Name: Studio delle interazioni batterio-fungine utilizzando colonne autostradali fungine in diversi ambienti e substrati (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2025-01-24T12:40:00.000+00:00
Duration: 5 min 22 s
Description: Scopri come arricchire coppie batterio-fungine utilizzando colonne autostradali fungine in diversi ambienti. Questo protocollo permette di studiare le interazioni microbiche e le dinamiche ecologiche.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

<ol><li>Or, D., Smets, B. F., Wraith, J. M., Dechesne, A., Friedman, S. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Physical+constraints+affecting+bacterial+habitats+and+activity+in+unsaturated+porous+media+-+A+review%5BTitle%5D)+AND+%22Adv+Water+Resour%22%5BJournal%5D)">Physical constraints affecting bacterial habitats and activity in unsaturated porous media - A review.</a> Adv Water Resour. 30 (6), 1505-1527 (2007).</li>
<li>Kohlmeier, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Taking+the+fungal+highway%3A+Mobilization+of+pollutant-degrading+bacteria+by+fungi%5BTitle%5D)+AND+%22Environ+Sci+Technol%22%5BJournal%5D)">Taking the fungal highway: Mobilization of pollutant-degrading bacteria by fungi.</a> Environ Sci Technol. 39 (12), 4640-4646 (2005).</li>
<li>Simon, A., Hervé, V., Al-Dourobi, A., Verrecchia, E., Junier, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((An+in+situ+inventory+of+fungi+and+their+associated+migrating+bacteria+in+forest+soils+using+fungal+highway+columns%5BTitle%5D)+AND+%22FEMS+Microbiol+Ecol%22%5BJournal%5D)">An in situ inventory of fungi and their associated migrating bacteria in forest soils using fungal highway columns.</a> FEMS Microbiol Ecol. 93 (1), 217(2017).</li>
<li>Wick, L. Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Effect+of+fungal+hyphae+on+the+access+of+bacteria+to+phenanthrene+in+soil%5BTitle%5D)+AND+%22Environ+Sci+Technol%22%5BJournal%5D)">Effect of fungal hyphae on the access of bacteria to phenanthrene in soil.</a> Environ Sci Technol. 41 (2), 500-505 (2007).</li>
<li>Bravo, D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Isolation+of+oxalotrophic+bacteria+able+to+disperse+on+fungal+mycelium%5BTitle%5D)+AND+%22FEMS+Microbiol+Lett%22%5BJournal%5D)">Isolation of oxalotrophic bacteria able to disperse on fungal mycelium.</a> FEMS Microbiol Lett. 348 (2), 157-166 (2013).</li>
<li>Furuno, S., Remer, R., Chatzinotas, A., Harms, H., Wick, L. Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Use+of+mycelia+as+paths+for+the+isolation+of+contaminant-degrading+bacteria+from+soil%5BTitle%5D)+AND+%22Microb+Biotechnol%22%5BJournal%5D)">Use of mycelia as paths for the isolation of contaminant-degrading bacteria from soil.</a> Microb Biotechnol. 5 (1), 142-148 (2012).</li>
<li>Buffi, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Fungal+drops%3A+A+novel+approach+for+macro-+and+microscopic+analyses+of+fungal+mycelial+growth%5BTitle%5D)+AND+%22Microlife%22%5BJournal%5D)">Fungal drops: A novel approach for macro- and microscopic analyses of fungal mycelial growth.</a> Microlife. 4, 042(2023).</li>
<li>Kuhn, T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Design+and+construction+of+3D+printed+devices+to+investigate+active+and+passive+bacterial+dispersal+on+hydrated+surfaces%5BTitle%5D)+AND+%22BMC+Biol%22%5BJournal%5D)">Design and construction of 3D printed devices to investigate active and passive bacterial dispersal on hydrated surfaces.</a> BMC Biol. 20 (1), 203(2022).</li>
<li>Junier, P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Democratization+of+fungal+highway+columns+as+a+tool+to+investigate+bacteria+associated+with+soil+fungi%5BTitle%5D)+AND+%22FEMS+Microbiol+Ecol%22%5BJournal%5D)">Democratization of fungal highway columns as a tool to investigate bacteria associated with soil fungi.</a> FEMS Microbiol Ecol. 97 (2), 003(2021).</li>
<li>Reasoner, D. J., Geldreich, E. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+new+medium+for+the+enumeration+and+subculture+of+bacteria+from+potable+water%5BTitle%5D)+AND+%22Appl+Environ+Microbiol%22%5BJournal%5D)">A new medium for the enumeration and subculture of bacteria from potable water.</a> Appl Environ Microbiol. 49 (1), 1-7 (1985).</li>
