Formaldehyde-assisted Isolation of Regulatory Elements to Measure Chromatin Accessibility in Mammalian Cells

Alfonso Rodr&#237;guez-Gil; Tabea Riedlinger; Olesja Ritter; Vera V. Saul; M. Lienhard Schmitz

doi:10.3791/57272

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Formaldeide-assistita di isolamento di elementi regolatori per l'accessibilità della cromatina di misura in cellule di mammifero

Formaldehyde-assisted Isolation of Regulatory Elements to Measure Chromatin Accessibility in Mammalian Cells

JoVE Journal
Genetica

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JoVE Journal Genetica

Formaldehyde-assisted Isolation of Regulatory Elements to Measure Chromatin Accessibility in Mammalian Cells

Formaldeide-assistita di isolamento di elementi regolatori per l'accessibilità della cromatina di misura in cellule di mammifero

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08:08 min

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April 02, 2018

DOI:

10.3791/57272-v

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10.3791/57272-v

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08:08 min

April 02, 2018

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Alfonso Rodríguez-Gil¹, Tabea Riedlinger², Olesja Ritter², Vera V. Saul², M. Lienhard Schmitz²

¹Department of Oncohematology and Genetics. Institute of Biomedicine of Seville (IBiS),University Hospital Virgen del Rocío ²Institute of Biochemistry, Medical Faculty, Friedrichstrasse 24, Member of the German Center for Lung Research,Justus-Liebig-University

Summary

La plasticità dell'architettura nucleare è controllata da meccanismi epigenetici dinamici tra cui non codificanti RNA, DNA metilazione, nucleosoma riposizionamento come istone composizione e modifica. Qui descriviamo un protocollo di isolamento Formaldehyde-Assisted di elementi normativi (FAIRE) che permette la determinazione dell'accessibilità della cromatina in modo riproducibile, poco costoso e semplice.