Name: Profilazione multiomica integrata a singola singola e risolta spazialmente del trascricroma e dei bersagli epigenomici nelle sezioni di tessuto congelato (Video) | JoVE Journal
Uploaded: 2026-06-12T13:50:00.000+00:00
Duration: 9 min 6 s
Description: Scopri la profilazione multiomica spaziale che integra modificazioni istoniche H3K27ac ed espressione genica nello stesso nucleo da sezioni di tessuto congelato. Questo metodo migliora l'identificazione dei tipi cellulari e rivela programmi regolatori spazialmente organizzati nel tessuto cerebrale.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

<ol>
	<li>St&#229;hl, P. L., et al. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Visualization+and+analysis+of+gene+expression+in+tissue+sections+by+spatial+transcriptomics.">Visualization and analysis of gene expression in tissue sections by spatial transcriptomics.</a> Science. 353 (6294), 78-82 (2016).</li><li>Asp, M., et al. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Spatial+detection+of+fetal+marker+genes+expressed+at+low+level+in+adult+human+heart+tissue.">Spatial detection of fetal marker genes expressed at low level in adult human heart tissue.</a> Sci Rep. 7 (1), 12941 (2017).</li><li>Larsson, L., Fris&#233;n, J., Lundeberg, J. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Spatially+resolved+transcriptomics+adds+a+new+dimension+to+genomics.">Spatially resolved transcriptomics adds a new dimension to genomics.</a> Nat Methods. 18 (1), 15-18 (2021).</li><li>Rodriques, S. G., et al. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Slide-seq:+A+scalable+technology+for+measuring+genome-wide+expression+at+high+spatial+resolution.">Slide-seq: A scalable technology for measuring genome-wide expression at high spatial resolution.</a> Science. 363 (6434), 1463-1467 (2019).</li><li>Moffitt, J. R., et al. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Molecular,+spatial,+and+functional+single-cell+profiling+of+the+hypothalamic+preoptic+region.">Molecular, spatial, and functional single-cell profiling of the hypothalamic preoptic region.</a> Science. 362 (6416), eaau5324 (2018).</li><li>Kleshchevnikov, V., et al. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Cell2location+maps+fine-grained+cell+types+in+spatial+transcriptomics.">Cell2location maps fine-grained cell types in spatial transcriptomics.</a> Nat Biotechnol. 40 (5), 661-671 (2022).</li><li>Liu, X., et al. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Spatial+multi-omics:+deciphering+technological+landscape+of+integration+of+multi-omics+and+its+applications.">Spatial multi-omics: deciphering technological landscape of integration of multi-omics and its applications.</a> J Hematol Oncol. 17 (1), 72 (2024).</li><li>Marx, V. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Method+of+the+Year:+spatially+resolved+transcriptomics.">Method of the Year: spatially resolved transcriptomics.</a> Nat Methods. 18 (1), 9-14 (2021).</li><li>Zhu, C., Preissl, S., Ren, B. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Single-cell+multimodal+omics:+the+power+of+many.">Single-cell multimodal omics: the power of many.</a> Nat Methods. 17 (1), 11-14 (2020).</li><li>Klemm, S. L., Shipony, Z., Greenleaf, W. J. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Chromatin+accessibility+and+the+regulatory+epigenome.">Chromatin accessibility and the regulatory epigenome.</a> Nat Rev Genet. 20 (4), 207-220 (2019).</li><li>Mimitou, E. P., et al. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Scalable,+multimodal+profiling+of+chromatin+accessibility,+gene+expression,+and+protein+levels+in+single+cells.">Scalable, multimodal profiling of chromatin accessibility, gene expression, and protein levels in single cells.</a> Nat Biotechnol. 39 (10), 1246-1258 (2021).</li><li>Deng, Y., et al. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Spatial-CUT&amp;Tag:+Spatially+resolved+chromatin+modification+profiling+at+the+cellular+level.">Spatial-CUT&amp;Tag: Spatially resolved chromatin modification profiling at the cellular level.</a> Science. 375 (6581), 681-686 (2022).</li><li>Liu, Y., et al. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=High-Spatial-Resolution+Multi-Omics+Sequencing+via+Deterministic+Barcoding+in+Tissue.">High-Spatial-Resolution Multi-Omics Sequencing via Deterministic Barcoding in Tissue.