Name: Analisi delle interazioni DNA-proteina con linterferometria a biostrato basata su streptavidina (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2025-01-17T12:00:00.000+00:00
Duration: 8 min 7 s
Description: Impara l'interferometria a biostrato per analizzare le interazioni DNA-proteina con la replication protein A. Questo metodo semplice e conveniente permette di studiare le affinità di legame in tempo reale.

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<meta charset="utf8"></head><body>Analisi quantitativa della cinetica di legame RPA-ssDNA utilizzando metodi label-free

<table><tbody><tr><td>Provette per microcentrifuga da 0,5 mL</td><td>Globe Scientific</td><td>111554A</td><td></td></tr><tr><td>Micropiastra nera standard a 96 pozzetti</td><td>Dot Scientific</td><td>4TI-0223</td><td></td></tr><tr><td>Oligonucleotide IDT polietilene biotinilato</td><td>IDT</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Albumina sierica bovina (BSA)</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>A2153-10G</td><td></td></tr><tr><td>Ditiotreitolo (DTT)</td><td>Dot Scientific</td><td>DSD11000-10</td><td></td></tr><tr><td>Acido etilendiamminotetraacetico (EDTA)</td><td>Dot Scientific</td><td>DSE57020-500</td><td></td></tr><tr><td>Acido cloridrico</td><td>Fisher Scientific&nbsp;</td><td>A144-500</td><td></td></tr><tr><td>Kimtec Science Kimwipes&nbsp;</td><td>Kimtech</td><td>34120</td><td></td></tr><tr><td>Octet N1 Software</td><td>Sartorius&nbsp;</td><td>1.4.0.13</td><td></td></tr><tr><td>Octet SA Biosensor&nbsp;</td><td>Sartorius&nbsp;</td><td>18-5019</td><td></td></tr><tr><td>PBS pH 7.2 (10x)</td><td>Gibco</td><td>1666711</td><td></td></tr><tr><td>Test personale Ottetto N1 Sistema</td><td>Sartorius&nbsp;</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Acido fosforico&nbsp;</td><td>Ward's Science</td><td>470302-024</td><td></td></tr><tr><td>Cloruro di sodio (NaCl)</td><td>Dot Scientific</td><td>DSS23020-5000</td><td></td></tr><tr><td>Tris Base</td><td>Dot Scientific</td><td>DST60040-5000</td><td></td></tr><tr><td>Tween20&nbsp;</td><td>Bio-Rad</td><td>170-6531</td><td></td></tr></tbody></table>

analisi delle interazioni dna-proteina con l'interferometria a biostrato basata su streptavidina

Analyzing DNA-Protein Interactions with Streptavidin-Based Biolayer Interferometry

Nel BLI, la luce bianca viene riflessa dall'interfaccia del biostrato/tampone e dall'interfaccia di riferimento interna allo spettrometro. Il modello di interferenza risultante viene registrato e lo spostamento spettrale viene misurato per un periodo di tempo e rappresentato come risposta delle curve di legame in nm. Nella Figura 1 è mostrata una figura rappresentativa che mostra la punta del biosensore con e senza legame con l'analita e il corrispondente spostamento spettrale della lunghezz...

Analisi delle interazioni DNA-proteina con l'interferometria a biostrato basata su streptavidina

Protein-DNA interactions underpin essential cellular processes. Understanding these interactions is critical for elucidating the molecular mechanisms of ...

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In questo video, dimostriamo la tecnologia dell'interferometria a biostrato (BLI) per rilevare le interazioni intermolecolari tra ligandi e analiti bersaglio in tempo reale. Il BLI misura i cambiamenti nel modello di interferenza della luce bianca riflessa da uno strato di ligandi immobilizzati sulla superficie di un biosensore mentre interagiscono con gli analiti in soluzione.

Tecnologia di interferometria a biostrati per rilevare le interazioni tra ligando e analita

I protocolli che seguono descrivono saggi cinetici di interazioni proteina-proteina con Bio-strato Interferometria. F-tipo ATP sintasi, che è coinvolto nel metabolismo energetico cellulare, può essere inibita dalla sua subunità ε nei batteri. Abbiamo adattato Bio-strato interferometria per studiare le interazioni del complesso catalitico con il dominio C-terminale inibitorio di ε.

