Name: Isolamento del contenuto serbatoio Mandibular della ghiandola da Bornean esplodere le formiche (Formicidae) per lanalisi di Volatilome di GC-MS e MetaboliteDetector (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2018-08-26T12:30:00.000+00:00
Duration: 11 min 7 s
Description: Scopri il metodo per isolare il contenuto delle ghiandole mandibolari di Colobopsis explodens e analizzare i composti volatili mediante GC-MS. Questo protocollo supporta la ricerca in metabolomica degli insetti.

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Finanziamenti per questo studio è stato ottenuto attraverso la Vienna Science e Technology Fund (WWTF) LS13-048 per DSi. Speciali ringraziamenti vanno a Diane W. Davidson (University of Utah; ora ritirato) per condividere la sua conoscenza circa le formiche di Bornean COCY con noi. Apprezziamo le amministrazioni dei Kuala Belalong Field Studies Center (KBFSC) e Universiti Brunei Darussalam (UBD) per l'approvazione del progetto, nonché del Brunei Dipartimento foreste e del Brunei ricerca e centro di innovazione per l'autorizzazione a raccogliere le formiche e approvazione e rilascio dei permessi di esportazione. Speciali ringraziamenti vanno a UBD e KBFSC personale, soprattutto speranza Muhammad bin Abdullah Bat, Teddy Chua Wee Li, Masnah Mirasan, Rafhiah Kahar, Roshanizah Rosli, Rodzay Wahab, Mei Chin Chan e Kushan Tennakoon per facilitare le nostre ricerche.