</a> Cell. 183 (6), 1665-1681.e18 (2020).</li><li>Zhang, D., et al. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Spatial+epigenome-transcriptome+co-profiling+of+mammalian+tissues.">Spatial epigenome-transcriptome co-profiling of mammalian tissues.</a> Nature. 616 (7955), 113-122 (2023).</li><li>Lee, C. N., Fu, H., Cardilla, A., Zhou, W., Deng, Y. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Spatial+joint+profiling+of+DNA+methylome+and+transcriptome+in+tissues.">Spatial joint profiling of DNA methylome and transcriptome in tissues.</a> Nature. 646 (8087), 1261-1271 (2025).</li><li>Russell, A. J. C., et al. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Slide-tags+enable+single-nucleus+barcoding+for+multimodal+spatial+genomics.">Slide-tags enable single-nucleus barcoding for multimodal spatial genomics.</a> Nature. 625 (7993), 101-109 (2024).</li><li>Huang, Y. H., et al. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Unified+molecular+approach+for+spatial+epigenome,+transcriptome,+and+cell+lineages.">Unified molecular approach for spatial epigenome, transcriptome, and cell lineages.</a> Proc Natl Acad Sci U S A. 122 (16), e2424070122 (2025).</li><li>Kaya-Okur, H. S., et al. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=CUT&amp;Tag+for+efficient+epigenomic+profiling+of+small+samples+and+single+cells.">CUT&amp;Tag for efficient epigenomic profiling of small samples and single cells.</a> Nat Commun. 10 (1), 1930 (2019).</li><li>Xie, Y., et al. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Droplet-based+single-cell+joint+profiling+of+histone+modifications+and+transcriptomes.">Droplet-based single-cell joint profiling of histone modifications and transcriptomes.</a> Nat Struct Mol Biol. 30 (10), 1428-1433 (2023).</li><li>Caride, A., et al. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Titration-based+normalization+of+antibody+amount+improves+consistency+of+ChIP-seq+experiments.">Titration-based normalization of antibody amount improves consistency of ChIP-seq experiments.</a> BMC Genomics. 24 (1), 171 (2023).</li><li>Zhong, J., et al. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Enhanced+and+controlled+chromatin+extraction+from+FFPE+tissues+and+the+application+to+ChIP-seq.">Enhanced and controlled chromatin extraction from FFPE tissues and the application to ChIP-seq.</a> BMC Genomics. 20 (1), 249 (2019).</li><li>Stuart, T., Srivastava, A., Madad, S., Lareau, C. A., Satija, R. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Single-cell+chromatin+state+analysis+with+Signac.">Single-cell chromatin state analysis with Signac.</a> Nat Methods. 18 (11), 1333-1341 (2021).</li><li>Germain, P. L., Lun, A., Garcia Meixide, C., Macnair, W., Robinson, M. D. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Doublet+identification+in+single-cell+sequencing+data+using+scDblFinder.">Doublet identification in single-cell sequencing data using scDblFinder.</a> F1000Res. 10, 979 (2021).</li><li>Thibodeau, A., et al. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=AMULET:+a+novel+read+count-based+method+for+effective+multiplet+detection+from+single+nucleus+ATAC-seq+data.">AMULET: a novel read count-based method for effective multiplet detection from single nucleus ATAC-seq data.</a> Genome Biol. 22 (1), 252 (2021).</li><li>Butler, A., Hoffman, P., Smibert, P., Papalexi, E., Satija, R. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Integrating+single-cell+transcriptomic+data+across+different+conditions,+technologies,+and+species.">Integrating single-cell transcriptomic data across different conditions, technologies, and species.</a> Nat Biotechnol. 36 (5), 411-420 (2018).</li><li>Yao, Z., et al. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+high-resolution+transcriptomic+and+spatial+atlas+of+cell+types+in+the+whole+mouse+brain.">A high-resolution transcriptomic and spatial atlas of cell types in the whole mouse brain.</a> Nature. 624 (7991), 317-332 (2023).</li><li>Wang, Q., et al. <a target="_blank" href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+Allen+Mouse+Brain+Common+Coordinate+Framework:+A+3D+Reference+Atlas.">The Allen Mouse Brain Common Coordinate Framework: A 3D Reference Atlas.</a> Cell. 181 (4), 936-953.e20 (2020).</li></ol>

