Isolamento ottimizzato dei nuclei da campioni di tumore solido freschi e congelati per il sequenziamento di più omi
October 13th, 2023
Il protocollo fornisce un approccio affidabile e ottimizzato all'isolamento dei nuclei da campioni di tumore solido per il sequenziamento multioma utilizzando la piattaforma 10x Genomics, comprese le raccomandazioni per le condizioni di dissociazione tissutale, la crioconservazione delle sospensioni a singola cellula e la valutazione dei nuclei isolati.
Man mano che la nostra conoscenza della biologia dei tumori cresce e l'interesse per comprendere le complessità di come le cellule interagiscono all'interno del tumore e influenzano gli esiti dei pazienti, è aumentata anche l'importanza di analizzare cellule eterogenee nel microambiente tumorale. Il sequenziamento multiomico, che consente l'acquisizione di RNA a singola cellula e il sequenziamento dell'attacco dalla stessa cellula in modo accoppiato, fornisce un progresso significativo verso questo scopo. Tuttavia, la qualità dei dati ottenuti da questi esperimenti dipende fortemente dalla qualità delle condizioni sperimentali e del materiale biologico inserito.
Questo protocollo fornisce un approccio affidabile e ottimizzato all'isolamento di nuclei da campioni di tumore solido per il sequenziamento di più omi utilizzando la piattaforma 10x Genomics. Questo protocollo è affidabile utilizzando sospensioni a singola cellula fresche o congelate. Forniamo raccomandazioni per le condizioni di dissociazione tissutale, la crioconservazione di sospensioni unicellulari e la valutazione di nuclei isolati.
In questo protocollo, abbiamo utilizzato campioni di adenocarcinoma duttale pancreatico umano, che sono un tipo di tessuto primario di focus nel nostro laboratorio. Il cancro del pancreas rappresenta un tipo di tumore altamente desmoplastico, che fa presagire tessuti e cellule relativamente appiccicosi. Inoltre, poiché anche i campioni di tumore del pancreas disponibili per la ricerca tendono ad essere relativamente piccoli, vengono fatti sforzi per massimizzare la quantità di cellule catturate.
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Panoramica
Questo protocollo delinea un metodo affidabile e ottimizzato per l'isolamento dei nuclei da campioni di tumore solido per il sequenziamento multi-om utilizzando la piattaforma 10x Genomics. Include raccomandazioni per le condizioni di dissociazione dei tessuti e la crioconservazione di sospensioni di cellule singole.
Componenti principali dello studio
Area della scienza
- Neuroscienze
- Oncologia
- Genomica
Sfondo
- Comprendere la biologia del tumore è cruciale per migliorare i risultati dei pazienti.
- Analizzare le cellule eterogenee nel microambiente tumorale è sempre più importante.
- Il sequenziamento multi-om permette l'acquisizione abbinata di RNA e sequenziamento ATAC a singola cellula.
- La qualità dei dati dipende fortemente dalle condizioni sperimentali e dal materiale biologico.
Obiettivo dello studio
- Fornire un protocollo affidabile per l'isolamento dei nuclei dai tumori solidi.
- Migliorare la qualità dei dati di sequenziamento multi-om.
- Facilitare l'analisi dei microambienti tumorali.
Metodi utilizzati
- Isolamento di nuclei da campioni di tumore solido.
- Utilizzo di sospensioni di cellule singole fresche o congelate.
- Raccomandazioni per le condizioni di dissociazione dei tessuti.
- Tecniche di crioconservazione per sospensioni di cellule singole.
Risultati principali
- È stato stabilito un approccio ottimizzato per l'isolamento dei nuclei.
- Sono stati ottenuti risultati affidabili sia da campioni freschi che congelati.
- Miglioramento della qualità dei dati per il sequenziamento multi-om.
- Sono state fornite linee guida per la lavorazione dei tessuti e la crioconservazione.
Conclusioni
- Il protocollo migliora l'affidabilità dell'isolamento dei nuclei dai tumori.
- Supporta l'avanzamento delle tecniche di sequenziamento multi-om.
- Gli studi futuri possono beneficiare di condizioni sperimentali migliorate.
