微生物分類体系

分類とは、生物を表現型の類似性または進化的系統関係に基づいて階層的に包括的なグループに整理する過程です。種（species）は一つ以上の株（strain）から構成され、近縁な種は属（genus）にまとめられます。属は科（family）に、科は目（order）に、目は綱（class）に、さらに上位の分類単位へと順次統合され、最も上位の階層はドメイン（domain）です。これは表現型および遺伝子型データの統合によって定義される分類階層です。

生物命名法は、カール・リンネによって確立された二名法（binomial nomenclature）に従い、各生物には属名と種小名が付けられ、イタリック体で表記されます。新たな微生物分類群の命名は、「国際原核生物分類命名委員会（ICSP）」の管轄下にある「細菌命名国際規約（Bacteriological Code）」に準拠して行われます。この規約では、命名の有効性を得るために必要な正式手続きを定めています。新種名を提案するには、その特徴を詳細に記述するとともに、生存可能な株を少なくとも二つの国際保存機関に寄託する必要があります。未だ純粋培養が不可能である、あるいは培養が困難な生物に対しては、“Candidatus”という接頭語を用いた暫定的名称が与えられます。例として、Candidatus Pelagibacter ubique（実験室での培養が極めて困難な広域分布性細菌種）、Candidatus Heliomonas lunata（純粋培養が不可能な細菌種）などがあります。細菌および古細菌の最新かつ正式に認められた命名リストは、「命名法上の地位を持つ原核生物名リスト（List of Prokaryotic Names with Standing in Nomenclature）」（http://www.bacterio.net）および「最新の原核生物命名法」（http://www.dsmz.de）で確認可能です。

『バージェイ細菌分類便覧』は、細菌および古細菌の分類体系として最も広く認知されている文献です。1923年の初版以来、微生物学者にとって不可欠なリソースであり、系統分類表、図表、識別ツールなど詳細な情報を提供しています。もう一つの重要な資料として『The Prokaryotes』があり、原核生物の生理、生態、系統、培養法に関する広範な知見を提供しています。

米国タイプカルチャーコレクション（American Type Culture Collection）、ベルギー微生物協調コレクション（Belgian Coordinated Collection of Microorganisms）、パスツール研究所菌株コレクション（Collection of the Institut Pasteur）などの国立微生物培養保存機関は、微生物分類学において重要な役割を果たしています。これらの機関は、遺伝的完全性を保った状態で生存株を保存し、研究や生物多様性保全のために利用可能な状態に維持しています。従来の博物館標本と異なり、これらの株は生きた状態で保存されており、継続的な研究や特性評価が可能です。また、分類学的比較の基準となるタイプ株（type strain）を保護する機能も担っています。