<ol><li>Morgan, E. D. <a target="_blank" href="https://www.researchgate.net/publication/284889224_Chemical_sorcery_for_sociality_Exocrine_secretions_of_ants_Hymenoptera_Formicidae">Chemical sorcery for sociality: exocrine secretions of ants (Hymenoptera: Formicidae).</a> Myrmecol News. 11, 79-90 (2008).</li>
<li>Betz, O. <a target="_blank" href="http://scholar.google.com/scholar?hl=en&safe=off&q=author%3aBetz%2C+O+%22Biological+adhesive+systems%22">Biological adhesive systems</a>. , Springer. 111-152 (2010).</li>
<li>Laciny, A., Zettel, H., Druzhinina, I. <a target="_blank" href="https://dez.pensoft.net/articles.php?id=9435">Workers, soldiers, and gynes-morphometric characterization and description of the female castes of Camponotus singularis (Smith, 1858)(Hymenoptera, Formicidae).</a> Deutsche Entomologische Zeitschrift. 63, 183(2016).</li>
<li>Ward, P. S., Blaimer, B. B., Fisher, B. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+revised+phylogenetic+classification+of+the+ant+subfamily+Formicinae+%28Hymenoptera%3A+Formicidae%29%2C+with+resurrection+of+the+genera+Colobopsis+and+Dinomyrmex%5BTitle%5D)+AND+%22Zootaxa%22%5BJournal%5D)">A revised phylogenetic classification of the ant subfamily Formicinae (Hymenoptera: Formicidae), with resurrection of the genera Colobopsis and Dinomyrmex.</a> Zootaxa. 4072 (3), 343-357 (2016).</li>
<li>Davidson, D. W., Salim, K. A., Billen, J. <a target="_blank" href="https://onlinelibrary.wiley.com/doi/abs/10.1111/j.1463-6395.2011.00523.x">Histology of structures used in territorial combat by Borneo's 'exploding ants'.</a> Acta Zoologica. 93 (4), 487-491 (2012).</li>
<li>Davidson, D., et al. <a target="_blank" href="https://www.researchgate.net/publication/236962932_An_Experimental_Study_of_Microbial_Nest_Associates_of_Borneo's_Exploding_Ants_Camponotus_Colobopsis_species">An experimental study of microbial nest associates of Borneo's exploding ants (Camponotus [Colobopsis] species).</a> Journal of Hymenoptera Research. 18 (2), 341-360 (2009).</li>
<li>Laciny, A., et al. Colobopsis explodens sp.n., model species for studies on "exploding ants" (Hymenoptera, Formicidae), with biological notes and first illustrations of males of the Colobopsis cylindrica group. ZooKeys. , (2018).</li>
<li>Maschwitz, U., Maschwitz, E. <a target="_blank" href="https://link.springer.com/article/10.1007/BF01039798">Platzende Arbeiterinnen: eine neue Art der Feindabwehr bei sozialen Hautflüglern.</a> Oecologia. 14 (3), 289-294 (1974).</li>
<li>Davidson, D. W., Lessard, J. P., Bernau, C. R., Cook, S. C. <a target="_blank" href="http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/j.1744-7429.2007.00304.x/abstract">The tropical ant mosaic in a primary Bornean rain forest.</a> Biotropica. 39 (4), 468-475 (2007).</li>
<li>Martin, S., Drijfhout, F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+review+of+ant+cuticular+hydrocarbons%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+chemical+ecology%22%5BJournal%5D)">A review of ant cuticular hydrocarbons.</a> Journal of chemical ecology. 35 (10), 1151(2009).</li>
<li>Pickett, J. <a target="_blank" href="https://link.springer.com/chapter/10.1007/978-1-4684-8062-7_29">Chromatography and isolation of insect hormones and pheromones</a>. , Springer. 299-309 (1990).</li>
<li>Tragust, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Ants+disinfect+fungus-exposed+brood+by+oral+uptake+and+spread+of+their+poison%5BTitle%5D)+AND+%22Current+Biology%22%5BJournal%5D)">Ants disinfect fungus-exposed brood by oral uptake and spread of their poison.</a> Current Biology. 23 (1), 76-82 (2013).</li>
<li>Menzel, F., Blüthgen, N., Schmitt, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Tropical+parabiotic+ants%3A+highly+unusual+cuticular+substances+and+low+interspecific+discrimination%5BTitle%5D)+AND+%22Frontiers+in+Zoology%22%5BJournal%5D)">Tropical parabiotic ants: highly unusual cuticular substances and low interspecific discrimination.</a> Frontiers in Zoology. 5 (1), 16(2008).</li>
<li>Hogan, C. T., Jones, T. H., Zhukova, M., Sosa-Calvo, J., Adams, R. M. <a target="_blank" href="https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0305197817300649">Novel mandibular gland volatiles from Apterostigma ants.</a> Biochemical Systematics and Ecology. 72, 56-62 (2017).</li>
<li>Augusto, F., Valente, A. L. P. <a target="_blank" href="https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0165993602006027">Applications of solid-phase microextraction to chemical analysis of live biological samples.</a> TrAC Trends in Analytical Chemistry. 21 (6), 428-438 (2002).</li>
<li>Davidson, D. W., et al. <a target="_blank" href="https://www.researchgate.net/publication/298305559_Nutrition_of_Borneo's_'Exploding'_Ants_Hymenoptera_Formicidae_Colobopsis_A_Preliminary_Assessment">Nutrition of Borneo's 'exploding' ants (Hymenoptera: Formicidae: Colobopsis): a preliminary assessment.</a> Biotropica. 48 (4), 518-527 (2016).</li>
<li>Jones, T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+chemistry+of+exploding+ants%2C+Camponotus+spp.%28cylindricus+complex%29%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+chemical+ecology%22%5BJournal%5D)">The chemistry of exploding ants, Camponotus spp.(cylindricus complex).</a> Journal of chemical ecology. 30 (8), 1479-1492 (2004).</li>
<li>Voegtle, H. L., Jones, T. H., Davidson, D. W., Snelling, R. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((E-2-ethylhexenal%2C+E-2-ethyl-2-hexenol%2C+mellein%2C+and+4-hydroxymellein+in+Camponotus+species+from+Brunei%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+chemical+ecology%22%5BJournal%5D)">E-2-ethylhexenal, E-2-ethyl-2-hexenol, mellein, and 4-hydroxymellein in Camponotus species from Brunei.</a> Journal of chemical ecology. 34 (2), 215-219 (2008).</li>
<li>Hiller, K., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((MetaboliteDetector%3A+comprehensive+analysis+tool+for+targeted+and+nontargeted+GC%2FMS+based+metabolome+analysis%5BTitle%5D)+AND+%22Analytical+chemistry%22%5BJournal%5D)">MetaboliteDetector: comprehensive analysis tool for targeted and nontargeted GC/MS based metabolome analysis.</a> Analytical chemistry. 81 (9), 3429-3439 (2009).</li>
<li>Sumner, L. W., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Proposed+minimum+reporting+standards+for+chemical+analysis%5BTitle%5D)+AND+%22Metabolomics%22%5BJournal%5D)">Proposed minimum reporting standards for chemical analysis.</a> Metabolomics. 3 (3), 211-221 (2007).</li>
<li>Stein, S. Retention indices by NIST mass Spec data Center. NIST Chemistry Webbook, NIST Standard Reference Base. (69), (2010).</li>
<li>NIST Chemistry WebBook. NIST Standard Reference Database Number 69. , Available from:
 <a target="_blank" href="http://webbook.nist.gov/chemistry/">http://webbook.nist.gov/chemistry/</a> (2018).</li>
<li>Cook, S. C., Davidson, D. W. <a target="_blank" href="https://onlinelibrary.wiley.com/doi/abs/10.1111/j.1570-7458.2006.00374.x">Nutritional and functional biology of exudate-feeding ants.</a> Entomologia Experimentalis et Applicata. 118 (1), 1-10 (2006).</li>
<li>Abdalla, F. C., Cruz-Landim, C. d <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Dufour+glands+in+the+hymenopterans+%28Apidae%2C+Formicidae%2C+Vespidae%29%3A+a+review%5BTitle%5D)+AND+%22Revista+Brasileira+de+Biologia%22%5BJournal%5D)">Dufour glands in the hymenopterans (Apidae, Formicidae, Vespidae): a review.</a> Revista Brasileira de Biologia. 61 (1), 95-106 (2001).</li>
<li>Hiller, K. MetaboliteDetector. Documentation. , Available from:
 <a target="_blank" href="http://metabolitedetector.tu-bs.de/wiki/index.php/Documentation">http://metabolitedetector.tu-bs.de/wiki/index.php/Documentation</a> (2010).</li>
<li>Nieke, C. MetaboliteDetector - Development Version. , Available from:
 <a target="_blank" href="http://md.tu-bs.de/system/files/Downloads/MD-Development-Version-Documentation.pdf">http://md.tu-bs.de/system/files/Downloads/MD-Development-Version-Documentation.pdf</a> (2012).</li>
<li>Hiller, K., Koschnitzki, N. MetaboliteDetector. Download. , Available from:
 <a target="_blank" href="http://metabolitedetector.tu-bs.de/node/10">http://metabolitedetector.tu-bs.de/node/10</a> (2017).</li>
</ol>

Gli autori non hanno nulla a rivelare.