<li>Bolyen, E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Reproducible%2C+interactive%2C+scalable%2C+and+extensible+microbiome+data+science+using+QIIME+2%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Biotechnol%22%5BJournal%5D)">Reproducible, interactive, scalable, and extensible microbiome data science using QIIME 2.</a> Nat Biotechnol. 37 (8), 852-857 (2019).</li>
<li>Callahan, B. J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((DADA2%3A+High-resolution+sample+inference+from+Illumina+amplicon+data%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Methods%22%5BJournal%5D)">DADA2: High-resolution sample inference from Illumina amplicon data.</a> Nat Methods. 13 (7), 581-583 (2016).</li>
<li>Vázquez-Baeza, Y., Pirrung, M., Gonzalez, A., Knight, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((EMPeror%3A+A+tool+for+visualizing+high-throughput+microbial+community+data%5BTitle%5D)+AND+%22Gigascience%22%5BJournal%5D)">EMPeror: A tool for visualizing high-throughput microbial community data.</a> Gigascience. 2 (1), 16(2013).</li>
<li>Li, P. -E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Enabling+the+democratization+of+the+genomics+revolution+with+a+fully+integrated+web-based+bioinformatics+platform%5BTitle%5D)+AND+%22Nucleic+Acids+Res%22%5BJournal%5D)">Enabling the democratization of the genomics revolution with a fully integrated web-based bioinformatics platform.</a> Nucleic Acids Res. 45 (1), 67-80 (2017).</li>
<li>Eloe-Fadrosh, E. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+National+Microbiome+Data+Collaborative+Data+Portal%3A+An+integrated+multi-omics+microbiome+data+resource%5BTitle%5D)+AND+%22Nucleic+Acids+Res%22%5BJournal%5D)">The National Microbiome Data Collaborative Data Portal: An integrated multi-omics microbiome data resource.</a> Nucleic Acids Res. 50 (1), D828-D836 (2022).</li>
<li>Kans, J. Entrez Direct: E-utilities on the Unix Command Line. Entrez Programming Utilities Help. , Available from: 
 <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK179288/">https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK179288/</a> (2024).</li>
<li>Palmara, G., Frascella, F., Roppolo, I., Chiappone, A., Chiadò, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Functional+3D+printing%3A+Approaches+and+bioapplications%5BTitle%5D)+AND+%22Biosens+Bioelectron%22%5BJournal%5D)">Functional 3D printing: Approaches and bioapplications.</a> Biosens Bioelectron. 175, 112849(2021).</li>
<li>Guttridge, C., Shannon, A., O'Sullivan, A., O'Sullivan, K. J., O'Sullivan, L. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Biocompatible+3D+printing+resins+for+medical+applications%3A+A+review+of+marketed+intended+use%2C+biocompatibility+certification%2C+and+post-processing+guidance%5BTitle%5D)+AND+%22Ann+3D+Print+Med%22%5BJournal%5D)">Biocompatible 3D printing resins for medical applications: A review of marketed intended use, biocompatibility certification, and post-processing guidance.</a> Ann 3D Print Med. 5, 100044(2022).</li>
<li>Yao, L., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Comparison+of+accuracy+and+precision+of+various+types+of+photo-curing+printing+technology%5BTitle%5D)+AND+%22J+Phys+Conf+Ser%22%5BJournal%5D)">Comparison of accuracy and precision of various types of photo-curing printing technology.</a> J Phys Conf Ser. 1549 (3), 032151(2020).</li>
<li>Basu, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Evolution+of+bacterial+and+fungal+growth+media%5BTitle%5D)+AND+%22Bioinformation%22%5BJournal%5D)">Evolution of bacterial and fungal growth media.</a> Bioinformation. 11 (4), 182-184 (2015).</li>
<li>Liu, Y. -X., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((A+practical+guide+to+amplicon+and+metagenomic+analysis+of+microbiome+data%5BTitle%5D)+AND+%22Protein+Cell%22%5BJournal%5D)">A practical guide to amplicon and metagenomic analysis of microbiome data.</a> Protein Cell. 12 (5), 315-330 (2021).</li>
</ol>