<table><tbody><tr><td>0.4% Trypan Blue</td><td>Invitrogen</td><td>T10282</td><td>Diluito da soluzione Trypan Blue 4% (Invitrogen, T10282)</td></tr><tr><td>10% Tween 20</td><td>Bio-Rad</td><td>1662404</td><td></td></tr><tr><td>10X Genomics Chromium X instrument</td><td>10X Genomics&nbsp;</td><td>1000331</td><td>RRID:SCR_024537</td></tr><tr><td>12-well plates</td><td>Thermo Fisher</td><td>150200</td><td></td></tr><tr><td>1X CUT&amp;Tag Nuclei Buffer&nbsp;</td><td>10x Genomics</td><td>Preparato usando il Nuclei buffer 20X</td><td>Per ottenere un totale di 110 &micro;L, mescolare 5,5 &micro;L di Nuclei Buffer 20X (10X Genomics) + 8,25 &micro;L di inibitore di RNAsi + 1,1 &micro;L di DTT 100 mM + 95,15 &micro;L di acqua priva di nuclei&nbsp;</td></tr><tr><td>20X Nuclei Buffer</td><td>10x Genomics</td><td>2000207</td><td></td></tr><tr><td>4% Trypan Blue solution</td><td>Invitrogen</td><td>T10282</td><td></td></tr><tr><td>5200 Fragment Analyzer</td><td>Advanced Analytical</td><td>M5310AA</td><td></td></tr><tr><td>ABC atlas&nbsp;</td><td>open-source&nbsp;</td><td>N/A</td><td>Sviluppatori: Allen Institute for Brain Science (Seattle, WA) RRID:SCR_024440</td></tr><tr><td>Activator</td><td>Epigenome Technology</td><td>CF1006</td><td></td></tr><tr><td>Adaptor Ligation Mix&nbsp;</td><td>10X Genomics&nbsp;</td><td>Preparato usando il buffer di legatura, Enzima, Oligo</td><td>Per ottenere un totale di 50 ul di miscela di legatura degli adaptor, mescolare 20 uL di buffer di legatura + 10 uL di DNA ligasi + 20 uL di oligos adaptor&nbsp;</td></tr><tr><td>Adaptor Oligos</td><td>10X Genomics&nbsp;</td><td>2000094</td><td></td></tr><tr><td>Amp Mix</td><td>10X Genomics&nbsp;</td><td>2000047</td><td></td></tr><tr><td>Amulet&nbsp;</td><td>open-source&nbsp;</td><td>N/A</td><td>Sviluppatori: Ucar Lab (The Jackson Laboratory) RRID: N/A</td></tr><tr><td>Anti-H3K27ac antibody</td><td>EpiCypher</td><td>13-0059</td><td>Il lotto dell'anticorpo è validato per il saggio CUT&amp;Tag in bulk e in-situ RRID:AB_3712075</td></tr><tr><td>ATAC Buffer B&nbsp;</td><td>10X Genomics&nbsp;</td><td>PN-2000193</td><td></td></tr><tr><td>Buffer EB</td><td>Qiagen</td><td>19086</td><td></td></tr><tr><td>cDNA Amplification Reaction Mix</td><td>10X Genomics&nbsp;</td><td>preparato usando Pre-Amp Mix e Primers 2</td><td>Per ottenere un totale di 65 uL di miscela di amplificazione del cDNA, mescolare 50 uL di Amp Mix + 15 uL di Feature cDNA Primers 2</td></tr><tr><td>Cell Ranger Arc v2.0.2&nbsp;</td><td>10X Genomics&nbsp;</td><td>N/A</td><td>RRID:SCR_023897</td></tr><tr><td>CFX Opus Real-Time PCR System&nbsp;</td><td>Bio-Rad&nbsp;</td><td>12011319</td><td></td></tr><tr><td>Chromium Next GEM Chip J&nbsp;</td><td>10X Genomics&nbsp;</td><td>PN 2000264</td><td></td></tr><tr><td>Chromium Next GEM Single Cell Multiome Gel Bead Kit</td><td>10X Genomics&nbsp;</td><td>PN-1000231</td><td></td></tr><tr><td>Chromium Next GEM Single Cell Multiome GEM Kit</td><td>10X Genomics&nbsp;</td><td>PN-1000232</td><td>Il kit include i seguenti