Un approccio di estrazione di metadati per rapporti clinici di caso attivare avanzato la comprensione dei concetti biomedicale

Questo metodo può aiutare a rispondere a domande su malattie e patologie fornendo una visione strutturata dei sintomi della malattia, delle procedure diagnostiche e terapeutiche e degli esiti dei pazienti dai rapporti sui casi clinici. Il vantaggio principale di questa tecnica è che può essere applicata a qualsiasi coorte di pazienti nella letteratura biomedica. Rendere più realizzabili studi epidemiologici su condizioni rare o emergenti.

Questo metodo rende i flussi di lavoro di analisi del testo successivi più intuitivi e più facili da implementare. Rendendo leggibile la macchina dei dati di testo con metadati ricchi, possiamo stabilire i report dei casi clinici come risorsa dati trovabile, accessibile, interoperabile e riutilizzabile o equa. Al centro di questo metodo c'è il modello di metadati utilizzato per estrarre tutte le informazioni cliniche contenute nei rapporti sui casi clinici selezionati.

Seguire il flusso di lavoro illustrato consentirà l'assemblaggio di un corpus di casi clinici. Migliorare la capacità di ricerca, l'accessibilità, l'interoperabilità e la ri usabilità del contenuto medico da un rapporto di casi clinici. Includi dettagli contestuali in ogni campo piuttosto che fornire termini solo da un vocabolario controllato.

Ometti parole e frasi comunemente ripetute. Nel modello di annotazione fornire termini specifici identificati all'interno di un documento in genere nella sua intestazione come termini chiave separati da un punto e virgola. Fornire valori demografici.

In particolare, qualsiasi dichiarazione testuale che descriva il background di un paziente, inclusi sesso e/ o sesso, etnia dell'età o nazionalità. Fornire le posizioni geografiche menzionate all'interno della narrazione clinica diversa da indirizzi specifici dell'istituto. Fornire valori di stile di vita, incluse eventuali istruzioni di testo che descrivono frequenti attività o comportamenti dei pazienti rilevanti per la loro salute generale.

In pratica, ciò comporta spesso abitudini di fumo o consumo di alcol, ma può anche includere l'esposizione al sole, la dieta o la frequenza di specifici tipi di attività fisica. Fornire valori di storia medica riferiti alla storia familiare, incluse eventuali dichiarazioni testuali che descrivono osservazioni cliniche ed eventi vissuti da fratelli, genitori e altri membri della famiglia. Così come le condizioni genetiche e le osservazioni negative.

Fornire valori riferiti alla storia sociale, incluse eventuali istruzioni di testo che descrivano il background del paziente non trattate nelle sezioni demografia o stile di vita. Le dichiarazioni possono includere la storia professionale e le abitudini sociali. Fornire valori riferiti alla storia medica e chirurgica dei pazienti, incluse eventuali dichiarazioni testuali che descrivano osservazioni mediche, trattamenti o altri eventi che hanno avuto luogo prima dell'inizio della presentazione clinica.

Specificare una o più delle seguenti 16 categorie di sistemi di malattia in base a quelle utilizzate nella classificazione statistica internazionale delle malattie e dei problemi di salute correlati, revisione 10 come indicato nella tabella. Fornire dettagli su tutti i segni e sintomi, incluse eventuali dichiarazioni testuali che descrivono eventuali osservazioni mediche di segni o sintomi a partire dalla presentazione iniziale sull'insorgenza, la durata, la gravità o la risoluzione dei sintomi come fornito. Fornire dettagli su eventuali comorbidità, inclusi eventuali termini o frasi che descrivano malattie distinte presenti al momento della presentazione clinica iniziale.

Fornire dettagli su tutte le tecniche e procedure diagnostiche, compresi i nomi delle procedure mediche completate a scopo diagnostico. Come esami, test e immaginazione. Così come le condizioni in cui sono stati eseguiti i test e le relative posizioni anatomiche.

Ma escludendo eventuali risultati dei test. Fornire i dettagli della diagnosi. Comprese eventuali istruzioni testuali che descrivono le diagnosi della malattia.

Anche se la diagnosi finale è ambigua. Fornire tutti i valori di laboratorio e i risultati dei test. Compresi i nomi dei test diagnostici, i loro valori e le condizioni in cui sono stati eseguiti i test.

L'uso di valori numerici e qualitativi è accettabile. Fornire i dettagli della patologia. Comprese eventuali affermazioni testuali che descrivono tutti i risultati della patologia e degli studi istologico.

Come la patologia grossa, l'immunologia o gli studi di microscopia. Alcuni dei termini possono sovrapporsi a quelli utilizzati nella sezione tecniche e procedure diagnostiche. Fornire tutte le terapie farmacologiche.

Comprese eventuali dichiarazioni testuali che descrivono le terapie farmacologiche utilizzate nel corso del trattamento e quando e come le terapie sono state interrotte. Uso di termini generali come antibiotici o nomi di farmaci specifici. Fornire tutte le procedure interventise.

Comprese eventuali dichiarazioni testuali che descrivano le procedure terapeutiche utilizzate nel corso del trattamento e quando e come le procedure sono state interrotte, nonché eventuali procedure invasive. L'impianto di dispositivi medici o procedure completate per facilitare altre terapie. Fornire l'esito del paziente.

Comprese eventuali dichiarazioni testuali che descrivano la salute del paziente alla fine della presentazione clinica descritta nel rapporto. Compresi eventuali test di follow-up. Quindi, fornisci conteggi di tutte le immagini diagnostiche, figure, video o animazioni e tabelle.

Inclusione di tutti i conteggi dei supporti visivi inclusi nel report nel formato indicato. Per distinguere tra le figure e le immagini, contare le immagini come qualsiasi dato della diagnostica clinica. Comprese fotografie, micrografi, immagini ritmiche elettrocardiogramma o altri prodotti di imaging diagnostico.

Mentre le cifre dovrebbero essere considerate tutte le altre immagini. Generalmente includendo grafici dati e illustrazioni. In questa tabella vengono mostrati esempi di due set di annotazioni dei metadati del report del caso clinico completate.

Il primo esempio include dati fittizi per illustrare il formato ideale di ogni valore. Mentre il secondo esempio contiene valori estratti da un rapporto sul caso clinico effettivamente pubblicato su una condizione rara; Acrodermatite Enteropathica. Questo metodo facilita sia gli approcci umani che automatizzati all'annotazione di documenti clinici a testo libero.

Stabilendo un modello standard di metadati strutturati che garantisca che le informazioni contenute all'interno siano accessibili e utili. I metadati generati da questo metodo supportano l'analisi del testo downstream, ad esempio il riconoscimento delle entità denominate. Consentire ai ricercatori di estrarre informazioni su segni e sintomi, tecniche e procedure diagnostiche e valori di laboratorio in una coorte di pazienti rappresentata nella letteratura biomedica.