<table><tbody><tr><td>Provette da 50 mL</td><td>Greiner BIO-ONE</td><td>5622-7261</td><td>Provette da 50 mL per l'esecuzione di esperimenti su colonna in laboratorio</td></tr><tr><td>Piastre Petri da 90 mm</td><td>Thermo Scientific Nunc</td><td>08-757-099</td><td>Piastre di Petri per la preparazione di agar e per la crescita microbica</td></tr><tr><td>Stampante 3D Asiga Freeform Pico Plus 39 con elaborazione digitale della luce (DLP)</td><td>Asiga Germania</td><td>Forma libera Pico Plus 39</td><td>stampante 3D utilizzata per generare batch delle colonne; è possibile utilizzare altre stampanti 3D</td></tr><tr><td>Autoclave</td><td>Fisher Scientifico</td><td>LS40F20</td><td>Autoclave da banco per sterilizzare i componenti della colonna</td></tr><tr><td>Becher</td><td>Fisher Scientifico</td><td>FB100600</td><td>Becher da 600 mL per vari usi in tutto il protocollo</td></tr><tr><td>Dental LT Clear Resin V2</td><td>Formlabs</td><td>RS-F2-DLCL-02</td><td>Resina alternativa per la stampa 3D che è stata testata</td></tr><tr><td>Resina per guide chirurgiche dentali</td><td>Formlabs</td><td>RS-F2-SGAM-01</td><td>È stato utilizzato per generare le colonne discusse nel manoscritto; Altre resine fotosensibili possono essere utilizzate al posto di questo materiale</td></tr><tr><td>Provette DNA Low Binding da 1,5 mL</td><td>Eppendorf</td><td>13-698-791</td><td>Provette utilizzate per varie preparazioni, comprese le estrazioni di acidi nucleici</td></tr><tr><td>Conservante dello scudo DNA/RNA</td><td>Ricerca Zymo</td><td>R1100-50</td><td>Conservante utilizzato prima dell'estrazione degli acidi nucleici</td></tr><tr><td>EDGE Bioinformatica</td><td>Open source; Sviluppato dal Los Alamos National Laboratory (LANL)</td><td>n/a</td><td>Piattaforma bioinformatica per l'elaborazione di dati ampliconi</td></tr><tr><td>Kit di centrifuga FastDNA per terreno</td><td>MP Biomedicals LLC</td><td>Codice 116560200-CF</td><td>Opzione kit di estrazione del DNA per il terreno</td></tr><tr><td>Forcipe</td><td>Fisher Scientifico</td><td>10-300</td><td>Pinze sterilizzabili</td></tr><tr><td>Resina trasparente BioMed di Formlabs</td><td>Formlabs</td><td>RS-F2-BMCL-01</td><td>Resina alternativa per la stampa 3D che è stata testata</td></tr><tr><td>Stampante 3D stereolitografica (SLA) Form 3B+ di Formlabs</td><td>Formlabs</td><td>Modulo 3B+</td><td>Stampante 3D alternativa</td></tr><tr><td>Resina IBT Formlabs</td><td>Formlabs</td><td>RS-F2-IBCL-01</td><td>Resina alternativa per la stampa 3D che è stata testata</td></tr><tr><td>Anse di inoculazione</td><td>Fisher Scientifico</td><td>22-363-598</td><td>Utilizzato per isolare/trasferire microbi</td></tr><tr><td>Estratto di malto agar (MEA)</td><td>Criterio</td><td>89405-654</td><td>Un tipo di supporto utilizzato nelle colonne</td></tr><tr><td>Sequenziatore MiSeq + kit di sequenziamento MiSeq</td><td>Illumina</td><td>SY-410-1003</td><td>Può utilizzare altri sequencer</td></tr><tr><td>Malte & Pestello</td><td>Fisher