バッファーは、特定のpH値で化合物を評価するために使用できます。このセクションでは、さまざまなバッファでインジケーターニュートラルレッドの吸光度スペクトルを記録します。ニュートラルレッドのプロトン化型は赤、脱プロトン型は黄橙色で、それぞれ緑と青紫の光を吸収します。したがって、酸性形態と塩基性形態は異なる吸収波長を有する。タンパク質の結合は、中性赤の特性を変化させ、その吸光度とpKaの両方を変化させます。
遊離中性赤色の吸光度スペクトルをいくつかのpH値で測定した後、溶液にリボフラビン結合タンパク質(RP)を添加し、吸光度を再度測定します。吸光度強度は濃度に関係しているため、ラボ後にスペクトルを使用して、自由赤と結合した中性赤のpKaを決定します。
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実験ノートに次の表を描きます。キュベットに1から10までの番号を付け、使用する9つの緩衝液のpH値をリストアップします。10番目のキュベットは脱イオン水ブランクになります。
手記: 常にキュベットをテクスチャーのある側面で保持し、キュベットを分光光度計に入れる直前に透明な側面を拭いてください。透明な面を分光光度計の光線に合わせることを忘れないでください。
表2:遊離および結合した中性赤の吸光度
| キュベット# | バッファーpH | 絶対 λmax(Free NRH+) | Abs. at λmax (Bound NRH) |
| 1 | 5.0 | | |
| 2 | 5.5 | | |
| 3 | 6.0 | | |
| 4 | 6.5 | | |
| 5 | 7.0 | | |
| 6 | 7.5 | | |
| 7 | 8.0 | | |
| 8 | 8.5 | | |
| 9 | 11 | | |
| 10 | 空白 | | |
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10個の1.5mLキュベットとキャップを用意し、実験ノートの表と一致するようにキャップ1から10にラベルを付けます。
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25mLビーカーに「DIH2O」のラベルを付け、脱イオン水で満たします。
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中性の水性廃棄物を排水溝に流し、ビーカーを「水性緩衝液」とラベル付けし直します。
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使用済みのマイクロピペットチップ用の400mLビーカーにラベルを付けます。
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1mLのマイクロピペットにチップを取り付け、それを使用して1000μLの脱イオン水をキュベット10に分注します。これがあなたの溶剤ブランクです。
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925 μLのpH 7.0リン酸ナトリウム緩衝液をキュベット5に入れます。
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残りの空のキュベットをバッファテーブルに持ってきます。ラボノートの表に従って、ラベル付きのマイクロピペットを使用して、各バッファー925μLを適切なキュベットに分注します。異なるバッファーに同じピペットチップを使用しないように注意してください。
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完了したら、バッファをワークベンチに戻してください。そこで、200μLのマイクロピペットをセットして75μLを分注し、マイクロピペットにチップを取り付けます。
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9つのバッファーキュベットのそれぞれに75μLの中性赤を分注します。各キュベットを数回反転させて、溶液を完全に混合します。手記: ピペットチップがバッファーに接触している場合は、元に戻してください。
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すべてのバッファーにニュートラルレッドを混ぜたら、写真を撮ったり、溶液の色を書き留め
たりしてください。
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ハンドヘルド分光測色計の電源を入れ、光源がウォームアップするのを待ちます。準備ができたら、新しい実験を作成して、遊離中性赤の吸光度と波長を測定します。
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脱イオン水のキュベットを挿入し、脱イオン水のスペクトルを取得します。溶剤の背景または空白として設定します。
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次に、ブランクを取り外し、プロトン化中性赤の濃度が最も高い最も低いpH緩衝液に中性赤のキュベットを挿入します。
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スペクトルを取得します。これにより、1つの強いピークが表示されます。このピークの最高点または最大値に対応する波長を特定します。この波長をラボノートにラムダマックスとして記録し、プロトン化フリーニュートラルレッドにします。
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データを保存し、キュベットを取り外します。吸光度をノートに記録し、同じ手順でキュベット2〜9のスペクトルを収集します。
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ラボノートにアイソスベスト点の波長を記録します。これは、すべてのスペクトルが単一の波長で交差する場所です。その時点でスペクトルが交差しない場合は、キュベットを空にして清掃し、新しいサンプルを準備して、再試行してください。
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9つのキュベットすべてのスペクトルの収集が終了したら、データを保存してエクスポートします。
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新しい実験を作成して、バインドされたニュートラルレッドの吸光度と波長を測定します。
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新しいチップを200μLのマイクロピペットに取り付け、ブランクを含む各キュベットに75μLのリボフラビン結合タンパク質溶液を追加します。先端を取り出し、キュベットキャップを固定し、キュベットを数回反転させて溶液を混合します。
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キュベット10を分光光度計に挿入し、それを溶媒ブランクとして設定します。
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最も低いpHサンプルのスペクトルを取得し、最も強いピークの最大値に対応する波長を特定します。それをプロトン化結合ニュートラルレッドのラムダマックスとしてラボノートに記録します。
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キュベット2〜9のスペクトルを、無料の中性赤サンプルの場合と同じ方法で取得します。プロトン化結合ニュートラルレッドのラムダマックスでの強度を、等値化点の波長とともにテーブルに記録します。
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完了したら、データを保存し、後で分析するためにエクスポートし、分光光度計をシャットダウンします。
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すべての機器を片付け、使用済みのピペットチップは承認された廃棄物容器またはゴミ箱に捨ててください。
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キュベットを水緩衝廃棄物ビーカーに空にし、脱イオン水でキュベットをビーカーにすすぎます。
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余分なNaOHを塩基性廃棄物に空にし、メスシリンダーを水ですすいでください。
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塩基性水系廃棄物を、他の水性廃棄物と一緒に大量の水道水で排水溝に流します。
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ガラス器具、キュベットキャップ、攪拌棒をラボの標準的な手順に従って洗ってください。湿らせたペーパータオルで作業面を清掃し、使用済みのペーパータオルやラボ用ワイプはラボのゴミ箱に捨てます。