In questo manoscritto, presentiamo un protocollo completo per l'analisi volatilome del contenuto trovato nel MGRs ipertrofico di formiche lavoratore minore c. explodens . Poiché le formiche qui utilizzate possono 'esplodere' ed espellere il loro contenuto MGR in modo incontrollato, quando ha toccato con il forcipe, si consiglia di utilizzare una tecnica di raccolta 'soft' come previsto da un aspiratore dell'insetto (Figura 1). Per alcune specie di formiche tra cui formiche COCY, può essere necessario limitare il numero massimo di formiche a cinque persone per flaconcino da 50 mL, poiché in caso contrario auto-avvelenamento delle formiche (ad es., da accumulo di acido formico in spazio di testa) può accadere. Per congelare le formiche nel campo, un sacchetto freddo farcito con impacchi freddi surgelati può essere utilizzato. I campioni dovrebbero essere congelati e conservati (ad es., da-20 ° C, migliori a-80 ° C) in condizioni raffreddato rapidamente, ma non è consigliabile per uccidere e memorizzare le formiche in azoto liquido, poiché danno maggiore delle loro ghiandole è stato osservato con questo metodo.
La metodologia di dissezione presentato buffer - e privo di solventi è adatta per ottenere il contenuto del serbatoio ceroso mandibular della ghiandola, nonché altre ghiandole presenti in formiche operaie congelati. Per volatilome l'analisi del contenuto MGR di explodens c., gli aspetti principali da considerare durante la dissezione sono raffreddamento continuo della formica (passo 2.1.4) e minimizzando cross-contaminazioni dei campioni MG con altri presenti nella ghiandola contenuto/fluidi il gaster formica (passo 2.5, Figura 4e Figura 15). Una parte considerevole delle formiche congelate potrebbe essere danneggiata, perché le formiche 'esplose' durante il campionamento o sono state danneggiate durante il trasporto il ghiaccio secco dal sito di campionamento al laboratorio. Se la regione di gaster è rotta, queste formiche non sono adatte per ulteriori analisi (Figura 2, D). Se solo antenne e le gambe sono mancanti o rotti, queste formiche possono ancora essere utilizzate per l'estrazione del contenuto MGR e un'ulteriore analisi. Poiché il contenuto MGR di raffreddato explodens c. formiche hanno una consistenza simile alla cera è straight-forward per isolarli con l'uso di aghi di dissezione (passo 2.5, Figura 3Ee Figura 14). Maggiore cura deve essere presa mentre si maneggia il Mons appiccicoso contenuto. Si può attaccare a nulla entrano in contatto fisico con esso e anche spesso aderirà al forcipe di dissezione, che aumenta il rischio di contaminazione di altri campioni. È necessario toccare solo il contenuto MGR con l'ago di dissezione e trasferire immediatamente in fiale di vetro utilizzate per l'estrazione (punti 2.5 e 2.6). Inoltre, si raccomanda di pulire l'apparecchiatura di dissezione con una miscela di2O di MeOH/H quando si passa tra le formiche o ghiandola-tipi (punto 2.8).
Contenuto della ghiandola di altre specie di formica può essere presente allo stato liquido anche durante il raffreddamento con impacchi freddi. In questo caso, la ghiandola intera, compreso la membrana può in primo luogo essere isolata e perforata in seguito per ottenere il contenuto. Secrezioni liquide possono essere ottenute anche con l'aiuto di pipette capillari bene. Con una lunghezza di corpo medio di circa 4-5 mm (senza antenna), lavoratori di c. explodens appartengono alla specie più piccola del gruppo COCY. Loro spesso gonfie gaster comprende circa 2-2.5 mm di lunghezza e 1-1,5 mm di larghezza. Lavoratori delle specie conosciute finora più grande del gruppo di COCY possono raggiungere una dimensione di circa 8 mm di lunghezza del corpo con una dimensione di gaster di circa 3 mm di lunghezza e 2,5 mm in larghezza. Poiché il protocollo è adatto per sezionare e indagare singole formiche e gasters di quelle dimensioni di diverse specie COCY, qui utilizzato strumenti per la dissezione e microscopio può avere essere adattati per essere applicabile per piccole formiche o più piccoli organi. Inoltre, il numero di formiche per campione analitico potrebbe essere necessario essere aumentato pure.
Mentre la formica per il contenuto MGR di dissezione, è fondamentale per non danneggiare qualsiasi altre ghiandole o dell'intestino - il cui contenuto può traversa-contaminare il campione (punto 2.5, Figura 4 e Figura 15). Nel caso ottima, dopo l'estrazione del contenuto MGR, DG, così come il VG sono visibilmente mantenuto intatto (Figura 4). Contaminazioni con il contenuto della DG, che si trova sotto il MGRs, sono difficili da evitare completamente. Le ragioni possono includere anche la rottura parziale dell'integrità della ghiandola durante il trasporto il ghiaccio secco dal sito di campionamento al laboratorio. È anche possibile che le DG danneggiate durante il campionamento o in procinto di esplodere, come abbiamo notato per il Mons in un certo numero di formiche indagate. Poiché il contenuto DG può essere analizzato allo stesso modo come il Mons Sommario (sezioni 3 e 4), i risultati possono essere confrontati ai dati risultanti dopo l'analisi dei campioni contenuti MGR (sezione 6). Nel caso di estratti contenuti MGR ottenuti dalle formiche explodens c. , i composti contenuti anche nella DG cominciano a eluire tardi nel cromatogramma (Figura 12). Per evitare di confondere DG composti per i costituenti MGR, i rispettivi metaboliti possono essere escluso da ulteriori analisi. Da studi su altre specie di formica è noto che DGs può anche contenere composti volatili (altamente)1,24, che in genere eluire presto nel GC-cromatogramma.