Scientifico</td><td>FB961K; FB961A</td><td>Può utilizzare qualsiasi malta comune e pestello che può essere sterilizzato tra un utilizzo e l'altro</td></tr><tr><td>Kit di preparazione della libreria di DNA NEBNext Ultra II per Illumina</td><td>Biolaboratori del New England</td><td>E7805S</td><td>Kit di preparazione della libreria per il sequenziamento metagenomico</td></tr><tr><td>Kit di preparazione della libreria di DNA Nextera XT (24 campioni)</td><td>Illumina</td><td>FC-131-1024</td><td>Kit di preparazione della libreria per il sequenziamento degli ampliconi</td></tr><tr><td>BORDO NMDC</td><td>Open source: sviluppato dal National Microbiome Data Collaborative (NMDC)</td><td>n/a</td><td>Piattaforma bioinformatica per l'elaborazione di dati metagenomici</td></tr><tr><td>Rete di nylon</td><td>Sefar</td><td>03-25/19</td><td>La rete utilizzata come parte della costruzione della colonna</td></tr><tr><td>Puntali per pipette</td><td>Rainin</td><td>30807966</td><td>Può utilizzare molti puntali per pipette sterilizzati diversi per le fasi del protocollo</td></tr><tr><td>Destrosio di patata agar</td><td>Cole Parmer</td><td>EW-14200-28</td><td>Un tipo di supporto utilizzato nelle colonne</td></tr><tr><td>QIIME2</td><td>Sorgente aperto</td><td>n/a</td><td>Software per l'elaborazione dei dati degli ampliconi</td></tr><tr><td>Kit di test Qubit dsDNA HS</td><td>Thermo Fisher Scientifico</td><td>Domanda 32851</td><td>Utilizzato per quantificare il DNA dopo le estrazioni</td></tr><tr><td>Fluorimetro Qubit</td><td>Thermo Fisher Scientifico</td><td>Domanda 33238</td><td>Utilizzato per quantificare il DNA dopo le estrazioni</td></tr><tr><td>Kit Miniprep per funghi/batteri Quick-DNA</td><td>Ricerca Zymo</td><td>D6005</td><td>Opzione di kit di estrazione del DNA che funziona sia con batteri che con funghi</td></tr><tr><td>agar R2A</td><td>BD Difco</td><td>218263</td><td>Un tipo di supporto utilizzato nelle colonne (media batterico)</td></tr><tr><td>Rack per provette da 50 mL</td><td>Fisher Scientifico</td><td>03-448-11</td><td>Rack per tenere in posizione verticale le provette da 50 mL</td></tr><tr><td>Forbici</td><td>Fisher Scientifico</td><td>12-000-155</td><td>Forbici di precisione fine che possono essere sterilizzate</td></tr><tr><td>Mezzo di carbossimetilcellulosa sodica</td><td>Aldrich</td><td>Codice 419273-100G</td><td>Un tipo di supporto utilizzato nelle colonne</td></tr><tr><td>Software CAD SolidWorks</td><td>SolidWorks</td><td>n/a</td><td>Software utilizzato per la progettazione delle colonne</td></tr><tr><td>Paletta a cazzuola</td><td>Fisher Scientifico</td><td>S41701</td><td>Per fare una depressione nel substrato prima di aggiungere la colonna</td></tr><tr><td>Acqua distillata ultrapura senza DNasi/RNasi</td><td>Invitrogen: ThermoFisher Scientific</td><td>10977015</td><td>Acqua per il bagnomaria dell'ultrasuonatore</td></tr><tr><td>Ultrasuoni</td><td>Fisher Scientifico</td><td>FB-11201</td><td>Ultrasuoni per la pulizia delle colonne</td></tr></tbody></table>

