesso metodo può potenzialmente essere applicato a esaminare altre comunità microbiche.

Immagini di fluorescenza di sezioni verticali delle comunità lievito contenenti rosso o verde etichettato popolazioni competitivi 6 sono mostrati nella Figura 3. Queste comunità sono costituiti da due ceppi di lievito e prototrofici loro competizione per risorse condivise, incluso lo spazio, porta a colonnare modelli 7, come mostrato nelle sezioni verticali. Risoluzioni fino a una singola cellula può essere risolto in sezioni. Figura 3 confronta sezioni delle comun...

Vi presentiamo un protocollo per congelare e criosezionamento comunità di lievito per osservare i modelli interni di cellule fluorescenti. Il metodo si basa su di fissaggio e metanolo-OCT-incorporamento per preservare la distribuzione spaziale di celle senza inattivare proteine ​​fluorescenti all&#39;interno di una comunità.

Criosezionamento Comunità di lievito per l&#39;esame di pattern di fluorescenza

Microbes typically live  in communities. The spatial organization  of cells within a community is believed to impact the survival and function of the  ...

L'obiettivo generale del seguente esperimento è quello di produrre sezioni trasversali di comunità di lievito per esaminare la distribuzione spaziale di diverse popolazioni di cellule fluorescenti all'interno di una comunità. Ciò si ottiene prima congelando la comunità e poi fissandola utilizzando il metanolo per preservare la distribuzione spaziale delle cellule nella comunità. Come seconda fase, il metanolo viene evaporato per consentire la penetrazione del composto OCT incorporante.La comunità incorporata viene quindi congelata in preparazione per la criosezione. Successivamente, una sezione criome. La comunità e le sezioni trasversali possono essere visualizzate con un microscopio a fluorescenza Si ottengono risultati che mostrano la distribuzione spaziale delle popolazioni cellulari fluorescenti all'interno di una comunità.Il vantaggio principale di questa tecnica rispetto ai metodi esistenti come il sezionamento ottico, è che rivela la distribuzione spaziale delle popolazioni all'interno di queste comunità. Per iniziare questa procedura, far crescere le comunità di lievito su un filtro a membrana. Questo protocollo corrisponde a una comunità tipica di meno di due volte 10 all

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Biologia

Un valido approccio per monitorare la fornitura dei organelli al lume acida del vacuolo lievito per il degrado e il riciclaggio è descritto. Il metodo si basa sulla etichettatura specifica di organelli bersaglio geneticamente codificato con un dual-emissione di fluorescenza pH biosensore, e la visualizzazione delle singole cellule mediante microscopia a fluorescenza.

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Visualizzazione e l&#39;analisi di molecole di mRNA mediante fluorescenza<em&gt; In Situ</em&gt; Ibridazione in<em&gt; Saccharomyces cerevisiae</em

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Qui, presentiamo l'imaging a cellule vive che è un metodo di microscopia non tossico che consente ai ricercatori di studiare il comportamento delle proteine e la dinamica nucleare nelle cellule di lievito di fissione viventi durante la mitosi e la meiosi.

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Presentiamo un protocollo per la preparazione lamellare di campioni biologici surgelati a tuffo mediante microlavorazione a fascio ionico crio-focalizzato per studi strutturali ad alta risoluzione di macromolecole in situ con tomografia crioeletnico. Il protocollo presentato fornisce linee guida per la preparazione di lamelle di alta qualità ad alta riproducibilità per la caratterizzazione strutturale di macromolecole all'interno del Saccharomyces cerevisiae.

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Il lievito di fissione viene utilizzato qui come ospite eterologo per esprimere proteine citoscheletriche batteriche come FtsZ e MreB come proteine di fusione traduzionali con GFP per visualizzare la loro polimerizzazione. Inoltre, i composti che influenzano la polimerizzazione vengono identificati mediante imaging utilizzando un microscopio a fluorescenza.

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Questo protocollo fornisce una linea guida completa per l'impostazione e il monitoraggio quantitativo delle co-colture, compresi i cianobatteri fotoautotrofi secernenti zucchero e i lieviti eterotrofi.

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Manipolazione e analisi dei processi dipendenti dal ciclo cellulare nel lievito in gemmazione

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