このビデオドキュメント少量（〜1L）水柱から微生物バイオマスのろ過。
このコンテンツを表示するには、JoVEへの購読が必要です。 または、無料トライアルをお申し込みください。
この記事について
サマリー
要約
ワークフローは、下流の微生物群集のための沿岸海域、栄養素と微量ガス分析の収集から始まります。今日のデモのサンプルについてはサーニッチのインレットでHMSジョンストリックランドの動作のデッキから採取された。このビデオドキュメント少量（〜1L）水柱から微生物バイオマスのろ過。プロトコルは、大量のサンプリングプロトコルつの大きな違いは、前述のの拡張です：ここで、は事前に濾過工程が存在しない、バイオマスのようにすべてのサイズクラスはカットオフフィルター0.22μmの下に収集されます。サンプルは、核酸分析のための理想的なこの方法を集めた。セットアップ、ろ過し、クリーンアップ手順は、それぞれ20〜30分程度かかります。最大8サンプルを同時にフィルタリングすることが、同時に二つの蠕動ポンプを使用している場合。サンプリングの合間にバイオフィルム形成を防止するために、すべてのろ過装置を希HCl及び脱イオン水で洗浄し、使用後すぐにオートクレーブする必要があります。
プロトコル
- ろ過装置のセットアップ。
- フィルタリングの前に、最初のフルボトルから任意の結露を拭うと、それらの重量を量る
- 他の上でポンプの一方の側にオートクレーブビン、および廃棄物のフラスコを置きます。
- その後、オートクレーブビンで完全なサンプルのボトルを置いているが、まだボトルのキャップを外さないでください。
- チューブのルアー最後はフラスコになるように蠕動ポンプでチューブを渡します。
- ピンセットを使用して、滅菌25mlのピペットから綿を除去し、チューブのもう一方の端にピペットを取り付ける。
- 海水のろ過
- 海水のフィルタリングを開始するために、ボトルを開いて、ピペットを挿入する。ポンプの電源を入れ、1にフローの速度を設定します。その水が適切な方向に励起されるように監視します。
- 水の〜100 mlの全体のチューブを通過することができます。
- ポンプの電源をオフにし、チューブの自由端にオスルアーフィッティングにSterivexフィルタを取り付けます。
- ない水がボトルに残っていないまでフィルタリングを続けます。
- フィルターの保管
- フィルタを保存するには、まず、30〜60ミリリットルの注射器と、残りの水を排出する。
- パラフィルムでSterivexフィルターの底部をシール。ピペットを用いて、試薬の後に追加するためのフィルタでスペースの〜200μlの維持、フィルターに1.8ミリリットルの溶解バッファーを追加します。
- その後、パラフィルムの小片でSterivexフィルターの上部をシールし、日付とサンプルの識別とフィルタラベルを付けます。
- -80あらかじめ標識した50mlファルコンチューブにフィルターを保管° C
- クリーンアップ
- 塩酸0.1％含有するフラスコに25mlのピペットを挿入し、ポンプのスイッチをオンにします。
- 塩酸洗浄した後、オートクレーブ水でチューブをリンス。
最後に、測定し、フィルタを通過した水の体積を計算するために、今の空の1Lボトルの質量を記録する。
代表的な結果：各1 Lの水サンプルは、0.22μmのよりも大きいバイオマスを含むものSterivixフィルタを、もたらす。これは、その後のDNA抽出および分析のために溶解バッファーに格納されています。最終結果は、溶解バッファーおよびDNA抽出のための準備に格納されている1リットルの瓶ごとにSterivixフィルタで構成されています。フィルタは、0.22μmを超えるバイオマスが含まれています。フィルタは、° Cの前エドナの抽出に-80℃で保存することができます。
アクセスが制限されています。このコンテンツを表示するにはログインするか、トライアルを開始してください。
ディスカッション
それ以外の機器を腐食させるという塩水のいずれか残る痕跡を除去するために使用後の湿ったタオルでベンチやポンプを拭うために不可欠です。手順はシンプルですが、時間の要件は、フィルタリングされているサンプルのバイオマスや破片の濃度に応じて豊富なことができます。
アクセスが制限されています。このコンテンツを表示するにはログインするか、トライアルを開始してください。
開示事項
著者らに開示すべき事項はありません。
謝辞
我々は、沿岸と外洋水の低酸素領域で進行中の研究を支援するためのイノベーション、ブリティッシュコロンビア州の知識開発基金と国立科学およびカナダの工学研究審議会（NSERC）のためのカナダの財団に感謝の意を表します。 DAWはNSERC、キラムとトゥーラ基礎微生物の多様性と進化のための資金を供給センターからの奨学金によって支えられている。
アクセスが制限されています。このコンテンツを表示するにはログインするか、トライアルを開始してください。
材料
| 名前 | 会社 | カタログ番号 | コメント |
|---|---|---|---|
| ペリスタルティックポンプ | Masterflex (Cole Palmer) | 77913-20, 77200-62, 77200-04 | |
| Tygon LFL チュービング | Masterflex (Cole Palmer) | 06429-24 | ろ過装置用 |
| ホースクランプ | Cole-Parmer | 0683204 | ろ過装置用 |
| 1/4” x 3/16” パイプアダプター | Cole-Parmer | 31702-20 | ろ過装置用 |
| ポリプロピレン製 プレフィルターハウジング | ADVANTEC | 501200 | ろ過装置用 |
| 金属製ルアーフィッティング（ホース端からオスルアーロック） | Cole-Parmer | 31507-27 | ろ過装置用 |
| 2“ マグネット | ろ過装置用 | ||
| 3ポート カーボーイキャップ | ろ過装置用 | ||
| GV 0.22 μm STERIVIX フィルター | EMD Millipore | SVGV01R5 | |
| 直径 47 mm 2.7 μm GF/D フィルター | Whatman, GE Healthcare | 1823047 | |
| 溶解バッファー | 0.75 M sucrose, 40 mM EDTA, 50 mM Tris (pH 8.3) | ||
| 0.1 % HCl | ろ過後の洗浄用 | ||
| オートクレーブ滅菌水 | ろ過後の洗浄用 |
再版と許可