studio delle interazioni batterio-fungine utilizzando colonne autostradali fungine in diversi ambienti e substrati

Investigating Bacterial-Fungal Interactions using Fungal Highway Columns in Diverse Environments and Substrates

La colonna dell'autostrada fungina completamente assemblata è lunga circa 5 cm (Figura 1). La colonna non deve essere rotta in nessuna area e i cappucci e l'anello filettato devono combaciare facilmente e saldamente per creare microambienti all'interno della colonna. La rete del filtro può estendersi oltre l'anello filettato (come mostrato nella Figura 1 e nella Figura 2), oppure può essere tagliata con forbici sterilizzate. I tappi di agar devono adattarsi perfettamente a ciascuna estremità della colonna. Quando viene posizionata nel substrato, la rete del filtro deve entrare in contatto con il substrato e la colonna non deve essere completamente interrata .
Le colonne sono state precedentemente testate in sterco di cavallo9. Le colonne sono state anche collocate in terreno sfuso e rizosferico in un sito di ricerca, nonché in piccoli volumi di terreno in provette da 50 mL in laboratorio (Figura 3). Dopo che le colonne dell'autostrada fungina sono state rimosse dal substrato e smontate, la crescita microbica era visibile sia sull'esca che sui tappi del terreno bersaglio (esempi mostrati nella Figura 4A). Batteri e funghi sono stati isolati da terreni bersaglio ed esca tramite tecniche di subcoltura (Figura 4B) e i microbi presenti sui tappi dei terreni sono stati identificati tassonomicamente utilizzando il sequenziamento degli ampliconi (Figura 4C, D). Le Figure 4C,D illustrano i risultati combinati del sequenziamento degli ampliconi in più esperimenti, mostrando quali microbi sono stati in grado di raggiungere il tappo del terreno bersaglio dalle colonne aggiunte allo sterco di cavallo9. Le visualizzazioni di questi dati batterici e fungini sono state generate come descritto nel passaggio 17. I risultati possono anche essere visualizzati come abbondanze relative di taxa.
Risultati non ottimali sono stati ottenuti nei casi in cui le colonne sono state aggiunte ad ambienti con umidità estremamente bassa e i tappi dei mezzi sono stati completamente essiccati nel giro di pochi giorni, senza portare al recupero dei microbi colonizzati (Figura 5A). Abbiamo anche visto casi in cui i microbi semplicemente non crescono dal tappo del terreno target (Figura 5B) e casi in cui non recuperiamo dati di sequenziamento sufficienti dal plug del terreno target per analisi significative. Anche altri casi in cui i funghi crescono eccessivamente fuori dalle colonne hanno comportato la necessità di rifare gli esperimenti (Figura 5C).
<img alt="Figure 3" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/66989/66989fig03.jpg"> 
Figura 3: Esempi di colonne collocate in campioni ambientali in laboratorio e sul campo. (A) Colonna collocata all'interno di una provetta da 50 mL con terreno inumidito in un ambiente di laboratorio. Mostrato anche con un righello per la scala. (B) Colonna collocata nel terreno nel campo. (C) Colonna inserita nella rete radicale di una pianta in campo. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/66989/66989fig03large.jpg" target="_blank">Clicca qui per visualizzare una versione più grande di questa figura.</a>
<img alt="Figure 4" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/66989/66989fig04.jpg"> 
Figura 4: Risultati rappresentativi di esperimenti di successo su colonne. (A) Esempi di tappi di terreni colonizzati estratti da colonne. (B) Esempi di isolati fungini subcoltivati da terreni bersaglio. Il substrato era terra. Da sinistra a destra: Rhizopus azygosporous, Aspergillus novofumigatus, Curvularia subpapendorfii, e Phaeomycocentrospora cantuariensis. (C,D) cladogrammi circolari che mostrano la diversità filogenetica di (C) sequenze ITS fungine e (D) 16S batteriche recuperate dai terreni bersaglio a seguito di molteplici esperimenti sulle autostrade fungine utilizzando sterco di cavallo. Le sezioni sono colorate ed etichettate per phylum, con i nodi terminali che rappresentano generi unici. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/66989/66989fig04large.jpg" target="_blank">Clicca qui per visualizzare una versione più grande di questa figura.</a>
<img alt="Figure 5" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/66989/66989fig05.jpg"> 
Figura 5. Risultati non ottimali dagli esperimenti su colonna. (A) Un esempio di tappo di media essiccato derivante da condizioni ambientali di bassa umidità. (B) Esempio di assenza di crescita microbica da un tappo di terreno di colonna. (C) Esempio di crescita eccessiva del fungo attraverso la parte superiore (mezzo bersaglio) della colonna. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/66989/66989fig05large.jpg" target="_blank">Clicca qui per visualizzare una versione più grande di questa figura.</a>