articoli: Barcoding Reagent Mix, Barcoding Enzyme Mix, Template Switch Oligo, Reducing Agent B, Cleanup Buffer, e Quenching Agent</td></tr><tr><td>Chromium Recovery Agent</td><td>10X Genomics&nbsp;</td><td>220016</td><td></td></tr><tr><td>Cleanup Buffer</td><td>10X Genomics&nbsp;</td><td>2000088</td><td></td></tr><tr><td>Cryostat</td><td>Leica Biosystem</td><td>CM1860</td><td></td></tr><tr><td>DNA Ligase</td><td>10X Genomics&nbsp;</td><td>220110</td><td></td></tr><tr><td>DNA LoBind 1.5 mL tubes</td><td>Eppendorf</td><td>22431021</td><td></td></tr><tr><td>Dual Index TT Set A&nbsp;</td><td>10X Genomics&nbsp;</td><td>PN-3000431</td><td></td></tr><tr><td>Dynabeads&trade; MyOne&trade; SILANE to make Dynabeads Cleanup Mix</td><td>10X Genomics&nbsp;</td><td>PN-2000048</td><td>Per ottenere un totale di 200 uL di miscela di pulizia Dynabead, mescolare 182 uL di Cleanup buffer + 13 uL di Dynabeads Myone SILANE + 5 uL di Reducing Agent B</td></tr><tr><td>Elution Solution I</td><td>10X Genomics&nbsp;</td><td>Preparato usando il Buffer EB</td><td>Per ottenere un totale di 100 uL di Elution Solution I, mescolare 98 uL di Buffer EB + 1 uL di 10% Tween 20 + 1 uL di Reducing Agent B&nbsp;</td></tr><tr><td>Feature cDNA Primers 2</td><td>10X Genomics&nbsp;</td><td>2000097</td><td></td></tr><tr><td>Fragmentation Buffer</td><td>10X Genomics&nbsp;</td><td>2000091</td><td></td></tr><tr><td>Fragmentation Enzyme</td><td>10X Genomics&nbsp;</td><td>2000090</td><td></td></tr><tr><td>Fragmentation Mix</td><td>10X Genomics&nbsp;</td><td>Preparato usando il Fragmnentation Buffer e Enzima</td><td>Per ottenere un totale di 15 uL di miscela di frammentazione, mescolare 5 uL di Fragmnentation buffer + 10 uL di Fragmentation enzyme</td></tr><tr><td>Gasket, 6-pack</td><td>10X Genomics&nbsp;</td><td>370017</td><td></td></tr><tr><td>GEM Master Mix</td><td>10X Genomics&nbsp;</td><td>PN-1000232</td><td>Dal Chromium Next GEM Single Cell Multiome GEM Kit (PN-1000232). Per ottenere un totale di 60 &micro;L di GEM Mater Mix, mescolare 49,5 &micro;L di Barcoding Reagent Mix + 1,1 &micro;L di Template Switch Oligo + 1,9 &micro;L di Reducing Agent B&nbsp; + 7,5 &micro;L di Barcoding Enzyme Mix</td></tr><tr><td>GEM-X Single-Cell 3' Feature Barcode Kit</td><td>&nbsp;10X Genomics</td><td>PN 2000047</td><td></td></tr><tr><td>High Sensitivity NGS Fragment Analysis Kit</td><td>Advanced Analytical</td><td>DNF-474</td><td></td></tr><tr><td>Incubation Buffer</td><td>Epigenome Technology</td><td>CF1001</td><td>Per preparare un totale di 100 &micro;L di CUT&amp;Tag incubation buffer I, mescolare 90,5 &micro;L di Incubation Buffer (CF1001, Epigenome Technology) con 1,5 &micro;L di permeabilizzatore, 0,5 &micro;L di stabilizzatore e 7,5 &micro;L di inibitore di RNAsi</td></tr><tr><td>Invent Minute buffer A&nbsp;</td><td>Invent Biotechnologies, Inc</td><td>BN-020</td><td>Dal Minute Single Nucleus Isolation Kit&nbsp; ( Cat. BN-020). Per ottenere un totale di 800 &micro;L di Minute buffer A, mescolare 786,4 &micro;L Minute Buffer A+