Negli studi precedenti a che fare con la composizione chimica del contenuto MGR di COCY formiche, formiche tutta o loro gasters intero sono stati analizzati16,17,18,23, considerando che contenuto qui il MGR essi stessi sono stati ottenuti tramite la dissezione delle formiche.
Analisi dissecata MGR contenuti permette ai ricercatori di effettuare una vasta gamma di studi biochimici, compresa l'identificazione dei metaboliti in esso contenute. Dal momento che lo studio effettuato qui focalizzata sull'identificazione dei costituenti volatili contenute nel MGR di c. explodens, GC-MS è stato scelto per la sua analisi (sezione 4). Per questo, gli estratti dovrebbero idealmente essere misurati immediatamente dopo la preparazione o conservati a-80 ° C fino all'analisi. Si noti che il magazzinaggio (estesa) possono provocare alterazioni chimiche degli estratti (Vedi note dopo passi 3.3 e 4.2). Poiché la concentrazione del contenuto MGR può coprire una gamma di diversi ordini di grandezza, può essere necessario analizzare gli estratti MGR presso diversi GC dividere rapporti. Poiché i due composti principali nel contenuto MGR estrarre delle formiche prese per esemplificare il protocollo causato colonna sovraccarico quando è stato utilizzato un rapporto di divisione di 2:1, questo campione è stato analizzato una seconda volta a un più alto rapporto di divisione di 50: 1 (passo 4.3.1.2and Figura 5). Le impostazioni del parametro di GC-MS presentate nella sezione 4 sono adatte per i dati generati con i dispositivi di GC-MS specificati nella Tabella materiali. Accanto il RI calibranti (punto 4.1.1), un solvente-vuoto (punto 4.1.2) dovrebbe essere analizzato anche per riconoscere gli artefatti non-biologici e contaminanti durante l'analisi di dati successivi. Per l'identificazione dei metaboliti, è anche importante misurare gli standard autentici di composti con annotazioni sotto le stesse condizioni di GC-MS usato per analizzare gli estratti di campione (dopo 5.4.7and di passaggi). Per migliorare la precisione e affidabilità dei dati finali, è consigliabile analizzare tutte le categorie di campione (solvente-blank, calibranti RI, estratti del campione e standard) all'interno della stessa sequenza di misurazione. Inoltre, l'autentico standard dovrebbero essere analizzati ad una concentrazione paragonabile a quella osservata per gli estratti di campione. Questo aiuta a migliorare la precisione dei valori di RI e somiglianza tra campione e standard spettri di massa, che portano infine alla annotazione/identificazione dei metaboliti di maggiore e più significativo. A tal fine, le norme possono essere misurate ripetutamente utilizzando split diversi fattori.
Per l'identificazione dei metaboliti, il sofisticato software, MetaboliteDetector è utilizzato per il confronto di deconvoluzione e RI e spettri spettri ad un implementato NIST-biblioteca anche per quanto riguarda una biblioteca in loco stabilita (sezione 5). Si raccomanda di eseguire MetaboliteDetector su un 64bit LINUX-sistema operativo (ad es., KUBUNTU) e copiare il generato *. File di dati CDF (punto 4.4) dalla periferica di archiviazione dati portatile sul disco rigido locale. MetaboliteDetector è in grado di importare dati grezzi di GC-MS in formato netCDF centroide o profilo. Il software della maggior parte degli strumenti di GC-MS dovrebbe essere in grado di convertire i dati raw registrati in questo formato19. Prima di iniziare l'analisi dei dati, si consiglia vivamente di leggere la letteratura disponibile per versioni precedenti del software MetaboliteDetector acquisire familiarità con le funzionalità e interfaccia utente grafica19,25, 26.
Per la calibrazione di RI e successivo calcolo del valore di RI delle cime composte presenti negli estratti del campione, viene utilizzata una libreria contenente RIs e spettri di RI calibranti (qui, n-alcani). Una libreria di questo tipo può essere auto-affermato, o una preesistenza ('CalibrationLibrary_Alkanes') può essere scaricato27. La biblioteca di calibratore predefinito fornito contiene RIs e spettri per n-alcani che vanno da C09 a C39 che sono stati analizzati come descritto nella sezione 4. La libreria fornita consente gli utenti che lavorano con rilevatore di metabolita per avviare direttamente con il processo di calibrazione dei propri dati. Se necessario, questa libreria può anche essere esteso con voci aggiuntive per ulteriori alcani. Basandosi sulla somiglianza di riferimento e sperimentalmente derivata RIs e spettri di massa (Vedi punto 5.3 e passaggi secondari, Figura 7, Figura 8, Figura 9), annotazione o identificazione dei composti può essere eseguita (punto 5.4 e passaggi secondari, Figura 11). Inoltre è fondamentale che dopo trattamento automatizzato di dati con MetaboliteDetector, l'utente verificherà manualmente per deconvoluzione di picking e spettro di picco corretto controllando spettri di massa sottostante il 'triangolo' per ciascun putativo composto di interesse. Inoltre, a seconda della strumentazione GC-MS e le impostazioni dei parametri utilizzate per la generazione di dati, gli adattamenti delle impostazioni MetaboliteDetector presentate possono essere necessari. Il software MetaboliteDetector è in grado di eseguire molte operazioni più utile di quanto spiegato in questo manoscritto, ad esempio, visualizzazione di cromatogrammi (EIC) corrente di ioni estratti, esportazione di cromatogrammi come CSV, automatica batch-quantificazione del composti e molti altri.
Il protocollo presentato in questo manoscritto può servire come suggerimento per esperimenti effettuati da altri ricercatori concentrandosi sull'isolamento delle ghiandole o contenuto della ghiandola da insetti, analisi volatilome, nonché l'identificazione dei metaboliti.