Studio delle interazioni batterio-fungine utilizzando colonne autostradali fungine in diversi ambienti e substrati

Bacterial-fungal interactions (BFIs) play an integral role in shaping microbial community composition, biogeochemical functions, spatial dynamics, and ...

[Narratore] Questo studio si concentra sulle interazioni batteriche fungine per capire come questi microbi possono influenzare i comportamenti reciproci. Questo lavoro studia i batteri che utilizzano l'ifia fungina per il trasporto. Ottenere informazioni su queste interazioni consente lo studio di microbiomi complessi in ambienti come il suolo. Gli esami del trasporto batterico lungo le ife sono stati tradizionalmente eseguiti su piastre di Petri modificate, ma i recenti progressi nella tecnologia di stampa 3D hanno consentito la progettazione e la produzione di dispositivi in grado di imitare meglio le condizioni native per l'interazione di questi microbi. Queste colonne autostradali fungine sono state utilizzate con successo nel suolo, nelle risosfere e negli erbivori in ambienti di due continenti. Questi dispositivi possono anche servire come efficaci strumenti didattici o essere applicati da altri gruppi di ricerca per ampliare le conoscenze collettive sulle interazioni batteriche e fungine. Per iniziare, versare i terreni sterilizzati a base di coclea in piastre di Petri da 90 millimetri fino a quando la coclea non si trova vicino alla parte superiore dei lati delle piastre di Petri. Quindi, posizionare un'estremità di una colonna di autostrada fungina su una delle piastre di terreno solidificate. Sollevare la colonna dal supporto con un movimento attorcigliato in modo che la coclea rimanga all'interno dell'estremità della colonna e crei un tappo del supporto. Aggiungere il tappo piccolo sull'estremità con il tappo del supporto per mantenere un microambiente sterile per il terreno di destinazione. Capovolgere la colonna e creare un connettore multimediale per l'altra estremità. Utilizzando delle forbici sterilizzate, tagliare un pezzo circolare di una rete di nylon per autoclave con un diametro di due centimetri. Posare la rete sull'estremità esposta della colonna. Attorcigliare l'anello filettato sull'estremità del supporto dell'esca della colonna fissando la rete all'interno dei fili. Ora, posiziona un cappuccio grande sul fondo della colonna sopra la rete e l'altra estremità dell'anello filettato. Imposta un microcosmo del suolo da laboratorio. Rimuovere il tappo grande dalla parte inferiore della colonna per esporre l'anello filettato e la rete. Aggiungi la colonna al microcosmo del terreno in modo tale che l'intera sezione inferiore sia all'interno del terreno. Rimuovere la colonna dopo che è stata a contatto con il substrato per il tempo desiderato. Scuotere con cura il substrato in eccesso e riposizionare il cappuccio grande sul fondo della colonna sotto la rete. Posizionare la colonna in un tubo da 50 millilitri per il trasporto. Trasferire la colonna in un ambiente sterile come una cappa di sicurezza biologica. Rimuovere il tappo grande del supporto dell'esca, l'anello filettato e la rete. Quindi rimuovere il tappo piccolo dall'estremità