profilazione multiomica integrata a singola singola e risolta spazialmente del trascricroma e dei bersagli epigenomici nelle sezioni di tessuto congelato

Spatially Resolved, Integrated Single-Cell Multiomic Profiling of the Transcriptome and Epigenomic Targets in Frozen Tissue Sections

Profilazione multiomica integrata a singola singola e risolta spazialmente del trascricroma e dei bersagli epigenomici nelle sezioni di tessuto congelato

Spatial multiomic technologies combined with single-cell profiling offer unprecedented opportunities to elucidate the molecular and cellular architecture ...

spatially-resolved-integrated-single-cell-multiomic-profiling

Research

Ricerca

JoVE Journal

Genetics

Genetica

Consecutivi crio-sezioni sono raccolti per consentire alle applicazioni istologiche e l'arricchimento di RNA per misure di espressione genica utilizzando zone adiacenti da un muscolo scheletrico singolo mouse. RNA di alta qualità si ottiene da 20 - 30 mg di criosezioni e le misure messe in comune sono direttamente confrontato tra le applicazioni.

Criosezionamento di regioni contigue di un muscolo scheletrico mouse unico per l&#39;espressione genica e analisi istologiche

Descriviamo un metodo di colorazione rapida per eseguire l'imaging multispettrale sui tessuti congelati.

Un metodo rapido per l'imaging della fluorescenza multispettrale delle sezioni dei tessuti congelati

L'eterogeneità intratumorale è una caratteristica intrinseca dei tumori, compresi i gliomi. Abbiamo sviluppato un protocollo semplice ed efficiente che utilizza una combinazione di tamponi e centrifugazione a gradiente per isolare singoli nuclei da tessuti di glioma freschi congelati per studi di sequenziamento di RNA a nucleo singolo e ATAC.

Isolamento dei nuclei da tumori cerebrali freschi congelati per RNA-seq a nucleo singolo e ATAC-seq

Qui, descriviamo un protocollo per la messa a punto delle regioni di interesse (ROI) per le tecnologie di omiche spaziali per caratterizzare meglio il microambiente tumorale e identificare specifiche popolazioni cellulari. Per i saggi di proteomica, i protocolli personalizzati automatizzati possono guidare la selezione del ROI, mentre i saggi di trascrittomica possono essere ottimizzati utilizzando ROI di soli 50 μm.

Profilazione spaziale dell'espressione di proteine e RNA nei tessuti: un approccio alla messa a punto della microdissezione virtuale

Qui, presentiamo un protocollo per isolare i nuclei da tessuti epatici congelati e archiviati per RNA-seq a nucleo singolo, ATAC-seq e multiomici articolari (RNA-seq e ATAC-seq).

Isolamento di nuclei da tessuto epatico congelato per multiomiche monocellulari

Lo studio descrive un protocollo semplice, rapido e parzialmente automatizzato per isolare nuclei di alta qualità da tessuti di mammiferi congelati per il sequenziamento dell'RNA di singoli nuclei a valle.

Un protocollo semplice, rapido e parzialmente automatizzato per l'isolamento di singoli nuclei da tessuti di mammiferi congelati per il sequenziamento di singoli nuclei

Il protocollo fornisce un approccio affidabile e ottimizzato all'isolamento dei nuclei da campioni di tumore solido per il sequenziamento multioma utilizzando la piattaforma 10x Genomics, comprese le raccomandazioni per le condizioni di dissociazione tissutale, la crioconservazione delle sospensioni a singola cellula e la valutazione dei nuclei isolati.

Isolamento ottimizzato dei nuclei da campioni di tumore solido freschi e congelati per il sequenziamento di più omi

La retina mostra una complessa organizzazione spaziale attraverso la sua struttura laminare. Le moderne tecniche di trascrittomica spaziale e sequenziamento richiedono sezioni di tessuto &lt; 20 μm di spessore, limitandone l'applicabilità nella ricerca retinica. Questo metodo di criosezione appena congelato produce sottili sezioni en face della retina di topo preservando le relazioni spaziali planari, consentendo una mappatura molecolare completa tra le lamine.

En face Criosezione della retina di topo per analisi molecolare spaziale ad alta dimensione

Questo articolo presenta un protocollo per eseguire una profilazione trascrittomica spaziale completa dell'RNA dell'ospite, virale, fungino e del microbioma da sezioni di tessuto incluse in paraffina fissate in formalina utilizzando Stereo-seq, che consente la mappatura ad alta risoluzione di diversi trascrittomi preservando l'architettura dei tessuti.

Profilazione spaziale completa di trascrittomi indipendenti dalla specie tramite Stereo-seq

sequenziamento cella singola è uno strumento sempre più popolare e accessibile per affrontare le modifiche genomiche ad alta risoluzione. Forniamo un protocollo che utilizza un'unica sequenza cella per identificare il numero di copia alterazioni in singole cellule.

Rilevamento di Copy Number Alterazioni Utilizzando Sequencing Single Cell

Scopri la profilazione multiomica spaziale che integra modificazioni istoniche H3K27ac ed espressione genica nello stesso nucleo da sezioni di tessuto congelato. Questo metodo migliora l'identificazione dei tipi cellulari e rivela programmi regolatori spazialmente organizzati nel tessuto cerebrale.

Profilazione multiomica integrata a singola singola e risolta spazialmente del trascricroma e dei bersagli epigenomici nelle sezioni di tessuto congelato (Video) | JoVE Journal

Profilazione multiomica integrata a singola singola e risolta spazialmente del trascricroma e dei bersagli epigenomici nelle sezioni di tessuto congelato

Esplora altri video