L'obiettivo generale del flusso di lavoro qui presentato è l'indagine generale di composizioni chimiche nelle secrezioni di insetti. Questo viene fatto con l'obiettivo di chiarire i ruoli ecologici della secrezione nel suo complesso o di singoli composti. Inoltre, siamo interessati a indagare le vie metaboliche sottostanti i composti trovati nelle rispettive secrezioni. Particolare contenuto di ghiandola da formiche (Imenotteri, Formicidae) hanno acquisito crescente interesse negli ultimi anni, perché forniscono fonti di composti potenzialmente bioattivi allora inesplorata (Colle, antimicrobici, ecc.)1, 2. formiche operaie minori di alcune specie appartenenti al gruppo3,COCY4 possono fornire tali composti contenuti in loro MGRs ipertrofico che si estendono dall'apparato boccale al gaster5,6. Quando minacciato da presunti nemici, minori lavoratori di explodens c.7 ed alcuni relativi specie può fare uso del loro MGR contenuti in un modo insolito: sacrificano se stessi di rottura loro parete sterniti per espellere il contenuto appiccicoso della MGRs esplosivo sull'avversario, dopo di che il presunto nemico è trattenuto e può anche morire5,6,8,9. Lo scopo dello sviluppo e l'utilizzo dei metodi qui presentati era di contribuire a migliorare la comprensione della composizione chimica e la natura dei costituenti provvisoriamente tossici di questa secrezione di formica.
A tal fine, vi presentiamo un protocollo per la dissezione delle formiche operaie explodens c. di ottenere la parte tergita del loro contenuto MGR ceroso con solvente-estrazione successiva e analisi mediante GC-MS.
Analisi GC-MS sono uno dei metodi consolidati per la profilatura e l'identificazione dei metaboliti volatili (volatilome) da insetti. Tipici analiti di interesse in formiche includono idrocarburi cuticolari10, semiochimici11e in generale, composti con attività biologica12. I campioni possono essere ottenuti da animali interi o da parti del corpo e fluidi isolati tramite dissezione del insetto13,14. Tecniche di preparazione del campione includono l'estrazione dei metaboliti ivi contenuti con l'uso di solventi14 o spazio di testa-solido-fase-microextraction (HS-SPME)15.
Per gli studi di metabolomica, è vitale che i campioni sono congelati rapidamente direttamente dopo il campionamento, al fine di minimizzare i cambiamenti nella composizione chimica e nella quantità dei composti. Le formiche utilizzate per questo studio sono stati uccisi mediante congelamento rapido in loco in un sacchetto freddo farcito con impacchi freddi surgelati. I campioni sono stati quindi conservati in un congelatore di-20 ° C usando l'elettricità generatore-guidato, prima di essere trasportati al laboratorio in ghiaccio secco. La procedura di dissezione qui presentata offre la possibilità di isolare contenuto MGR senza analizzare la formica intera o il gaster nel suo complesso, come è stato fatto prima per diversi COCY specie16,17,18. Inoltre, il protocollo presentato consente inoltre un accesso diretto e l'analisi delle ghiandole circostanti e tessuti, come il veleno ghiandola (VG)5,8, ghiandola (DG)8 di Dufouro gli intestini in altri studi biologici, o per controllare i possibili cross-contaminazioni introdotte durante la manipolazione o la dissezione delle formiche. Per ridurre al minimo le modifiche nella composizione chimica del contenuto MGR durante la dissezione, scongelamento campioni oppure utilizzando sostanze chimiche, il processo di dissezione è stato ottimizzato per essere effettuato su un impacco freddo (-20 ° C), senza l'uso di qualsiasi buffer aggiuntivi, soluzioni di lavaggio, o solventi. I campioni ottenuti tramite questo metodo sono adatti per rispondere alle domande qualitative e quantitative.
Analisi dei dati ai fini della annotazione metabolita presunto e l'identificazione avviene tramite il software open-source MetaboliteDetector19, che è stato sviluppato per l'analisi automatica dei dati basati su GC-MS metabolomica. Rileva singolo ione picchi presenti nei cromatogrammi, esegue un passaggio di deconvoluzione ed estrae i deconvoluted spettri di massa dei composti chimici contenuti nei campioni analizzati. Presunta identificazione di composti con MetaboliteDetector si basa sull'indice di ritenzione determinato (RI; il Kovats RI può essere calcolato automaticamente dal software) oltre a somiglianza degli spettri totali deconvoluted. RI e fattore di corrispondenza spettrale può essere verificati contro entrambi esistenti librerie di riferimento (che può essere importate, se essi sono nel formato comune NIST), o una biblioteca in loco stabilita. Questo è in accordo con le linee guida per il (presunto) composto identificazione suggerito, per esempio, dalla chimica analisi lavoro gruppo (CAWG) di metabolomica standard iniziativa (MSI), dove un minimo di due dati indipendenti e ortogonali relativo un autentico composto (qui conservazione tempo /RI (RT) e spettro di massa) analizzati sotto identiche condizioni sperimentali sono proposti come necessario confermare di non-romanzo metabolita identificazioni20.
L'esperimento completo è condotto sul contenuto MGR della specie modello COCY explodens c., ma i passaggi di dissezione possono anche essere adattati per isolare le altre ghiandole presenti nel gaster ant. Inoltre, mentre presentiamo un protocollo per l'analisi completa del volatilome del contenuto MGR, le parti più generiche del flusso di lavoro che descrive l'estrazione, GC-MS misura e valutazione dei dati utilizzabile anche per l'analisi e (presunto) identificazione dei metaboliti volatili in generale.
Poiché gli esperimenti descritti in questo manoscritto sono stati realizzati sugli insetti, non è necessaria alcuna approvazione etico. Lavoro sul campo, campionamento di formiche, come pure il loro utilizzo per la pubblicazione sono in conformità con le linee guida che regolano questo progetto attraverso il Universiti Brunei Darussalam, ricerca del Brunei e centro di innovazione e di Brunei Forestry Department, Brunei Darussalam.