della colonna contenente il mezzo di destinazione. Utilizzare una pinza sterilizzata per estrarre il tappo. Trasferire il connettore del supporto di destinazione direttamente al centro di una piastra di Petri da 90 millimetri contenente un mezzo a coclea. Per estrarre il DNA, congelare prima l'intero tappo della coclea o i pezzi selezionati dalle colonne in provette da centrifuga da 1,5 millilitri a meno 20 gradi Celsius. In alternativa, immergere i pezzi di tappo in un conservante contenuto in una provetta da centrifuga da 1,5 millilitri prima dell'estrazione. Ricavare un pezzo di trivella di un centimetro contenente la crescita microbica dal bersaglio coltivato o dal terreno di esca. Per le estrazioni di colonie batteriche isolate, utilizzare un circuito di inoculazione sterile per rimuovere una colonia dalla piastra. Agitare l'ansa direttamente nel tampone di estrazione del DNA disponibile in commercio. Per l'estrazione di funghi isolati, utilizzare un mortaio e un pestello per macinare separatamente i pezzi della coclea in azoto liquido. Trasferire i campioni macinati in provette di estrazione. Utilizzando un kit di estrazione del DNA commerciale ottimizzato per batteri e funghi, estrai il DNA. Quindi utilizzare un fluorimetro per quantificare il DNA risultante. La crescita microbica era visibile sia sull'esca che sui tappi del terreno bersaglio dopo che le colonne dell'autostrada fungina sono state rimosse dal substrato e smontate. Batteri e funghi sono stati isolati dal bersaglio e dai terreni di coltura tramite tecniche di subcoltura. I microbi presenti sui tappi dei terreni sono stati identificati tassonomicamente. Non è stato riscontrato alcun recupero di microbi colonizzati quando le colonne sono state aggiunte in ambienti con umidità estremamente bassa. In alcuni casi, i microbi semplicemente non sono cresciuti dal tappo del terreno bersaglio o è stata osservata una crescita eccessiva di funghi attraverso la parte superiore della colonna.

investigating-bacterial-fungal-interactions-using-fungal-highway

Research

Ricerca

JoVE Journal

Biology

Biologia

Fonte: Schlafer, S, e Frost Kristensen, M. Monitoraggio del pH extracellulare in biofilm cross-regni utilizzando microscopia confocale. J. Vis. Esp. (2020)Questo video dimostra la coltivazione di biofilm cross-regno di Streptococcus mutans e Candida albicans in condizioni simili a quelle orali per modellare le interazioni batterico-fungine, permettendo lo studio della sinergia microbica, dell'adesione mediata dal glucano e della virulenza acidogenica nella patogenesi orale.

Stabilimento di biofilm trasversali batterico-fungini per lo studio della patogenesi orale

Fonte: Miquel Guennoc, C., et al. Nuovo metodo per l'analisi qualitativa multiscala di biofilm batterici su colonie fungine filamentose utilizzando microscopia confocale ed elettronica. J. Vis. Esp. (2017)Questo video mostra la preparazione di una coltura fungina su membrane di cellofane trattate per supportare la formazione di colonie e la crescita radiale. Successivamente mostra la coltivazione e la preparazione delle cellule batteriche del suolo per saghi di interazione. Infine, illustra...