Bio-strato Interferometria per Cinetica di interazioni proteina-proteina e allosterici effetti Ligand di misura

Qui si descrive la strumentazione e metodi per la rilevazione di molecole proteiche singolo fluorescenza marcata che interagiscono con una singola molecola di DNA sospeso tra due microsfere otticamente intrappolati.

Combinando singola molecola di manipolazione e di imaging per lo studio delle interazioni proteina-DNA

Qui presentiamo un protocollo per controllare il montaggio e lo smontaggio della tossina antrace tramite interferometria biolayer (BLI). A seguito di montaggio/smontaggio sulla superficie del biosensore, i complessi di grande proteina vengono rilasciati dalla superficie per la visualizzazione e l'identificazione dei componenti dei complessi utilizzando la microscopia elettronica e spettrometria di massa, rispettivamente.

L'analisi di complessi proteici dinamico montato su e rilasciato da Biolayer interferometria biosensore utilizzando la microscopia elettronica e spettrometria di massa

Le interazioni dei fattori di trascrizione (TF) con la polimerasi dell'RNA sono di solito studiate utilizzando saggi pulldown. Applichiamo una tecnologia di interferometria biostrato (BLI) per caratterizzare l'interazione di GrgA con la mistidiaRNA polimerasi. Rispetto ai test pulldown, BLI rileva l'associazione e la dissociazione in tempo reale, offre una maggiore sensibilità ed è altamente quantitativa.

Applicazione dell'interferometria biostrato (BLI) per lo studio delle interazioni tra proteine e proteine nella trascrizione

flessibilità conformazionale gioca un ruolo critico nella funzione delle proteine. Qui, si descrive l'utilizzo di spettrometria di massa elettrospray ionizzazione tempo risolto accoppiato a scambio idrogeno-deuterio per sondare i rapidi cambiamenti strutturali che guidano funzione di proteine ​​ordinate e disordinate.

Scambio risolta in tempo ionizzazione elettrospray idrogeno-deuterio Spettrometria di Massa per lo studio delle proteine ​​Struttura e dinamica

Questo protocollo descrive la separazione dei complessi funzionali della catena di trasporto elettronico mitocondriale (Cx) IV e dei suoi supercomplexi utilizzando l'elettroforesi nativa per rivelare informazioni sulla loro struttura e struttura. Il gel nativo può essere sottoposto a immunoblotting, analisi in-gel e purificazione mediante elettroelution per caratterizzare ulteriormente i singoli complessi.

Analisi di supercomplexes della catena di trasporto elettronico mitocondriale con elettroforesi nativa, analisi in-gel e elettroelution

Vi presentiamo un protocollo per la rapida caratterizzazione biomolecolare pieghevole e associazione interazioni con ligandi termolabile mediante calorimetria differenziale a scansione.

Misurazione di profili biomolecolari DSC con ligandi termolabile per caratterizzare velocemente pieghevole e associazione interazioni

Il protocollo qui descrive le interazioni della proteina canale dello ione di hEAG1 purificato con la piccola molecola lipidica ligando fosfatidilinositolo 4, 5-bisfosfato (PIP2). La misurazione dimostra che BLI potrebbe essere un metodo potenziale per lo screening di romanzo della piccolo-molecola ioni canale ligando.

Catturare la cinetica di interazione di una proteina di canale ionico con piccole molecole mediante il saggio di interferometria di Bio-strato

Mutagenesi sito-diretta è una tecnica usata per introdurre specifiche mutazioni in acido deossiribonucleico (DNA). Questo protocollo viene descritto come eseguire la mutagenesi sito-diretta con un passaggio 2 e 3-passo catena della polimerasi (PCR) base di approccio, che è applicabile a qualsiasi frammento di DNA di interesse.

Mutagenesi sito-diretta per In Vitro e In Vivo esperimenti esemplificati con interazioni RNA in Escherichia Coli

Impara l'interferometria a biostrato per analizzare le interazioni DNA-proteina con la replication protein A. Questo metodo semplice e conveniente permette di studiare le affinità di legame in tempo reale.

Analisi delle interazioni DNA-proteina con l'interferometria a biostrato basata su streptavidina

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