<table><tbody><tr><td>Tubo 50 ml, 115 x 28 mm, base piatta/conica PP</td><td>Sarstedt</td><td>62.559.001</td><td>vedi Figura 1 nel manoscritto</td></tr><tr><td>Tubi in PVC</td><td>Rehau</td><td>290 4489</td><td>vedi Figura 1 nel manoscritto</td></tr><tr><td>Rete, acciaio inossidabile, maglia 0,63 mm</td><td>Antstore</td><td>1000378</td><td>vedi Figura 1 nel manoscritto</td></tr><tr><td>Congelatore</td><td>Severin</td><td>KS 9890</td><td>&nbsp;-20 &deg; C o inferiore</td></tr><tr><td>scatola in polistirene espanso, dimensioni interne 155 mm x 100 mm x 45 mm</td><td>Thorsten Koch</td><td>4260308590481</td><td></td></tr><tr><td>Petri piatto, vetro, 100 mm x 15 mm</td><td>Aldrich</td><td>BR455742</td><td></td></tr><tr><td>Cold pack 150 mm x 100 mm</td><td>Elite Bags</td><td>1998</td><td>congelare a -20 &deg; C</td></tr><tr><td>Secchio con ghiaccio</td><td></td><td></td><td></td>tritato</tr><tr><td>Fiale da 1,5 mL con filettatura corta, 32 x 11,6 mm, vetro trasparente, 1a classe idrolitica, ampia apertura</td><td>La-Pha-Pack</td><td>11090500</td><td></td></tr><tr><td>Tappi a vite per fiale da 1,5 mL con filettatura corta, chiuso, silicone bianco/PTFE setto rosso, 55 gradi A,</td><td>La-Pha-Pack</td><td>da</td> 1,0 mm 9151799 <td></td></tr><tr><td>stereomicroscopio</td><td>Bresser</td><td>5806100</td><td></td></tr><tr><td>Pinze, Punta superfine curva</td><td>Medizinische Instrumente May, Norman May</td><td>PI-0005B</td><td></td></tr><tr><td>Pinze, Punta superfine diritta</td><td>bluINOX</td><td>BL-3408</td><td></td></tr><tr><td>Ago da dissezione 140 mm, appuntito, dritto</td><td>Heinz Herenz Medizinalbedarf GmbH</td><td>1110301</td><td></td></tr><tr><td>Metanolo, LC-MS CHROMASOLV, Honeywell Riedel-de Ha&euml; n</td><td>fisher scientific</td><td>15654740</td><td></td></tr><tr><td>Acqua</td><td></td><td></td><td></td>distillata</tr><tr><td>Rotizell-Tissue-T&uuml; cher</td><td>Carl Roth GmbH + Co.KG</td><td>0087.2</td><td></td></tr><tr><td>Estere etilico dell'acido acetico ROTISOLV &ge; 99,8 %</td><td>Carl Roth GmbH + Co.KG</td><td>4442.1</td><td>congelamento a -20 &deg; C</td></tr><tr><td>Vortex Genie 2</td><td>neoLab</td><td>7-0092</td><td></td></tr><tr><td>microinserti da 0,1 mL per fiale da 1,5 mL con filettatura corta, 31 x 6 mm, vetro trasparente, 1a classe idrolitica, punta da 15 mm</td><td>La-Pha-Pack</td><td>06090357</td><td></td></tr><tr><td>Tappi a vite per fiale da 1,5 mL con filettatura corta, con foro, setto RedRubber/PTFE, 45 gradi shore A,</td><td>La-Pha-Pack</td><td>da</td> 1,0 mm 9151819 <td></td></tr><tr><td>soluzione standard Alkane C8-C20</td><td>Sigma-Aldrich&nbsp;</td><td>04070</td><td></td></tr><tr><td>Soluzione standard Alkane C21-C40</td><td>Sigma-Aldrich&nbsp;</td><td>04071</td><td></td></tr><tr><td>n-Hexane SupraSolv</td><td>Merck</td><td>104371</td><td></td></tr><tr><td>GC-autocampionatore, ad es. MPS2XL-Twister</td><td>Gerstel</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Agilent Gascromatografo 6890 N</td><td>Agilent</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Gooseneck splitless Liner</td><td>Restek</td><td>22406</td><td></td></tr><tr><td>Helium (5.0 - F50)</td><td>Messer</td><td>102532501</td><td></td></tr><tr><td>Colonna capillare GC HP-5MS UI 30 m & times; 0,25 mm & volte; 0,25 & micro; m</td><td>Agilent</td><td>19091S-433UI</td><td></td></tr><tr><td>Rivelatore selettivo di massa Agilent 5975B</td><td>Agilent</td><td></td><td></td></tr><tr><td>MSD Analisi dei dati ChemStation Software applicativo&nbsp;</td><td>Software Agilent</td><td></td><td></td></tr><tr><td>MetaboliteDetector (3.1.Lisa20170127Ra-Linux)</td><td>Hiller K</td><td></td><td>scarica da: http://metabolitedetector.tu-bs.de/node/10</td></tr><tr><td>Libreria di calibrazione per MetaboliteDetector</td><td>Hiller K</td><td></td><td>scarica da: http://metabolitedetector.tu-bs.de/node/10</td></tr><tr><td>Strumento di conversione MD per libreria NIST</td><td>Hiller K</td><td></td><td>scarica da: http://metabolitedetector.tu-bs.de/node/10</td></tr></tbody></table>

