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$$\longrightharp{xx}$$,
1. スキャナによる画像取得
- フラットベッドドキュメントスキャナーの40〜60 cm上のラックに黒いマットな布を取り付けて、ペトリ皿の周囲の照明を減らします。結束バンドを使用して固定します(図1B)。
- スキャナーは、スキャン ソフトウェアと自動スクリプト ソフトウェアを使用して制御されます。
- スキャンソフトウェアで、[ホームモード]を選択します(図2A)。画像タイプで色を選択して、カラーで画像をキャプチャします。画質を設定するには、[宛先]の[その他]を選択し、[解像度]を300dpiに調整します。[ターゲットサイズ]で[オリジナル]を選択して、画像の標準サイズを維持します。[画像調整]のすべてのオプションは、標準の画質についてはオフのままにします。手記：ターゲットサイズは、デフォルトでオリジナルに設定されています。[ターゲットサイズ]の他のオプションを選択するには、最初に[プレビュー]をクリックします。
- スキャンの右側にあるフォルダーアイコンをクリックして、画像の保存パスを設定し、ファイルの保存設定を開きます(図2A)。
- [場所]の[その他]を選択して、画像を保存するフォルダーを選択し、[参照]をクリックします。画像を保存するフォルダーを選択します。
- [プレフィックス] テキスト ボックスに画像に名前を付けます。開始番号 001 を設定して、画像の命名順序を開始します。[画像形式]の[種類]で[JPEG(*.jpg)]を選択し、[オプション]をクリックして[詳細]を調整して、ファイル形式をJPEGに設定します。[圧縮レベル]を[16]、[エンコーディング]を[標準]に調整して、画像形式の品質を設定し、[ICCプロファイルを埋め込む]にチェックを入れます。[OK]をクリックしてウィンドウを閉じます(図2B)。
- 最初のオプションはオフのままにし (「同じ名前のファイルを上書きする」)、次の 3 つのオプション (「次のスキャン前にこのダイアログ ボックスを表示する」、「スキャン後に画像フォルダを開く」、「スキャン後にページの追加ダイアログを表示する」) をオンにします。[ OK ] をクリックしてウィンドウを閉じます
- 「 プレビュー」をクリックして画質を確認します。プレビューウィンドウが表示され、 スキャン アイコンが機能するようになります(図2C)。
- スクリプトソフトウェアを使用して、画像取得を自動化します。提供されたスクリプトは、[スキャン]ウィンドウで[スキャン]をクリックし、[ファイル保存設定]ウィンドウで[OK]をクリックします。
- [ タスク] | Single_scan.tsk と Idle_scanning.tsk の両方をインポートして選択します。 図 2D を参照してください。メモ: Single_scan.tsk は、[スキャン] ウィンドウの [ スキャン ] ボタンをクリックし、[ファイルの保存設定] ウィンドウで [OK ] をクリックします。 Idle_scanning.tsk は 30 分ごとに Single_scan.tsk をアクティブにします。 Idle_scanning.tskのアクティブ化を変更することで、スキャン頻度を変更できます。
- アイドルスキャン(インポート)とシングルスキャン(インポート)の両方を選択し、アイドルスキャン(インポート)を右クリックし、[有効]を左クリックして、30分間隔で自動スキャンを有効にします(図2D)。
手記： 自動スキャンは、ユーザーがスクリプトを手動で停止するまで実行されます。スクリプトを停止するには、[ アイドルスキャン(インポート)]を選択し、[ アイドルスキャン(インポート)]を右クリックして、[ 有効]を左クリックします。チェックマークが外されます。
2. タイムラプス画像のコンパイルと群れ反発力の測定
- ImageJを使用して動画編集や画像解析を行います。
- スキャンしたすべての画像をImageJにインポートするには、[ ファイル] |インポート |[画像シーケンス] を選択し、画像を選択します。シーケンス オプション ウィンドウで、 RGBに変換 にチェックを入れて、画像をカラーのままにします。 画像数 は、選択した画像の数を示します。
- フォルダー内の最初の画像から開始するには [開始画像 ] を 1 に保ち、画像の元のサイズを保持するには [画像を 100% で 拡大縮小] に保ちます。[ 仮想スタックを使用] はオフのままにします。[ OK ]をクリックし、画像が読み込まれるのを待ちます(図3A)。
- [ 編集] |オプション |入力/出力... を呼び出し、 JPEG品質 を100に調整します。
- ファイルを.aviとして保存するには、[ ファイル] |名前を付けて保存 |AVI です。圧縮 を JPEGに、 フレームレート を5fpsに調整します(図3B)。.aviタイムラプスを目的のフォルダーに保存します。
- 群れの反発距離を定量化するには、ImageJで群れ期間の終わり近くの画像を開きます。[ファイル] |画像を開いて 選択します。[ 分析] |[スケール] を設定し 、[ ピクセル単位の距離] を 118 に、 既知の距離を 1、[ ピクセルの縦横比 ] を 1.0、[ 長さの単位] を cm に設定します (図 3C)。[ グローバル ] はオフのままにします。[ OK ] をクリックしてウィンドウを閉じます。
- ストレートアイコンをクリックし、衛星位置のコロニーの中心から群がる個体群の端まで測定します。[分析] |測定値(長さ)で新しいウィンドウを表示するための測定値(図3D)。手記： 「+」はズームインし、「-」はズームアウトします。