Stabilimento di una co-coltura fungo-batterica per la formazione di biofilm

Questo video descrive un metodo per far crescere e analizzare qualitativamente i biofilm batterici su ife fungine utilizzando la microscopia. I biofilm batterici si formano frequentemente sulle superfici fungine e coinvolgono numerosi processi di interazione batterico-fungina, come la cooperazione metabolica, la competizione o la predazione.

Un metodo per la preparazione del campione per visualizzare i batteri che formano biofilm sulle ife fungine

I batteri producono composti secreti che hanno il potenziale per influenzare la fisiologia dei loro vicini microbiche. Qui si descrive una schermata co-coltura che permette la rilevazione di tali interspecie interazioni mediate chimicamente mescolando microbi del suolo con fluorescenti ceppi giornalista trascrizionali di Bacillus subtilis su supporti solidi.

Utilizzo di co-coltura per rilevare chimicamente mediata interspecie Interazioni

Questo protocollo descrive un nuovo metodo per crescere e qualitativamente analizzare biofilm batterici su ife fungine mediante microscopia confocale ed elettronica.

Un nuovo metodo per l&#39;analisi qualitativa multi-scala batterica biofilm su filamentose Fungal Colonies Utilizzando confocale e microscopia elettronica

Maggior parte delle piante all'interno delle comunità probabilmente sono collegati tra loro da funghi (AM) micorrizici arbuscolari, ma mediazione delle interazioni pianta da loro è stato studiato principalmente da coltivazione di piante con rispetto senza micorrize. Presentiamo un metodo per modificare reti mycorrhizal comuni tra piante micorrizate per indagare le conseguenze per le interazioni pianta.

Studio delle interazioni pianta tutte le comuni reti Mycorrhizal utilizzando core ruotati

I saggi di interazione co-cultura presentati in questo protocollo sono economici, ad alta produttività e semplici. Questi saggi possono essere utilizzati per osservare le interazioni microbiche in co-cultura, identificare i modelli di interazione e caratterizzare il potenziale inibitorio di un ceppo microbico di interesse contro i patogeni umani e ambientali.

Analisi di cocultura ad alta produttività per l'analisi delle interazioni microbiche

Qui, presentiamo un protocollo per lo screening della biodiversità del suolo per cercare ceppi fungini coinvolti nella degradazione di materiali recalcitranti. In primo luogo, i ceppi fungini in grado di crescere su acidi umici o lignocellulosa sono isolati. La loro attività viene poi testata sia in saggi enzimatici che su inquinanti come idrocarburi e plastiche.

Isolamento e screening dalla biodiversità del suolo per i funghi coinvolti nella degradazione dei materiali recalcitranti

Questo protocollo mira a fornire procedure dettagliate per la raccolta, la fissazione e il mantenimento di campioni di piante micoeterotrofiche, applicando diverse tecniche di microscopia come la microscopia elettronica a scansione e trasmissione, la microscopia ottica, confocale e a fluorescenza per studiare la colonizzazione fungina nei tessuti delle piante e nei semi germinati con funghi micorrizici.

Tecniche di microscopia per l'interpretazione della colonizzazione fungina nei tessuti delle piante micoeterotrofiche e della germinazione simbiotica dei semi

A causa dell'opacità del suolo, le interazioni tra i suoi microbi costituenti non possono essere facilmente visualizzate con risoluzione cellulare. Qui vengono presentati due strumenti microfluidici, che offrono nuove opportunità per studiare le interazioni fungo-microbiche. I dispositivi sono versatili e semplici da usare, consentendo un elevato controllo spaziotemporale e immagini ad alta risoluzione a livello cellulare.

Strumenti microfluidici per sondare le interazioni fungine-microbiche a livello cellulare

Scopri come arricchire coppie batterio-fungine utilizzando colonne autostradali fungine in diversi ambienti. Questo protocollo permette di studiare le interazioni microbiche e le dinamiche ecologiche.

Studio delle interazioni batterio-fungine utilizzando colonne autostradali fungine in diversi ambienti e substrati

Esplora altri video