isolamento del contenuto serbatoio mandibular della ghiandola da bornean ' esplodere le formiche (formicidae) per l'analisi di volatilome di gc-ms e metabolitedetector

Isolation of Mandibular Gland Reservoir Contents from Bornean 'Exploding Ants' (Formicidae) for Volatilome Analysis by GC-MS and MetaboliteDetector

Lo scopo di questo manoscritto è di presentare un protocollo che descrive l'analisi metabolomica di Bornean 'formiche che esplode' appartenente al gruppo Colobopsis cylindrica (COCY). Per questo scopo, la specie di modello c. explodens è usato. Le formiche appartenenti alla casta minore lavoratore possiedono ghiandole mandibolari ipertrofici distintivi (MGs). In combattimento territoriale, usano il contenuto viscoso dei loro serbatoi di ingrossamento della ghiandola mandibolare (MGRs) per uccidere il rivale artropodi in caratteristici Suicide 'esplosioni' di rottura volontaria del integument tergiti (autothysis). Vi mostriamo la dissezione delle formiche operaie di questa specie per l'isolamento della parte sternita il contenuto MGR simile alla cera, nonché Inserzione i passaggi necessari richiesti per solvente-estrazione dei composti volatili ivi contenuti con successive gas analisi di spettrometria della cromatografia-massa (GC-MS) e presunta identificazione di metaboliti contenuti nell'estratto. La procedura di dissezione viene eseguita in condizioni raffreddate e senza l'uso di qualsiasi soluzione tampone di dissezione per ridurre al minimo le modifiche nella composizione chimica del contenuto MGR. Dopo l'estrazione del solvente di metaboliti volatili ivi contenute, vengono presentati i passaggi necessari per analizzare i campioni tramite liquido-iniezione-GC-MS. Infine, elaborazione dei dati e l'identificazione dei metaboliti presunti con l'uso del software open source è dimostrato MetaboliteDetector. Con questo approccio, la profilatura e l'identificazione dei metaboliti volatili in MGRs di formiche appartenendo alla COCY gruppo tramite GC-MS e il software di MetaboliteDetector diventano possibili.

Lavoratori minori delle specie di formica Colobopsis explodens vengono sezionati per isolare il contenuto simile alla cera nei loro serbatoi mandibular ipertrofico della ghiandola per analisi e successiva estrazione con solvente-facendo gas cromatografia spettrometria di massa. L'annotazione e l'identificazione dei costituenti volatili utilizzando il software open-source MetaboliteDetector inoltre è descritta.

Isolamento del contenuto serbatoio Mandibular della ghiandola da Bornean ' esplodere le formiche (Formicidae) per l'analisi di Volatilome di GC-MS e MetaboliteDetector

The aim of this manuscript is to present a protocol describing the metabolomic analysis of Bornean &#39;exploding ants&#39; belonging to the Colobopsis ...

Questo metodo può aiutare a rispondere a domande chiave nella metabolomica degli insetti. L'approccio del profilo dei metaboliti può essere utilizzato per studiare l'ecologia chimica delle formiche chiarendo il ruolo dei volatili nell'interazione con altri organismi. Il vantaggio principale del flusso di lavoro presentato è: che consiste di due parti distinte che possono essere applicate sostanzialmente in modo indipendente.In primo luogo, l'isolamento fisico del serbatoio della ghiandola mandibolare e del suo contenuto e, in secondo luogo, la profilazione non mirata e l'identificazione della costituzione organica volatile nel campione biologico di interesse. A dimostrare la procedura sarà Michaela Hoenigsberger, una talentuosa dottoranda del mio laboratorio. Prima di sezionare le formiche, in una cappa aspirante, pulire una capsula di Petri di vetro e gli strumenti di dissezione utilizzando fazzoletti di carta e una miscela uno più uno in volume di metanolo e acqua.Conservare il piatto a meno 20 gradi Celsius. Quindi, prendi la massa di fiale da 1,5 millilitri con filettatura corta, compresi i loro tappi a vite che contengono setti in silicone PTFE. Conservare le fiale con ghiaccio.Quindi, metti un impacco freddo malleabile congelato in una scatola di polistirene espanso. Quindi caricare la capsula di Petri sopra l'impacco freddo e mettere una formica congelata nella capsula. Ora, esamina la formica con uno stereomicroscopio.Verificare l'integrità dei suoi compartimenti gastrali. La formica deve avere una regione gastrica intatta. Non utilizzare formiche con gaster piatti o tracce di contenuto indurito del serbatoio della ghiandola mandibolare sulla superficie del corpo.Ora, isola il contenuto del serbatoio della ghiandola mandibolare dalla formica. Usa una pinza per afferrare il propodio e il picciolo, quindi separa delicatamente questi segmenti del corpo. Quindi, afferra il gaster al tergite quattro usando una pinza fine.Con un altro paio di pinze, afferra il tergite uno e rimuovi delicatamente il tergite staccandolo. Ripeti questo processo per strappare i tergiti due e tre, in modo che la porzione gastrolica dei serbatoi della ghiandola mandibolare sia per lo più visibile. I serbatoi della ghiandola mandibolare sono di colore giallo nelle formiche operaie C.Explodens, ma il colore può variare dal bianco al giallo, al rosso in altre specie.Successivamente, utilizzando un ago da dissezione, rimuovere delicatamente il contenuto simile alla cera dei serbatoi della ghiandola mandibolare accoppiati grattandoli fuori dal compartimento gastrale. Rimuovere solo quelle parti del serbatoio della ghiandola mandibolare che possono essere isolate senza applicare pressione sulle altre ghiandole e strutture corporee presenti nel gaster delle formiche. Non è necessario raccogliere tutto il contenuto del serbatoio della ghiandola mandibolare.Ora, raccogli il contenuto del serbatoio della ghiandola mandibolare toccandolo delicatamente con la punta dell'ago di dissezione finché non si attacca ad esso. Quindi trasferire il contenuto della ghiandola in una fiala fredda da 1,5 millilitri a filo corto. Potrebbe essere necessario spostare la punta dell'ago lungo la parete del flaconcino e spalmare il contenuto della ghiandola sulla parete del flaconcino.Tenere la collezione coperta e sul ghiaccio fino a quando non può essere analizzata. Tra una dissezione e l'altra, pulire nuovamente gli strumenti e la piastra con la miscela di metanolo e acqua. Per creare un campione analitico, combinare il contenuto del serbatoio della ghiandola di più formiche.In questo caso, il contenuto della ghiandola di cinque formiche operaie di C.explodens viene raggruppato. Per un controllo, raccogliere campioni composti dalla ghiandola di Dufour che è adiacente ai serbatoi della ghiandola mandibolare. Prima di estrarre il contenuto ghiandolare, determinare le masse dei campioni analitici.Quindi, aggiungere 14 parti di acetato di etile ad alta purezza ghiacciato in volume, in una parte di tessuto in massa. Agitare la preparazione per cinque minuti in condizioni di raffreddamento. Quindi, centrifugare i campioni per 10 minuti e raccogliere i surnatanti.Ci si aspetta da 55 a 75 microlitri di surnatante da un campione di cinque formiche. Trasferire ciascun surnatante in una fiala pre-raffreddata da 1,5 millilitri con un microinserto da 0,1 millilitri e sigillare ermeticamente le fiale utilizzando tappi a vite contenenti fori e setti in gomma PTFE rossa. Per una sequenza di misurazione GCMS completa, preparare una fiala a filo corto da 1,5 millilitri con una miscela calibrata dell'indice di ritenzione, ottenuta diluendo le soluzioni standard di alcani disponibili in commercio in esano, a otto milligrammi per millilitro per composto.Quindi, preparare un'altra fiala di acetato di etile puro da utilizzare come bianco del solvente. Sul vassoio dell'autocampionatore raffreddato del gascromatografo, caricare prima il bianco del solvente, in secondo luogo la miscela calibrante dell'indice di ritenzione, in terzo luogo l'estratto del contenuto del serbatoio della ghiandola mandibolare e in quarto luogo l'estratto del contenuto della ghiandola di Dufour. Mettere i campioni con il vassoio sul ghiaccio per il trasporto al gascromatografo.Inserire il vassoio nell'autocampionatore raffreddato. Per ogni campione, iniettare un microlitro di aliquat nello spettrometro di massa GC per la separazione cromatografica su una colonna adatta ai composti target. Come una colonna dell'interfaccia utente HP-5MS.Quindi, impostare i parametri GC appropriati. Ad esempio, utilizzare l'elio sul gas di trasporto con un flusso costante della colonna di un millilitro al minuto. Utilizzare una rampa di temperatura del forno a partire da 40 gradi Celsius per due minuti, seguita da una rampa di 10 gradi Celsius al minuto fino a 330 gradi Celsius.Seguito da una sospensione di sette minuti. Con questi parametri, impostare la temperatura di ingresso a 270 gradi Celsius. Ora, se necessario, regolate i rapporti di divisione per la specifica di massa GC.iniezione in modo da fornire forme e intensità di picco adeguate per i composti di interesse. Impostare la temperatura ausiliaria a 350 gradi Celsius. Per la spettrometria di massa.Utilizzare i seguenti parametri. Una temperatura della sorgente MS di 230 gradi Celsius, una temperatura quadrupla MS di 150 gradi Celsius, un intervallo di scansione da una massa bassa 30 a una massa alta 500, per ottenere una velocità di scansione di circa tre scansioni al secondo. E un ritardo del solvente di 4,1 minuti per il bianco del solvente e i campioni sperimentali, o un ritardo del solvente di 6,1 minuti per la miscela calibrante dell'indice di ritenzione.Al termine delle misurazioni, aprire il software di analisi dei dati GCMS ed esportare i dati come file di progetto AIA, su un dispositivo di archiviazione portatile per facilitare il trasferimento dei dati a un computer con sistema operativo basato su Linux a 64 bit. Per analizzare i dati, seguire la descrizione del testo del protocollo dell'uso del software del rivelatore di metaboliti. Sul campo, le formiche sono state raccolte e congelate a meno 20 gradi Celsius per due giorni, e poi conservate a meno 80 gradi Celsius fino a quando non sono state analizzate.Il contenuto del serbatoio della ghiandola mandibolare di cinque formiche operaie C.explodens è stato raccolto e misurato da GCMS. L'analisi dei dati ha rivelato dozzine di composti putativi del contenuto delle ghiandole. I due metaboliti dominanti nell'estratto del serbatoio della ghiandola mandibolare hanno causato il sovraccarico della colonna.Questo è il motivo per cui lo stesso campione è stato analizzato di nuovo con un rapporto di divisione più elevato di 50 a uno. La contaminazione crociata del contenuto del serbatoio della ghiandola mandibolare da parte della costituenza della ghiandola di Dufour è stata studiata facendo esaminare campioni di ghiandole di Dufour. Tali contaminanti hanno mostrato tempi di ritenzione tardivi, a partire da circa 29 minuti.I metaboliti del contenuto del serbatoio della ghiandola mandibolare putativa rilevati sono stati identificati sulla base di una combinazione di spettro e somiglianza dell'indice di ritenzione con una libreria interna. In questo modo è stato possibile confermare l'identità di circa il 10% dei metaboliti rilevati, alcuni dei quali sono elencati come composti da uno a cinque. Dopo aver visto questo video, dovresti avere una buona comprensione di come isolare, estrarre e determinare, uno alla volta, i metaboliti scegliendo la misurazione della SM.Una volta padroneggiato, l'isolamento, l'estrazione con solvente e l'acquisizione dei dati dello stesso campione possono essere eseguiti in circa due ore se eseguiti correttamente. A seconda della complessità del profilo dei composti organici volatili, il tempo necessario per la valutazione dei dati varierà. Durante il tentativo di eseguire questa procedura, è importante ricordarsi di mantenere il campione costantemente raffreddato, dalla raccolta fino all'analisi.Inoltre, prima della sezione, deve essere verificato che il gaster della formica sia fisicamente intatto. Questa procedura può anche essere combinata con la quantificazione comparativa o assoluta dei metaboliti, al fine di rispondere a domande aggiuntive, come la composizione metabolica e le diverse condizioni ambientali, o le quantità assolute di costituenti in scatola. Convenientemente, le fasi di estrazione, misurazione e valutazione dei dati di questo protocollo possono essere applicate anche a più sistemi biologici, come altri insetti, microrganismi o piante.

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Isolamento del contenuto serbatoio Mandibular della ghiandola da Bornean esplodere le formiche (Formicidae) per lanalisi di Volatilome di GC-MS e MetaboliteDetector (Video) | JoVE Journal

Isolamento del contenuto serbatoio Mandibular della ghiandola da Bornean ' esplodere le formiche (Formicidae) per l'analisi di Volatilome di GC-MS e MetaboliteDetector

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